# TARGET T0255 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0255.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.0696 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.185 0.101 0.054 0.105 0.082 0.086 0.102 0.082 0.084 0.067 0.052 2 N 0.158 0.111 0.057 0.127 0.114 0.103 0.117 0.077 0.062 0.043 0.031 3 S 0.175 0.147 0.109 0.175 0.122 0.091 0.080 0.043 0.030 0.017 0.010 4 K 0.117 0.119 0.071 0.176 0.159 0.126 0.115 0.055 0.034 0.019 0.009 5 N 0.017 0.011 0.010 0.029 0.036 0.049 0.118 0.154 0.205 0.201 0.170 6 T 0.012 0.040 0.042 0.133 0.168 0.175 0.188 0.105 0.075 0.040 0.023 7 I 0.006 0.013 0.014 0.045 0.053 0.082 0.189 0.192 0.184 0.142 0.081 8 C 0.005 0.007 0.008 0.032 0.049 0.078 0.176 0.189 0.181 0.154 0.122 9 L 0.006 0.006 0.010 0.016 0.019 0.032 0.118 0.149 0.231 0.233 0.180 10 W 0.003 0.012 0.018 0.084 0.133 0.142 0.203 0.150 0.124 0.083 0.047 11 Y 0.002 0.010 0.015 0.024 0.026 0.038 0.105 0.144 0.212 0.234 0.190 12 D 0.024 0.098 0.079 0.228 0.263 0.140 0.116 0.035 0.014 0.004 0.001 13 S 0.755 0.107 0.056 0.053 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 14 A 0.106 0.235 0.125 0.239 0.142 0.086 0.044 0.011 0.006 0.003 0.002 15 A 0.003 0.005 0.007 0.013 0.022 0.063 0.219 0.203 0.225 0.144 0.095 16 L 0.098 0.072 0.110 0.231 0.202 0.159 0.086 0.023 0.012 0.004 0.002 17 E 0.037 0.095 0.477 0.194 0.093 0.059 0.034 0.007 0.002 0.001 0.001 18 A 0.002 0.003 0.027 0.018 0.018 0.034 0.110 0.133 0.218 0.247 0.191 19 A 0.002 0.001 0.011 0.012 0.025 0.060 0.253 0.205 0.193 0.157 0.082 20 T 0.006 0.028 0.580 0.275 0.084 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 21 F 0.001 0.007 0.040 0.034 0.087 0.215 0.348 0.133 0.076 0.043 0.017 22 Y 0.002 0.006 0.017 0.024 0.023 0.031 0.115 0.167 0.238 0.216 0.162 23 A 0.005 0.009 0.019 0.040 0.089 0.146 0.316 0.160 0.115 0.069 0.033 24 E 0.107 0.117 0.458 0.200 0.077 0.024 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 25 T 0.028 0.058 0.047 0.100 0.125 0.156 0.254 0.113 0.074 0.033 0.012 26 F 0.008 0.010 0.007 0.020 0.028 0.050 0.118 0.157 0.213 0.207 0.183 27 P 0.273 0.366 0.125 0.121 0.061 0.029 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 28 D 0.407 0.145 0.081 0.153 0.090 0.060 0.038 0.014 0.007 0.004 0.001 29 S 0.320 0.141 0.037 0.091 0.075 0.072 0.096 0.063 0.050 0.035 0.021 30 A 0.082 0.090 0.076 0.188 0.131 0.129 0.129 0.065 0.053 0.034 0.022 31 V 0.032 0.033 0.046 0.073 0.078 0.118 0.181 0.142 0.133 0.103 0.061 32 L 0.016 0.028 0.062 0.095 0.096 0.142 0.199 0.140 0.112 0.072 0.038 33 A 0.029 0.049 0.081 0.134 0.125 0.117 0.162 0.111 0.089 0.064 0.038 34 V 0.013 0.023 0.045 0.081 0.093 0.100 0.159 0.128 0.147 0.125 0.085 35 H 0.022 0.043 0.062 0.134 0.156 0.162 0.184 0.102 0.077 0.041 0.018 36 R 0.026 0.049 0.051 0.131 0.149 0.143 0.179 0.109 0.087 0.051 0.024 37 A 0.071 0.091 0.081 0.134 0.140 0.131 0.161 0.087 0.057 0.033 0.015 38 P 0.381 0.192 0.072 0.135 0.084 0.049 0.047 0.020 0.012 0.006 0.002 39 G 0.573 0.140 0.038 0.086 0.059 0.039 0.033 0.015 0.010 0.006 0.003 40 D 0.307 0.297 0.061 0.142 0.076 0.045 0.036 0.016 0.011 0.007 0.004 41 Y 0.039 0.036 0.017 0.071 0.098 0.118 0.191 0.150 0.136 0.089 0.053 42 P 0.320 0.210 0.063 0.127 0.091 0.068 0.059 0.028 0.019 0.010 0.005 43 S 0.305 0.219 0.081 0.156 0.093 0.057 0.047 0.020 0.013 0.007 0.004 44 G 0.386 0.106 0.036 0.108 0.085 0.076 0.074 0.048 0.037 0.026 0.018 45 K 0.313 0.244 0.082 0.135 0.084 0.060 0.041 0.018 0.011 0.007 0.004 46 E 0.200 0.229 0.117 0.211 0.111 0.060 0.041 0.016 0.009 0.004 0.002 47 G 0.183 0.134 0.054 0.149 0.138 0.122 0.113 0.053 0.031 0.016 0.007 48 D 0.058 0.157 0.122 0.319 0.186 0.091 0.047 0.012 0.005 0.002 0.001 49 V 0.002 0.004 0.006 0.026 0.044 0.062 0.154 0.178 0.215 0.184 0.125 50 L 0.002 0.006 0.009 0.053 0.095 0.168 0.312 0.187 0.100 0.047 0.022 51 T 0.002 0.018 0.031 0.156 0.188 0.195 0.186 0.107 0.065 0.036 0.015 52 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.054 0.121 0.228 0.307 0.270 53 E 0.006 0.025 0.032 0.244 0.258 0.167 0.134 0.067 0.038 0.019 0.010 54 F 0.001 0.003 0.005 0.006 0.007 0.012 0.054 0.109 0.248 0.304 0.251 55 R 0.012 0.044 0.060 0.325 0.280 0.157 0.081 0.026 0.010 0.004 0.002 56 V 0.003 0.006 0.009 0.012 0.016 0.024 0.094 0.132 0.243 0.248 0.215 57 M 0.040 0.081 0.053 0.277 0.235 0.145 0.105 0.038 0.017 0.007 0.003 58 G 0.298 0.201 0.051 0.149 0.097 0.065 0.061 0.032 0.023 0.013 0.010 59 I 0.030 0.062 0.034 0.117 0.127 0.116 0.156 0.137 0.105 0.073 0.041 60 P 0.111 0.133 0.046 0.188 0.171 0.138 0.109 0.044 0.029 0.016 0.014 61 C 0.005 0.003 0.002 0.007 0.009 0.018 0.060 0.124 0.231 0.260 0.283 62 L 0.008 0.012 0.008 0.035 0.049 0.081 0.187 0.189 0.191 0.129 0.110 63 G 0.007 0.007 0.006 0.013 0.011 0.019 0.055 0.100 0.193 0.255 0.335 64 L 0.011 0.011 0.009 0.037 0.049 0.074 0.140 0.155 0.186 0.171 0.157 65 N 0.032 0.040 0.031 0.084 0.089 0.103 0.162 0.153 0.143 0.099 0.064 66 G 0.135 0.091 0.038 0.125 0.118 0.108 0.119 0.085 0.073 0.064 0.045 67 G 0.100 0.118 0.043 0.125 0.118 0.096 0.117 0.092 0.084 0.062 0.045 68 P 0.224 0.113 0.035 0.092 0.095 0.094 0.108 0.075 0.069 0.055 0.041 69 A 0.235 0.123 0.045 0.135 0.108 0.089 0.100 0.056 0.047 0.034 0.027 70 F 0.052 0.033 0.015 0.051 0.062 0.080 0.130 0.128 0.160 0.153 0.136 71 R 0.206 0.210 0.097 0.177 0.112 0.072 0.052 0.028 0.021 0.014 0.011 72 H 0.102 0.061 0.035 0.092 0.098 0.112 0.146 0.108 0.098 0.083 0.066 73 S 0.142 0.113 0.047 0.105 0.106 0.104 0.136 0.091 0.073 0.052 0.033 74 E 0.145 0.126 0.063 0.215 0.155 0.100 0.086 0.041 0.032 0.021 0.016 75 A 0.031 0.018 0.013 0.033 0.038 0.051 0.109 0.129 0.185 0.200 0.192 76 F 0.017 0.017 0.020 0.064 0.080 0.107 0.199 0.159 0.155 0.108 0.074 77 S 0.007 0.017 0.022 0.061 0.064 0.086 0.155 0.164 0.172 0.137 0.116 78 F 0.010 0.010 0.019 0.034 0.037 0.056 0.140 0.182 0.206 0.183 0.123 79 Q 0.014 0.022 0.037 0.078 0.100 0.126 0.203 0.146 0.135 0.084 0.055 80 V 0.004 0.005 0.010 0.016 0.017 0.024 0.071 0.117 0.216 0.280 0.239 81 A 0.022 0.060 0.039 0.147 0.176 0.166 0.196 0.092 0.060 0.027 0.015 82 T 0.013 0.019 0.020 0.025 0.031 0.049 0.159 0.178 0.217 0.171 0.119 83 D 0.399 0.224 0.078 0.149 0.087 0.036 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 84 D 0.064 0.298 0.080 0.196 0.124 0.093 0.080 0.033 0.018 0.009 0.005 85 Q 0.207 0.132 0.078 0.175 0.189 0.119 0.065 0.020 0.011 0.004 0.002 86 A 0.774 0.099 0.054 0.042 0.014 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 87 E 0.009 0.024 0.059 0.116 0.119 0.189 0.259 0.117 0.064 0.032 0.012 88 T 0.003 0.002 0.016 0.008 0.010 0.026 0.145 0.193 0.229 0.219 0.149 89 D 0.005 0.017 0.234 0.254 0.207 0.159 0.078 0.027 0.012 0.006 0.002 90 R 0.009 0.028 0.415 0.224 0.158 0.092 0.049 0.015 0.006 0.003 0.001 91 L 0.001 0.001 0.008 0.008 0.012 0.025 0.131 0.154 0.241 0.250 0.170 92 W 0.001 0.001 0.010 0.006 0.013 0.044 0.263 0.204 0.198 0.156 0.106 93 N 0.003 0.014 0.571 0.207 0.117 0.047 0.024 0.009 0.004 0.003 0.001 94 A 0.001 0.007 0.061 0.059 0.153 0.263 0.308 0.093 0.035 0.015 0.006 95 I 0.001 0.001 0.005 0.003 0.002 0.003 0.019 0.055 0.190 0.330 0.392 96 V 0.001 0.001 0.004 0.023 0.086 0.171 0.363 0.174 0.109 0.046 0.022 97 D 0.046 0.101 0.538 0.203 0.063 0.030 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 98 N 0.172 0.130 0.081 0.143 0.126 0.142 0.136 0.038 0.018 0.010 0.004 99 G 0.278 0.135 0.026 0.064 0.043 0.049 0.089 0.084 0.087 0.078 0.068 100 G 0.262 0.237 0.055 0.111 0.097 0.068 0.065 0.037 0.031 0.021 0.017 101 E 0.219 0.238 0.097 0.175 0.099 0.072 0.055 0.022 0.014 0.007 0.004 102 E 0.133 0.094 0.051 0.150 0.168 0.148 0.128 0.059 0.036 0.019 0.012 103 S 0.177 0.113 0.068 0.176 0.139 0.103 0.090 0.056 0.039 0.024 0.016 104 A 0.132 0.118 0.066 0.164 0.161 0.132 0.115 0.050 0.034 0.017 0.009 105 C 0.012 0.016 0.011 0.034 0.043 0.073 0.160 0.177 0.189 0.163 0.122 106 G 0.076 0.065 0.022 0.094 0.106 0.116 0.157 0.119 0.096 0.084 0.064 107 W 0.031 0.043 0.026 0.088 0.105 0.121 0.186 0.132 0.117 0.088 0.063 108 C 0.025 0.014 0.010 0.031 0.032 0.043 0.102 0.125 0.184 0.219 0.215 109 R 0.043 0.070 0.040 0.167 0.174 0.135 0.138 0.090 0.070 0.043 0.032 110 D 0.014 0.027 0.014 0.056 0.067 0.077 0.152 0.176 0.186 0.142 0.090 111 K 0.088 0.099 0.058 0.166 0.165 0.140 0.122 0.069 0.046 0.028 0.020 112 W 0.024 0.021 0.011 0.054 0.068 0.092 0.209 0.173 0.160 0.118 0.071 113 G 0.028 0.022 0.014 0.063 0.079 0.099 0.172 0.164 0.163 0.116 0.080 114 I 0.010 0.008 0.010 0.019 0.019 0.030 0.094 0.145 0.235 0.232 0.198 115 S 0.007 0.012 0.015 0.044 0.050 0.080 0.167 0.196 0.192 0.137 0.099 116 W 0.006 0.010 0.010 0.027 0.028 0.054 0.142 0.203 0.216 0.186 0.119 117 Q 0.012 0.012 0.017 0.035 0.043 0.064 0.149 0.164 0.199 0.172 0.134 118 I 0.006 0.011 0.015 0.030 0.032 0.042 0.102 0.144 0.199 0.211 0.207 119 T 0.001 0.011 0.008 0.026 0.031 0.037 0.098 0.153 0.224 0.233 0.176 120 P 0.004 0.011 0.014 0.052 0.106 0.154 0.223 0.160 0.140 0.080 0.055 121 R 0.333 0.127 0.171 0.161 0.100 0.053 0.034 0.011 0.006 0.003 0.002 122 V 0.007 0.020 0.026 0.133 0.172 0.201 0.220 0.097 0.065 0.036 0.024 123 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.023 0.062 0.192 0.306 0.406 124 S 0.007 0.008 0.029 0.077 0.141 0.234 0.297 0.110 0.062 0.024 0.012 125 E 0.047 0.069 0.579 0.186 0.063 0.031 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 126 A 0.002 0.004 0.008 0.017 0.037 0.100 0.311 0.205 0.160 0.104 0.053 127 I 0.004 0.003 0.004 0.007 0.009 0.017 0.068 0.113 0.220 0.277 0.278 128 A 0.080 0.142 0.248 0.160 0.133 0.096 0.077 0.028 0.018 0.010 0.006 129 S 0.272 0.172 0.132 0.153 0.091 0.077 0.063 0.023 0.011 0.005 0.001 130 P 0.481 0.124 0.036 0.060 0.066 0.060 0.066 0.043 0.028 0.023 0.013 131 D 0.065 0.383 0.068 0.117 0.067 0.070 0.080 0.049 0.043 0.033 0.024 132 R 0.268 0.111 0.113 0.189 0.165 0.087 0.043 0.012 0.007 0.002 0.001 133 A 0.859 0.066 0.042 0.020 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.005 0.022 0.095 0.169 0.150 0.202 0.213 0.085 0.039 0.015 0.006 135 A 0.009 0.003 0.034 0.012 0.014 0.041 0.167 0.206 0.227 0.183 0.105 136 R 0.006 0.021 0.599 0.224 0.095 0.040 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 137 R 0.005 0.029 0.614 0.177 0.092 0.049 0.024 0.006 0.003 0.001 0.001 138 A 0.002 0.003 0.038 0.015 0.019 0.049 0.174 0.134 0.193 0.195 0.177 139 F 0.003 0.003 0.063 0.021 0.035 0.109 0.443 0.184 0.095 0.034 0.010 140 E 0.004 0.013 0.746 0.165 0.050 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 141 A 0.005 0.018 0.352 0.100 0.121 0.148 0.170 0.046 0.023 0.011 0.005 142 M 0.012 0.012 0.328 0.037 0.019 0.020 0.077 0.091 0.159 0.133 0.111 143 M 0.005 0.010 0.235 0.115 0.148 0.172 0.205 0.065 0.027 0.013 0.005 144 T 0.022 0.056 0.676 0.137 0.064 0.029 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 145 M 0.013 0.023 0.160 0.072 0.097 0.128 0.243 0.109 0.086 0.049 0.021 146 G 0.160 0.115 0.214 0.123 0.084 0.072 0.116 0.054 0.034 0.019 0.009 147 R 0.033 0.075 0.315 0.239 0.148 0.101 0.060 0.018 0.008 0.004 0.001 148 I 0.038 0.043 0.246 0.072 0.081 0.088 0.172 0.110 0.085 0.046 0.018 149 D 0.012 0.112 0.376 0.223 0.114 0.073 0.058 0.018 0.008 0.004 0.002 150 I 0.006 0.022 0.195 0.076 0.097 0.108 0.206 0.109 0.092 0.059 0.029 151 A 0.374 0.083 0.338 0.115 0.047 0.022 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 152 T 0.007 0.038 0.199 0.265 0.210 0.143 0.103 0.023 0.008 0.003 0.001 153 I 0.002 0.006 0.117 0.016 0.015 0.022 0.091 0.123 0.213 0.223 0.169 154 E 0.007 0.012 0.219 0.242 0.221 0.146 0.100 0.031 0.014 0.005 0.001 155 K 0.010 0.046 0.729 0.116 0.062 0.023 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 156 A 0.008 0.016 0.076 0.061 0.077 0.140 0.267 0.145 0.109 0.068 0.032 157 F 0.060 0.035 0.076 0.056 0.064 0.093 0.246 0.154 0.117 0.069 0.032 158 K 0.141 0.216 0.359 0.150 0.072 0.032 0.018 0.007 0.003 0.002 0.001 159 G 0.394 0.202 0.109 0.099 0.069 0.043 0.035 0.019 0.015 0.011 0.005