# TARGET T0255 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0255.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 18.0696 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.457 0.144 0.145 0.152 0.027 0.029 0.019 0.004 0.019 0.003 0.001 2 N 0.268 0.138 0.212 0.174 0.041 0.048 0.067 0.007 0.038 0.008 0.001 3 S 0.369 0.116 0.226 0.164 0.045 0.023 0.025 0.012 0.011 0.006 0.001 4 K 0.263 0.233 0.185 0.139 0.076 0.019 0.044 0.016 0.017 0.008 0.001 5 N 0.088 0.287 0.284 0.154 0.040 0.060 0.040 0.004 0.040 0.001 0.001 6 T 0.021 0.626 0.206 0.013 0.080 0.019 0.005 0.001 0.028 0.001 0.001 7 I 0.034 0.439 0.427 0.013 0.022 0.042 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 8 C 0.024 0.640 0.191 0.009 0.055 0.034 0.004 0.001 0.041 0.001 0.001 9 L 0.035 0.672 0.176 0.007 0.035 0.047 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 10 W 0.032 0.571 0.210 0.022 0.038 0.078 0.007 0.001 0.039 0.001 0.001 11 Y 0.034 0.522 0.191 0.036 0.115 0.052 0.010 0.001 0.035 0.004 0.001 12 D 0.032 0.146 0.465 0.020 0.052 0.163 0.018 0.001 0.093 0.009 0.001 13 S 0.869 0.003 0.015 0.078 0.004 0.005 0.017 0.006 0.001 0.002 0.001 14 A 0.791 0.006 0.024 0.144 0.005 0.008 0.008 0.007 0.004 0.003 0.001 15 A 0.959 0.003 0.008 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.986 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.994 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 T 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 F 0.970 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 Y 0.931 0.014 0.008 0.036 0.002 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 23 A 0.904 0.025 0.032 0.022 0.006 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 24 E 0.907 0.020 0.021 0.037 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 25 T 0.613 0.029 0.033 0.306 0.003 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 26 F 0.045 0.149 0.289 0.012 0.011 0.027 0.010 0.001 0.455 0.001 0.001 27 P 0.503 0.004 0.435 0.023 0.001 0.017 0.004 0.001 0.001 0.004 0.007 28 D 0.340 0.022 0.081 0.344 0.017 0.029 0.096 0.060 0.006 0.004 0.001 29 S 0.247 0.169 0.251 0.177 0.080 0.014 0.023 0.026 0.010 0.004 0.001 30 A 0.188 0.317 0.310 0.065 0.045 0.036 0.017 0.003 0.017 0.002 0.001 31 V 0.087 0.570 0.256 0.010 0.018 0.042 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 32 L 0.326 0.392 0.076 0.125 0.046 0.016 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 33 A 0.042 0.540 0.217 0.012 0.150 0.020 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 34 V 0.070 0.745 0.095 0.020 0.032 0.015 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 35 H 0.096 0.607 0.122 0.051 0.063 0.028 0.004 0.001 0.026 0.002 0.001 36 R 0.086 0.439 0.239 0.087 0.066 0.038 0.009 0.001 0.032 0.002 0.001 37 A 0.024 0.351 0.375 0.004 0.070 0.013 0.014 0.001 0.144 0.004 0.001 38 P 0.123 0.009 0.750 0.020 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 39 G 0.095 0.070 0.135 0.036 0.194 0.005 0.025 0.217 0.004 0.218 0.001 40 D 0.151 0.159 0.271 0.226 0.027 0.087 0.034 0.003 0.035 0.003 0.005 41 Y 0.032 0.248 0.497 0.011 0.038 0.026 0.016 0.001 0.128 0.002 0.001 42 P 0.237 0.015 0.663 0.020 0.001 0.027 0.001 0.001 0.002 0.001 0.033 43 S 0.191 0.056 0.411 0.259 0.016 0.032 0.011 0.007 0.010 0.003 0.002 44 G 0.051 0.016 0.141 0.024 0.086 0.003 0.018 0.337 0.003 0.321 0.001 45 K 0.287 0.164 0.363 0.107 0.021 0.022 0.006 0.003 0.020 0.004 0.002 46 E 0.087 0.080 0.516 0.141 0.011 0.033 0.094 0.007 0.022 0.007 0.002 47 G 0.012 0.005 0.026 0.017 0.066 0.001 0.122 0.660 0.001 0.091 0.001 48 D 0.049 0.311 0.366 0.098 0.063 0.074 0.014 0.002 0.023 0.001 0.001 49 V 0.004 0.771 0.184 0.002 0.020 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 50 L 0.013 0.733 0.146 0.028 0.033 0.030 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 51 T 0.001 0.774 0.121 0.001 0.097 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 52 V 0.001 0.866 0.013 0.001 0.113 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 53 E 0.001 0.886 0.089 0.001 0.013 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 54 F 0.001 0.884 0.067 0.001 0.028 0.011 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 55 R 0.002 0.865 0.092 0.001 0.013 0.014 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 56 V 0.029 0.702 0.128 0.007 0.007 0.067 0.001 0.001 0.059 0.001 0.001 57 M 0.041 0.212 0.229 0.118 0.084 0.027 0.216 0.003 0.053 0.017 0.001 58 G 0.004 0.001 0.008 0.008 0.022 0.001 0.233 0.644 0.001 0.077 0.001 59 I 0.005 0.371 0.562 0.001 0.020 0.012 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 60 P 0.317 0.005 0.542 0.020 0.001 0.080 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 61 C 0.029 0.717 0.073 0.010 0.124 0.015 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 62 L 0.032 0.746 0.111 0.015 0.021 0.028 0.002 0.001 0.043 0.001 0.001 63 G 0.044 0.338 0.280 0.026 0.189 0.055 0.017 0.006 0.033 0.008 0.002 64 L 0.100 0.397 0.167 0.118 0.091 0.069 0.007 0.003 0.042 0.004 0.001 65 N 0.057 0.074 0.160 0.243 0.039 0.103 0.240 0.015 0.055 0.012 0.002 66 G 0.040 0.022 0.116 0.107 0.107 0.010 0.172 0.313 0.004 0.105 0.004 67 G 0.042 0.033 0.276 0.005 0.127 0.002 0.010 0.042 0.012 0.450 0.001 68 P 0.396 0.008 0.352 0.039 0.006 0.015 0.004 0.003 0.001 0.005 0.171 69 A 0.259 0.141 0.171 0.309 0.038 0.032 0.018 0.011 0.017 0.002 0.001 70 F 0.065 0.349 0.316 0.097 0.064 0.039 0.013 0.004 0.052 0.002 0.001 71 R 0.125 0.265 0.372 0.061 0.026 0.078 0.030 0.005 0.034 0.003 0.002 72 H 0.124 0.263 0.200 0.152 0.089 0.069 0.037 0.009 0.050 0.005 0.001 73 S 0.080 0.233 0.195 0.072 0.261 0.027 0.062 0.014 0.034 0.021 0.002 74 E 0.195 0.142 0.242 0.257 0.085 0.029 0.021 0.008 0.010 0.006 0.006 75 A 0.018 0.485 0.142 0.037 0.293 0.005 0.004 0.006 0.005 0.003 0.001 76 F 0.003 0.751 0.067 0.008 0.157 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 77 S 0.001 0.794 0.032 0.001 0.169 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 78 F 0.001 0.845 0.025 0.001 0.122 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.892 0.069 0.001 0.020 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 80 V 0.001 0.890 0.051 0.001 0.026 0.013 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 81 A 0.010 0.552 0.323 0.005 0.018 0.072 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 82 T 0.052 0.602 0.161 0.017 0.107 0.030 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 83 D 0.571 0.013 0.020 0.374 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 84 D 0.020 0.258 0.169 0.092 0.278 0.058 0.014 0.001 0.105 0.004 0.001 85 Q 0.897 0.022 0.020 0.044 0.003 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 86 A 0.944 0.003 0.012 0.031 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 87 E 0.879 0.003 0.007 0.096 0.002 0.004 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 88 T 0.953 0.002 0.006 0.034 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 D 0.982 0.001 0.004 0.008 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 90 R 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 W 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 A 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 I 0.981 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 V 0.904 0.007 0.017 0.065 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 97 D 0.825 0.009 0.046 0.094 0.003 0.003 0.015 0.002 0.001 0.002 0.001 98 N 0.141 0.006 0.018 0.669 0.006 0.004 0.120 0.029 0.006 0.002 0.001 99 G 0.030 0.006 0.101 0.023 0.050 0.002 0.161 0.391 0.002 0.233 0.001 100 G 0.091 0.041 0.353 0.052 0.132 0.020 0.037 0.117 0.004 0.151 0.003 101 E 0.225 0.295 0.273 0.066 0.078 0.034 0.007 0.003 0.014 0.005 0.001 102 E 0.346 0.203 0.204 0.151 0.019 0.051 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 103 S 0.134 0.352 0.195 0.078 0.174 0.014 0.009 0.003 0.035 0.004 0.001 104 A 0.305 0.113 0.336 0.075 0.084 0.032 0.016 0.014 0.010 0.011 0.006 105 C 0.151 0.286 0.199 0.195 0.093 0.017 0.019 0.009 0.023 0.005 0.001 106 G 0.103 0.075 0.120 0.035 0.335 0.005 0.032 0.092 0.006 0.198 0.001 107 W 0.164 0.313 0.268 0.087 0.087 0.042 0.011 0.006 0.015 0.004 0.002 108 C 0.098 0.443 0.216 0.067 0.070 0.055 0.010 0.002 0.035 0.003 0.001 109 R 0.200 0.350 0.189 0.124 0.059 0.036 0.012 0.002 0.024 0.005 0.001 110 D 0.062 0.209 0.292 0.046 0.123 0.120 0.057 0.003 0.082 0.004 0.002 111 K 0.547 0.126 0.064 0.179 0.018 0.033 0.011 0.005 0.013 0.002 0.002 112 W 0.219 0.163 0.157 0.319 0.054 0.009 0.055 0.006 0.016 0.003 0.001 113 G 0.124 0.028 0.084 0.042 0.124 0.004 0.043 0.378 0.002 0.171 0.001 114 I 0.231 0.539 0.138 0.031 0.032 0.016 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 115 S 0.556 0.203 0.147 0.031 0.026 0.019 0.003 0.001 0.010 0.004 0.001 116 W 0.667 0.152 0.087 0.027 0.040 0.013 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 117 Q 0.717 0.135 0.061 0.026 0.010 0.029 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 118 I 0.688 0.142 0.100 0.042 0.007 0.013 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 119 T 0.668 0.082 0.119 0.008 0.011 0.020 0.007 0.001 0.081 0.003 0.001 120 P 0.952 0.001 0.038 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 R 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 V 0.966 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 L 0.973 0.001 0.002 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 124 S 0.989 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 E 0.983 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 A 0.870 0.001 0.004 0.122 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 I 0.652 0.019 0.065 0.231 0.004 0.012 0.005 0.002 0.010 0.001 0.001 128 A 0.260 0.019 0.073 0.595 0.004 0.021 0.013 0.007 0.004 0.003 0.001 129 S 0.035 0.218 0.437 0.005 0.103 0.016 0.023 0.002 0.145 0.017 0.001 130 P 0.720 0.002 0.146 0.073 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 131 D 0.071 0.082 0.223 0.083 0.049 0.239 0.005 0.001 0.243 0.002 0.001 132 R 0.969 0.001 0.003 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 A 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.975 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 A 0.981 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 R 0.987 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 R 0.986 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 A 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 A 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 M 0.958 0.001 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 M 0.963 0.003 0.016 0.013 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 144 T 0.731 0.003 0.010 0.250 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 M 0.262 0.032 0.232 0.309 0.012 0.022 0.074 0.019 0.036 0.002 0.001 146 G 0.192 0.051 0.165 0.081 0.063 0.010 0.158 0.221 0.005 0.055 0.001 147 R 0.287 0.201 0.205 0.097 0.047 0.080 0.049 0.007 0.012 0.012 0.002 148 I 0.054 0.551 0.253 0.014 0.063 0.039 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 149 D 0.014 0.058 0.458 0.003 0.007 0.400 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 150 I 0.990 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.985 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 T 0.888 0.003 0.002 0.097 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 153 I 0.987 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 E 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 K 0.964 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 A 0.880 0.003 0.018 0.092 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 157 F 0.733 0.027 0.039 0.166 0.006 0.007 0.013 0.003 0.004 0.002 0.001 158 K 0.278 0.054 0.115 0.481 0.012 0.014 0.027 0.006 0.012 0.002 0.001 159 G 0.069 0.018 0.105 0.027 0.071 0.004 0.060 0.290 0.005 0.350 0.001