# TARGET T0257 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0257.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.1229 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.011 0.680 0.007 0.018 0.014 0.001 0.001 0.003 0.131 0.073 0.032 0.026 2 A 0.014 0.020 0.593 0.015 0.019 0.005 0.005 0.001 0.008 0.120 0.057 0.020 0.123 3 V 0.023 0.008 0.462 0.023 0.011 0.002 0.005 0.001 0.022 0.182 0.012 0.204 0.045 4 D 0.058 0.002 0.321 0.076 0.007 0.002 0.021 0.004 0.055 0.098 0.007 0.033 0.314 5 M 0.327 0.002 0.036 0.013 0.002 0.001 0.098 0.034 0.067 0.012 0.002 0.325 0.081 6 F 0.493 0.003 0.008 0.006 0.001 0.001 0.156 0.112 0.061 0.002 0.001 0.030 0.128 7 I 0.445 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.131 0.168 0.042 0.001 0.001 0.164 0.030 8 K 0.411 0.003 0.059 0.010 0.001 0.001 0.070 0.131 0.123 0.004 0.003 0.036 0.149 9 I 0.173 0.014 0.324 0.015 0.008 0.003 0.031 0.020 0.067 0.031 0.025 0.127 0.164 10 G 0.007 0.006 0.112 0.039 0.015 0.004 0.002 0.001 0.010 0.209 0.544 0.030 0.022 11 D 0.001 0.002 0.129 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.203 0.628 0.004 0.009 12 V 0.004 0.035 0.607 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.162 0.025 0.110 0.045 13 K 0.010 0.063 0.515 0.004 0.006 0.004 0.004 0.002 0.012 0.102 0.065 0.031 0.182 14 G 0.011 0.038 0.391 0.012 0.032 0.030 0.005 0.004 0.012 0.171 0.168 0.079 0.050 15 E 0.009 0.024 0.412 0.020 0.040 0.061 0.005 0.002 0.009 0.160 0.144 0.022 0.091 16 S 0.013 0.043 0.428 0.012 0.064 0.091 0.006 0.001 0.010 0.120 0.081 0.045 0.086 17 K 0.013 0.023 0.354 0.005 0.080 0.212 0.002 0.001 0.007 0.072 0.126 0.053 0.052 18 D 0.009 0.019 0.288 0.007 0.104 0.277 0.002 0.001 0.005 0.073 0.125 0.012 0.076 19 K 0.008 0.015 0.183 0.016 0.120 0.227 0.002 0.001 0.002 0.113 0.216 0.074 0.024 20 T 0.007 0.010 0.245 0.009 0.078 0.106 0.001 0.001 0.002 0.169 0.300 0.013 0.059 21 H 0.014 0.031 0.340 0.028 0.058 0.073 0.003 0.001 0.004 0.184 0.121 0.062 0.081 22 A 0.014 0.009 0.195 0.022 0.129 0.155 0.002 0.001 0.003 0.125 0.247 0.033 0.066 23 E 0.030 0.006 0.147 0.028 0.077 0.170 0.005 0.002 0.008 0.212 0.204 0.058 0.054 24 E 0.083 0.015 0.201 0.033 0.051 0.160 0.018 0.003 0.024 0.066 0.051 0.055 0.240 25 I 0.216 0.011 0.180 0.018 0.007 0.078 0.057 0.011 0.032 0.024 0.011 0.106 0.250 26 D 0.291 0.006 0.066 0.009 0.003 0.046 0.050 0.009 0.026 0.007 0.004 0.420 0.064 27 V 0.229 0.003 0.041 0.003 0.003 0.027 0.034 0.005 0.022 0.003 0.002 0.027 0.603 28 L 0.125 0.001 0.062 0.524 0.004 0.019 0.020 0.003 0.015 0.020 0.011 0.170 0.027 29 A 0.241 0.005 0.063 0.012 0.006 0.014 0.043 0.009 0.044 0.044 0.021 0.146 0.350 30 W 0.227 0.012 0.100 0.017 0.009 0.025 0.044 0.012 0.034 0.033 0.019 0.130 0.340 31 S 0.171 0.019 0.153 0.051 0.016 0.051 0.037 0.009 0.042 0.044 0.033 0.235 0.139 32 W 0.051 0.013 0.151 0.021 0.067 0.099 0.011 0.009 0.024 0.126 0.256 0.060 0.112 33 G 0.040 0.008 0.169 0.012 0.068 0.037 0.008 0.004 0.014 0.072 0.475 0.039 0.054 34 M 0.082 0.039 0.258 0.009 0.059 0.028 0.018 0.007 0.021 0.121 0.156 0.046 0.156 35 S 0.041 0.041 0.358 0.021 0.038 0.026 0.012 0.005 0.024 0.183 0.129 0.054 0.068 36 Q 0.005 0.020 0.383 0.006 0.012 0.008 0.002 0.001 0.014 0.410 0.031 0.082 0.027 37 S 0.004 0.028 0.452 0.015 0.029 0.014 0.002 0.001 0.005 0.162 0.195 0.010 0.082 38 G 0.006 0.072 0.337 0.017 0.024 0.015 0.002 0.002 0.008 0.279 0.154 0.048 0.036 39 S 0.003 0.050 0.558 0.008 0.022 0.012 0.001 0.001 0.010 0.198 0.055 0.030 0.053 40 M 0.004 0.033 0.249 0.008 0.118 0.058 0.001 0.001 0.005 0.150 0.324 0.011 0.038 41 H 0.020 0.055 0.189 0.004 0.134 0.071 0.003 0.003 0.007 0.128 0.316 0.037 0.034 42 M 0.016 0.083 0.217 0.005 0.104 0.043 0.002 0.001 0.004 0.144 0.307 0.019 0.055 43 G 0.011 0.045 0.293 0.005 0.041 0.020 0.002 0.001 0.003 0.155 0.362 0.022 0.040 44 G 0.007 0.022 0.293 0.007 0.024 0.009 0.001 0.001 0.002 0.338 0.241 0.031 0.024 45 G 0.006 0.034 0.197 0.003 0.028 0.009 0.001 0.001 0.001 0.428 0.249 0.019 0.025 46 G 0.008 0.048 0.189 0.005 0.053 0.013 0.001 0.001 0.002 0.311 0.312 0.025 0.034 47 G 0.014 0.043 0.238 0.014 0.071 0.012 0.002 0.001 0.002 0.189 0.347 0.021 0.047 48 A 0.019 0.029 0.302 0.024 0.061 0.013 0.003 0.001 0.003 0.139 0.343 0.021 0.044 49 G 0.076 0.024 0.201 0.014 0.043 0.009 0.006 0.001 0.005 0.214 0.235 0.102 0.071 50 K 0.195 0.035 0.213 0.011 0.020 0.005 0.012 0.002 0.013 0.092 0.048 0.138 0.217 51 V 0.102 0.031 0.225 0.017 0.006 0.002 0.019 0.002 0.019 0.044 0.012 0.249 0.272 52 N 0.082 0.023 0.246 0.139 0.005 0.001 0.023 0.001 0.015 0.033 0.027 0.108 0.297 53 V 0.109 0.021 0.192 0.025 0.016 0.002 0.023 0.002 0.018 0.047 0.052 0.155 0.339 54 Q 0.038 0.008 0.161 0.102 0.037 0.005 0.009 0.001 0.022 0.221 0.115 0.192 0.091 55 D 0.041 0.004 0.137 0.216 0.018 0.003 0.012 0.001 0.017 0.135 0.079 0.047 0.290 56 L 0.266 0.005 0.126 0.015 0.004 0.001 0.050 0.005 0.019 0.023 0.014 0.200 0.272 57 S 0.472 0.010 0.022 0.002 0.001 0.001 0.101 0.007 0.020 0.005 0.001 0.219 0.138 58 F 0.287 0.002 0.056 0.015 0.002 0.004 0.081 0.006 0.034 0.005 0.002 0.142 0.365 59 T 0.195 0.001 0.103 0.392 0.001 0.002 0.054 0.002 0.021 0.012 0.003 0.038 0.177 60 K 0.141 0.003 0.048 0.006 0.001 0.002 0.029 0.001 0.027 0.032 0.002 0.612 0.096 61 Y 0.061 0.012 0.097 0.002 0.002 0.007 0.025 0.001 0.023 0.010 0.003 0.018 0.739 62 I 0.052 0.058 0.356 0.038 0.007 0.032 0.027 0.006 0.039 0.024 0.014 0.277 0.070 63 D 0.006 0.010 0.652 0.003 0.008 0.028 0.001 0.001 0.007 0.100 0.027 0.021 0.136 64 K 0.001 0.001 0.144 0.001 0.090 0.127 0.001 0.001 0.001 0.099 0.526 0.003 0.007 65 S 0.001 0.014 0.143 0.001 0.068 0.143 0.001 0.001 0.002 0.214 0.404 0.005 0.007 66 T 0.001 0.007 0.362 0.001 0.024 0.231 0.001 0.001 0.001 0.328 0.043 0.002 0.003 67 P 0.001 0.001 0.011 0.001 0.010 0.956 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.001 0.001 68 N 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 69 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 70 M 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 71 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 72 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.941 0.001 0.001 0.001 0.003 0.040 0.001 0.001 73 C 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 0.931 0.001 0.001 0.001 0.003 0.049 0.001 0.001 74 S 0.001 0.014 0.044 0.001 0.017 0.708 0.001 0.001 0.001 0.018 0.195 0.001 0.001 75 S 0.001 0.001 0.014 0.001 0.012 0.108 0.001 0.001 0.001 0.016 0.849 0.001 0.001 76 G 0.001 0.001 0.041 0.001 0.016 0.008 0.001 0.001 0.001 0.085 0.847 0.001 0.001 77 K 0.001 0.023 0.518 0.001 0.035 0.012 0.001 0.001 0.003 0.273 0.099 0.008 0.026 78 H 0.002 0.101 0.409 0.010 0.037 0.009 0.001 0.001 0.006 0.193 0.164 0.010 0.058 79 Y 0.001 0.010 0.736 0.019 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.154 0.045 0.014 0.008 80 P 0.001 0.007 0.302 0.032 0.054 0.003 0.001 0.001 0.001 0.278 0.306 0.008 0.008 81 Q 0.032 0.005 0.210 0.041 0.059 0.002 0.007 0.002 0.013 0.124 0.292 0.041 0.172 82 A 0.327 0.004 0.163 0.018 0.003 0.001 0.040 0.002 0.022 0.021 0.003 0.228 0.169 83 K 0.522 0.002 0.011 0.003 0.001 0.001 0.062 0.003 0.015 0.002 0.001 0.170 0.210 84 L 0.763 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.043 0.002 0.003 0.001 0.001 0.078 0.099 85 T 0.801 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.125 0.037 86 I 0.708 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.032 0.001 0.003 0.001 0.001 0.036 0.213 87 R 0.720 0.001 0.011 0.009 0.001 0.001 0.021 0.001 0.007 0.002 0.002 0.174 0.054 88 K 0.417 0.007 0.033 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.011 0.011 0.009 0.034 0.451 89 A 0.095 0.020 0.117 0.012 0.004 0.001 0.011 0.001 0.006 0.085 0.266 0.240 0.142 90 G 0.002 0.002 0.072 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.164 0.713 0.018 0.022 91 G 0.001 0.001 0.048 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.393 0.537 0.008 0.007 92 E 0.010 0.005 0.134 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.320 0.396 0.057 0.062 93 N 0.063 0.027 0.214 0.004 0.013 0.001 0.004 0.001 0.001 0.131 0.075 0.181 0.287 94 Q 0.112 0.024 0.146 0.024 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 0.018 0.008 0.073 0.578 95 V 0.249 0.006 0.075 0.085 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 0.011 0.003 0.336 0.213 96 E 0.319 0.002 0.037 0.016 0.001 0.001 0.016 0.001 0.002 0.012 0.002 0.321 0.271 97 Y 0.405 0.001 0.020 0.027 0.001 0.001 0.022 0.001 0.002 0.005 0.001 0.078 0.440 98 L 0.658 0.001 0.007 0.007 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.244 0.064 99 I 0.763 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.161 100 I 0.671 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.040 0.001 0.002 0.001 0.001 0.212 0.063 101 T 0.618 0.001 0.023 0.017 0.001 0.001 0.065 0.003 0.008 0.003 0.002 0.068 0.192 102 L 0.352 0.003 0.090 0.014 0.005 0.001 0.049 0.003 0.015 0.010 0.015 0.166 0.278 103 K 0.063 0.002 0.054 0.423 0.018 0.001 0.008 0.001 0.006 0.083 0.219 0.077 0.045 104 E 0.020 0.001 0.065 0.250 0.024 0.001 0.004 0.001 0.013 0.240 0.293 0.036 0.052 105 V 0.129 0.006 0.200 0.015 0.005 0.001 0.062 0.029 0.068 0.035 0.006 0.098 0.346 106 L 0.189 0.009 0.020 0.002 0.001 0.001 0.218 0.089 0.148 0.003 0.001 0.275 0.045 107 V 0.122 0.004 0.042 0.006 0.001 0.001 0.207 0.096 0.141 0.001 0.001 0.022 0.359 108 S 0.043 0.001 0.049 0.712 0.001 0.001 0.050 0.023 0.045 0.007 0.002 0.051 0.016 109 S 0.133 0.002 0.132 0.053 0.003 0.001 0.063 0.018 0.141 0.099 0.008 0.188 0.159 110 V 0.106 0.007 0.127 0.007 0.002 0.001 0.043 0.007 0.074 0.022 0.002 0.070 0.533 111 S 0.059 0.009 0.178 0.026 0.003 0.001 0.028 0.011 0.127 0.020 0.006 0.464 0.067 112 T 0.044 0.020 0.329 0.014 0.006 0.002 0.023 0.011 0.100 0.044 0.025 0.042 0.341 113 G 0.019 0.022 0.567 0.015 0.010 0.002 0.008 0.003 0.030 0.117 0.075 0.056 0.076 114 G 0.005 0.033 0.444 0.005 0.011 0.003 0.002 0.001 0.010 0.316 0.084 0.031 0.056 115 S 0.001 0.018 0.432 0.002 0.013 0.003 0.001 0.001 0.002 0.286 0.208 0.009 0.023 116 G 0.001 0.008 0.172 0.001 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 0.293 0.477 0.007 0.007 117 G 0.001 0.009 0.154 0.003 0.041 0.005 0.001 0.001 0.001 0.316 0.448 0.011 0.011 118 E 0.001 0.013 0.193 0.006 0.075 0.006 0.001 0.001 0.001 0.265 0.400 0.009 0.031 119 D 0.013 0.023 0.305 0.024 0.045 0.005 0.001 0.001 0.001 0.256 0.198 0.043 0.085 120 R 0.028 0.064 0.350 0.013 0.015 0.004 0.003 0.001 0.002 0.121 0.026 0.200 0.174 121 L 0.045 0.027 0.282 0.029 0.010 0.005 0.005 0.001 0.003 0.040 0.028 0.080 0.445 122 T 0.218 0.009 0.148 0.093 0.007 0.002 0.013 0.001 0.003 0.024 0.030 0.197 0.256 123 E 0.275 0.004 0.037 0.006 0.002 0.001 0.012 0.001 0.002 0.019 0.007 0.444 0.191 124 N 0.335 0.001 0.034 0.015 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.008 0.003 0.069 0.522 125 V 0.502 0.001 0.013 0.005 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.004 0.001 0.379 0.082 126 T 0.399 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.078 0.500 127 L 0.506 0.001 0.024 0.011 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.004 0.002 0.259 0.178 128 N 0.422 0.002 0.035 0.005 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.009 0.006 0.226 0.280 129 F 0.262 0.002 0.032 0.011 0.019 0.003 0.009 0.001 0.001 0.016 0.034 0.105 0.506 130 A 0.162 0.001 0.040 0.444 0.018 0.002 0.007 0.001 0.001 0.046 0.053 0.149 0.078 131 Q 0.347 0.002 0.028 0.021 0.015 0.002 0.019 0.001 0.003 0.029 0.023 0.184 0.327 132 V 0.484 0.003 0.022 0.004 0.001 0.001 0.034 0.001 0.003 0.005 0.001 0.097 0.345 133 Q 0.496 0.003 0.025 0.013 0.001 0.001 0.052 0.001 0.007 0.003 0.001 0.255 0.142 134 V 0.368 0.002 0.031 0.023 0.001 0.001 0.061 0.002 0.013 0.005 0.002 0.075 0.416 135 D 0.269 0.001 0.065 0.046 0.001 0.001 0.038 0.001 0.017 0.017 0.009 0.409 0.126 136 Y 0.151 0.009 0.090 0.008 0.001 0.001 0.021 0.001 0.016 0.025 0.004 0.051 0.623 137 Q 0.018 0.008 0.239 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.033 0.041 0.004 0.583 0.059 138 P 0.012 0.023 0.315 0.008 0.008 0.004 0.004 0.001 0.022 0.054 0.034 0.016 0.500 139 Q 0.023 0.069 0.332 0.048 0.036 0.012 0.007 0.002 0.011 0.112 0.138 0.152 0.058 140 K 0.009 0.027 0.439 0.005 0.047 0.009 0.002 0.001 0.007 0.177 0.133 0.049 0.096 141 A 0.004 0.022 0.364 0.004 0.060 0.012 0.001 0.001 0.002 0.185 0.273 0.014 0.059 142 D 0.004 0.020 0.250 0.006 0.047 0.015 0.001 0.001 0.001 0.181 0.418 0.037 0.020 143 G 0.003 0.032 0.244 0.004 0.034 0.010 0.001 0.001 0.001 0.368 0.256 0.016 0.031 144 A 0.005 0.025 0.482 0.003 0.032 0.012 0.001 0.001 0.002 0.229 0.135 0.032 0.043 145 K 0.009 0.043 0.196 0.005 0.075 0.015 0.002 0.001 0.002 0.192 0.386 0.025 0.050 146 D 0.006 0.019 0.232 0.007 0.062 0.017 0.001 0.001 0.002 0.184 0.416 0.026 0.028 147 G 0.005 0.024 0.339 0.017 0.029 0.010 0.001 0.001 0.002 0.305 0.220 0.012 0.034 148 G 0.003 0.019 0.508 0.004 0.006 0.005 0.001 0.001 0.008 0.315 0.039 0.072 0.020 149 P 0.004 0.043 0.642 0.007 0.006 0.005 0.002 0.001 0.014 0.087 0.018 0.011 0.160 150 V 0.013 0.052 0.594 0.035 0.010 0.005 0.007 0.001 0.036 0.050 0.012 0.128 0.055 151 K 0.023 0.041 0.401 0.013 0.015 0.014 0.015 0.004 0.099 0.053 0.018 0.089 0.214 152 Y 0.042 0.030 0.227 0.025 0.033 0.036 0.031 0.011 0.118 0.079 0.115 0.093 0.162 153 G 0.032 0.032 0.277 0.028 0.023 0.029 0.022 0.009 0.081 0.112 0.150 0.097 0.108 154 W 0.035 0.037 0.371 0.007 0.006 0.015 0.013 0.005 0.032 0.155 0.036 0.127 0.159 155 N 0.016 0.031 0.517 0.004 0.004 0.019 0.003 0.002 0.033 0.094 0.018 0.072 0.188 156 I 0.007 0.007 0.069 0.003 0.127 0.559 0.001 0.001 0.003 0.043 0.149 0.008 0.024 157 R 0.011 0.004 0.043 0.005 0.213 0.467 0.002 0.001 0.003 0.037 0.183 0.020 0.012 158 Q 0.004 0.004 0.083 0.006 0.271 0.349 0.001 0.001 0.002 0.069 0.184 0.006 0.021 159 N 0.008 0.017 0.277 0.013 0.117 0.224 0.001 0.001 0.002 0.076 0.222 0.008 0.035 160 V 0.006 0.047 0.435 0.005 0.053 0.127 0.002 0.001 0.004 0.116 0.129 0.054 0.022 161 Q 0.002 0.028 0.674 0.001 0.016 0.048 0.001 0.001 0.003 0.079 0.064 0.007 0.078 162 A 0.001 0.005 0.944 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.030 0.005 0.004 0.003