# TARGET T0257 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0257.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.1229 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.005 0.006 0.035 0.015 0.016 0.900 2 A 0.090 0.037 0.017 0.033 0.022 0.036 0.765 3 V 0.155 0.016 0.063 0.022 0.214 0.118 0.413 4 D 0.309 0.005 0.094 0.015 0.154 0.072 0.350 5 M 0.685 0.007 0.054 0.017 0.037 0.025 0.174 6 F 0.897 0.016 0.007 0.011 0.015 0.009 0.045 7 I 0.940 0.008 0.001 0.004 0.003 0.004 0.039 8 K 0.895 0.019 0.001 0.003 0.003 0.005 0.073 9 I 0.686 0.014 0.008 0.008 0.022 0.072 0.191 10 G 0.142 0.003 0.017 0.003 0.173 0.574 0.088 11 D 0.162 0.005 0.027 0.004 0.227 0.426 0.149 12 V 0.384 0.078 0.009 0.008 0.149 0.041 0.331 13 K 0.273 0.032 0.011 0.011 0.088 0.070 0.515 14 G 0.171 0.011 0.036 0.034 0.224 0.150 0.375 15 E 0.258 0.021 0.046 0.095 0.124 0.136 0.321 16 S 0.236 0.051 0.086 0.151 0.129 0.103 0.244 17 K 0.169 0.011 0.098 0.218 0.120 0.123 0.261 18 D 0.180 0.013 0.099 0.285 0.131 0.148 0.144 19 K 0.097 0.011 0.146 0.226 0.123 0.289 0.109 20 T 0.136 0.014 0.087 0.151 0.155 0.318 0.140 21 H 0.293 0.045 0.081 0.060 0.152 0.078 0.291 22 A 0.117 0.016 0.324 0.098 0.077 0.285 0.083 23 E 0.149 0.003 0.264 0.058 0.132 0.321 0.073 24 E 0.498 0.024 0.145 0.039 0.048 0.059 0.187 25 I 0.801 0.008 0.012 0.013 0.026 0.016 0.123 26 D 0.950 0.004 0.002 0.007 0.005 0.003 0.028 27 V 0.976 0.003 0.001 0.002 0.002 0.003 0.013 28 L 0.958 0.002 0.001 0.003 0.005 0.004 0.028 29 A 0.908 0.002 0.002 0.005 0.018 0.009 0.056 30 W 0.821 0.004 0.005 0.009 0.041 0.022 0.098 31 S 0.745 0.005 0.006 0.019 0.052 0.046 0.127 32 W 0.636 0.016 0.014 0.028 0.056 0.086 0.162 33 G 0.586 0.015 0.010 0.020 0.057 0.116 0.195 34 M 0.495 0.011 0.013 0.014 0.098 0.108 0.262 35 S 0.589 0.028 0.014 0.020 0.078 0.092 0.178 36 Q 0.491 0.028 0.008 0.013 0.242 0.043 0.175 37 S 0.317 0.014 0.011 0.010 0.148 0.144 0.355 38 G 0.192 0.034 0.011 0.010 0.298 0.126 0.330 39 S 0.217 0.034 0.012 0.012 0.176 0.074 0.474 40 M 0.179 0.044 0.050 0.029 0.177 0.180 0.341 41 H 0.192 0.053 0.066 0.028 0.195 0.190 0.277 42 M 0.181 0.063 0.069 0.026 0.209 0.182 0.270 43 G 0.130 0.040 0.047 0.016 0.219 0.198 0.349 44 G 0.114 0.069 0.039 0.009 0.280 0.207 0.282 45 G 0.078 0.038 0.041 0.007 0.306 0.223 0.307 46 G 0.052 0.014 0.060 0.010 0.283 0.255 0.328 47 G 0.086 0.027 0.084 0.006 0.222 0.246 0.330 48 A 0.186 0.053 0.062 0.003 0.174 0.169 0.352 49 G 0.256 0.016 0.033 0.002 0.316 0.112 0.265 50 K 0.579 0.019 0.014 0.002 0.116 0.017 0.253 51 V 0.751 0.008 0.004 0.002 0.027 0.006 0.202 52 N 0.909 0.018 0.002 0.001 0.009 0.005 0.056 53 V 0.846 0.011 0.003 0.001 0.008 0.007 0.125 54 Q 0.496 0.004 0.008 0.001 0.160 0.094 0.237 55 D 0.440 0.002 0.012 0.002 0.166 0.090 0.288 56 L 0.528 0.005 0.003 0.003 0.040 0.011 0.409 57 S 0.901 0.006 0.002 0.003 0.011 0.007 0.069 58 F 0.906 0.006 0.001 0.003 0.004 0.001 0.078 59 T 0.872 0.003 0.001 0.005 0.016 0.003 0.100 60 K 0.748 0.003 0.008 0.039 0.083 0.018 0.100 61 Y 0.482 0.010 0.013 0.089 0.081 0.026 0.299 62 I 0.317 0.016 0.041 0.096 0.094 0.038 0.399 63 D 0.243 0.028 0.077 0.143 0.146 0.113 0.250 64 K 0.070 0.015 0.107 0.233 0.089 0.415 0.072 65 S 0.041 0.029 0.052 0.296 0.124 0.250 0.208 66 T 0.012 0.016 0.020 0.259 0.059 0.027 0.606 67 P 0.001 0.001 0.031 0.948 0.001 0.016 0.003 68 N 0.001 0.001 0.039 0.945 0.001 0.014 0.001 69 L 0.001 0.001 0.049 0.937 0.001 0.010 0.002 70 M 0.001 0.001 0.018 0.966 0.001 0.012 0.002 71 M 0.001 0.001 0.019 0.946 0.002 0.027 0.003 72 A 0.003 0.001 0.015 0.920 0.002 0.052 0.006 73 C 0.006 0.003 0.019 0.765 0.020 0.108 0.080 74 S 0.013 0.007 0.039 0.472 0.071 0.290 0.108 75 S 0.003 0.001 0.021 0.044 0.049 0.863 0.020 76 G 0.004 0.001 0.013 0.002 0.155 0.765 0.060 77 K 0.078 0.016 0.012 0.002 0.205 0.079 0.608 78 H 0.235 0.155 0.013 0.001 0.122 0.017 0.457 79 Y 0.278 0.013 0.022 0.001 0.158 0.010 0.518 80 P 0.162 0.003 0.035 0.001 0.263 0.094 0.442 81 Q 0.769 0.007 0.024 0.001 0.049 0.030 0.120 82 A 0.900 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.089 83 K 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 84 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 85 T 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 86 I 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 87 R 0.956 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.029 88 K 0.939 0.003 0.001 0.001 0.007 0.004 0.045 89 A 0.562 0.011 0.008 0.003 0.089 0.087 0.240 90 G 0.274 0.008 0.013 0.003 0.279 0.188 0.234 91 G 0.103 0.007 0.027 0.003 0.353 0.303 0.204 92 E 0.044 0.004 0.045 0.002 0.268 0.489 0.148 93 N 0.163 0.007 0.051 0.003 0.308 0.236 0.232 94 Q 0.547 0.048 0.026 0.002 0.091 0.033 0.254 95 V 0.772 0.007 0.004 0.001 0.030 0.005 0.181 96 E 0.838 0.001 0.002 0.001 0.067 0.008 0.084 97 Y 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.013 98 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 99 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 100 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 101 T 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 102 L 0.825 0.002 0.002 0.001 0.008 0.007 0.156 103 K 0.430 0.002 0.014 0.001 0.257 0.177 0.119 104 E 0.654 0.001 0.010 0.001 0.087 0.199 0.048 105 V 0.872 0.003 0.001 0.001 0.010 0.003 0.110 106 L 0.980 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 107 V 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 108 S 0.938 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.050 109 S 0.874 0.002 0.003 0.001 0.036 0.011 0.074 110 V 0.741 0.011 0.006 0.003 0.040 0.019 0.181 111 S 0.705 0.017 0.006 0.004 0.045 0.017 0.206 112 T 0.517 0.027 0.014 0.005 0.093 0.056 0.287 113 G 0.293 0.029 0.017 0.006 0.154 0.150 0.351 114 G 0.101 0.017 0.012 0.003 0.381 0.097 0.389 115 S 0.062 0.022 0.020 0.004 0.238 0.209 0.445 116 G 0.029 0.017 0.036 0.008 0.267 0.291 0.352 117 G 0.029 0.010 0.078 0.012 0.260 0.246 0.365 118 E 0.056 0.018 0.110 0.016 0.222 0.269 0.308 119 D 0.081 0.020 0.088 0.019 0.283 0.190 0.318 120 R 0.178 0.015 0.030 0.007 0.333 0.063 0.374 121 L 0.339 0.017 0.021 0.007 0.129 0.076 0.411 122 T 0.660 0.014 0.014 0.005 0.090 0.042 0.174 123 E 0.850 0.007 0.003 0.003 0.031 0.008 0.098 124 N 0.922 0.002 0.001 0.001 0.011 0.005 0.057 125 V 0.962 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 126 T 0.976 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 127 L 0.946 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.044 128 N 0.886 0.003 0.001 0.001 0.029 0.011 0.069 129 F 0.813 0.002 0.010 0.001 0.045 0.024 0.106 130 A 0.702 0.002 0.010 0.001 0.158 0.047 0.082 131 Q 0.908 0.002 0.003 0.001 0.023 0.013 0.051 132 V 0.959 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.035 133 Q 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 134 V 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 135 D 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.019 136 Y 0.964 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.027 137 Q 0.898 0.004 0.001 0.001 0.013 0.003 0.080 138 P 0.852 0.004 0.001 0.002 0.026 0.005 0.109 139 Q 0.568 0.017 0.005 0.004 0.078 0.023 0.304 140 K 0.365 0.012 0.011 0.007 0.112 0.045 0.448 141 A 0.260 0.018 0.025 0.018 0.217 0.173 0.290 142 D 0.189 0.020 0.023 0.016 0.149 0.473 0.130 143 G 0.177 0.022 0.027 0.008 0.306 0.268 0.193 144 A 0.190 0.045 0.051 0.009 0.118 0.112 0.473 145 K 0.168 0.052 0.112 0.015 0.145 0.307 0.201 146 D 0.074 0.018 0.080 0.008 0.133 0.577 0.111 147 G 0.043 0.006 0.039 0.007 0.343 0.400 0.162 148 G 0.177 0.017 0.014 0.011 0.242 0.053 0.487 149 P 0.528 0.081 0.014 0.013 0.066 0.027 0.272 150 V 0.703 0.024 0.009 0.012 0.026 0.012 0.214 151 K 0.763 0.014 0.010 0.018 0.027 0.020 0.147 152 Y 0.703 0.009 0.015 0.032 0.070 0.100 0.071 153 G 0.506 0.005 0.015 0.029 0.100 0.208 0.137 154 W 0.575 0.029 0.007 0.016 0.091 0.030 0.251 155 N 0.513 0.047 0.008 0.013 0.031 0.014 0.375 156 I 0.141 0.011 0.277 0.171 0.051 0.223 0.126 157 R 0.111 0.006 0.246 0.195 0.029 0.329 0.084 158 Q 0.085 0.010 0.198 0.135 0.063 0.399 0.110 159 N 0.103 0.008 0.100 0.067 0.112 0.384 0.225 160 V 0.153 0.022 0.053 0.039 0.230 0.085 0.419 161 Q 0.143 0.043 0.020 0.028 0.050 0.044 0.671 162 A 0.012 0.003 0.001 0.004 0.011 0.002 0.966