# TARGET T0255 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0255.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 69 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 N 0.038 0.039 0.017 0.032 0.004 0.036 0.833 3 S 0.041 0.010 0.040 0.023 0.284 0.122 0.480 4 K 0.122 0.007 0.051 0.027 0.235 0.160 0.397 5 N 0.438 0.014 0.011 0.019 0.082 0.040 0.396 6 T 0.551 0.012 0.008 0.015 0.072 0.011 0.331 7 I 0.741 0.016 0.017 0.015 0.033 0.015 0.163 8 C 0.853 0.006 0.018 0.011 0.022 0.014 0.076 9 L 0.892 0.012 0.009 0.008 0.017 0.006 0.056 10 W 0.836 0.019 0.005 0.005 0.015 0.010 0.110 11 Y 0.577 0.021 0.004 0.003 0.063 0.028 0.303 12 D 0.159 0.007 0.008 0.004 0.323 0.146 0.352 13 S 0.019 0.008 0.010 0.010 0.620 0.231 0.101 14 A 0.019 0.019 0.039 0.181 0.354 0.133 0.255 15 A 0.001 0.001 0.046 0.936 0.005 0.009 0.003 16 L 0.001 0.001 0.010 0.984 0.001 0.004 0.001 17 E 0.001 0.001 0.009 0.984 0.001 0.005 0.001 18 A 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.009 0.001 19 A 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.010 0.001 20 T 0.001 0.001 0.005 0.978 0.002 0.012 0.001 21 F 0.001 0.001 0.005 0.977 0.002 0.013 0.002 22 Y 0.002 0.001 0.010 0.969 0.002 0.011 0.005 23 A 0.003 0.001 0.018 0.940 0.003 0.032 0.004 24 E 0.004 0.001 0.018 0.875 0.005 0.093 0.005 25 T 0.007 0.003 0.018 0.764 0.043 0.132 0.034 26 F 0.035 0.012 0.015 0.268 0.189 0.157 0.322 27 P 0.006 0.002 0.021 0.040 0.121 0.733 0.078 28 D 0.007 0.001 0.029 0.008 0.103 0.811 0.040 29 S 0.192 0.015 0.037 0.015 0.195 0.107 0.438 30 A 0.531 0.022 0.023 0.016 0.083 0.058 0.267 31 V 0.798 0.012 0.016 0.010 0.034 0.024 0.106 32 L 0.845 0.009 0.010 0.007 0.017 0.012 0.100 33 A 0.871 0.004 0.008 0.008 0.023 0.014 0.071 34 V 0.906 0.008 0.004 0.007 0.012 0.005 0.057 35 H 0.830 0.010 0.005 0.011 0.020 0.008 0.117 36 R 0.593 0.019 0.006 0.014 0.080 0.027 0.261 37 A 0.216 0.021 0.006 0.012 0.136 0.032 0.576 38 P 0.059 0.015 0.031 0.016 0.196 0.196 0.487 39 G 0.044 0.012 0.057 0.021 0.252 0.402 0.212 40 D 0.041 0.020 0.099 0.020 0.280 0.276 0.265 41 Y 0.060 0.032 0.059 0.021 0.368 0.077 0.383 42 P 0.097 0.036 0.051 0.023 0.198 0.135 0.461 43 S 0.089 0.037 0.057 0.022 0.187 0.268 0.340 44 G 0.051 0.018 0.038 0.011 0.269 0.200 0.413 45 K 0.042 0.030 0.048 0.006 0.240 0.104 0.530 46 E 0.027 0.007 0.063 0.004 0.272 0.515 0.112 47 G 0.044 0.006 0.054 0.002 0.277 0.474 0.142 48 D 0.261 0.038 0.016 0.001 0.163 0.027 0.494 49 V 0.739 0.019 0.002 0.001 0.026 0.005 0.209 50 L 0.924 0.006 0.001 0.001 0.017 0.002 0.049 51 T 0.959 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.033 52 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 53 E 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 54 F 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 55 R 0.978 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 56 V 0.945 0.004 0.001 0.001 0.005 0.005 0.040 57 M 0.063 0.002 0.010 0.001 0.086 0.826 0.013 58 G 0.017 0.001 0.005 0.001 0.073 0.894 0.010 59 I 0.584 0.004 0.001 0.001 0.039 0.011 0.360 60 P 0.859 0.011 0.001 0.001 0.026 0.005 0.098 61 C 0.961 0.007 0.001 0.001 0.006 0.003 0.021 62 L 0.966 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 0.023 63 G 0.924 0.003 0.003 0.002 0.010 0.006 0.052 64 L 0.756 0.007 0.005 0.003 0.051 0.033 0.144 65 N 0.238 0.013 0.014 0.006 0.330 0.151 0.248 66 G 0.087 0.012 0.013 0.003 0.428 0.178 0.279 67 G 0.065 0.040 0.021 0.004 0.261 0.072 0.537 68 P 0.060 0.042 0.033 0.006 0.247 0.125 0.486 69 A 0.102 0.045 0.044 0.006 0.281 0.166 0.356 70 F 0.174 0.071 0.022 0.006 0.235 0.067 0.425 71 R 0.143 0.055 0.013 0.004 0.150 0.066 0.568 72 H 0.109 0.038 0.017 0.004 0.303 0.121 0.408 73 S 0.063 0.015 0.014 0.001 0.301 0.041 0.564 74 E 0.069 0.009 0.035 0.002 0.487 0.172 0.226 75 A 0.481 0.025 0.025 0.002 0.120 0.129 0.219 76 F 0.776 0.013 0.004 0.001 0.018 0.004 0.184 77 S 0.959 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.029 78 F 0.980 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 79 Q 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 80 V 0.952 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.041 81 A 0.881 0.012 0.001 0.001 0.008 0.002 0.096 82 T 0.432 0.030 0.004 0.001 0.065 0.029 0.440 83 D 0.044 0.027 0.002 0.001 0.643 0.031 0.252 84 D 0.011 0.009 0.001 0.004 0.550 0.007 0.418 85 Q 0.001 0.001 0.033 0.873 0.034 0.031 0.027 86 A 0.001 0.001 0.021 0.943 0.007 0.025 0.003 87 E 0.001 0.001 0.024 0.957 0.002 0.015 0.002 88 T 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.004 0.001 89 D 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.006 0.002 90 R 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.011 0.002 91 L 0.001 0.001 0.002 0.983 0.002 0.011 0.002 92 W 0.001 0.001 0.004 0.982 0.003 0.009 0.002 93 N 0.001 0.001 0.008 0.972 0.002 0.015 0.003 94 A 0.001 0.001 0.011 0.945 0.003 0.036 0.004 95 I 0.004 0.003 0.013 0.907 0.015 0.045 0.013 96 V 0.010 0.004 0.031 0.775 0.028 0.110 0.042 97 D 0.008 0.005 0.025 0.541 0.052 0.311 0.058 98 N 0.002 0.001 0.017 0.180 0.137 0.576 0.087 99 G 0.004 0.003 0.020 0.074 0.197 0.554 0.148 100 G 0.030 0.010 0.023 0.050 0.207 0.122 0.558 101 E 0.173 0.055 0.066 0.093 0.132 0.076 0.405 102 E 0.222 0.025 0.051 0.079 0.127 0.060 0.436 103 S 0.221 0.026 0.036 0.039 0.146 0.059 0.474 104 A 0.251 0.025 0.041 0.020 0.191 0.136 0.336 105 C 0.322 0.039 0.035 0.017 0.111 0.135 0.341 106 G 0.345 0.017 0.038 0.027 0.167 0.098 0.308 107 W 0.577 0.036 0.025 0.024 0.066 0.044 0.228 108 C 0.432 0.024 0.030 0.037 0.077 0.070 0.330 109 R 0.437 0.083 0.023 0.034 0.146 0.088 0.189 110 D 0.222 0.023 0.025 0.039 0.163 0.118 0.409 111 K 0.097 0.021 0.031 0.023 0.179 0.441 0.208 112 W 0.105 0.015 0.023 0.019 0.201 0.410 0.227 113 G 0.183 0.030 0.022 0.014 0.295 0.184 0.272 114 I 0.246 0.039 0.025 0.044 0.126 0.049 0.471 115 S 0.373 0.028 0.042 0.047 0.119 0.072 0.319 116 W 0.448 0.011 0.069 0.075 0.106 0.139 0.152 117 Q 0.562 0.012 0.058 0.048 0.088 0.089 0.144 118 I 0.564 0.095 0.017 0.019 0.064 0.023 0.218 119 T 0.367 0.029 0.003 0.007 0.107 0.008 0.481 120 P 0.043 0.005 0.070 0.376 0.111 0.071 0.325 121 R 0.001 0.001 0.099 0.854 0.013 0.026 0.007 122 V 0.001 0.001 0.056 0.907 0.005 0.026 0.005 123 L 0.001 0.001 0.023 0.963 0.003 0.008 0.003 124 S 0.001 0.001 0.030 0.952 0.003 0.012 0.003 125 E 0.001 0.001 0.053 0.891 0.003 0.046 0.005 126 A 0.001 0.002 0.089 0.822 0.004 0.079 0.004 127 I 0.005 0.008 0.052 0.585 0.097 0.230 0.024 128 A 0.005 0.004 0.028 0.253 0.068 0.561 0.079 129 S 0.004 0.006 0.013 0.080 0.383 0.140 0.375 130 P 0.005 0.016 0.022 0.057 0.375 0.098 0.427 131 D 0.004 0.010 0.010 0.084 0.270 0.031 0.591 132 R 0.001 0.001 0.043 0.920 0.012 0.017 0.008 133 A 0.001 0.001 0.024 0.945 0.005 0.021 0.005 134 A 0.001 0.001 0.015 0.956 0.002 0.022 0.004 135 A 0.001 0.001 0.001 0.985 0.003 0.007 0.004 136 R 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.007 0.002 137 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.006 0.002 138 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 139 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 140 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 141 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.010 0.001 142 M 0.001 0.001 0.001 0.982 0.003 0.012 0.003 143 M 0.001 0.001 0.003 0.946 0.005 0.042 0.004 144 T 0.001 0.001 0.004 0.748 0.006 0.236 0.005 145 M 0.001 0.001 0.006 0.686 0.035 0.195 0.076 146 G 0.002 0.001 0.010 0.673 0.067 0.139 0.108 147 R 0.012 0.005 0.011 0.706 0.069 0.050 0.147 148 I 0.017 0.006 0.009 0.816 0.025 0.015 0.112 149 D 0.004 0.001 0.003 0.947 0.011 0.009 0.024 150 I 0.003 0.001 0.001 0.982 0.006 0.003 0.005 151 A 0.002 0.001 0.001 0.989 0.001 0.003 0.004 152 T 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.005 0.002 153 I 0.001 0.001 0.001 0.980 0.004 0.011 0.003 154 E 0.001 0.001 0.002 0.963 0.008 0.019 0.007 155 K 0.001 0.001 0.005 0.906 0.008 0.069 0.010 156 A 0.001 0.002 0.014 0.752 0.025 0.142 0.065 157 F 0.003 0.010 0.028 0.543 0.061 0.249 0.106 158 K 0.006 0.010 0.024 0.215 0.030 0.395 0.319 159 G 0.001 0.001 0.002 0.010 0.005 0.011 0.971