# TARGET T0255 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0255.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95.2774 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.017 0.023 0.022 0.223 0.670 2 N 0.085 0.030 0.039 0.019 0.351 0.477 3 S 0.082 0.012 0.095 0.014 0.486 0.310 4 K 0.130 0.009 0.050 0.005 0.483 0.323 5 N 0.531 0.013 0.012 0.002 0.217 0.224 6 T 0.758 0.007 0.002 0.001 0.060 0.173 7 I 0.890 0.004 0.002 0.002 0.025 0.077 8 C 0.955 0.002 0.002 0.004 0.012 0.027 9 L 0.974 0.001 0.002 0.005 0.007 0.012 10 W 0.962 0.002 0.001 0.008 0.007 0.020 11 Y 0.860 0.005 0.002 0.019 0.032 0.082 12 D 0.284 0.006 0.003 0.042 0.272 0.392 13 S 0.010 0.002 0.062 0.414 0.364 0.148 14 A 0.005 0.004 0.047 0.553 0.254 0.137 15 A 0.001 0.001 0.022 0.943 0.026 0.007 16 L 0.001 0.001 0.008 0.977 0.009 0.004 17 E 0.001 0.001 0.010 0.974 0.008 0.006 18 A 0.001 0.001 0.005 0.989 0.003 0.002 19 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.003 0.004 20 T 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 21 F 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.003 22 Y 0.001 0.001 0.005 0.988 0.004 0.002 23 A 0.001 0.001 0.019 0.971 0.008 0.002 24 E 0.001 0.001 0.015 0.964 0.015 0.005 25 T 0.001 0.001 0.019 0.869 0.045 0.065 26 F 0.005 0.013 0.015 0.178 0.257 0.533 27 P 0.006 0.004 0.018 0.051 0.358 0.562 28 D 0.012 0.003 0.054 0.047 0.543 0.342 29 S 0.043 0.003 0.094 0.050 0.585 0.225 30 A 0.298 0.012 0.092 0.071 0.351 0.176 31 V 0.725 0.012 0.015 0.051 0.083 0.114 32 L 0.856 0.005 0.005 0.033 0.034 0.066 33 A 0.869 0.004 0.004 0.028 0.027 0.067 34 V 0.806 0.010 0.006 0.026 0.046 0.107 35 H 0.618 0.021 0.007 0.024 0.105 0.225 36 R 0.342 0.028 0.013 0.015 0.216 0.386 37 A 0.099 0.022 0.011 0.006 0.422 0.439 38 P 0.042 0.018 0.032 0.009 0.612 0.289 39 G 0.033 0.018 0.040 0.008 0.679 0.222 40 D 0.032 0.019 0.046 0.009 0.670 0.225 41 Y 0.038 0.037 0.038 0.012 0.527 0.347 42 P 0.035 0.037 0.037 0.015 0.509 0.366 43 S 0.027 0.038 0.061 0.028 0.550 0.295 44 G 0.029 0.024 0.079 0.023 0.590 0.255 45 K 0.050 0.026 0.123 0.033 0.604 0.164 46 E 0.089 0.021 0.082 0.025 0.563 0.221 47 G 0.103 0.007 0.034 0.007 0.553 0.297 48 D 0.340 0.008 0.009 0.001 0.255 0.386 49 V 0.867 0.010 0.002 0.001 0.031 0.089 50 L 0.966 0.003 0.001 0.001 0.009 0.022 51 T 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 52 V 0.978 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 53 E 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 54 F 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 55 R 0.954 0.004 0.001 0.001 0.013 0.028 56 V 0.764 0.007 0.004 0.002 0.198 0.025 57 M 0.161 0.002 0.009 0.002 0.782 0.045 58 G 0.072 0.003 0.013 0.003 0.860 0.049 59 I 0.479 0.019 0.005 0.002 0.394 0.101 60 P 0.759 0.009 0.005 0.002 0.052 0.173 61 C 0.919 0.018 0.007 0.002 0.017 0.037 62 L 0.924 0.008 0.008 0.003 0.019 0.038 63 G 0.867 0.008 0.013 0.005 0.041 0.066 64 L 0.644 0.014 0.012 0.007 0.114 0.209 65 N 0.266 0.013 0.014 0.008 0.303 0.396 66 G 0.098 0.018 0.022 0.020 0.428 0.416 67 G 0.052 0.025 0.060 0.016 0.491 0.357 68 P 0.068 0.027 0.192 0.050 0.468 0.196 69 A 0.058 0.022 0.270 0.056 0.404 0.191 70 F 0.085 0.048 0.135 0.064 0.425 0.243 71 R 0.110 0.030 0.059 0.043 0.455 0.304 72 H 0.087 0.036 0.049 0.025 0.399 0.404 73 S 0.082 0.024 0.034 0.005 0.652 0.203 74 E 0.068 0.006 0.064 0.003 0.677 0.182 75 A 0.160 0.005 0.035 0.001 0.453 0.346 76 F 0.754 0.019 0.004 0.001 0.120 0.101 77 S 0.887 0.002 0.001 0.001 0.019 0.091 78 F 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 79 Q 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 80 V 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 81 A 0.919 0.002 0.001 0.001 0.014 0.064 82 T 0.413 0.008 0.002 0.001 0.097 0.480 83 D 0.082 0.006 0.002 0.002 0.225 0.683 84 D 0.011 0.004 0.001 0.006 0.157 0.821 85 Q 0.001 0.001 0.022 0.923 0.034 0.018 86 A 0.001 0.001 0.019 0.968 0.009 0.003 87 E 0.001 0.001 0.018 0.972 0.007 0.002 88 T 0.001 0.001 0.003 0.987 0.003 0.005 89 D 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 90 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 92 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 93 N 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 94 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 95 I 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 96 V 0.001 0.001 0.010 0.978 0.010 0.001 97 D 0.001 0.001 0.007 0.965 0.023 0.004 98 N 0.001 0.001 0.005 0.899 0.042 0.051 99 G 0.002 0.005 0.004 0.041 0.192 0.756 100 G 0.009 0.009 0.016 0.007 0.234 0.726 101 E 0.094 0.040 0.142 0.021 0.411 0.291 102 E 0.127 0.012 0.244 0.024 0.407 0.187 103 S 0.172 0.009 0.248 0.034 0.345 0.192 104 A 0.388 0.020 0.086 0.035 0.256 0.216 105 C 0.553 0.011 0.027 0.032 0.171 0.206 106 G 0.795 0.005 0.009 0.009 0.070 0.112 107 W 0.932 0.006 0.003 0.007 0.021 0.029 108 C 0.940 0.005 0.002 0.003 0.018 0.032 109 R 0.825 0.014 0.001 0.003 0.056 0.101 110 D 0.262 0.020 0.003 0.002 0.668 0.044 111 K 0.026 0.003 0.015 0.003 0.930 0.023 112 W 0.016 0.002 0.025 0.004 0.934 0.020 113 G 0.133 0.012 0.015 0.002 0.816 0.023 114 I 0.570 0.018 0.005 0.003 0.126 0.278 115 S 0.912 0.016 0.002 0.002 0.023 0.046 116 W 0.957 0.002 0.002 0.003 0.015 0.022 117 Q 0.958 0.004 0.002 0.005 0.009 0.022 118 I 0.875 0.010 0.003 0.014 0.026 0.072 119 T 0.423 0.011 0.006 0.035 0.141 0.384 120 P 0.139 0.003 0.035 0.084 0.308 0.431 121 R 0.085 0.015 0.086 0.247 0.283 0.283 122 V 0.053 0.019 0.104 0.480 0.226 0.119 123 L 0.020 0.013 0.071 0.689 0.114 0.093 124 S 0.012 0.005 0.093 0.760 0.077 0.053 125 E 0.010 0.003 0.155 0.716 0.081 0.035 126 A 0.009 0.003 0.147 0.669 0.132 0.041 127 I 0.012 0.012 0.088 0.575 0.214 0.099 128 A 0.009 0.009 0.048 0.417 0.275 0.243 129 S 0.003 0.004 0.008 0.040 0.476 0.470 130 P 0.001 0.001 0.075 0.304 0.412 0.208 131 D 0.003 0.004 0.021 0.253 0.321 0.398 132 R 0.001 0.001 0.008 0.971 0.015 0.006 133 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 134 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 135 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 136 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 137 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 138 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 139 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 140 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 141 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 142 M 0.001 0.001 0.003 0.982 0.013 0.002 143 M 0.001 0.001 0.005 0.932 0.047 0.015 144 T 0.001 0.001 0.006 0.759 0.131 0.103 145 M 0.006 0.008 0.008 0.144 0.472 0.362 146 G 0.016 0.003 0.004 0.046 0.112 0.819 147 R 0.316 0.043 0.009 0.112 0.097 0.424 148 I 0.219 0.019 0.004 0.066 0.080 0.613 149 D 0.135 0.011 0.002 0.077 0.040 0.734 150 I 0.007 0.001 0.012 0.951 0.010 0.020 151 A 0.004 0.001 0.012 0.972 0.006 0.005 152 T 0.003 0.001 0.011 0.977 0.006 0.003 153 I 0.003 0.001 0.006 0.983 0.003 0.004 154 E 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 155 K 0.001 0.001 0.006 0.983 0.005 0.005 156 A 0.001 0.001 0.007 0.957 0.019 0.017 157 F 0.001 0.002 0.005 0.904 0.043 0.045 158 K 0.001 0.003 0.006 0.565 0.124 0.302 159 G 0.001 0.001 0.001 0.010 0.125 0.862