# TARGET T0257 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0257.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.1229 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.054 0.006 0.008 0.007 0.113 0.812 2 A 0.184 0.016 0.009 0.006 0.124 0.661 3 V 0.250 0.014 0.005 0.002 0.148 0.582 4 D 0.364 0.005 0.006 0.001 0.145 0.479 5 M 0.799 0.004 0.003 0.001 0.051 0.142 6 F 0.952 0.001 0.001 0.001 0.010 0.035 7 I 0.975 0.003 0.001 0.001 0.003 0.018 8 K 0.960 0.004 0.001 0.001 0.019 0.015 9 I 0.780 0.005 0.002 0.002 0.158 0.054 10 G 0.196 0.002 0.006 0.002 0.687 0.109 11 D 0.172 0.009 0.007 0.001 0.689 0.122 12 V 0.197 0.036 0.007 0.004 0.308 0.449 13 K 0.142 0.047 0.004 0.007 0.223 0.577 14 G 0.056 0.012 0.005 0.012 0.223 0.692 15 E 0.076 0.016 0.013 0.089 0.266 0.541 16 S 0.053 0.009 0.143 0.316 0.327 0.152 17 K 0.065 0.011 0.158 0.287 0.318 0.161 18 D 0.072 0.010 0.195 0.275 0.288 0.159 19 K 0.085 0.017 0.146 0.302 0.229 0.220 20 T 0.096 0.017 0.118 0.183 0.257 0.328 21 H 0.055 0.012 0.283 0.207 0.348 0.095 22 A 0.061 0.006 0.236 0.146 0.457 0.095 23 E 0.074 0.002 0.251 0.073 0.493 0.107 24 E 0.574 0.024 0.061 0.049 0.188 0.105 25 I 0.842 0.007 0.008 0.013 0.043 0.087 26 D 0.927 0.002 0.004 0.005 0.019 0.042 27 V 0.958 0.001 0.003 0.006 0.008 0.023 28 L 0.952 0.001 0.002 0.006 0.010 0.028 29 A 0.957 0.001 0.002 0.004 0.013 0.023 30 W 0.857 0.006 0.006 0.012 0.035 0.083 31 S 0.640 0.007 0.013 0.019 0.120 0.201 32 W 0.469 0.009 0.038 0.024 0.223 0.238 33 G 0.324 0.015 0.051 0.013 0.286 0.311 34 M 0.458 0.026 0.055 0.021 0.249 0.192 35 S 0.419 0.032 0.034 0.017 0.244 0.254 36 Q 0.285 0.013 0.026 0.013 0.415 0.247 37 S 0.160 0.017 0.020 0.017 0.454 0.332 38 G 0.139 0.051 0.017 0.012 0.365 0.416 39 S 0.149 0.090 0.016 0.007 0.418 0.320 40 M 0.141 0.049 0.080 0.013 0.425 0.292 41 H 0.147 0.026 0.121 0.009 0.498 0.198 42 M 0.143 0.030 0.106 0.009 0.566 0.147 43 G 0.086 0.033 0.032 0.004 0.612 0.232 44 G 0.077 0.056 0.020 0.004 0.562 0.280 45 G 0.067 0.046 0.018 0.005 0.600 0.264 46 G 0.063 0.035 0.028 0.005 0.603 0.267 47 G 0.091 0.030 0.027 0.006 0.578 0.268 48 A 0.127 0.032 0.020 0.007 0.491 0.323 49 G 0.144 0.015 0.010 0.007 0.414 0.410 50 K 0.283 0.023 0.005 0.005 0.241 0.443 51 V 0.600 0.028 0.004 0.003 0.092 0.273 52 N 0.733 0.016 0.004 0.002 0.068 0.177 53 V 0.778 0.016 0.014 0.002 0.070 0.120 54 Q 0.667 0.004 0.019 0.001 0.148 0.160 55 D 0.762 0.003 0.020 0.002 0.101 0.112 56 L 0.909 0.005 0.004 0.001 0.030 0.051 57 S 0.960 0.002 0.001 0.001 0.012 0.025 58 F 0.958 0.003 0.001 0.003 0.010 0.026 59 T 0.915 0.004 0.002 0.008 0.021 0.050 60 K 0.828 0.004 0.003 0.016 0.053 0.096 61 Y 0.663 0.012 0.012 0.052 0.097 0.165 62 I 0.336 0.036 0.034 0.130 0.190 0.274 63 D 0.105 0.015 0.043 0.153 0.377 0.306 64 K 0.016 0.010 0.072 0.437 0.321 0.143 65 S 0.011 0.010 0.070 0.476 0.281 0.153 66 T 0.006 0.005 0.036 0.697 0.153 0.104 67 P 0.001 0.001 0.021 0.950 0.017 0.011 68 N 0.001 0.001 0.013 0.972 0.008 0.006 69 L 0.001 0.001 0.005 0.989 0.003 0.002 70 M 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 71 M 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 72 A 0.001 0.001 0.006 0.987 0.005 0.001 73 C 0.002 0.001 0.006 0.968 0.020 0.003 74 S 0.004 0.003 0.014 0.765 0.211 0.004 75 S 0.002 0.001 0.010 0.474 0.495 0.019 76 G 0.002 0.001 0.007 0.043 0.859 0.088 77 K 0.077 0.044 0.009 0.009 0.649 0.213 78 H 0.353 0.077 0.012 0.009 0.140 0.410 79 Y 0.450 0.038 0.046 0.003 0.305 0.157 80 P 0.305 0.004 0.131 0.002 0.408 0.150 81 Q 0.468 0.002 0.074 0.001 0.305 0.150 82 A 0.922 0.003 0.003 0.001 0.046 0.026 83 K 0.977 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 84 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 85 T 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 86 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 87 R 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 88 K 0.937 0.004 0.001 0.001 0.032 0.026 89 A 0.522 0.009 0.002 0.003 0.387 0.078 90 G 0.069 0.003 0.005 0.001 0.843 0.079 91 G 0.033 0.004 0.012 0.003 0.860 0.088 92 E 0.092 0.021 0.034 0.007 0.655 0.191 93 N 0.217 0.017 0.034 0.004 0.390 0.338 94 Q 0.369 0.020 0.133 0.009 0.204 0.266 95 V 0.636 0.006 0.071 0.004 0.116 0.167 96 E 0.834 0.002 0.021 0.001 0.054 0.088 97 Y 0.940 0.002 0.003 0.001 0.014 0.041 98 L 0.972 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 99 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 100 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 101 T 0.967 0.001 0.001 0.001 0.006 0.025 102 L 0.864 0.002 0.013 0.001 0.074 0.046 103 K 0.581 0.001 0.047 0.002 0.276 0.093 104 E 0.539 0.002 0.037 0.003 0.346 0.073 105 V 0.856 0.005 0.003 0.001 0.080 0.056 106 L 0.964 0.002 0.001 0.001 0.012 0.021 107 V 0.985 0.002 0.001 0.001 0.005 0.008 108 S 0.973 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 109 S 0.942 0.001 0.001 0.001 0.018 0.037 110 V 0.867 0.004 0.002 0.001 0.039 0.086 111 S 0.683 0.011 0.006 0.002 0.093 0.205 112 T 0.554 0.020 0.016 0.006 0.183 0.221 113 G 0.285 0.037 0.028 0.006 0.356 0.287 114 G 0.196 0.057 0.023 0.006 0.516 0.203 115 S 0.104 0.025 0.020 0.006 0.579 0.265 116 G 0.034 0.010 0.020 0.006 0.659 0.271 117 G 0.026 0.010 0.025 0.004 0.663 0.274 118 E 0.056 0.013 0.079 0.012 0.515 0.324 119 D 0.103 0.031 0.067 0.009 0.472 0.318 120 R 0.136 0.019 0.037 0.005 0.391 0.412 121 L 0.238 0.017 0.016 0.003 0.189 0.538 122 T 0.628 0.016 0.017 0.002 0.106 0.231 123 E 0.832 0.004 0.007 0.002 0.052 0.104 124 N 0.934 0.002 0.002 0.001 0.018 0.043 125 V 0.960 0.001 0.001 0.001 0.008 0.029 126 T 0.973 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 127 L 0.958 0.002 0.001 0.001 0.012 0.027 128 N 0.889 0.003 0.003 0.001 0.041 0.063 129 F 0.872 0.002 0.029 0.002 0.053 0.043 130 A 0.864 0.001 0.022 0.003 0.053 0.057 131 Q 0.943 0.001 0.007 0.003 0.023 0.024 132 V 0.958 0.002 0.001 0.003 0.010 0.027 133 Q 0.975 0.001 0.001 0.002 0.009 0.013 134 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 135 D 0.967 0.001 0.001 0.002 0.012 0.018 136 Y 0.947 0.003 0.001 0.001 0.017 0.032 137 Q 0.753 0.004 0.001 0.002 0.065 0.174 138 P 0.563 0.009 0.008 0.004 0.167 0.248 139 Q 0.442 0.025 0.020 0.008 0.243 0.263 140 K 0.348 0.033 0.033 0.013 0.348 0.224 141 A 0.209 0.024 0.043 0.015 0.504 0.205 142 D 0.151 0.013 0.043 0.012 0.558 0.223 143 G 0.116 0.017 0.047 0.009 0.611 0.200 144 A 0.100 0.029 0.126 0.012 0.601 0.132 145 K 0.139 0.028 0.176 0.015 0.512 0.130 146 D 0.136 0.013 0.115 0.030 0.568 0.137 147 G 0.151 0.017 0.026 0.015 0.517 0.274 148 G 0.257 0.018 0.008 0.006 0.272 0.439 149 P 0.480 0.027 0.014 0.007 0.154 0.318 150 V 0.640 0.025 0.028 0.014 0.099 0.194 151 K 0.685 0.016 0.038 0.015 0.088 0.158 152 Y 0.734 0.009 0.034 0.013 0.081 0.130 153 G 0.618 0.011 0.014 0.018 0.114 0.226 154 W 0.591 0.026 0.009 0.017 0.094 0.263 155 N 0.363 0.022 0.008 0.025 0.129 0.453 156 I 0.055 0.003 0.195 0.548 0.127 0.072 157 R 0.046 0.002 0.217 0.548 0.150 0.037 158 Q 0.044 0.003 0.226 0.534 0.167 0.025 159 N 0.087 0.009 0.070 0.430 0.238 0.165 160 V 0.122 0.015 0.049 0.399 0.168 0.248 161 Q 0.129 0.022 0.024 0.269 0.138 0.419 162 A 0.054 0.010 0.010 0.091 0.124 0.711