# TARGET T0257 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0257.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.1229 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.470 0.249 0.133 0.082 0.039 0.021 0.005 2 A 0.215 0.242 0.191 0.153 0.116 0.069 0.014 3 V 0.103 0.149 0.179 0.210 0.194 0.134 0.031 4 D 0.136 0.244 0.221 0.207 0.123 0.055 0.014 5 M 0.039 0.102 0.180 0.250 0.219 0.177 0.034 6 F 0.015 0.100 0.213 0.276 0.239 0.133 0.025 7 I 0.004 0.006 0.016 0.080 0.342 0.446 0.105 8 K 0.024 0.168 0.330 0.310 0.133 0.030 0.003 9 I 0.029 0.064 0.121 0.262 0.357 0.157 0.010 10 G 0.144 0.437 0.298 0.101 0.017 0.002 0.001 11 D 0.130 0.327 0.316 0.174 0.047 0.006 0.001 12 V 0.126 0.108 0.156 0.252 0.253 0.098 0.006 13 K 0.276 0.437 0.197 0.070 0.016 0.003 0.001 14 G 0.141 0.154 0.182 0.264 0.192 0.062 0.006 15 E 0.306 0.310 0.213 0.121 0.041 0.008 0.001 16 S 0.292 0.379 0.196 0.093 0.031 0.007 0.001 17 K 0.292 0.313 0.230 0.128 0.032 0.005 0.001 18 D 0.308 0.306 0.215 0.121 0.044 0.006 0.001 19 K 0.741 0.206 0.044 0.008 0.001 0.001 0.001 20 T 0.521 0.332 0.103 0.036 0.008 0.001 0.001 21 H 0.077 0.107 0.207 0.316 0.238 0.054 0.002 22 A 0.126 0.272 0.309 0.204 0.073 0.014 0.001 23 E 0.293 0.381 0.195 0.092 0.029 0.009 0.001 24 E 0.032 0.120 0.267 0.300 0.208 0.068 0.004 25 I 0.013 0.016 0.039 0.145 0.353 0.376 0.058 26 D 0.048 0.140 0.225 0.283 0.176 0.104 0.024 27 V 0.056 0.084 0.093 0.128 0.212 0.318 0.109 28 L 0.052 0.082 0.120 0.194 0.220 0.223 0.109 29 A 0.109 0.165 0.173 0.192 0.159 0.138 0.064 30 W 0.110 0.101 0.112 0.169 0.199 0.194 0.115 31 S 0.111 0.168 0.157 0.187 0.167 0.146 0.064 32 W 0.040 0.053 0.082 0.139 0.206 0.299 0.182 33 G 0.103 0.142 0.160 0.211 0.184 0.141 0.058 34 M 0.059 0.067 0.082 0.135 0.201 0.293 0.162 35 S 0.095 0.122 0.124 0.179 0.187 0.194 0.100 36 Q 0.090 0.126 0.151 0.184 0.191 0.170 0.089 37 S 0.163 0.196 0.165 0.159 0.132 0.110 0.075 38 G 0.108 0.172 0.193 0.193 0.157 0.118 0.060 39 S 0.165 0.191 0.168 0.156 0.130 0.114 0.075 40 M 0.113 0.117 0.137 0.170 0.177 0.179 0.107 41 H 0.150 0.137 0.140 0.159 0.161 0.158 0.095 42 M 0.109 0.092 0.093 0.125 0.174 0.237 0.169 43 G 0.148 0.091 0.084 0.129 0.187 0.227 0.134 44 G 0.189 0.125 0.128 0.169 0.165 0.153 0.071 45 G 0.314 0.235 0.174 0.144 0.079 0.041 0.012 46 G 0.308 0.258 0.192 0.138 0.070 0.027 0.007 47 G 0.304 0.238 0.179 0.141 0.089 0.038 0.010 48 A 0.192 0.135 0.152 0.189 0.188 0.115 0.030 49 G 0.185 0.200 0.201 0.192 0.130 0.075 0.017 50 K 0.165 0.273 0.237 0.173 0.096 0.047 0.010 51 V 0.041 0.079 0.131 0.253 0.296 0.171 0.027 52 N 0.070 0.213 0.255 0.230 0.145 0.072 0.015 53 V 0.018 0.044 0.092 0.205 0.314 0.268 0.060 54 Q 0.087 0.248 0.264 0.213 0.115 0.057 0.016 55 D 0.044 0.244 0.331 0.226 0.102 0.042 0.012 56 L 0.006 0.017 0.046 0.151 0.323 0.381 0.076 57 S 0.011 0.104 0.270 0.317 0.200 0.081 0.017 58 F 0.003 0.008 0.022 0.101 0.295 0.462 0.110 59 T 0.014 0.081 0.185 0.316 0.258 0.125 0.021 60 K 0.024 0.068 0.122 0.192 0.250 0.268 0.076 61 Y 0.049 0.100 0.197 0.266 0.179 0.151 0.059 62 I 0.099 0.111 0.141 0.169 0.185 0.210 0.085 63 D 0.160 0.163 0.141 0.161 0.148 0.161 0.066 64 K 0.160 0.195 0.187 0.196 0.136 0.093 0.035 65 S 0.063 0.097 0.107 0.174 0.205 0.262 0.092 66 T 0.038 0.070 0.089 0.147 0.224 0.271 0.162 67 P 0.054 0.123 0.174 0.216 0.210 0.169 0.054 68 N 0.089 0.128 0.201 0.274 0.196 0.086 0.028 69 L 0.049 0.047 0.047 0.070 0.160 0.403 0.224 70 M 0.045 0.055 0.082 0.189 0.275 0.262 0.092 71 M 0.075 0.195 0.228 0.220 0.151 0.102 0.029 72 A 0.045 0.065 0.122 0.265 0.288 0.178 0.037 73 C 0.025 0.051 0.075 0.143 0.243 0.355 0.108 74 S 0.042 0.084 0.136 0.246 0.272 0.181 0.038 75 S 0.221 0.333 0.232 0.130 0.058 0.022 0.005 76 G 0.283 0.323 0.213 0.122 0.047 0.011 0.001 77 K 0.323 0.342 0.186 0.099 0.037 0.011 0.001 78 H 0.088 0.230 0.267 0.241 0.136 0.035 0.002 79 Y 0.033 0.082 0.189 0.332 0.300 0.062 0.002 80 P 0.209 0.448 0.228 0.090 0.021 0.003 0.001 81 Q 0.150 0.479 0.266 0.089 0.014 0.002 0.001 82 A 0.006 0.028 0.091 0.298 0.397 0.174 0.007 83 K 0.004 0.084 0.333 0.382 0.161 0.033 0.003 84 L 0.001 0.002 0.010 0.061 0.276 0.565 0.084 85 T 0.003 0.054 0.219 0.359 0.269 0.089 0.007 86 I 0.006 0.021 0.050 0.160 0.354 0.379 0.030 87 R 0.024 0.102 0.234 0.344 0.220 0.073 0.004 88 K 0.086 0.257 0.307 0.240 0.093 0.016 0.001 89 A 0.277 0.321 0.249 0.115 0.033 0.005 0.001 90 G 0.568 0.287 0.104 0.033 0.006 0.001 0.001 91 G 0.743 0.188 0.051 0.014 0.003 0.001 0.001 92 E 0.862 0.099 0.023 0.011 0.004 0.001 0.001 93 N 0.755 0.178 0.048 0.015 0.004 0.001 0.001 94 Q 0.308 0.312 0.216 0.123 0.035 0.005 0.001 95 V 0.135 0.282 0.286 0.207 0.078 0.012 0.001 96 E 0.160 0.482 0.259 0.078 0.018 0.003 0.001 97 Y 0.020 0.120 0.281 0.368 0.180 0.030 0.002 98 L 0.002 0.011 0.035 0.167 0.406 0.354 0.024 99 I 0.005 0.113 0.354 0.382 0.119 0.024 0.003 100 I 0.001 0.009 0.038 0.167 0.394 0.369 0.023 101 T 0.003 0.088 0.293 0.376 0.198 0.041 0.002 102 L 0.001 0.004 0.019 0.125 0.477 0.357 0.017 103 K 0.062 0.446 0.373 0.103 0.014 0.002 0.001 104 E 0.042 0.238 0.356 0.277 0.074 0.012 0.001 105 V 0.002 0.012 0.039 0.135 0.353 0.411 0.048 106 L 0.001 0.012 0.053 0.212 0.403 0.278 0.041 107 V 0.002 0.008 0.016 0.041 0.125 0.466 0.342 108 S 0.001 0.010 0.023 0.074 0.205 0.434 0.251 109 S 0.002 0.040 0.175 0.305 0.263 0.159 0.056 110 V 0.001 0.006 0.017 0.071 0.242 0.463 0.200 111 S 0.026 0.130 0.233 0.274 0.202 0.119 0.016 112 T 0.049 0.092 0.148 0.239 0.284 0.168 0.020 113 G 0.169 0.214 0.221 0.212 0.122 0.055 0.007 114 G 0.162 0.155 0.188 0.233 0.183 0.072 0.007 115 S 0.433 0.301 0.163 0.075 0.022 0.005 0.001 116 G 0.547 0.285 0.111 0.044 0.011 0.002 0.001 117 G 0.722 0.192 0.057 0.021 0.006 0.001 0.001 118 E 0.714 0.191 0.061 0.024 0.008 0.002 0.001 119 D 0.339 0.274 0.210 0.120 0.045 0.011 0.001 120 R 0.225 0.325 0.228 0.140 0.061 0.019 0.002 121 L 0.106 0.141 0.205 0.272 0.196 0.071 0.008 122 T 0.110 0.256 0.265 0.203 0.113 0.044 0.007 123 E 0.047 0.095 0.164 0.268 0.244 0.159 0.022 124 N 0.096 0.266 0.293 0.201 0.096 0.040 0.008 125 V 0.029 0.045 0.090 0.226 0.313 0.261 0.036 126 T 0.065 0.242 0.304 0.237 0.104 0.043 0.005 127 L 0.040 0.054 0.089 0.184 0.302 0.285 0.045 128 N 0.111 0.254 0.287 0.223 0.092 0.030 0.003 129 F 0.087 0.122 0.167 0.223 0.252 0.135 0.014 130 A 0.239 0.349 0.246 0.118 0.035 0.011 0.002 131 Q 0.148 0.392 0.279 0.133 0.040 0.008 0.001 132 V 0.032 0.045 0.097 0.241 0.370 0.196 0.019 133 Q 0.047 0.268 0.328 0.243 0.088 0.024 0.003 134 V 0.027 0.055 0.094 0.225 0.363 0.217 0.018 135 D 0.025 0.257 0.387 0.250 0.070 0.011 0.001 136 Y 0.009 0.024 0.072 0.257 0.427 0.199 0.012 137 Q 0.102 0.406 0.325 0.129 0.031 0.006 0.001 138 P 0.140 0.317 0.286 0.187 0.061 0.009 0.001 139 Q 0.169 0.169 0.235 0.268 0.134 0.024 0.001 140 K 0.469 0.330 0.146 0.045 0.009 0.001 0.001 141 A 0.531 0.278 0.121 0.053 0.015 0.003 0.001 142 D 0.603 0.242 0.092 0.043 0.016 0.004 0.001 143 G 0.478 0.238 0.146 0.092 0.037 0.008 0.001 144 A 0.592 0.212 0.104 0.063 0.023 0.006 0.001 145 K 0.663 0.221 0.075 0.029 0.010 0.002 0.001 146 D 0.593 0.225 0.111 0.052 0.016 0.003 0.001 147 G 0.492 0.260 0.131 0.078 0.030 0.008 0.001 148 G 0.341 0.253 0.197 0.137 0.056 0.014 0.002 149 P 0.287 0.270 0.191 0.146 0.075 0.027 0.004 150 V 0.124 0.125 0.180 0.251 0.208 0.097 0.015 151 K 0.186 0.233 0.205 0.182 0.118 0.064 0.012 152 Y 0.120 0.116 0.173 0.239 0.211 0.121 0.021 153 G 0.187 0.193 0.180 0.181 0.144 0.097 0.017 154 W 0.083 0.078 0.126 0.227 0.271 0.180 0.034 155 N 0.162 0.237 0.213 0.187 0.120 0.067 0.014 156 I 0.123 0.123 0.154 0.206 0.211 0.155 0.030 157 R 0.287 0.264 0.190 0.147 0.078 0.030 0.004 158 Q 0.401 0.269 0.155 0.098 0.051 0.023 0.004 159 N 0.310 0.191 0.185 0.179 0.105 0.028 0.002 160 V 0.499 0.289 0.135 0.054 0.018 0.005 0.001 161 Q 0.617 0.231 0.095 0.041 0.012 0.003 0.001 162 A 0.532 0.185 0.126 0.092 0.047 0.015 0.002