# TARGET T0255 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0255.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 69 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.003 0.003 0.021 0.090 0.870 2 N 0.051 0.026 0.037 0.076 0.190 0.620 3 S 0.100 0.023 0.076 0.084 0.313 0.403 4 K 0.204 0.018 0.116 0.068 0.303 0.291 5 N 0.255 0.020 0.041 0.034 0.292 0.359 6 T 0.339 0.029 0.024 0.031 0.271 0.306 7 I 0.566 0.017 0.024 0.029 0.156 0.208 8 C 0.613 0.017 0.038 0.037 0.171 0.124 9 L 0.755 0.019 0.028 0.020 0.113 0.065 10 W 0.681 0.021 0.025 0.014 0.199 0.060 11 Y 0.353 0.019 0.022 0.024 0.368 0.215 12 D 0.018 0.003 0.011 0.028 0.738 0.202 13 S 0.002 0.003 0.059 0.156 0.592 0.188 14 A 0.002 0.005 0.092 0.707 0.137 0.057 15 A 0.001 0.001 0.010 0.986 0.004 0.001 16 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 17 E 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 18 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 19 A 0.001 0.001 0.002 0.989 0.005 0.002 20 T 0.001 0.001 0.003 0.986 0.007 0.003 21 F 0.002 0.001 0.004 0.985 0.005 0.003 22 Y 0.003 0.001 0.013 0.968 0.010 0.006 23 A 0.005 0.001 0.027 0.940 0.017 0.010 24 E 0.013 0.002 0.030 0.858 0.056 0.040 25 T 0.034 0.010 0.019 0.648 0.118 0.171 26 F 0.050 0.014 0.009 0.110 0.623 0.193 27 P 0.013 0.003 0.010 0.030 0.858 0.087 28 D 0.011 0.002 0.016 0.014 0.912 0.044 29 S 0.140 0.012 0.014 0.009 0.773 0.051 30 A 0.659 0.014 0.006 0.009 0.147 0.165 31 V 0.861 0.012 0.004 0.005 0.047 0.071 32 L 0.901 0.004 0.004 0.004 0.037 0.049 33 A 0.935 0.003 0.003 0.004 0.022 0.032 34 V 0.937 0.002 0.002 0.004 0.019 0.036 35 H 0.940 0.003 0.002 0.004 0.018 0.033 36 R 0.860 0.009 0.003 0.006 0.044 0.079 37 A 0.542 0.028 0.006 0.010 0.175 0.239 38 P 0.198 0.021 0.021 0.011 0.465 0.284 39 G 0.064 0.010 0.034 0.015 0.633 0.245 40 D 0.072 0.022 0.035 0.015 0.579 0.277 41 Y 0.112 0.047 0.026 0.016 0.501 0.299 42 P 0.138 0.038 0.018 0.011 0.388 0.407 43 S 0.141 0.082 0.022 0.008 0.440 0.307 44 G 0.052 0.030 0.028 0.009 0.652 0.229 45 K 0.037 0.017 0.051 0.009 0.804 0.082 46 E 0.032 0.008 0.063 0.005 0.825 0.067 47 G 0.056 0.004 0.019 0.001 0.810 0.109 48 D 0.465 0.025 0.004 0.001 0.254 0.252 49 V 0.796 0.013 0.001 0.001 0.037 0.153 50 L 0.948 0.003 0.001 0.001 0.013 0.035 51 T 0.970 0.002 0.001 0.001 0.009 0.019 52 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 53 E 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 54 F 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 55 R 0.962 0.002 0.001 0.001 0.025 0.010 56 V 0.815 0.007 0.001 0.001 0.155 0.022 57 M 0.103 0.001 0.003 0.001 0.863 0.031 58 G 0.103 0.004 0.005 0.001 0.852 0.035 59 I 0.726 0.028 0.002 0.002 0.167 0.074 60 P 0.893 0.007 0.001 0.002 0.034 0.063 61 C 0.941 0.004 0.001 0.001 0.010 0.043 62 L 0.949 0.010 0.001 0.001 0.012 0.026 63 G 0.836 0.010 0.005 0.005 0.061 0.083 64 L 0.545 0.016 0.011 0.007 0.204 0.217 65 N 0.164 0.011 0.015 0.007 0.558 0.245 66 G 0.045 0.017 0.041 0.012 0.663 0.223 67 G 0.030 0.026 0.071 0.012 0.696 0.164 68 P 0.046 0.013 0.125 0.015 0.656 0.144 69 A 0.060 0.021 0.098 0.019 0.513 0.289 70 F 0.089 0.072 0.057 0.019 0.470 0.294 71 R 0.074 0.020 0.028 0.010 0.400 0.468 72 H 0.102 0.060 0.039 0.011 0.371 0.418 73 S 0.096 0.036 0.040 0.006 0.558 0.264 74 E 0.141 0.007 0.049 0.006 0.463 0.334 75 A 0.385 0.007 0.034 0.006 0.324 0.244 76 F 0.803 0.024 0.008 0.002 0.088 0.076 77 S 0.908 0.003 0.004 0.001 0.032 0.052 78 F 0.949 0.002 0.002 0.001 0.014 0.032 79 Q 0.977 0.002 0.001 0.001 0.007 0.014 80 V 0.955 0.001 0.002 0.001 0.016 0.025 81 A 0.899 0.004 0.002 0.001 0.029 0.066 82 T 0.405 0.030 0.007 0.003 0.258 0.297 83 D 0.032 0.015 0.008 0.012 0.385 0.547 84 D 0.008 0.004 0.002 0.041 0.205 0.740 85 Q 0.001 0.001 0.005 0.984 0.009 0.003 86 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.005 0.001 87 E 0.001 0.001 0.005 0.992 0.003 0.001 88 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 89 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 90 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 92 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 93 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 94 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 95 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 96 V 0.001 0.001 0.003 0.978 0.015 0.003 97 D 0.001 0.001 0.005 0.904 0.065 0.025 98 N 0.003 0.001 0.015 0.514 0.264 0.204 99 G 0.008 0.005 0.005 0.037 0.344 0.599 100 G 0.032 0.013 0.008 0.012 0.212 0.722 101 E 0.168 0.030 0.018 0.015 0.248 0.521 102 E 0.307 0.042 0.027 0.016 0.213 0.395 103 S 0.314 0.028 0.020 0.012 0.211 0.415 104 A 0.260 0.022 0.025 0.017 0.248 0.428 105 C 0.291 0.015 0.020 0.028 0.233 0.413 106 G 0.421 0.010 0.011 0.029 0.210 0.319 107 W 0.549 0.020 0.008 0.078 0.116 0.229 108 C 0.531 0.023 0.013 0.189 0.115 0.129 109 R 0.437 0.020 0.017 0.210 0.168 0.148 110 D 0.248 0.018 0.031 0.229 0.339 0.135 111 K 0.135 0.013 0.034 0.244 0.437 0.138 112 W 0.079 0.010 0.030 0.207 0.437 0.237 113 G 0.073 0.011 0.012 0.066 0.438 0.400 114 I 0.136 0.063 0.020 0.068 0.328 0.384 115 S 0.172 0.037 0.038 0.057 0.292 0.404 116 W 0.178 0.015 0.184 0.142 0.302 0.180 117 Q 0.225 0.030 0.179 0.111 0.335 0.120 118 I 0.220 0.024 0.083 0.101 0.332 0.240 119 T 0.132 0.032 0.018 0.069 0.296 0.454 120 P 0.009 0.003 0.026 0.492 0.217 0.253 121 R 0.001 0.001 0.028 0.931 0.031 0.010 122 V 0.001 0.001 0.029 0.942 0.026 0.003 123 L 0.001 0.001 0.016 0.969 0.013 0.001 124 S 0.001 0.001 0.010 0.979 0.008 0.002 125 E 0.001 0.001 0.023 0.957 0.016 0.003 126 A 0.001 0.001 0.031 0.923 0.036 0.009 127 I 0.002 0.003 0.016 0.885 0.066 0.029 128 A 0.002 0.005 0.024 0.693 0.149 0.127 129 S 0.004 0.003 0.009 0.162 0.280 0.542 130 P 0.003 0.005 0.015 0.064 0.265 0.648 131 D 0.003 0.008 0.010 0.083 0.177 0.719 132 R 0.001 0.001 0.032 0.901 0.045 0.021 133 A 0.001 0.001 0.017 0.945 0.030 0.008 134 A 0.001 0.001 0.017 0.961 0.017 0.005 135 A 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 136 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 137 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 138 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 139 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 140 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 141 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 142 M 0.001 0.001 0.001 0.992 0.005 0.002 143 M 0.001 0.001 0.002 0.981 0.011 0.006 144 T 0.001 0.001 0.002 0.934 0.032 0.031 145 M 0.001 0.001 0.003 0.797 0.054 0.145 146 G 0.003 0.002 0.003 0.796 0.038 0.159 147 R 0.010 0.003 0.006 0.899 0.032 0.050 148 I 0.016 0.008 0.006 0.885 0.035 0.050 149 D 0.011 0.003 0.003 0.907 0.020 0.056 150 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 151 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 152 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 153 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 154 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 155 K 0.001 0.001 0.002 0.983 0.012 0.004 156 A 0.001 0.001 0.003 0.954 0.023 0.019 157 F 0.001 0.004 0.006 0.921 0.027 0.042 158 K 0.001 0.002 0.010 0.705 0.071 0.212 159 G 0.001 0.001 0.002 0.030 0.064 0.902