# TARGET T0257 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0257.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.1229 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.183 0.174 0.239 0.100 0.136 0.025 0.066 0.023 0.037 0.016 0.001 2 A 0.343 0.136 0.268 0.120 0.036 0.033 0.027 0.011 0.012 0.009 0.005 3 V 0.091 0.516 0.200 0.039 0.093 0.024 0.009 0.002 0.024 0.002 0.001 4 D 0.188 0.245 0.294 0.140 0.029 0.068 0.010 0.001 0.022 0.001 0.003 5 M 0.014 0.688 0.065 0.020 0.191 0.006 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 6 F 0.006 0.797 0.101 0.004 0.034 0.025 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 7 I 0.003 0.823 0.126 0.002 0.024 0.011 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 8 K 0.005 0.514 0.308 0.003 0.015 0.108 0.002 0.001 0.045 0.001 0.001 9 I 0.097 0.383 0.301 0.056 0.020 0.068 0.007 0.001 0.065 0.001 0.002 10 G 0.299 0.038 0.058 0.046 0.107 0.004 0.033 0.047 0.004 0.364 0.001 11 D 0.128 0.070 0.167 0.335 0.048 0.048 0.154 0.004 0.034 0.001 0.010 12 V 0.133 0.234 0.478 0.080 0.022 0.029 0.005 0.001 0.015 0.001 0.003 13 K 0.118 0.247 0.372 0.149 0.018 0.061 0.007 0.002 0.024 0.001 0.001 14 G 0.048 0.057 0.094 0.042 0.249 0.002 0.022 0.110 0.004 0.372 0.001 15 E 0.187 0.181 0.336 0.142 0.073 0.032 0.012 0.012 0.019 0.005 0.002 16 S 0.194 0.318 0.261 0.078 0.102 0.012 0.009 0.008 0.010 0.009 0.001 17 K 0.196 0.237 0.281 0.074 0.123 0.031 0.017 0.008 0.015 0.016 0.001 18 D 0.188 0.151 0.402 0.081 0.034 0.092 0.009 0.003 0.036 0.002 0.002 19 K 0.708 0.073 0.071 0.101 0.017 0.012 0.009 0.002 0.007 0.001 0.001 20 T 0.418 0.112 0.200 0.155 0.037 0.026 0.022 0.007 0.019 0.003 0.001 21 H 0.351 0.121 0.181 0.230 0.016 0.044 0.012 0.004 0.039 0.001 0.001 22 A 0.744 0.046 0.120 0.048 0.009 0.007 0.014 0.002 0.006 0.004 0.001 23 E 0.527 0.019 0.038 0.331 0.010 0.014 0.044 0.009 0.006 0.001 0.001 24 E 0.137 0.382 0.287 0.112 0.042 0.020 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 25 I 0.010 0.682 0.226 0.009 0.021 0.016 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 26 D 0.011 0.330 0.511 0.001 0.003 0.102 0.002 0.001 0.038 0.001 0.001 27 V 0.017 0.690 0.205 0.002 0.007 0.051 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 28 L 0.062 0.577 0.178 0.033 0.022 0.079 0.002 0.001 0.044 0.001 0.001 29 A 0.013 0.504 0.170 0.009 0.237 0.033 0.013 0.003 0.015 0.002 0.001 30 W 0.041 0.577 0.156 0.023 0.133 0.035 0.006 0.001 0.024 0.003 0.001 31 S 0.093 0.474 0.171 0.066 0.114 0.033 0.009 0.003 0.027 0.009 0.001 32 W 0.118 0.259 0.153 0.153 0.187 0.018 0.068 0.011 0.025 0.007 0.001 33 G 0.078 0.097 0.125 0.087 0.178 0.016 0.114 0.223 0.012 0.069 0.001 34 M 0.063 0.572 0.221 0.030 0.058 0.032 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 35 S 0.133 0.426 0.157 0.099 0.105 0.036 0.012 0.004 0.020 0.007 0.001 36 Q 0.053 0.489 0.187 0.034 0.080 0.035 0.016 0.001 0.103 0.001 0.001 37 S 0.149 0.116 0.552 0.079 0.028 0.035 0.012 0.005 0.010 0.005 0.009 38 G 0.111 0.115 0.125 0.082 0.266 0.013 0.052 0.122 0.011 0.102 0.001 39 S 0.073 0.295 0.300 0.094 0.111 0.048 0.017 0.003 0.052 0.006 0.002 40 M 0.282 0.148 0.277 0.155 0.048 0.040 0.019 0.008 0.015 0.006 0.002 41 H 0.179 0.242 0.189 0.194 0.083 0.043 0.026 0.009 0.027 0.007 0.001 42 M 0.109 0.279 0.237 0.212 0.084 0.022 0.016 0.006 0.030 0.004 0.001 43 G 0.065 0.057 0.178 0.044 0.184 0.007 0.040 0.144 0.007 0.274 0.001 44 G 0.102 0.112 0.292 0.118 0.171 0.014 0.032 0.058 0.010 0.088 0.003 45 G 0.100 0.075 0.165 0.149 0.119 0.017 0.112 0.137 0.015 0.109 0.003 46 G 0.071 0.067 0.282 0.067 0.177 0.007 0.054 0.090 0.008 0.175 0.002 47 G 0.140 0.043 0.201 0.057 0.122 0.010 0.037 0.132 0.004 0.247 0.007 48 A 0.161 0.139 0.273 0.223 0.121 0.012 0.026 0.016 0.010 0.015 0.004 49 G 0.031 0.020 0.067 0.031 0.214 0.002 0.049 0.242 0.002 0.341 0.001 50 K 0.052 0.378 0.376 0.038 0.078 0.040 0.008 0.002 0.022 0.002 0.004 51 V 0.044 0.558 0.283 0.018 0.043 0.026 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 52 N 0.022 0.610 0.216 0.017 0.057 0.052 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 53 V 0.051 0.616 0.161 0.026 0.050 0.046 0.004 0.001 0.044 0.001 0.001 54 Q 0.130 0.467 0.073 0.044 0.214 0.012 0.012 0.002 0.038 0.007 0.001 55 D 0.085 0.223 0.343 0.119 0.043 0.108 0.032 0.001 0.031 0.001 0.014 56 L 0.011 0.661 0.191 0.016 0.093 0.011 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 57 S 0.007 0.754 0.155 0.003 0.031 0.026 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 58 F 0.008 0.674 0.226 0.004 0.024 0.044 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 59 T 0.093 0.627 0.140 0.039 0.048 0.025 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 60 K 0.041 0.503 0.291 0.002 0.094 0.026 0.012 0.001 0.027 0.001 0.001 61 Y 0.290 0.136 0.373 0.036 0.004 0.119 0.005 0.001 0.024 0.001 0.011 62 I 0.494 0.201 0.145 0.047 0.045 0.037 0.005 0.001 0.022 0.002 0.001 63 D 0.475 0.056 0.127 0.116 0.039 0.126 0.020 0.004 0.028 0.009 0.001 64 K 0.761 0.012 0.012 0.175 0.006 0.016 0.005 0.002 0.009 0.001 0.001 65 S 0.722 0.012 0.033 0.209 0.006 0.008 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 66 T 0.883 0.006 0.019 0.016 0.005 0.015 0.010 0.003 0.039 0.004 0.001 67 P 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 N 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 L 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 A 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 C 0.979 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 S 0.912 0.007 0.009 0.065 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 75 S 0.216 0.005 0.032 0.717 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 76 G 0.008 0.001 0.005 0.011 0.002 0.001 0.221 0.746 0.001 0.005 0.001 77 K 0.065 0.316 0.527 0.020 0.017 0.039 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 78 H 0.070 0.237 0.421 0.096 0.009 0.110 0.028 0.003 0.023 0.001 0.002 79 Y 0.016 0.200 0.518 0.001 0.024 0.031 0.004 0.001 0.205 0.001 0.001 80 P 0.879 0.001 0.054 0.036 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 81 Q 0.018 0.560 0.041 0.075 0.294 0.003 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 82 A 0.001 0.784 0.099 0.004 0.092 0.005 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 83 K 0.001 0.852 0.075 0.001 0.023 0.023 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 84 L 0.001 0.817 0.126 0.001 0.033 0.016 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 85 T 0.001 0.848 0.070 0.001 0.033 0.024 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 86 I 0.001 0.775 0.153 0.001 0.039 0.022 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 87 R 0.007 0.813 0.087 0.003 0.041 0.024 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 88 K 0.020 0.530 0.357 0.006 0.027 0.038 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 89 A 0.087 0.417 0.263 0.087 0.067 0.027 0.010 0.002 0.035 0.003 0.001 90 G 0.065 0.076 0.197 0.078 0.209 0.006 0.113 0.070 0.012 0.174 0.001 91 G 0.032 0.009 0.071 0.021 0.057 0.002 0.021 0.243 0.001 0.540 0.001 92 E 0.175 0.106 0.408 0.170 0.044 0.022 0.040 0.014 0.008 0.009 0.003 93 N 0.050 0.189 0.351 0.075 0.120 0.048 0.109 0.022 0.022 0.011 0.001 94 Q 0.075 0.482 0.293 0.041 0.049 0.034 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 95 V 0.017 0.774 0.134 0.006 0.024 0.013 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 96 E 0.040 0.244 0.659 0.008 0.005 0.038 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 97 Y 0.011 0.667 0.131 0.013 0.129 0.014 0.005 0.001 0.027 0.001 0.001 98 L 0.003 0.758 0.135 0.002 0.085 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 99 I 0.002 0.800 0.139 0.002 0.015 0.025 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 100 I 0.001 0.820 0.101 0.001 0.045 0.014 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 101 T 0.002 0.752 0.195 0.001 0.007 0.028 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 102 L 0.010 0.218 0.563 0.001 0.009 0.173 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 103 K 0.719 0.042 0.007 0.216 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 104 E 0.020 0.205 0.017 0.124 0.397 0.008 0.208 0.003 0.016 0.001 0.001 105 V 0.004 0.828 0.098 0.003 0.055 0.003 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 106 L 0.004 0.720 0.195 0.001 0.009 0.047 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 107 V 0.006 0.723 0.168 0.005 0.018 0.051 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 108 S 0.056 0.510 0.098 0.075 0.215 0.018 0.003 0.002 0.020 0.003 0.001 109 S 0.010 0.431 0.152 0.019 0.305 0.032 0.033 0.001 0.013 0.002 0.001 110 V 0.034 0.605 0.201 0.038 0.071 0.027 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 111 S 0.022 0.435 0.279 0.017 0.161 0.035 0.005 0.001 0.036 0.007 0.001 112 T 0.185 0.314 0.263 0.136 0.038 0.028 0.008 0.002 0.022 0.002 0.002 113 G 0.141 0.071 0.181 0.192 0.103 0.012 0.057 0.157 0.018 0.067 0.001 114 G 0.078 0.101 0.459 0.038 0.117 0.014 0.031 0.043 0.014 0.104 0.002 115 S 0.156 0.129 0.429 0.160 0.036 0.026 0.020 0.007 0.013 0.013 0.010 116 G 0.034 0.018 0.122 0.064 0.087 0.004 0.116 0.290 0.004 0.260 0.001 117 G 0.112 0.055 0.227 0.051 0.098 0.009 0.051 0.212 0.006 0.177 0.002 118 E 0.254 0.142 0.205 0.237 0.050 0.022 0.051 0.011 0.012 0.014 0.001 119 D 0.095 0.175 0.221 0.158 0.103 0.051 0.135 0.024 0.026 0.010 0.003 120 R 0.021 0.635 0.228 0.016 0.042 0.016 0.005 0.001 0.036 0.001 0.001 121 L 0.017 0.126 0.778 0.006 0.005 0.058 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 122 T 0.015 0.759 0.082 0.019 0.109 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 123 E 0.003 0.725 0.071 0.005 0.183 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 124 N 0.001 0.834 0.092 0.002 0.056 0.007 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 125 V 0.001 0.876 0.056 0.001 0.049 0.006 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 126 T 0.001 0.888 0.079 0.001 0.009 0.013 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 127 L 0.001 0.885 0.060 0.001 0.032 0.010 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 128 N 0.002 0.798 0.093 0.003 0.047 0.031 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 129 F 0.013 0.539 0.249 0.005 0.124 0.044 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 130 A 0.385 0.265 0.098 0.179 0.049 0.010 0.003 0.001 0.007 0.003 0.001 131 Q 0.012 0.630 0.116 0.020 0.177 0.010 0.014 0.001 0.019 0.001 0.001 132 V 0.005 0.697 0.225 0.005 0.021 0.023 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 133 Q 0.005 0.760 0.160 0.003 0.026 0.025 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 134 V 0.011 0.807 0.088 0.007 0.050 0.016 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 135 D 0.022 0.590 0.277 0.014 0.035 0.039 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 136 Y 0.036 0.533 0.215 0.032 0.104 0.033 0.013 0.002 0.026 0.005 0.001 137 Q 0.008 0.493 0.205 0.001 0.038 0.015 0.006 0.001 0.233 0.001 0.001 138 P 0.093 0.007 0.782 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.090 139 Q 0.238 0.205 0.271 0.154 0.055 0.045 0.008 0.005 0.015 0.003 0.001 140 K 0.105 0.201 0.325 0.062 0.127 0.066 0.045 0.009 0.044 0.015 0.001 141 A 0.492 0.140 0.136 0.148 0.029 0.022 0.007 0.004 0.016 0.004 0.001 142 D 0.153 0.059 0.152 0.502 0.027 0.021 0.052 0.005 0.027 0.003 0.001 143 G 0.034 0.004 0.045 0.021 0.037 0.002 0.043 0.603 0.001 0.210 0.001 144 A 0.288 0.097 0.480 0.069 0.020 0.023 0.004 0.005 0.005 0.006 0.001 145 K 0.384 0.218 0.184 0.105 0.041 0.016 0.013 0.004 0.025 0.009 0.001 146 D 0.183 0.045 0.397 0.257 0.015 0.020 0.063 0.002 0.012 0.002 0.003 147 G 0.033 0.003 0.064 0.029 0.027 0.001 0.040 0.704 0.001 0.096 0.001 148 G 0.038 0.059 0.455 0.004 0.171 0.001 0.003 0.013 0.007 0.249 0.001 149 P 0.058 0.017 0.782 0.016 0.003 0.027 0.001 0.001 0.002 0.001 0.092 150 V 0.033 0.543 0.314 0.014 0.046 0.033 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 151 K 0.094 0.609 0.169 0.046 0.026 0.033 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 152 Y 0.031 0.601 0.089 0.034 0.198 0.013 0.009 0.003 0.023 0.001 0.001 153 G 0.034 0.309 0.117 0.019 0.396 0.011 0.016 0.029 0.013 0.056 0.001 154 W 0.039 0.564 0.155 0.021 0.182 0.015 0.003 0.001 0.016 0.003 0.001 155 N 0.025 0.121 0.336 0.018 0.049 0.311 0.018 0.001 0.114 0.004 0.002 156 I 0.802 0.036 0.056 0.064 0.005 0.025 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 157 R 0.878 0.016 0.030 0.066 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 158 Q 0.718 0.029 0.068 0.135 0.015 0.004 0.021 0.003 0.004 0.002 0.001 159 N 0.361 0.025 0.095 0.272 0.014 0.040 0.159 0.017 0.013 0.002 0.001 160 V 0.377 0.241 0.218 0.105 0.017 0.021 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 161 Q 0.223 0.129 0.273 0.249 0.014 0.039 0.029 0.006 0.034 0.002 0.001 162 A 0.122 0.122 0.544 0.044 0.057 0.020 0.025 0.022 0.015 0.029 0.001