# TARGET T0255 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0255.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 69 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.008 0.849 0.002 0.010 0.055 0.001 0.001 0.003 0.041 0.016 0.006 0.011 2 N 0.001 0.030 0.713 0.003 0.052 0.102 0.001 0.001 0.008 0.039 0.029 0.004 0.019 3 S 0.002 0.008 0.331 0.007 0.195 0.086 0.001 0.002 0.015 0.207 0.114 0.019 0.013 4 K 0.005 0.017 0.265 0.021 0.200 0.049 0.007 0.006 0.048 0.118 0.187 0.013 0.064 5 N 0.016 0.076 0.411 0.024 0.071 0.029 0.010 0.004 0.037 0.117 0.052 0.055 0.098 6 T 0.007 0.012 0.468 0.033 0.011 0.009 0.003 0.001 0.026 0.179 0.016 0.198 0.040 7 I 0.006 0.007 0.538 0.049 0.026 0.009 0.003 0.001 0.036 0.108 0.069 0.010 0.138 8 C 0.076 0.028 0.256 0.014 0.048 0.023 0.050 0.034 0.159 0.058 0.097 0.086 0.070 9 L 0.187 0.025 0.190 0.008 0.077 0.028 0.076 0.035 0.125 0.048 0.038 0.047 0.116 10 W 0.305 0.033 0.125 0.004 0.033 0.014 0.086 0.008 0.093 0.038 0.043 0.108 0.110 11 Y 0.089 0.015 0.431 0.003 0.006 0.007 0.009 0.002 0.050 0.097 0.054 0.061 0.176 12 D 0.003 0.005 0.405 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 0.003 0.367 0.156 0.010 0.029 13 S 0.001 0.002 0.057 0.001 0.006 0.070 0.001 0.001 0.001 0.496 0.364 0.002 0.002 14 A 0.001 0.006 0.283 0.001 0.010 0.334 0.001 0.001 0.001 0.213 0.141 0.002 0.010 15 A 0.001 0.001 0.028 0.001 0.004 0.952 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.001 0.002 16 L 0.001 0.001 0.026 0.001 0.004 0.958 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 17 E 0.001 0.002 0.004 0.001 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.005 18 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 19 A 0.002 0.001 0.003 0.001 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 20 T 0.004 0.001 0.004 0.001 0.013 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.001 0.003 21 F 0.003 0.001 0.004 0.001 0.010 0.929 0.001 0.001 0.001 0.006 0.041 0.002 0.003 22 Y 0.004 0.005 0.013 0.001 0.010 0.868 0.001 0.001 0.001 0.012 0.073 0.002 0.010 23 A 0.004 0.003 0.038 0.006 0.032 0.786 0.001 0.001 0.001 0.019 0.095 0.006 0.007 24 E 0.004 0.003 0.045 0.002 0.036 0.628 0.001 0.001 0.002 0.049 0.213 0.006 0.011 25 T 0.007 0.021 0.166 0.002 0.035 0.383 0.001 0.001 0.002 0.114 0.223 0.007 0.039 26 F 0.001 0.018 0.475 0.001 0.020 0.066 0.001 0.001 0.001 0.248 0.132 0.016 0.023 27 P 0.001 0.003 0.093 0.003 0.034 0.046 0.001 0.001 0.001 0.160 0.655 0.002 0.005 28 D 0.001 0.002 0.073 0.005 0.050 0.031 0.001 0.001 0.001 0.217 0.610 0.004 0.006 29 S 0.017 0.013 0.322 0.003 0.062 0.080 0.002 0.001 0.005 0.217 0.176 0.031 0.072 30 A 0.176 0.029 0.252 0.008 0.020 0.044 0.026 0.004 0.037 0.069 0.041 0.141 0.152 31 V 0.178 0.015 0.132 0.031 0.011 0.036 0.024 0.011 0.058 0.025 0.011 0.046 0.424 32 L 0.174 0.007 0.087 0.235 0.007 0.036 0.028 0.016 0.040 0.028 0.008 0.250 0.083 33 A 0.252 0.008 0.077 0.017 0.008 0.039 0.045 0.013 0.050 0.022 0.008 0.123 0.336 34 V 0.248 0.009 0.102 0.026 0.014 0.040 0.045 0.011 0.036 0.025 0.008 0.111 0.325 35 H 0.178 0.012 0.146 0.055 0.009 0.032 0.049 0.008 0.043 0.041 0.017 0.232 0.176 36 R 0.089 0.016 0.208 0.021 0.011 0.029 0.027 0.005 0.034 0.084 0.028 0.113 0.336 37 A 0.018 0.012 0.531 0.008 0.009 0.020 0.004 0.001 0.021 0.111 0.025 0.144 0.096 38 P 0.006 0.025 0.548 0.009 0.041 0.028 0.001 0.001 0.008 0.110 0.110 0.012 0.102 39 G 0.003 0.014 0.295 0.007 0.089 0.065 0.001 0.001 0.004 0.244 0.238 0.029 0.012 40 D 0.003 0.020 0.320 0.004 0.132 0.055 0.001 0.001 0.003 0.223 0.198 0.007 0.035 41 Y 0.003 0.030 0.436 0.003 0.099 0.056 0.001 0.001 0.004 0.250 0.078 0.018 0.024 42 P 0.001 0.018 0.589 0.001 0.083 0.044 0.001 0.001 0.006 0.117 0.106 0.010 0.024 43 S 0.002 0.029 0.276 0.002 0.114 0.044 0.001 0.001 0.003 0.182 0.325 0.006 0.019 44 G 0.001 0.028 0.369 0.002 0.052 0.014 0.001 0.001 0.002 0.191 0.313 0.015 0.013 45 K 0.001 0.026 0.461 0.004 0.052 0.011 0.001 0.001 0.001 0.211 0.200 0.008 0.026 46 E 0.003 0.018 0.117 0.004 0.043 0.010 0.001 0.001 0.001 0.175 0.599 0.008 0.021 47 G 0.005 0.004 0.187 0.008 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 0.260 0.461 0.026 0.017 48 D 0.043 0.034 0.428 0.005 0.008 0.003 0.005 0.001 0.009 0.216 0.049 0.019 0.182 49 V 0.190 0.023 0.173 0.013 0.001 0.001 0.030 0.001 0.039 0.024 0.004 0.185 0.315 50 L 0.514 0.003 0.037 0.076 0.001 0.001 0.021 0.001 0.004 0.013 0.001 0.173 0.157 51 T 0.799 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.076 0.096 52 V 0.873 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.065 53 E 0.894 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.047 54 F 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.047 55 R 0.924 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.052 56 V 0.521 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.008 0.006 0.009 0.259 0.152 57 M 0.006 0.002 0.041 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.784 0.017 0.017 58 G 0.002 0.001 0.047 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.306 0.594 0.004 0.013 59 I 0.020 0.004 0.129 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.064 0.005 0.734 0.038 60 P 0.058 0.006 0.066 0.012 0.001 0.001 0.019 0.001 0.003 0.015 0.003 0.007 0.807 61 C 0.231 0.004 0.049 0.028 0.001 0.002 0.135 0.009 0.008 0.005 0.002 0.473 0.053 62 L 0.313 0.005 0.029 0.005 0.002 0.004 0.296 0.010 0.010 0.005 0.002 0.022 0.297 63 G 0.232 0.008 0.067 0.014 0.008 0.013 0.196 0.016 0.023 0.010 0.015 0.318 0.080 64 L 0.219 0.012 0.178 0.025 0.012 0.016 0.053 0.012 0.040 0.049 0.074 0.068 0.244 65 N 0.046 0.029 0.283 0.032 0.022 0.013 0.010 0.002 0.024 0.203 0.205 0.064 0.067 66 G 0.009 0.013 0.346 0.009 0.020 0.015 0.001 0.001 0.009 0.391 0.127 0.021 0.037 67 G 0.002 0.017 0.447 0.005 0.019 0.016 0.001 0.001 0.009 0.400 0.042 0.016 0.026 68 P 0.001 0.022 0.497 0.007 0.079 0.042 0.001 0.001 0.009 0.169 0.115 0.014 0.043 69 A 0.003 0.053 0.391 0.010 0.107 0.046 0.001 0.001 0.011 0.162 0.157 0.013 0.045 70 F 0.003 0.040 0.476 0.007 0.064 0.023 0.001 0.001 0.009 0.202 0.098 0.048 0.029 71 R 0.002 0.014 0.543 0.006 0.036 0.015 0.001 0.001 0.004 0.173 0.133 0.010 0.064 72 H 0.003 0.024 0.258 0.008 0.036 0.017 0.001 0.001 0.001 0.252 0.344 0.031 0.025 73 S 0.004 0.013 0.348 0.016 0.027 0.008 0.001 0.001 0.002 0.263 0.241 0.027 0.052 74 E 0.028 0.013 0.339 0.022 0.017 0.006 0.003 0.001 0.005 0.296 0.096 0.072 0.103 75 A 0.211 0.017 0.159 0.013 0.004 0.003 0.024 0.001 0.018 0.038 0.013 0.126 0.374 76 F 0.531 0.005 0.034 0.011 0.001 0.001 0.046 0.001 0.010 0.008 0.001 0.209 0.143 77 S 0.691 0.001 0.010 0.008 0.001 0.001 0.059 0.002 0.009 0.002 0.001 0.039 0.179 78 F 0.724 0.001 0.013 0.009 0.001 0.001 0.068 0.002 0.012 0.002 0.001 0.124 0.045 79 Q 0.770 0.001 0.007 0.002 0.001 0.001 0.072 0.002 0.010 0.001 0.001 0.019 0.117 80 V 0.789 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.046 0.001 0.007 0.001 0.001 0.086 0.049 81 A 0.587 0.002 0.042 0.005 0.001 0.001 0.041 0.002 0.026 0.010 0.002 0.038 0.244 82 T 0.120 0.021 0.286 0.008 0.003 0.001 0.008 0.001 0.033 0.101 0.029 0.146 0.244 83 D 0.001 0.012 0.237 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.568 0.139 0.019 0.015 84 D 0.001 0.011 0.468 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.464 0.036 0.001 0.010 85 Q 0.001 0.001 0.009 0.001 0.010 0.921 0.001 0.001 0.001 0.023 0.036 0.001 0.001 86 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.960 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 87 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 88 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 89 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 90 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 92 W 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 94 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 95 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 96 V 0.001 0.001 0.008 0.001 0.009 0.916 0.001 0.001 0.001 0.004 0.062 0.001 0.001 97 D 0.001 0.001 0.009 0.001 0.012 0.595 0.001 0.001 0.001 0.019 0.364 0.001 0.001 98 N 0.001 0.001 0.068 0.001 0.011 0.141 0.001 0.001 0.001 0.072 0.707 0.001 0.001 99 G 0.001 0.005 0.539 0.001 0.013 0.027 0.001 0.001 0.002 0.222 0.186 0.002 0.004 100 G 0.001 0.013 0.676 0.001 0.011 0.016 0.001 0.001 0.012 0.163 0.048 0.022 0.037 101 E 0.002 0.034 0.643 0.001 0.013 0.010 0.002 0.001 0.047 0.041 0.013 0.068 0.125 102 E 0.006 0.113 0.466 0.014 0.022 0.019 0.007 0.006 0.066 0.043 0.017 0.032 0.189 103 S 0.005 0.019 0.486 0.051 0.016 0.013 0.003 0.001 0.080 0.118 0.025 0.132 0.050 104 A 0.010 0.008 0.300 0.026 0.048 0.017 0.004 0.002 0.034 0.125 0.205 0.033 0.189 105 C 0.028 0.016 0.289 0.037 0.076 0.023 0.010 0.003 0.030 0.108 0.207 0.027 0.147 106 G 0.151 0.009 0.174 0.016 0.039 0.020 0.012 0.002 0.019 0.104 0.045 0.327 0.083 107 W 0.215 0.011 0.096 0.012 0.018 0.028 0.016 0.003 0.016 0.041 0.015 0.035 0.492 108 C 0.249 0.006 0.097 0.006 0.007 0.018 0.013 0.004 0.013 0.021 0.008 0.444 0.113 109 R 0.282 0.016 0.080 0.017 0.006 0.019 0.017 0.003 0.010 0.027 0.016 0.052 0.456 110 D 0.094 0.016 0.258 0.049 0.029 0.040 0.003 0.001 0.007 0.088 0.054 0.215 0.145 111 K 0.079 0.006 0.173 0.040 0.060 0.054 0.003 0.001 0.003 0.156 0.208 0.047 0.170 112 W 0.058 0.013 0.127 0.033 0.080 0.040 0.006 0.001 0.006 0.144 0.324 0.081 0.087 113 G 0.108 0.008 0.196 0.016 0.044 0.044 0.013 0.002 0.012 0.179 0.138 0.112 0.129 114 I 0.233 0.027 0.191 0.013 0.013 0.036 0.033 0.002 0.041 0.052 0.021 0.117 0.222 115 S 0.249 0.010 0.164 0.020 0.012 0.069 0.055 0.008 0.047 0.063 0.019 0.132 0.152 116 W 0.525 0.007 0.074 0.008 0.013 0.067 0.054 0.007 0.025 0.033 0.016 0.045 0.127 117 Q 0.335 0.009 0.082 0.002 0.054 0.188 0.061 0.004 0.038 0.029 0.016 0.076 0.104 118 I 0.156 0.017 0.175 0.020 0.090 0.238 0.030 0.002 0.033 0.060 0.060 0.029 0.091 119 T 0.012 0.004 0.427 0.001 0.023 0.123 0.003 0.001 0.033 0.149 0.041 0.140 0.043 120 P 0.001 0.009 0.606 0.002 0.010 0.196 0.001 0.001 0.013 0.041 0.029 0.001 0.091 121 R 0.001 0.004 0.060 0.001 0.032 0.825 0.001 0.001 0.001 0.025 0.047 0.004 0.001 122 V 0.001 0.001 0.013 0.001 0.025 0.909 0.001 0.001 0.001 0.021 0.028 0.001 0.001 123 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.021 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 124 S 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 125 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 126 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.028 0.905 0.001 0.001 0.001 0.006 0.050 0.001 0.001 127 I 0.001 0.008 0.020 0.001 0.028 0.661 0.001 0.001 0.001 0.024 0.255 0.001 0.001 128 A 0.001 0.007 0.118 0.001 0.022 0.184 0.001 0.001 0.001 0.096 0.570 0.001 0.001 129 S 0.001 0.002 0.471 0.001 0.007 0.034 0.001 0.001 0.001 0.370 0.112 0.001 0.001 130 P 0.001 0.013 0.470 0.001 0.015 0.034 0.001 0.001 0.001 0.295 0.171 0.001 0.001 131 D 0.001 0.009 0.422 0.001 0.005 0.050 0.001 0.001 0.001 0.489 0.023 0.001 0.001 132 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 0.966 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.001 0.001 133 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 134 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 135 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 138 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 141 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 142 M 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.899 0.001 0.001 0.001 0.006 0.087 0.001 0.001 143 M 0.001 0.001 0.015 0.001 0.013 0.647 0.001 0.001 0.002 0.014 0.308 0.001 0.001 144 T 0.001 0.001 0.035 0.001 0.029 0.399 0.001 0.001 0.002 0.031 0.502 0.001 0.001 145 M 0.001 0.004 0.554 0.001 0.027 0.102 0.001 0.001 0.007 0.188 0.114 0.001 0.003 146 G 0.001 0.007 0.554 0.002 0.015 0.021 0.001 0.001 0.049 0.258 0.079 0.005 0.009 147 R 0.001 0.033 0.227 0.003 0.021 0.049 0.013 0.007 0.367 0.107 0.067 0.023 0.083 148 I 0.004 0.061 0.229 0.002 0.010 0.067 0.024 0.017 0.370 0.080 0.013 0.091 0.032 149 D 0.001 0.028 0.217 0.001 0.005 0.122 0.006 0.010 0.473 0.047 0.007 0.005 0.077 150 I 0.001 0.001 0.014 0.001 0.010 0.943 0.001 0.002 0.010 0.005 0.012 0.001 0.002 151 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 152 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 153 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 155 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 156 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.001 0.001 157 F 0.001 0.001 0.008 0.001 0.005 0.839 0.001 0.001 0.001 0.010 0.136 0.001 0.001 158 K 0.001 0.003 0.050 0.001 0.004 0.503 0.001 0.001 0.001 0.013 0.426 0.001 0.001 159 G 0.001 0.001 0.671 0.001 0.004 0.121 0.001 0.001 0.001 0.130 0.071 0.001 0.001