# TARGET T0257 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0257.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.1229 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.188 0.104 0.075 0.125 0.085 0.081 0.095 0.071 0.073 0.056 0.046 2 A 0.124 0.074 0.046 0.092 0.096 0.107 0.155 0.101 0.091 0.069 0.045 3 V 0.046 0.046 0.029 0.092 0.097 0.108 0.174 0.137 0.126 0.091 0.054 4 D 0.054 0.069 0.055 0.166 0.166 0.158 0.118 0.079 0.063 0.044 0.027 5 M 0.008 0.010 0.015 0.037 0.042 0.055 0.133 0.165 0.203 0.190 0.142 6 F 0.007 0.012 0.020 0.095 0.121 0.142 0.195 0.161 0.119 0.077 0.051 7 I 0.001 0.001 0.004 0.007 0.011 0.020 0.069 0.132 0.255 0.282 0.218 8 K 0.010 0.060 0.080 0.318 0.275 0.135 0.079 0.026 0.012 0.004 0.002 9 I 0.001 0.002 0.003 0.006 0.010 0.017 0.074 0.141 0.265 0.245 0.237 10 G 0.203 0.205 0.106 0.263 0.137 0.055 0.025 0.005 0.002 0.001 0.001 11 D 0.317 0.328 0.067 0.180 0.066 0.025 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.036 0.086 0.197 0.274 0.391 13 K 0.188 0.589 0.076 0.111 0.027 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 G 0.066 0.064 0.021 0.092 0.119 0.145 0.193 0.133 0.093 0.052 0.020 15 E 0.370 0.188 0.048 0.125 0.082 0.064 0.056 0.025 0.019 0.012 0.010 16 S 0.125 0.164 0.102 0.169 0.156 0.099 0.109 0.040 0.023 0.009 0.004 17 K 0.210 0.199 0.083 0.193 0.113 0.083 0.061 0.026 0.015 0.010 0.006 18 D 0.025 0.054 0.056 0.111 0.134 0.173 0.230 0.100 0.063 0.035 0.019 19 K 0.399 0.115 0.226 0.166 0.053 0.021 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 20 T 0.188 0.185 0.280 0.224 0.083 0.028 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 21 H 0.005 0.010 0.024 0.030 0.037 0.107 0.311 0.216 0.146 0.080 0.033 22 A 0.011 0.031 0.120 0.243 0.296 0.181 0.086 0.021 0.008 0.003 0.001 23 E 0.048 0.070 0.670 0.116 0.046 0.026 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 24 E 0.002 0.011 0.070 0.209 0.241 0.233 0.148 0.050 0.021 0.010 0.003 25 I 0.003 0.002 0.011 0.004 0.004 0.010 0.085 0.168 0.279 0.277 0.156 26 D 0.004 0.018 0.109 0.395 0.302 0.124 0.035 0.009 0.003 0.001 0.001 27 V 0.001 0.007 0.092 0.017 0.018 0.031 0.101 0.128 0.221 0.238 0.145 28 L 0.004 0.010 0.024 0.114 0.160 0.160 0.238 0.151 0.089 0.034 0.015 29 A 0.022 0.039 0.031 0.042 0.047 0.079 0.256 0.183 0.151 0.102 0.049 30 W 0.015 0.027 0.057 0.119 0.112 0.092 0.119 0.128 0.141 0.117 0.072 31 S 0.067 0.110 0.073 0.142 0.134 0.130 0.144 0.085 0.062 0.033 0.020 32 W 0.037 0.041 0.025 0.077 0.088 0.111 0.169 0.158 0.138 0.106 0.050 33 G 0.119 0.115 0.058 0.142 0.122 0.109 0.121 0.084 0.066 0.041 0.023 34 M 0.020 0.017 0.011 0.025 0.027 0.037 0.100 0.132 0.193 0.221 0.217 35 S 0.037 0.048 0.038 0.104 0.098 0.103 0.142 0.121 0.117 0.099 0.093 36 Q 0.017 0.029 0.023 0.085 0.108 0.140 0.173 0.138 0.121 0.095 0.071 37 S 0.089 0.093 0.063 0.132 0.114 0.099 0.131 0.098 0.077 0.060 0.043 38 G 0.156 0.056 0.042 0.092 0.098 0.097 0.133 0.095 0.095 0.082 0.055 39 S 0.111 0.082 0.031 0.101 0.084 0.080 0.121 0.095 0.096 0.097 0.102 40 M 0.052 0.041 0.029 0.074 0.074 0.087 0.133 0.125 0.143 0.132 0.110 41 H 0.100 0.059 0.034 0.084 0.081 0.100 0.142 0.103 0.106 0.090 0.102 42 M 0.039 0.031 0.020 0.043 0.038 0.047 0.085 0.114 0.171 0.198 0.213 43 G 0.060 0.042 0.016 0.055 0.068 0.081 0.118 0.122 0.144 0.137 0.157 44 G 0.120 0.089 0.049 0.096 0.074 0.066 0.096 0.089 0.108 0.106 0.107 45 G 0.163 0.079 0.040 0.116 0.119 0.122 0.125 0.076 0.064 0.051 0.044 46 G 0.082 0.076 0.051 0.158 0.131 0.113 0.111 0.084 0.077 0.063 0.052 47 G 0.124 0.104 0.045 0.110 0.106 0.108 0.123 0.077 0.078 0.065 0.060 48 A 0.067 0.031 0.020 0.051 0.047 0.055 0.098 0.115 0.167 0.169 0.179 49 G 0.097 0.086 0.029 0.102 0.120 0.137 0.151 0.091 0.075 0.059 0.052 50 K 0.117 0.177 0.105 0.274 0.150 0.081 0.046 0.020 0.013 0.008 0.008 51 V 0.013 0.007 0.005 0.017 0.029 0.050 0.107 0.124 0.194 0.232 0.222 52 N 0.096 0.213 0.102 0.300 0.163 0.069 0.037 0.011 0.006 0.002 0.002 53 V 0.007 0.005 0.004 0.012 0.018 0.027 0.079 0.127 0.206 0.234 0.282 54 Q 0.103 0.142 0.093 0.283 0.169 0.106 0.069 0.020 0.008 0.004 0.002 55 D 0.053 0.192 0.080 0.343 0.188 0.089 0.041 0.009 0.003 0.001 0.001 56 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.030 0.079 0.193 0.290 0.397 57 S 0.028 0.117 0.076 0.394 0.244 0.093 0.037 0.007 0.003 0.001 0.001 58 F 0.001 0.002 0.002 0.006 0.007 0.013 0.075 0.154 0.281 0.272 0.187 59 T 0.011 0.050 0.033 0.331 0.287 0.171 0.074 0.024 0.011 0.005 0.003 60 K 0.015 0.021 0.010 0.040 0.058 0.076 0.173 0.191 0.213 0.140 0.064 61 Y 0.036 0.050 0.031 0.229 0.226 0.170 0.144 0.061 0.035 0.013 0.005 62 I 0.017 0.027 0.020 0.046 0.046 0.059 0.159 0.174 0.210 0.159 0.083 63 D 0.038 0.060 0.034 0.189 0.177 0.155 0.143 0.094 0.064 0.033 0.013 64 K 0.137 0.133 0.088 0.176 0.138 0.121 0.108 0.052 0.029 0.013 0.005 65 S 0.020 0.036 0.023 0.056 0.057 0.068 0.133 0.167 0.203 0.156 0.081 66 T 0.008 0.041 0.019 0.072 0.087 0.105 0.198 0.179 0.154 0.090 0.047 67 P 0.096 0.075 0.060 0.148 0.142 0.123 0.122 0.081 0.072 0.051 0.029 68 N 0.040 0.057 0.071 0.180 0.197 0.179 0.166 0.062 0.030 0.012 0.005 69 L 0.001 0.002 0.009 0.014 0.011 0.014 0.061 0.128 0.255 0.288 0.217 70 M 0.001 0.002 0.010 0.021 0.031 0.062 0.176 0.168 0.206 0.185 0.139 71 M 0.005 0.017 0.221 0.220 0.166 0.134 0.112 0.059 0.038 0.018 0.008 72 A 0.001 0.004 0.022 0.034 0.071 0.164 0.310 0.193 0.117 0.061 0.023 73 C 0.001 0.001 0.003 0.006 0.007 0.012 0.058 0.120 0.237 0.303 0.253 74 S 0.003 0.008 0.018 0.038 0.076 0.127 0.252 0.173 0.155 0.089 0.061 75 S 0.072 0.194 0.221 0.270 0.126 0.062 0.035 0.011 0.006 0.002 0.001 76 G 0.389 0.105 0.056 0.122 0.092 0.078 0.076 0.036 0.023 0.014 0.008 77 K 0.191 0.208 0.072 0.190 0.114 0.079 0.074 0.035 0.020 0.010 0.006 78 H 0.064 0.216 0.062 0.237 0.195 0.120 0.071 0.020 0.010 0.003 0.002 79 Y 0.002 0.003 0.003 0.012 0.023 0.043 0.108 0.162 0.236 0.198 0.209 80 P 0.445 0.184 0.064 0.180 0.073 0.031 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 81 Q 0.065 0.159 0.083 0.421 0.184 0.064 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.033 0.109 0.237 0.322 0.293 83 K 0.004 0.038 0.045 0.457 0.302 0.128 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 84 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.079 0.280 0.343 0.273 85 T 0.004 0.030 0.023 0.446 0.320 0.128 0.040 0.007 0.002 0.001 0.001 86 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.042 0.102 0.273 0.326 0.244 87 R 0.004 0.029 0.030 0.366 0.310 0.162 0.071 0.018 0.008 0.002 0.001 88 K 0.007 0.021 0.010 0.070 0.100 0.132 0.257 0.184 0.137 0.065 0.018 89 A 0.024 0.052 0.042 0.217 0.191 0.137 0.144 0.093 0.061 0.030 0.010 90 G 0.296 0.316 0.051 0.138 0.080 0.051 0.039 0.016 0.009 0.004 0.001 91 G 0.614 0.192 0.031 0.084 0.035 0.020 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 92 E 0.600 0.222 0.034 0.073 0.032 0.018 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 93 N 0.286 0.331 0.079 0.158 0.075 0.037 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 94 Q 0.093 0.094 0.041 0.177 0.167 0.143 0.145 0.076 0.042 0.017 0.005 95 V 0.033 0.058 0.070 0.203 0.239 0.185 0.119 0.049 0.028 0.012 0.004 96 E 0.037 0.061 0.129 0.295 0.202 0.125 0.104 0.031 0.011 0.003 0.001 97 Y 0.001 0.003 0.014 0.070 0.107 0.180 0.220 0.179 0.119 0.078 0.028 98 L 0.001 0.002 0.006 0.011 0.017 0.031 0.150 0.233 0.240 0.205 0.103 99 I 0.003 0.028 0.093 0.476 0.253 0.098 0.033 0.010 0.004 0.001 0.001 100 I 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.007 0.044 0.094 0.263 0.325 0.257 101 T 0.013 0.072 0.088 0.491 0.237 0.067 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 102 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.042 0.094 0.243 0.295 0.310 103 K 0.020 0.072 0.103 0.438 0.251 0.085 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 104 E 0.133 0.367 0.083 0.264 0.096 0.040 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 105 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.012 0.043 0.121 0.255 0.302 0.252 106 L 0.016 0.096 0.034 0.266 0.272 0.188 0.093 0.022 0.009 0.003 0.002 107 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.027 0.086 0.221 0.278 0.373 108 S 0.005 0.013 0.010 0.080 0.142 0.214 0.266 0.133 0.079 0.036 0.023 109 S 0.045 0.123 0.039 0.200 0.173 0.114 0.122 0.079 0.054 0.031 0.019 110 V 0.002 0.003 0.002 0.014 0.019 0.034 0.084 0.115 0.199 0.251 0.277 111 S 0.075 0.156 0.092 0.271 0.183 0.094 0.070 0.028 0.016 0.008 0.006 112 T 0.060 0.064 0.025 0.091 0.095 0.106 0.186 0.131 0.105 0.088 0.049 113 G 0.134 0.152 0.058 0.189 0.133 0.095 0.094 0.051 0.043 0.030 0.021 114 G 0.135 0.062 0.021 0.070 0.082 0.091 0.143 0.104 0.115 0.099 0.078 115 S 0.256 0.231 0.071 0.150 0.085 0.057 0.057 0.032 0.027 0.019 0.014 116 G 0.327 0.180 0.055 0.147 0.102 0.076 0.056 0.024 0.018 0.011 0.006 117 G 0.498 0.182 0.052 0.099 0.059 0.042 0.030 0.015 0.011 0.008 0.005 118 E 0.374 0.165 0.072 0.141 0.091 0.051 0.048 0.025 0.018 0.010 0.005 119 D 0.254 0.148 0.072 0.166 0.117 0.092 0.079 0.033 0.021 0.011 0.006 120 R 0.089 0.198 0.093 0.211 0.172 0.107 0.071 0.029 0.017 0.008 0.004 121 L 0.075 0.053 0.031 0.106 0.113 0.123 0.168 0.126 0.096 0.067 0.041 122 T 0.068 0.081 0.067 0.170 0.206 0.158 0.129 0.057 0.039 0.017 0.007 123 E 0.076 0.046 0.072 0.124 0.110 0.121 0.205 0.119 0.069 0.038 0.021 124 N 0.045 0.063 0.121 0.301 0.212 0.137 0.070 0.028 0.013 0.007 0.003 125 V 0.009 0.010 0.035 0.023 0.020 0.030 0.115 0.165 0.218 0.227 0.149 126 T 0.029 0.103 0.194 0.414 0.177 0.056 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 127 L 0.006 0.007 0.021 0.011 0.015 0.029 0.121 0.145 0.248 0.223 0.173 128 N 0.033 0.123 0.210 0.410 0.158 0.044 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 129 F 0.003 0.005 0.006 0.010 0.014 0.027 0.131 0.144 0.247 0.228 0.186 130 A 0.054 0.068 0.110 0.294 0.209 0.136 0.084 0.026 0.012 0.005 0.002 131 Q 0.045 0.177 0.125 0.337 0.185 0.085 0.034 0.008 0.003 0.001 0.001 132 V 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.014 0.061 0.126 0.246 0.285 0.251 133 Q 0.016 0.094 0.104 0.454 0.245 0.065 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 134 V 0.004 0.010 0.012 0.027 0.048 0.068 0.188 0.198 0.223 0.150 0.072 135 D 0.085 0.215 0.132 0.372 0.138 0.041 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 136 Y 0.003 0.004 0.003 0.009 0.019 0.039 0.143 0.156 0.245 0.232 0.147 137 Q 0.062 0.202 0.106 0.308 0.170 0.078 0.043 0.016 0.009 0.004 0.002 138 P 0.133 0.155 0.058 0.162 0.149 0.113 0.115 0.052 0.034 0.019 0.010 139 Q 0.067 0.090 0.048 0.141 0.124 0.122 0.145 0.094 0.071 0.057 0.040 140 K 0.198 0.209 0.072 0.224 0.140 0.073 0.047 0.019 0.010 0.005 0.003 141 A 0.195 0.096 0.066 0.131 0.111 0.119 0.114 0.060 0.047 0.036 0.025 142 D 0.221 0.255 0.087 0.166 0.102 0.054 0.051 0.026 0.018 0.013 0.007 143 G 0.294 0.139 0.054 0.101 0.081 0.071 0.089 0.051 0.047 0.041 0.032 144 A 0.146 0.153 0.063 0.178 0.123 0.086 0.094 0.053 0.043 0.034 0.026 145 K 0.232 0.161 0.091 0.175 0.114 0.081 0.065 0.030 0.024 0.015 0.010 146 D 0.274 0.135 0.071 0.173 0.107 0.081 0.070 0.035 0.027 0.017 0.011 147 G 0.298 0.149 0.062 0.122 0.090 0.075 0.075 0.045 0.039 0.028 0.019 148 G 0.185 0.139 0.045 0.112 0.104 0.103 0.113 0.071 0.062 0.042 0.025 149 P 0.219 0.173 0.058 0.145 0.106 0.077 0.078 0.048 0.043 0.030 0.022 150 V 0.043 0.031 0.023 0.079 0.096 0.111 0.169 0.139 0.128 0.102 0.079 151 K 0.041 0.076 0.061 0.188 0.198 0.152 0.123 0.070 0.048 0.027 0.015 152 Y 0.012 0.023 0.026 0.076 0.096 0.123 0.189 0.172 0.144 0.093 0.046 153 G 0.112 0.065 0.063 0.141 0.124 0.123 0.145 0.090 0.066 0.043 0.027 154 W 0.005 0.009 0.013 0.025 0.036 0.056 0.144 0.173 0.212 0.195 0.134 155 N 0.035 0.125 0.078 0.179 0.136 0.107 0.120 0.074 0.064 0.047 0.034 156 I 0.012 0.010 0.010 0.022 0.033 0.050 0.127 0.148 0.215 0.202 0.171 157 R 0.191 0.118 0.117 0.176 0.136 0.090 0.088 0.038 0.026 0.013 0.007 158 Q 0.113 0.144 0.133 0.219 0.138 0.092 0.078 0.036 0.026 0.013 0.008 159 N 0.043 0.033 0.035 0.055 0.058 0.089 0.159 0.143 0.154 0.136 0.094 160 V 0.153 0.111 0.127 0.145 0.110 0.104 0.111 0.061 0.040 0.025 0.014 161 Q 0.200 0.198 0.229 0.164 0.091 0.049 0.037 0.015 0.009 0.005 0.002 162 A 0.145 0.059 0.049 0.071 0.069 0.081 0.128 0.103 0.112 0.102 0.082