This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA M A 2 2 NATAA A A 3 3 NATAA V A 4 4 NATAA D A 5 5 NATAA M A 6 6 NATAA F A 7 7 NATAA I A 8 8 NATAA K A 9 9 NATAA I A 10 10 NATAA G A 11 11 NATAA D A 12 12 NATAA V A 13 13 NATAA K A 14 14 NATAA G A 15 15 NATAA E A 16 16 NATAA S A 17 17 NATAA K A 18 18 NATAA D A 19 19 NATAA K A 20 20 NATAA T A 21 21 NATAA H A 22 22 NATAA A A 23 23 NATAA E A 24 24 NATAA E A 25 25 NATAA I A 26 26 NATAA D A 27 27 NATAA V A 28 28 NATAA L A 29 29 NATAA A A 30 30 NATAA W A 31 31 NATAA S A 32 32 NATAA W A 33 33 NATAA G A 34 34 NATAA M A 35 35 NATAA S A 36 36 NATAA Q A 37 37 NATAA S A 38 38 NATAA G A 39 39 NATAA S A 40 40 NATAA M A 41 41 NATAA H A 42 42 NATAA M A 43 43 NATAA G A 44 44 NATAA G A 45 45 NATAA G A 46 46 NATAA G A 47 47 NATAA G A 48 48 NATAA A A 49 49 NATAA G A 50 50 NATAA K A 51 51 NATAA V A 52 52 NATAA N A 53 53 NATAA V A 54 54 NATAA Q A 55 55 NATAA D A 56 56 NATAA L A 57 57 NATAA S A 58 58 NATAA F A 59 59 NATAA T A 60 60 NATAA K A 61 61 NATAA Y A 62 62 NATAA I A 63 63 NATAA D A 64 64 NATAA K A 65 65 NATAA S A 66 66 NATAA T A 67 67 NATRO P A 68 68 NATAA N A 69 69 NATAA L A 70 70 NATAA M A 71 71 NATAA M A 72 72 NATAA A A 73 73 NATRO C A 74 74 NATAA S A 75 75 NATAA S A 76 76 NATAA G A 77 77 NATAA K A 78 78 NATAA H A 79 79 NATAA Y A 80 80 NATRO P A 81 81 NATAA Q A 82 82 NATAA A A 83 83 NATAA K A 84 84 NATAA L A 85 85 NATAA T A 86 86 NATAA I A 87 87 NATAA R A 88 88 NATAA K A 89 89 NATAA A A 90 90 NATAA G A 91 91 NATAA G A 92 92 NATAA E A 93 93 NATAA N A 94 94 NATAA Q A 95 95 NATAA V A 96 96 NATAA E A 97 97 NATAA Y A 98 98 NATAA L A 99 99 NATAA I A 100 100 NATAA I A 101 101 NATAA T A 102 102 NATAA L A 103 103 NATAA K A 104 104 NATAA E A 105 105 NATAA V A 106 106 NATAA L A 107 107 NATAA V A 108 108 NATAA S A 109 109 NATAA S A 110 110 NATAA V A 111 111 NATAA S A 112 112 NATAA T A 113 113 NATAA G A 114 114 NATAA G A 115 115 NATAA S A 116 116 NATAA G A 117 117 NATAA G A 118 118 NATAA E A 119 119 NATAA D A 120 120 NATAA R A 121 121 NATAA L A 122 122 NATAA T A 123 123 NATAA E A 124 124 NATAA N A 125 125 NATAA V A 126 126 NATAA T A 127 127 NATAA L A 128 128 NATAA N A 129 129 NATAA F A 130 130 NATAA A A 131 131 NATAA Q A 132 132 NATAA V A 133 133 NATAA Q A 134 134 NATAA V A 135 135 NATAA D A 136 136 NATAA Y A 137 137 NATAA Q A 138 138 NATRO P A 139 139 NATAA Q A 140 140 NATAA K A 141 141 NATAA A A 142 142 NATAA D A 143 143 NATAA G A 144 144 NATAA A A 145 145 NATAA K A 146 146 NATAA D A 147 147 NATAA G A 148 148 NATAA G A 149 149 NATRO P A 150 150 NATAA V A 151 151 NATAA K A 152 152 NATAA Y A 153 153 NATAA G A 154 154 NATAA W A 155 155 NATAA N A 156 156 NATAA I A 157 157 NATAA R A 158 158 NATAA Q A 159 159 NATAA N A 160 160 NATAA V A 161 161 NATAA Q A 162 162 NATAA A