# TARGET T0255 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0255.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 69 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.075 0.085 0.061 0.038 0.097 0.026 0.056 0.187 0.154 0.162 0.059 2 N 0.112 0.139 0.068 0.026 0.174 0.014 0.021 0.137 0.162 0.101 0.047 3 S 0.028 0.117 0.073 0.036 0.071 0.041 0.100 0.257 0.204 0.061 0.012 4 K 0.105 0.109 0.043 0.012 0.144 0.010 0.045 0.100 0.117 0.257 0.058 5 N 0.239 0.187 0.043 0.010 0.314 0.006 0.009 0.022 0.021 0.059 0.090 6 T 0.050 0.335 0.157 0.018 0.253 0.021 0.039 0.061 0.034 0.020 0.011 7 I 0.271 0.106 0.035 0.015 0.307 0.010 0.017 0.087 0.056 0.032 0.065 8 C 0.095 0.169 0.031 0.024 0.356 0.044 0.081 0.105 0.048 0.025 0.022 9 L 0.206 0.120 0.014 0.003 0.441 0.006 0.018 0.036 0.033 0.046 0.077 10 W 0.307 0.097 0.026 0.011 0.329 0.011 0.018 0.018 0.017 0.047 0.118 11 Y 0.053 0.203 0.166 0.188 0.105 0.058 0.022 0.017 0.024 0.120 0.044 12 D 0.034 0.281 0.154 0.176 0.093 0.047 0.042 0.057 0.044 0.047 0.025 13 S 0.008 0.021 0.030 0.109 0.014 0.092 0.088 0.216 0.166 0.226 0.029 14 A 0.021 0.292 0.208 0.015 0.040 0.005 0.023 0.227 0.076 0.074 0.019 15 A 0.009 0.012 0.004 0.002 0.007 0.003 0.002 0.710 0.184 0.058 0.010 16 L 0.001 0.005 0.003 0.002 0.002 0.004 0.008 0.885 0.087 0.002 0.001 17 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.907 0.071 0.008 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.910 0.081 0.006 0.001 19 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.890 0.098 0.004 0.001 20 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.912 0.071 0.003 0.001 21 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.921 0.051 0.007 0.001 22 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.820 0.150 0.012 0.002 23 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.660 0.303 0.014 0.001 24 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.115 0.729 0.133 0.011 0.001 25 T 0.016 0.018 0.003 0.002 0.024 0.017 0.253 0.372 0.132 0.156 0.006 26 F 0.230 0.182 0.059 0.007 0.320 0.004 0.007 0.043 0.022 0.054 0.071 27 P 0.012 0.032 0.026 0.056 0.020 0.143 0.157 0.316 0.169 0.061 0.009 28 D 0.070 0.070 0.050 0.028 0.105 0.011 0.020 0.093 0.118 0.339 0.096 29 S 0.089 0.281 0.054 0.009 0.242 0.011 0.022 0.083 0.085 0.093 0.033 30 A 0.194 0.153 0.028 0.005 0.405 0.007 0.024 0.082 0.031 0.042 0.031 31 V 0.400 0.068 0.007 0.005 0.370 0.006 0.007 0.039 0.014 0.019 0.066 32 L 0.142 0.195 0.043 0.038 0.386 0.059 0.030 0.047 0.013 0.017 0.032 33 A 0.282 0.092 0.019 0.004 0.485 0.004 0.006 0.026 0.011 0.021 0.051 34 V 0.375 0.073 0.009 0.007 0.406 0.008 0.008 0.020 0.011 0.017 0.066 35 H 0.159 0.193 0.034 0.014 0.479 0.011 0.014 0.033 0.013 0.018 0.033 36 R 0.220 0.169 0.067 0.014 0.307 0.010 0.013 0.030 0.023 0.063 0.085 37 A 0.111 0.274 0.176 0.052 0.247 0.012 0.015 0.033 0.022 0.023 0.036 38 P 0.053 0.140 0.093 0.072 0.098 0.048 0.072 0.164 0.142 0.085 0.032 39 G 0.038 0.139 0.102 0.060 0.094 0.051 0.107 0.150 0.129 0.105 0.026 40 D 0.099 0.093 0.076 0.043 0.137 0.030 0.051 0.100 0.100 0.194 0.075 41 Y 0.079 0.221 0.151 0.046 0.153 0.028 0.041 0.080 0.068 0.085 0.048 42 P 0.077 0.199 0.206 0.060 0.156 0.037 0.037 0.087 0.050 0.055 0.034 43 S 0.055 0.120 0.098 0.069 0.105 0.062 0.113 0.127 0.097 0.118 0.034 44 G 0.081 0.088 0.102 0.105 0.101 0.061 0.056 0.135 0.082 0.125 0.064 45 K 0.081 0.107 0.146 0.097 0.113 0.073 0.051 0.098 0.063 0.126 0.046 46 E 0.040 0.134 0.052 0.078 0.078 0.131 0.228 0.108 0.074 0.055 0.021 47 G 0.048 0.029 0.045 0.076 0.047 0.015 0.015 0.028 0.057 0.474 0.166 48 D 0.124 0.328 0.069 0.013 0.326 0.011 0.025 0.020 0.021 0.037 0.026 49 V 0.462 0.044 0.003 0.001 0.421 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.060 50 L 0.135 0.143 0.010 0.023 0.540 0.052 0.060 0.008 0.003 0.010 0.015 51 T 0.481 0.021 0.001 0.001 0.459 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 52 V 0.299 0.054 0.002 0.002 0.601 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 53 E 0.412 0.012 0.001 0.001 0.416 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.150 54 F 0.149 0.183 0.006 0.001 0.647 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 55 R 0.676 0.019 0.003 0.001 0.204 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.091 56 V 0.017 0.010 0.049 0.581 0.015 0.265 0.019 0.010 0.009 0.013 0.011 57 M 0.001 0.014 0.025 0.823 0.001 0.051 0.068 0.011 0.004 0.002 0.001 58 G 0.006 0.009 0.017 0.045 0.005 0.028 0.033 0.027 0.067 0.674 0.089 59 I 0.025 0.546 0.112 0.008 0.287 0.003 0.004 0.004 0.005 0.002 0.003 60 P 0.484 0.015 0.002 0.002 0.405 0.001 0.003 0.002 0.002 0.004 0.081 61 C 0.259 0.095 0.010 0.013 0.488 0.014 0.038 0.021 0.009 0.013 0.039 62 L 0.245 0.080 0.010 0.003 0.517 0.007 0.014 0.012 0.010 0.033 0.069 63 G 0.318 0.109 0.036 0.012 0.389 0.009 0.007 0.007 0.008 0.020 0.086 64 L 0.167 0.120 0.048 0.051 0.167 0.038 0.043 0.036 0.058 0.162 0.109 65 N 0.073 0.125 0.084 0.118 0.114 0.057 0.090 0.070 0.070 0.141 0.058 66 G 0.040 0.101 0.125 0.160 0.078 0.043 0.032 0.044 0.070 0.239 0.067 67 G 0.048 0.169 0.210 0.113 0.096 0.056 0.051 0.061 0.076 0.081 0.039 68 P 0.124 0.200 0.094 0.017 0.225 0.016 0.031 0.077 0.096 0.078 0.042 69 A 0.123 0.135 0.069 0.019 0.193 0.020 0.056 0.084 0.120 0.128 0.052 70 F 0.126 0.256 0.118 0.024 0.244 0.019 0.027 0.040 0.038 0.064 0.044 71 R 0.122 0.198 0.097 0.030 0.234 0.031 0.058 0.076 0.051 0.044 0.057 72 H 0.160 0.132 0.069 0.050 0.167 0.051 0.043 0.047 0.072 0.116 0.093 73 S 0.052 0.262 0.176 0.092 0.166 0.039 0.043 0.042 0.060 0.051 0.017 74 E 0.066 0.065 0.035 0.024 0.080 0.040 0.087 0.137 0.255 0.166 0.045 75 A 0.154 0.186 0.059 0.010 0.349 0.004 0.008 0.013 0.032 0.113 0.071 76 F 0.284 0.110 0.011 0.002 0.522 0.001 0.002 0.001 0.002 0.011 0.055 77 S 0.282 0.088 0.006 0.003 0.569 0.008 0.007 0.002 0.001 0.004 0.028 78 F 0.186 0.124 0.004 0.004 0.663 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 79 Q 0.417 0.015 0.001 0.001 0.543 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 80 V 0.160 0.210 0.007 0.002 0.602 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 81 A 0.304 0.024 0.004 0.001 0.299 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.336 82 T 0.228 0.236 0.045 0.005 0.351 0.003 0.005 0.013 0.021 0.036 0.057 83 D 0.011 0.025 0.016 0.017 0.033 0.099 0.308 0.271 0.143 0.066 0.011 84 D 0.064 0.449 0.284 0.010 0.167 0.001 0.001 0.005 0.003 0.007 0.010 85 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.551 0.433 0.009 0.001 86 A 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.895 0.087 0.003 0.001 87 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.824 0.135 0.037 0.001 88 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.908 0.088 0.002 0.001 89 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.951 0.044 0.001 0.001 90 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.971 0.025 0.001 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.031 0.001 0.001 92 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.069 0.001 0.001 93 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.956 0.040 0.001 0.001 94 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.968 0.019 0.002 0.001 95 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.894 0.084 0.006 0.001 96 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 0.837 0.098 0.017 0.001 97 D 0.001 0.185 0.070 0.008 0.012 0.035 0.277 0.355 0.046 0.012 0.001 98 N 0.068 0.185 0.110 0.015 0.054 0.002 0.004 0.013 0.011 0.309 0.228 99 G 0.070 0.208 0.150 0.042 0.083 0.013 0.011 0.019 0.023 0.182 0.198 100 G 0.079 0.220 0.065 0.054 0.170 0.043 0.044 0.098 0.078 0.089 0.059 101 E 0.141 0.227 0.045 0.007 0.279 0.014 0.035 0.081 0.065 0.063 0.042 102 E 0.139 0.166 0.044 0.023 0.232 0.028 0.043 0.060 0.062 0.129 0.074 103 S 0.065 0.193 0.323 0.100 0.162 0.028 0.023 0.031 0.024 0.025 0.024 104 A 0.084 0.093 0.111 0.043 0.134 0.043 0.115 0.209 0.086 0.043 0.037 105 C 0.080 0.208 0.125 0.071 0.155 0.050 0.043 0.052 0.054 0.115 0.047 106 G 0.052 0.116 0.118 0.215 0.099 0.061 0.030 0.042 0.047 0.151 0.068 107 W 0.226 0.143 0.038 0.007 0.306 0.005 0.012 0.069 0.043 0.075 0.078 108 C 0.168 0.183 0.031 0.008 0.365 0.013 0.022 0.094 0.029 0.040 0.048 109 R 0.110 0.180 0.021 0.013 0.419 0.022 0.028 0.082 0.032 0.054 0.040 110 D 0.181 0.162 0.247 0.049 0.158 0.017 0.015 0.054 0.040 0.026 0.052 111 K 0.020 0.017 0.021 0.020 0.018 0.032 0.115 0.450 0.257 0.035 0.014 112 W 0.006 0.620 0.254 0.030 0.055 0.003 0.004 0.005 0.005 0.014 0.004 113 G 0.048 0.065 0.050 0.071 0.060 0.025 0.015 0.017 0.025 0.383 0.239 114 I 0.141 0.265 0.044 0.004 0.413 0.004 0.007 0.027 0.025 0.032 0.037 115 S 0.136 0.144 0.038 0.020 0.318 0.022 0.054 0.090 0.078 0.045 0.055 116 W 0.152 0.181 0.051 0.010 0.402 0.015 0.028 0.060 0.039 0.034 0.029 117 Q 0.164 0.203 0.046 0.004 0.442 0.003 0.010 0.032 0.026 0.022 0.048 118 I 0.153 0.151 0.076 0.011 0.254 0.013 0.022 0.066 0.050 0.083 0.121 119 T 0.020 0.464 0.349 0.019 0.096 0.003 0.003 0.016 0.008 0.014 0.008 120 P 0.029 0.090 0.019 0.003 0.103 0.002 0.007 0.464 0.256 0.018 0.008 121 R 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.006 0.030 0.798 0.151 0.007 0.001 122 V 0.003 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.016 0.819 0.105 0.039 0.002 123 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.828 0.140 0.023 0.001 124 S 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.013 0.801 0.168 0.006 0.001 125 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.040 0.773 0.164 0.011 0.002 126 A 0.002 0.004 0.002 0.004 0.004 0.015 0.150 0.567 0.176 0.073 0.003 127 I 0.030 0.051 0.007 0.003 0.054 0.006 0.049 0.337 0.231 0.198 0.033 128 A 0.017 0.053 0.019 0.011 0.032 0.018 0.037 0.088 0.090 0.599 0.038 129 S 0.077 0.344 0.066 0.003 0.418 0.002 0.006 0.029 0.015 0.023 0.017 130 P 0.010 0.069 0.024 0.009 0.034 0.031 0.157 0.320 0.170 0.156 0.021 131 D 0.281 0.091 0.030 0.002 0.359 0.001 0.003 0.081 0.027 0.052 0.074 132 R 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.778 0.195 0.011 0.002 133 A 0.002 0.008 0.004 0.001 0.004 0.003 0.008 0.919 0.042 0.007 0.002 134 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.896 0.069 0.030 0.001 135 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.048 0.004 0.001 136 R 0.001 0.008 0.002 0.001 0.003 0.001 0.007 0.928 0.043 0.005 0.001 137 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 0.933 0.035 0.011 0.001 138 A 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.903 0.051 0.022 0.006 139 F 0.001 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.936 0.038 0.005 0.001 140 E 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.011 0.907 0.062 0.009 0.001 141 A 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.015 0.866 0.101 0.008 0.001 142 M 0.001 0.010 0.003 0.002 0.003 0.003 0.021 0.798 0.139 0.019 0.002 143 M 0.002 0.041 0.013 0.005 0.008 0.007 0.025 0.607 0.154 0.127 0.011 144 T 0.005 0.005 0.002 0.001 0.006 0.003 0.014 0.244 0.130 0.552 0.039 145 M 0.074 0.145 0.024 0.003 0.114 0.005 0.008 0.178 0.157 0.234 0.059 146 G 0.005 0.078 0.035 0.010 0.039 0.011 0.108 0.541 0.142 0.027 0.002 147 R 0.126 0.114 0.038 0.007 0.184 0.004 0.023 0.240 0.120 0.111 0.034 148 I 0.059 0.239 0.056 0.014 0.393 0.020 0.040 0.141 0.015 0.009 0.014 149 D 0.239 0.227 0.057 0.002 0.282 0.002 0.003 0.098 0.009 0.016 0.064 150 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.826 0.151 0.009 0.002 151 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.959 0.031 0.001 0.001 152 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.037 0.006 0.001 153 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.037 0.003 0.001 154 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.914 0.075 0.004 0.001 155 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.890 0.087 0.007 0.001 156 A 0.003 0.007 0.003 0.001 0.004 0.002 0.064 0.766 0.123 0.024 0.003 157 F 0.006 0.049 0.020 0.005 0.016 0.015 0.178 0.517 0.110 0.079 0.005 158 K 0.017 0.443 0.129 0.034 0.060 0.026 0.080 0.091 0.027 0.074 0.018 159 G 0.060 0.094 0.145 0.058 0.069 0.030 0.018 0.035 0.027 0.293 0.171