# TARGET T0255 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0255.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 69 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.779 0.152 0.049 0.017 0.003 0.001 0.001 2 N 0.605 0.187 0.093 0.075 0.031 0.008 0.001 3 S 0.600 0.201 0.095 0.055 0.035 0.013 0.002 4 K 0.526 0.249 0.107 0.062 0.034 0.019 0.004 5 N 0.219 0.138 0.178 0.236 0.142 0.077 0.012 6 T 0.205 0.162 0.167 0.202 0.166 0.085 0.014 7 I 0.253 0.221 0.144 0.148 0.152 0.074 0.009 8 C 0.178 0.123 0.141 0.175 0.195 0.167 0.020 9 L 0.053 0.036 0.054 0.159 0.208 0.391 0.099 10 W 0.035 0.068 0.104 0.189 0.302 0.259 0.043 11 Y 0.050 0.055 0.090 0.227 0.354 0.203 0.022 12 D 0.179 0.336 0.284 0.141 0.048 0.011 0.001 13 S 0.534 0.295 0.109 0.045 0.014 0.003 0.001 14 A 0.117 0.372 0.289 0.158 0.050 0.012 0.002 15 A 0.010 0.049 0.174 0.336 0.355 0.074 0.002 16 L 0.136 0.478 0.286 0.079 0.017 0.003 0.001 17 E 0.110 0.413 0.299 0.140 0.031 0.007 0.001 18 A 0.006 0.020 0.051 0.173 0.456 0.278 0.016 19 A 0.007 0.048 0.180 0.362 0.300 0.095 0.008 20 T 0.060 0.335 0.349 0.200 0.042 0.011 0.002 21 F 0.014 0.054 0.118 0.230 0.358 0.208 0.019 22 Y 0.001 0.004 0.011 0.065 0.269 0.529 0.121 23 A 0.019 0.113 0.255 0.321 0.202 0.075 0.014 24 E 0.109 0.298 0.288 0.201 0.079 0.023 0.002 25 T 0.020 0.065 0.123 0.250 0.321 0.204 0.019 26 F 0.032 0.089 0.179 0.340 0.280 0.075 0.005 27 P 0.391 0.388 0.153 0.053 0.012 0.002 0.001 28 D 0.377 0.360 0.163 0.075 0.021 0.004 0.001 29 S 0.255 0.317 0.222 0.144 0.051 0.011 0.001 30 A 0.202 0.278 0.235 0.175 0.084 0.024 0.002 31 V 0.083 0.099 0.170 0.271 0.246 0.117 0.014 32 L 0.087 0.132 0.176 0.237 0.220 0.131 0.017 33 A 0.068 0.108 0.146 0.197 0.235 0.209 0.037 34 V 0.026 0.034 0.073 0.158 0.270 0.355 0.084 35 H 0.042 0.097 0.155 0.252 0.261 0.170 0.023 36 R 0.077 0.154 0.228 0.236 0.195 0.097 0.011 37 A 0.116 0.135 0.184 0.267 0.213 0.078 0.006 38 P 0.420 0.305 0.166 0.079 0.025 0.006 0.001 39 G 0.582 0.242 0.107 0.049 0.016 0.004 0.001 40 D 0.665 0.217 0.074 0.032 0.010 0.002 0.001 41 Y 0.401 0.232 0.186 0.128 0.046 0.007 0.001 42 P 0.595 0.233 0.106 0.052 0.012 0.002 0.001 43 S 0.719 0.204 0.051 0.020 0.005 0.001 0.001 44 G 0.598 0.233 0.101 0.051 0.015 0.002 0.001 45 K 0.521 0.275 0.125 0.062 0.015 0.002 0.001 46 E 0.440 0.359 0.135 0.054 0.010 0.001 0.001 47 G 0.227 0.372 0.212 0.132 0.048 0.008 0.001 48 D 0.036 0.192 0.291 0.310 0.141 0.028 0.001 49 V 0.006 0.021 0.055 0.166 0.309 0.385 0.059 50 L 0.002 0.008 0.023 0.082 0.262 0.465 0.158 51 T 0.002 0.011 0.046 0.129 0.230 0.382 0.201 52 V 0.001 0.001 0.004 0.018 0.088 0.422 0.467 53 E 0.001 0.011 0.064 0.205 0.271 0.270 0.178 54 F 0.001 0.001 0.004 0.020 0.140 0.489 0.345 55 R 0.002 0.042 0.205 0.358 0.251 0.117 0.025 56 V 0.004 0.017 0.038 0.144 0.350 0.383 0.064 57 M 0.034 0.191 0.285 0.259 0.153 0.070 0.008 58 G 0.066 0.195 0.204 0.243 0.188 0.094 0.008 59 I 0.015 0.084 0.179 0.273 0.275 0.158 0.015 60 P 0.009 0.079 0.168 0.313 0.275 0.137 0.021 61 C 0.003 0.006 0.016 0.046 0.161 0.462 0.307 62 L 0.003 0.009 0.019 0.059 0.150 0.358 0.403 63 G 0.003 0.005 0.013 0.030 0.066 0.276 0.607 64 L 0.002 0.004 0.009 0.024 0.060 0.260 0.641 65 N 0.004 0.009 0.020 0.052 0.117 0.345 0.453 66 G 0.005 0.011 0.022 0.063 0.168 0.377 0.353 67 G 0.027 0.083 0.134 0.184 0.253 0.207 0.112 68 P 0.040 0.123 0.195 0.246 0.201 0.143 0.052 69 A 0.088 0.227 0.218 0.215 0.164 0.075 0.013 70 F 0.035 0.095 0.181 0.320 0.259 0.097 0.013 71 R 0.213 0.383 0.242 0.114 0.037 0.011 0.001 72 H 0.125 0.168 0.195 0.247 0.185 0.071 0.009 73 S 0.139 0.237 0.205 0.206 0.135 0.067 0.010 74 E 0.113 0.241 0.239 0.207 0.123 0.062 0.015 75 A 0.025 0.059 0.090 0.175 0.230 0.310 0.112 76 F 0.009 0.028 0.060 0.129 0.260 0.365 0.149 77 S 0.014 0.052 0.118 0.213 0.256 0.238 0.109 78 F 0.008 0.022 0.046 0.088 0.178 0.423 0.235 79 Q 0.011 0.058 0.169 0.323 0.284 0.131 0.023 80 V 0.006 0.018 0.040 0.130 0.313 0.415 0.079 81 A 0.044 0.204 0.295 0.289 0.133 0.032 0.002 82 T 0.023 0.065 0.155 0.329 0.306 0.115 0.008 83 D 0.355 0.435 0.148 0.048 0.011 0.002 0.001 84 D 0.249 0.321 0.232 0.155 0.039 0.004 0.001 85 Q 0.366 0.374 0.192 0.056 0.010 0.002 0.001 86 A 0.422 0.392 0.134 0.042 0.009 0.001 0.001 87 E 0.054 0.181 0.274 0.281 0.171 0.038 0.002 88 T 0.012 0.039 0.084 0.255 0.409 0.193 0.008 89 D 0.047 0.290 0.391 0.206 0.056 0.010 0.001 90 R 0.063 0.260 0.342 0.236 0.083 0.015 0.001 91 L 0.015 0.019 0.025 0.094 0.346 0.464 0.036 92 W 0.008 0.017 0.062 0.267 0.445 0.194 0.006 93 N 0.061 0.448 0.349 0.114 0.024 0.004 0.001 94 A 0.045 0.173 0.358 0.323 0.089 0.012 0.001 95 I 0.015 0.035 0.063 0.222 0.439 0.220 0.006 96 V 0.098 0.263 0.333 0.233 0.066 0.007 0.001 97 D 0.677 0.278 0.038 0.006 0.001 0.001 0.001 98 N 0.493 0.346 0.128 0.028 0.004 0.001 0.001 99 G 0.441 0.304 0.156 0.077 0.020 0.002 0.001 100 G 0.494 0.285 0.134 0.066 0.019 0.003 0.001 101 E 0.463 0.294 0.142 0.076 0.021 0.004 0.001 102 E 0.307 0.254 0.184 0.146 0.083 0.024 0.002 103 S 0.189 0.255 0.225 0.186 0.109 0.032 0.004 104 A 0.215 0.212 0.190 0.201 0.121 0.052 0.009 105 C 0.164 0.141 0.139 0.190 0.191 0.143 0.031 106 G 0.136 0.139 0.147 0.198 0.207 0.140 0.032 107 W 0.137 0.177 0.172 0.205 0.173 0.109 0.028 108 C 0.094 0.079 0.081 0.153 0.222 0.274 0.096 109 R 0.112 0.155 0.180 0.224 0.169 0.125 0.034 110 D 0.118 0.101 0.106 0.135 0.215 0.234 0.091 111 K 0.082 0.129 0.167 0.231 0.191 0.140 0.061 112 W 0.117 0.107 0.111 0.164 0.188 0.231 0.083 113 G 0.100 0.105 0.143 0.209 0.201 0.178 0.064 114 I 0.090 0.088 0.112 0.131 0.188 0.275 0.116 115 S 0.077 0.100 0.128 0.198 0.201 0.202 0.094 116 W 0.039 0.038 0.069 0.130 0.226 0.338 0.160 117 Q 0.048 0.076 0.134 0.201 0.249 0.209 0.082 118 I 0.032 0.054 0.078 0.143 0.234 0.345 0.113 119 T 0.025 0.051 0.072 0.209 0.264 0.304 0.076 120 P 0.078 0.119 0.163 0.227 0.241 0.153 0.019 121 R 0.157 0.277 0.223 0.199 0.111 0.031 0.003 122 V 0.053 0.126 0.228 0.284 0.211 0.087 0.010 123 L 0.020 0.023 0.038 0.146 0.333 0.400 0.041 124 S 0.066 0.226 0.286 0.252 0.134 0.033 0.003 125 E 0.160 0.324 0.282 0.164 0.055 0.014 0.001 126 A 0.042 0.096 0.178 0.283 0.299 0.098 0.004 127 I 0.095 0.142 0.205 0.276 0.214 0.065 0.002 128 A 0.354 0.342 0.183 0.091 0.026 0.004 0.001 129 S 0.498 0.315 0.130 0.045 0.010 0.002 0.001 130 P 0.576 0.252 0.112 0.047 0.011 0.002 0.001 131 D 0.593 0.279 0.091 0.031 0.006 0.001 0.001 132 R 0.510 0.318 0.134 0.033 0.004 0.001 0.001 133 A 0.817 0.165 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 134 A 0.200 0.351 0.291 0.130 0.026 0.002 0.001 135 A 0.049 0.145 0.241 0.331 0.203 0.031 0.001 136 R 0.175 0.519 0.238 0.059 0.008 0.001 0.001 137 R 0.172 0.385 0.300 0.122 0.019 0.002 0.001 138 A 0.061 0.073 0.085 0.185 0.342 0.240 0.014 139 F 0.017 0.044 0.142 0.323 0.346 0.118 0.009 140 E 0.162 0.377 0.299 0.130 0.027 0.005 0.001 141 A 0.078 0.140 0.234 0.308 0.193 0.044 0.003 142 M 0.027 0.029 0.041 0.107 0.288 0.431 0.078 143 M 0.125 0.194 0.240 0.274 0.131 0.033 0.003 144 T 0.304 0.364 0.187 0.093 0.041 0.011 0.001 145 M 0.066 0.107 0.160 0.278 0.236 0.135 0.017 146 G 0.119 0.207 0.211 0.227 0.169 0.063 0.005 147 R 0.200 0.277 0.227 0.172 0.095 0.028 0.002 148 I 0.221 0.204 0.175 0.199 0.143 0.053 0.006 149 D 0.296 0.249 0.185 0.161 0.082 0.026 0.002 150 I 0.411 0.257 0.177 0.099 0.047 0.008 0.001 151 A 0.714 0.215 0.056 0.014 0.002 0.001 0.001 152 T 0.487 0.319 0.142 0.046 0.006 0.001 0.001 153 I 0.272 0.201 0.191 0.224 0.103 0.009 0.001 154 E 0.428 0.416 0.125 0.028 0.003 0.001 0.001 155 K 0.767 0.202 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 156 A 0.523 0.312 0.115 0.040 0.009 0.001 0.001 157 F 0.493 0.240 0.172 0.081 0.012 0.001 0.001 158 K 0.769 0.191 0.034 0.005 0.001 0.001 0.001 159 G 0.775 0.178 0.036 0.009 0.002 0.001 0.001