# TARGET T0257 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0257.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.452 0.265 0.163 0.083 0.029 0.008 0.001 2 A 0.412 0.207 0.146 0.132 0.077 0.024 0.002 3 V 0.258 0.218 0.162 0.158 0.124 0.071 0.010 4 D 0.301 0.170 0.151 0.156 0.122 0.084 0.017 5 M 0.052 0.096 0.132 0.233 0.235 0.204 0.047 6 F 0.070 0.064 0.118 0.187 0.247 0.260 0.054 7 I 0.063 0.049 0.077 0.168 0.283 0.306 0.054 8 K 0.045 0.140 0.221 0.273 0.225 0.091 0.004 9 I 0.036 0.047 0.115 0.254 0.350 0.183 0.014 10 G 0.381 0.385 0.157 0.059 0.014 0.003 0.001 11 D 0.421 0.374 0.142 0.052 0.010 0.001 0.001 12 V 0.116 0.146 0.254 0.317 0.146 0.021 0.001 13 K 0.497 0.338 0.118 0.036 0.009 0.001 0.001 14 G 0.437 0.218 0.163 0.126 0.048 0.007 0.001 15 E 0.463 0.279 0.134 0.084 0.032 0.007 0.001 16 S 0.324 0.301 0.202 0.113 0.048 0.011 0.001 17 K 0.272 0.326 0.214 0.140 0.041 0.007 0.001 18 D 0.310 0.304 0.198 0.131 0.045 0.011 0.001 19 K 0.586 0.295 0.090 0.023 0.005 0.001 0.001 20 T 0.405 0.352 0.140 0.069 0.027 0.007 0.001 21 H 0.039 0.085 0.217 0.367 0.246 0.044 0.002 22 A 0.320 0.427 0.177 0.062 0.013 0.002 0.001 23 E 0.318 0.456 0.149 0.058 0.015 0.003 0.001 24 E 0.018 0.088 0.294 0.416 0.159 0.025 0.001 25 I 0.029 0.056 0.087 0.224 0.378 0.211 0.015 26 D 0.078 0.248 0.273 0.241 0.123 0.034 0.003 27 V 0.028 0.038 0.075 0.162 0.272 0.375 0.048 28 L 0.051 0.153 0.200 0.265 0.210 0.110 0.012 29 A 0.063 0.127 0.172 0.221 0.228 0.155 0.034 30 W 0.074 0.091 0.123 0.221 0.265 0.188 0.039 31 S 0.192 0.277 0.217 0.170 0.095 0.041 0.008 32 W 0.117 0.155 0.178 0.220 0.188 0.112 0.031 33 G 0.155 0.209 0.220 0.200 0.124 0.071 0.021 34 M 0.090 0.086 0.109 0.189 0.245 0.214 0.068 35 S 0.107 0.139 0.161 0.188 0.188 0.152 0.065 36 Q 0.128 0.151 0.161 0.198 0.176 0.130 0.056 37 S 0.157 0.178 0.176 0.170 0.142 0.113 0.064 38 G 0.112 0.134 0.159 0.194 0.192 0.144 0.066 39 S 0.187 0.191 0.167 0.169 0.136 0.099 0.050 40 M 0.218 0.150 0.134 0.155 0.148 0.133 0.060 41 H 0.287 0.203 0.157 0.146 0.102 0.075 0.030 42 M 0.280 0.174 0.139 0.136 0.126 0.107 0.040 43 G 0.369 0.238 0.156 0.122 0.070 0.034 0.011 44 G 0.465 0.230 0.134 0.096 0.048 0.020 0.006 45 G 0.498 0.274 0.124 0.066 0.026 0.009 0.002 46 G 0.348 0.270 0.189 0.121 0.052 0.016 0.004 47 G 0.422 0.282 0.148 0.091 0.039 0.015 0.004 48 A 0.292 0.220 0.186 0.162 0.093 0.041 0.008 49 G 0.229 0.238 0.185 0.179 0.113 0.049 0.008 50 K 0.189 0.292 0.239 0.163 0.080 0.031 0.006 51 V 0.093 0.129 0.143 0.231 0.249 0.136 0.019 52 N 0.117 0.248 0.266 0.222 0.107 0.037 0.004 53 V 0.061 0.108 0.165 0.279 0.257 0.115 0.015 54 Q 0.165 0.299 0.234 0.180 0.086 0.030 0.005 55 D 0.137 0.270 0.259 0.192 0.093 0.041 0.008 56 L 0.010 0.026 0.060 0.169 0.344 0.323 0.068 57 S 0.022 0.102 0.178 0.270 0.257 0.143 0.028 58 F 0.009 0.018 0.037 0.097 0.216 0.435 0.188 59 T 0.024 0.076 0.124 0.227 0.256 0.221 0.072 60 K 0.027 0.086 0.130 0.186 0.236 0.237 0.099 61 Y 0.029 0.072 0.112 0.199 0.270 0.239 0.079 62 I 0.026 0.050 0.075 0.138 0.229 0.337 0.145 63 D 0.046 0.091 0.104 0.179 0.226 0.246 0.108 64 K 0.030 0.095 0.166 0.233 0.223 0.165 0.087 65 S 0.010 0.023 0.044 0.114 0.230 0.382 0.198 66 T 0.003 0.017 0.031 0.079 0.167 0.368 0.335 67 P 0.008 0.039 0.080 0.209 0.331 0.262 0.070 68 N 0.003 0.031 0.120 0.282 0.311 0.199 0.054 69 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.062 0.438 0.487 70 M 0.001 0.001 0.002 0.013 0.078 0.434 0.471 71 M 0.002 0.032 0.142 0.387 0.288 0.137 0.013 72 A 0.001 0.008 0.046 0.219 0.426 0.278 0.023 73 C 0.002 0.008 0.011 0.032 0.167 0.613 0.167 74 S 0.006 0.025 0.083 0.272 0.372 0.227 0.015 75 S 0.075 0.372 0.325 0.167 0.052 0.010 0.001 76 G 0.125 0.238 0.270 0.274 0.081 0.012 0.001 77 K 0.281 0.461 0.180 0.057 0.017 0.004 0.001 78 H 0.151 0.318 0.278 0.188 0.057 0.008 0.001 79 Y 0.015 0.071 0.168 0.374 0.310 0.060 0.002 80 P 0.225 0.461 0.230 0.072 0.011 0.001 0.001 81 Q 0.123 0.489 0.269 0.095 0.020 0.003 0.001 82 A 0.001 0.012 0.062 0.265 0.479 0.176 0.005 83 K 0.003 0.080 0.283 0.394 0.194 0.044 0.002 84 L 0.001 0.001 0.006 0.037 0.219 0.640 0.097 85 T 0.001 0.015 0.163 0.445 0.297 0.076 0.004 86 I 0.001 0.003 0.010 0.049 0.275 0.594 0.069 87 R 0.003 0.048 0.187 0.331 0.312 0.116 0.003 88 K 0.012 0.087 0.198 0.380 0.256 0.066 0.001 89 A 0.082 0.286 0.323 0.197 0.093 0.018 0.001 90 G 0.449 0.336 0.144 0.060 0.010 0.001 0.001 91 G 0.853 0.125 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 92 E 0.875 0.111 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 93 N 0.754 0.192 0.042 0.011 0.002 0.001 0.001 94 Q 0.298 0.340 0.210 0.122 0.028 0.002 0.001 95 V 0.125 0.342 0.296 0.176 0.054 0.008 0.001 96 E 0.100 0.406 0.300 0.154 0.035 0.005 0.001 97 Y 0.008 0.066 0.187 0.383 0.283 0.069 0.003 98 L 0.003 0.020 0.063 0.208 0.408 0.283 0.015 99 I 0.017 0.167 0.339 0.339 0.114 0.023 0.002 100 I 0.003 0.017 0.038 0.132 0.378 0.394 0.038 101 T 0.008 0.118 0.346 0.373 0.126 0.028 0.001 102 L 0.002 0.010 0.028 0.141 0.430 0.352 0.037 103 K 0.038 0.269 0.348 0.228 0.084 0.029 0.003 104 E 0.033 0.128 0.184 0.262 0.222 0.154 0.018 105 V 0.008 0.021 0.055 0.136 0.280 0.417 0.084 106 L 0.017 0.076 0.134 0.250 0.267 0.228 0.029 107 V 0.011 0.012 0.035 0.089 0.212 0.480 0.161 108 S 0.019 0.055 0.092 0.188 0.282 0.301 0.063 109 S 0.024 0.086 0.210 0.298 0.255 0.113 0.014 110 V 0.019 0.034 0.064 0.174 0.375 0.293 0.041 111 S 0.085 0.251 0.300 0.234 0.101 0.028 0.002 112 T 0.194 0.240 0.201 0.189 0.130 0.044 0.002 113 G 0.308 0.259 0.205 0.136 0.069 0.021 0.001 114 G 0.436 0.210 0.160 0.131 0.051 0.011 0.001 115 S 0.730 0.184 0.058 0.021 0.006 0.001 0.001 116 G 0.736 0.194 0.053 0.014 0.003 0.001 0.001 117 G 0.727 0.185 0.061 0.023 0.004 0.001 0.001 118 E 0.727 0.199 0.050 0.017 0.005 0.001 0.001 119 D 0.385 0.295 0.175 0.103 0.034 0.006 0.001 120 R 0.290 0.357 0.204 0.110 0.032 0.007 0.001 121 L 0.149 0.187 0.187 0.240 0.172 0.059 0.006 122 T 0.137 0.237 0.255 0.230 0.106 0.031 0.003 123 E 0.138 0.229 0.209 0.211 0.151 0.056 0.006 124 N 0.105 0.297 0.295 0.210 0.070 0.021 0.003 125 V 0.009 0.028 0.054 0.166 0.350 0.353 0.039 126 T 0.023 0.151 0.285 0.300 0.175 0.060 0.006 127 L 0.015 0.040 0.066 0.157 0.294 0.375 0.054 128 N 0.016 0.102 0.232 0.338 0.229 0.078 0.005 129 F 0.011 0.033 0.084 0.242 0.371 0.241 0.017 130 A 0.127 0.392 0.253 0.149 0.061 0.017 0.001 131 Q 0.077 0.301 0.345 0.211 0.055 0.011 0.001 132 V 0.009 0.036 0.098 0.293 0.398 0.160 0.005 133 Q 0.091 0.404 0.324 0.139 0.037 0.005 0.001 134 V 0.094 0.202 0.224 0.265 0.167 0.046 0.002 135 D 0.123 0.344 0.312 0.169 0.043 0.008 0.001 136 Y 0.048 0.100 0.199 0.325 0.261 0.065 0.002 137 Q 0.168 0.301 0.257 0.180 0.077 0.015 0.001 138 P 0.286 0.286 0.218 0.138 0.058 0.014 0.001 139 Q 0.180 0.196 0.220 0.232 0.139 0.033 0.001 140 K 0.443 0.336 0.141 0.059 0.017 0.003 0.001 141 A 0.495 0.271 0.136 0.070 0.023 0.005 0.001 142 D 0.648 0.203 0.089 0.043 0.013 0.003 0.001 143 G 0.644 0.208 0.081 0.043 0.018 0.005 0.001 144 A 0.594 0.218 0.106 0.060 0.019 0.003 0.001 145 K 0.725 0.176 0.060 0.029 0.009 0.002 0.001 146 D 0.664 0.205 0.078 0.040 0.011 0.002 0.001 147 G 0.488 0.286 0.134 0.065 0.021 0.004 0.001 148 G 0.401 0.293 0.163 0.101 0.034 0.007 0.001 149 P 0.356 0.292 0.187 0.112 0.042 0.011 0.001 150 V 0.169 0.144 0.154 0.233 0.211 0.081 0.008 151 K 0.172 0.244 0.226 0.198 0.115 0.041 0.004 152 Y 0.107 0.153 0.186 0.259 0.201 0.087 0.008 153 G 0.175 0.217 0.205 0.204 0.140 0.053 0.006 154 W 0.168 0.159 0.175 0.217 0.189 0.082 0.010 155 N 0.202 0.231 0.220 0.188 0.110 0.044 0.004 156 I 0.199 0.186 0.208 0.222 0.142 0.041 0.002 157 R 0.432 0.283 0.163 0.084 0.030 0.007 0.001 158 Q 0.482 0.290 0.149 0.061 0.015 0.002 0.001 159 N 0.368 0.241 0.174 0.143 0.064 0.010 0.001 160 V 0.504 0.295 0.135 0.054 0.011 0.001 0.001 161 Q 0.817 0.147 0.028 0.006 0.001 0.001 0.001 162 A 0.644 0.188 0.089 0.053 0.022 0.004 0.001