# TARGET T0257 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0257.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.1229 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.082 0.180 0.103 0.049 0.146 0.025 0.043 0.146 0.077 0.106 0.044 2 A 0.124 0.173 0.060 0.025 0.193 0.027 0.042 0.158 0.082 0.073 0.042 3 V 0.102 0.217 0.083 0.033 0.215 0.029 0.043 0.107 0.070 0.070 0.032 4 D 0.283 0.054 0.018 0.017 0.251 0.020 0.048 0.064 0.045 0.098 0.103 5 M 0.227 0.135 0.018 0.004 0.521 0.006 0.011 0.018 0.012 0.018 0.028 6 F 0.289 0.076 0.008 0.001 0.543 0.003 0.006 0.009 0.007 0.015 0.044 7 I 0.221 0.192 0.017 0.001 0.525 0.002 0.003 0.007 0.003 0.005 0.023 8 K 0.355 0.097 0.044 0.004 0.376 0.002 0.003 0.005 0.004 0.019 0.090 9 I 0.040 0.032 0.015 0.243 0.052 0.265 0.103 0.119 0.083 0.023 0.025 10 G 0.002 0.015 0.022 0.212 0.004 0.122 0.139 0.226 0.188 0.064 0.005 11 D 0.084 0.042 0.043 0.017 0.096 0.010 0.010 0.047 0.069 0.496 0.086 12 V 0.204 0.140 0.042 0.008 0.388 0.010 0.017 0.055 0.041 0.049 0.047 13 K 0.104 0.089 0.104 0.104 0.094 0.071 0.125 0.065 0.035 0.110 0.100 14 G 0.018 0.103 0.168 0.393 0.040 0.063 0.008 0.050 0.031 0.106 0.020 15 E 0.064 0.092 0.035 0.013 0.136 0.015 0.024 0.305 0.146 0.132 0.039 16 S 0.066 0.093 0.043 0.007 0.095 0.011 0.028 0.446 0.123 0.057 0.031 17 K 0.042 0.059 0.033 0.018 0.069 0.015 0.026 0.493 0.114 0.103 0.028 18 D 0.105 0.080 0.041 0.014 0.117 0.010 0.022 0.324 0.113 0.130 0.044 19 K 0.028 0.050 0.017 0.008 0.051 0.022 0.043 0.561 0.163 0.043 0.013 20 T 0.044 0.109 0.106 0.034 0.069 0.025 0.074 0.275 0.106 0.129 0.028 21 H 0.086 0.076 0.079 0.047 0.072 0.017 0.025 0.184 0.109 0.234 0.071 22 A 0.054 0.115 0.015 0.009 0.104 0.017 0.038 0.397 0.203 0.029 0.019 23 E 0.036 0.026 0.007 0.012 0.047 0.029 0.077 0.357 0.212 0.161 0.036 24 E 0.136 0.126 0.030 0.010 0.318 0.011 0.046 0.143 0.071 0.089 0.019 25 I 0.310 0.116 0.009 0.001 0.509 0.001 0.002 0.017 0.004 0.005 0.026 26 D 0.283 0.088 0.011 0.003 0.511 0.003 0.008 0.021 0.006 0.012 0.056 27 V 0.409 0.069 0.007 0.002 0.408 0.003 0.003 0.014 0.005 0.012 0.067 28 L 0.082 0.098 0.026 0.061 0.217 0.123 0.186 0.133 0.033 0.019 0.021 29 A 0.269 0.115 0.023 0.005 0.465 0.004 0.010 0.031 0.010 0.020 0.047 30 W 0.202 0.148 0.030 0.018 0.312 0.024 0.028 0.076 0.042 0.046 0.074 31 S 0.200 0.135 0.050 0.025 0.313 0.015 0.022 0.068 0.036 0.063 0.072 32 W 0.077 0.231 0.068 0.032 0.156 0.041 0.043 0.137 0.101 0.066 0.048 33 G 0.163 0.056 0.027 0.026 0.134 0.019 0.037 0.062 0.055 0.257 0.164 34 M 0.233 0.101 0.018 0.006 0.264 0.009 0.025 0.074 0.082 0.109 0.079 35 S 0.130 0.156 0.062 0.021 0.237 0.029 0.071 0.082 0.074 0.088 0.051 36 Q 0.075 0.227 0.179 0.040 0.196 0.020 0.028 0.075 0.070 0.064 0.027 37 S 0.131 0.156 0.062 0.025 0.210 0.023 0.050 0.129 0.086 0.069 0.058 38 G 0.043 0.121 0.063 0.071 0.085 0.047 0.059 0.123 0.152 0.177 0.059 39 S 0.151 0.172 0.089 0.025 0.281 0.013 0.021 0.058 0.051 0.078 0.062 40 M 0.095 0.135 0.047 0.015 0.146 0.017 0.034 0.158 0.186 0.123 0.043 41 H 0.068 0.129 0.094 0.044 0.131 0.037 0.095 0.121 0.102 0.127 0.051 42 M 0.058 0.147 0.107 0.054 0.083 0.038 0.127 0.142 0.115 0.082 0.048 43 G 0.052 0.140 0.129 0.073 0.090 0.045 0.063 0.088 0.093 0.161 0.066 44 G 0.060 0.305 0.117 0.038 0.196 0.027 0.032 0.042 0.050 0.094 0.038 45 G 0.072 0.086 0.116 0.088 0.091 0.066 0.043 0.046 0.073 0.226 0.094 46 G 0.052 0.070 0.161 0.247 0.062 0.076 0.087 0.053 0.043 0.100 0.051 47 G 0.041 0.059 0.136 0.215 0.045 0.064 0.043 0.060 0.069 0.215 0.052 48 A 0.052 0.181 0.092 0.094 0.085 0.080 0.114 0.080 0.084 0.090 0.048 49 G 0.032 0.082 0.069 0.095 0.065 0.068 0.038 0.056 0.103 0.321 0.071 50 K 0.161 0.167 0.085 0.009 0.312 0.010 0.033 0.046 0.069 0.074 0.035 51 V 0.251 0.175 0.021 0.002 0.461 0.004 0.004 0.010 0.011 0.015 0.046 52 N 0.226 0.167 0.031 0.003 0.492 0.002 0.005 0.007 0.006 0.014 0.048 53 V 0.388 0.086 0.032 0.014 0.258 0.010 0.006 0.011 0.024 0.052 0.119 54 Q 0.008 0.148 0.180 0.197 0.052 0.156 0.120 0.095 0.035 0.007 0.002 55 D 0.350 0.038 0.010 0.004 0.210 0.005 0.021 0.042 0.037 0.089 0.195 56 L 0.151 0.243 0.022 0.002 0.520 0.002 0.002 0.004 0.008 0.012 0.032 57 S 0.281 0.071 0.006 0.001 0.574 0.001 0.004 0.004 0.003 0.011 0.043 58 F 0.401 0.063 0.008 0.002 0.463 0.001 0.002 0.003 0.003 0.009 0.046 59 T 0.142 0.163 0.036 0.034 0.366 0.046 0.090 0.037 0.021 0.032 0.033 60 K 0.143 0.254 0.077 0.013 0.411 0.008 0.014 0.028 0.010 0.010 0.034 61 Y 0.228 0.152 0.025 0.006 0.402 0.007 0.014 0.051 0.020 0.022 0.073 62 I 0.103 0.169 0.044 0.053 0.189 0.057 0.043 0.114 0.076 0.089 0.064 63 D 0.107 0.138 0.082 0.029 0.218 0.030 0.052 0.187 0.058 0.035 0.063 64 K 0.013 0.023 0.010 0.005 0.017 0.011 0.051 0.479 0.271 0.103 0.017 65 S 0.011 0.069 0.050 0.018 0.016 0.010 0.043 0.293 0.196 0.280 0.016 66 T 0.009 0.051 0.024 0.007 0.018 0.005 0.006 0.690 0.157 0.027 0.007 67 P 0.001 0.008 0.003 0.001 0.002 0.003 0.006 0.907 0.067 0.002 0.001 68 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.957 0.030 0.005 0.001 69 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.946 0.047 0.005 0.001 70 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.910 0.083 0.005 0.001 71 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.938 0.053 0.003 0.001 72 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.028 0.908 0.051 0.007 0.001 73 C 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.050 0.812 0.100 0.024 0.002 74 S 0.011 0.027 0.023 0.015 0.011 0.027 0.092 0.543 0.145 0.095 0.012 75 S 0.001 0.579 0.168 0.088 0.025 0.041 0.048 0.029 0.009 0.010 0.002 76 G 0.018 0.004 0.005 0.007 0.004 0.002 0.001 0.004 0.018 0.612 0.327 77 K 0.053 0.372 0.136 0.007 0.242 0.005 0.017 0.052 0.069 0.033 0.014 78 H 0.145 0.231 0.037 0.004 0.299 0.004 0.013 0.043 0.068 0.086 0.071 79 Y 0.178 0.275 0.134 0.024 0.245 0.010 0.009 0.014 0.025 0.019 0.068 80 P 0.009 0.034 0.028 0.033 0.024 0.151 0.264 0.287 0.135 0.029 0.007 81 Q 0.268 0.058 0.021 0.006 0.174 0.005 0.021 0.041 0.067 0.205 0.135 82 A 0.146 0.239 0.013 0.001 0.583 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 83 K 0.228 0.067 0.005 0.001 0.671 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 84 L 0.451 0.039 0.003 0.001 0.484 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 85 T 0.213 0.080 0.008 0.002 0.671 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.019 86 I 0.451 0.037 0.005 0.001 0.458 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 87 R 0.150 0.177 0.020 0.004 0.587 0.008 0.007 0.004 0.002 0.008 0.032 88 K 0.369 0.133 0.049 0.003 0.335 0.002 0.003 0.004 0.003 0.019 0.081 89 A 0.057 0.063 0.035 0.249 0.066 0.247 0.097 0.072 0.044 0.040 0.032 90 G 0.004 0.047 0.088 0.644 0.012 0.123 0.033 0.016 0.013 0.016 0.004 91 G 0.021 0.043 0.095 0.309 0.028 0.063 0.029 0.041 0.056 0.249 0.065 92 E 0.029 0.112 0.069 0.070 0.065 0.048 0.102 0.136 0.157 0.181 0.031 93 N 0.128 0.081 0.060 0.029 0.159 0.023 0.052 0.075 0.099 0.204 0.090 94 Q 0.204 0.205 0.044 0.010 0.348 0.014 0.037 0.044 0.028 0.032 0.034 95 V 0.224 0.182 0.028 0.011 0.462 0.014 0.013 0.016 0.006 0.012 0.032 96 E 0.261 0.071 0.012 0.017 0.517 0.034 0.035 0.015 0.004 0.008 0.026 97 Y 0.310 0.055 0.006 0.004 0.597 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.016 98 L 0.139 0.078 0.003 0.002 0.758 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 99 I 0.497 0.023 0.001 0.001 0.309 0.001 0.002 0.002 0.001 0.014 0.150 100 I 0.301 0.114 0.008 0.001 0.501 0.002 0.004 0.004 0.003 0.010 0.052 101 T 0.195 0.238 0.026 0.001 0.503 0.001 0.003 0.004 0.004 0.009 0.016 102 L 0.584 0.011 0.007 0.009 0.171 0.005 0.002 0.002 0.006 0.016 0.188 103 K 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.456 0.438 0.057 0.011 0.001 0.001 104 E 0.411 0.032 0.007 0.001 0.240 0.001 0.002 0.003 0.006 0.119 0.179 105 V 0.191 0.064 0.002 0.001 0.723 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 106 L 0.139 0.061 0.004 0.001 0.781 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 107 V 0.587 0.006 0.001 0.001 0.172 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.225 108 S 0.006 0.011 0.005 0.083 0.021 0.308 0.506 0.027 0.010 0.017 0.005 109 S 0.369 0.077 0.023 0.001 0.391 0.001 0.001 0.002 0.004 0.018 0.113 110 V 0.298 0.097 0.011 0.005 0.421 0.006 0.003 0.008 0.017 0.035 0.100 111 S 0.190 0.122 0.072 0.020 0.501 0.011 0.012 0.010 0.008 0.018 0.037 112 T 0.147 0.111 0.033 0.057 0.182 0.065 0.099 0.082 0.075 0.079 0.070 113 G 0.038 0.079 0.080 0.242 0.051 0.063 0.062 0.036 0.045 0.259 0.046 114 G 0.024 0.079 0.252 0.344 0.041 0.097 0.025 0.026 0.025 0.063 0.023 115 S 0.037 0.181 0.122 0.103 0.109 0.124 0.142 0.099 0.038 0.028 0.017 116 G 0.023 0.056 0.084 0.187 0.024 0.089 0.060 0.082 0.107 0.234 0.054 117 G 0.054 0.052 0.139 0.200 0.061 0.096 0.030 0.041 0.053 0.202 0.072 118 E 0.042 0.076 0.027 0.042 0.084 0.048 0.092 0.226 0.206 0.129 0.028 119 D 0.116 0.037 0.020 0.011 0.078 0.012 0.035 0.057 0.113 0.380 0.141 120 R 0.044 0.403 0.147 0.024 0.227 0.017 0.020 0.041 0.030 0.040 0.007 121 L 0.471 0.042 0.005 0.001 0.417 0.001 0.005 0.006 0.004 0.007 0.041 122 T 0.228 0.100 0.019 0.025 0.476 0.066 0.039 0.007 0.004 0.007 0.030 123 E 0.156 0.104 0.005 0.004 0.713 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 124 N 0.464 0.019 0.001 0.002 0.477 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.031 125 V 0.138 0.078 0.002 0.001 0.772 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 126 T 0.359 0.025 0.001 0.001 0.570 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 127 L 0.291 0.098 0.008 0.001 0.557 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.037 128 N 0.348 0.076 0.005 0.001 0.492 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.062 129 F 0.498 0.044 0.011 0.006 0.317 0.004 0.002 0.001 0.003 0.014 0.101 130 A 0.027 0.074 0.015 0.058 0.146 0.257 0.319 0.060 0.029 0.011 0.005 131 Q 0.436 0.048 0.005 0.001 0.455 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.041 132 V 0.225 0.068 0.004 0.002 0.676 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 133 Q 0.347 0.037 0.004 0.002 0.538 0.002 0.002 0.002 0.001 0.007 0.057 134 V 0.242 0.170 0.015 0.003 0.515 0.003 0.003 0.003 0.001 0.004 0.040 135 D 0.262 0.087 0.016 0.005 0.450 0.005 0.014 0.006 0.006 0.063 0.086 136 Y 0.254 0.208 0.074 0.006 0.392 0.003 0.005 0.004 0.005 0.010 0.040 137 Q 0.060 0.439 0.154 0.009 0.298 0.004 0.008 0.011 0.004 0.004 0.009 138 P 0.201 0.230 0.072 0.007 0.322 0.007 0.014 0.028 0.024 0.035 0.060 139 Q 0.053 0.264 0.072 0.027 0.225 0.051 0.069 0.106 0.067 0.044 0.023 140 K 0.125 0.184 0.229 0.028 0.150 0.009 0.016 0.071 0.045 0.083 0.060 141 A 0.036 0.089 0.073 0.055 0.064 0.048 0.096 0.333 0.130 0.058 0.018 142 D 0.014 0.344 0.190 0.098 0.068 0.057 0.086 0.075 0.030 0.027 0.010 143 G 0.039 0.043 0.053 0.065 0.037 0.021 0.011 0.035 0.050 0.457 0.189 144 A 0.074 0.230 0.116 0.022 0.160 0.017 0.033 0.145 0.089 0.076 0.038 145 K 0.082 0.112 0.063 0.023 0.118 0.038 0.099 0.184 0.133 0.108 0.040 146 D 0.073 0.178 0.109 0.078 0.143 0.055 0.106 0.086 0.048 0.089 0.035 147 G 0.035 0.063 0.092 0.174 0.031 0.035 0.022 0.040 0.053 0.372 0.083 148 G 0.025 0.189 0.333 0.197 0.075 0.038 0.016 0.042 0.026 0.042 0.017 149 P 0.141 0.267 0.045 0.009 0.346 0.013 0.021 0.066 0.033 0.030 0.030 150 V 0.255 0.153 0.036 0.005 0.426 0.004 0.008 0.019 0.013 0.024 0.056 151 K 0.283 0.057 0.015 0.018 0.277 0.059 0.120 0.073 0.025 0.022 0.051 152 Y 0.156 0.156 0.060 0.057 0.319 0.044 0.039 0.048 0.029 0.049 0.043 153 G 0.212 0.138 0.030 0.019 0.427 0.014 0.008 0.037 0.013 0.043 0.059 154 W 0.162 0.209 0.035 0.011 0.428 0.014 0.012 0.026 0.011 0.032 0.060 155 N 0.383 0.060 0.012 0.001 0.458 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.073 156 I 0.090 0.045 0.009 0.003 0.085 0.003 0.008 0.308 0.305 0.099 0.045 157 R 0.021 0.046 0.022 0.013 0.036 0.023 0.076 0.496 0.211 0.046 0.009 158 Q 0.030 0.125 0.030 0.021 0.084 0.032 0.105 0.405 0.107 0.048 0.013 159 N 0.114 0.051 0.028 0.011 0.115 0.009 0.016 0.115 0.098 0.310 0.133 160 V 0.084 0.123 0.055 0.009 0.115 0.014 0.038 0.264 0.153 0.101 0.045 161 Q 0.079 0.201 0.074 0.020 0.139 0.018 0.043 0.165 0.097 0.119 0.044 162 A 0.102 0.197 0.089 0.033 0.176 0.020 0.044 0.150 0.079 0.057 0.054