# TARGET T0255 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0255.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95.2774 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.021 0.741 0.004 0.016 0.020 0.001 0.001 0.001 0.108 0.060 0.008 0.019 2 N 0.001 0.009 0.835 0.003 0.012 0.008 0.001 0.001 0.001 0.089 0.033 0.004 0.006 3 S 0.001 0.007 0.477 0.005 0.052 0.013 0.001 0.001 0.001 0.263 0.169 0.007 0.006 4 K 0.001 0.006 0.280 0.015 0.049 0.006 0.001 0.001 0.004 0.200 0.415 0.006 0.016 5 N 0.009 0.024 0.553 0.008 0.016 0.002 0.006 0.002 0.049 0.156 0.041 0.061 0.073 6 T 0.026 0.019 0.395 0.013 0.004 0.002 0.015 0.008 0.192 0.068 0.005 0.134 0.119 7 I 0.046 0.011 0.165 0.020 0.003 0.006 0.049 0.070 0.438 0.021 0.004 0.046 0.122 8 C 0.124 0.006 0.036 0.022 0.004 0.011 0.139 0.270 0.280 0.006 0.005 0.052 0.045 9 L 0.191 0.005 0.033 0.006 0.005 0.010 0.201 0.204 0.209 0.009 0.009 0.045 0.074 10 W 0.132 0.008 0.106 0.007 0.005 0.011 0.106 0.118 0.287 0.019 0.013 0.085 0.104 11 Y 0.025 0.021 0.354 0.009 0.005 0.017 0.014 0.027 0.199 0.120 0.034 0.095 0.081 12 D 0.001 0.008 0.558 0.002 0.008 0.043 0.001 0.001 0.028 0.266 0.053 0.006 0.026 13 S 0.001 0.001 0.045 0.001 0.083 0.535 0.001 0.001 0.001 0.098 0.235 0.001 0.001 14 A 0.001 0.005 0.056 0.001 0.057 0.791 0.001 0.001 0.001 0.024 0.064 0.001 0.001 15 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.013 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 20 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 21 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 22 Y 0.001 0.001 0.011 0.001 0.005 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.054 0.907 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.054 0.818 0.001 0.001 0.001 0.004 0.121 0.001 0.001 25 T 0.001 0.001 0.021 0.001 0.060 0.590 0.001 0.001 0.001 0.020 0.305 0.001 0.002 26 F 0.001 0.013 0.376 0.001 0.011 0.064 0.001 0.001 0.001 0.447 0.083 0.003 0.001 27 P 0.001 0.005 0.717 0.001 0.030 0.026 0.001 0.001 0.001 0.091 0.127 0.001 0.002 28 D 0.001 0.001 0.122 0.001 0.317 0.197 0.001 0.001 0.001 0.095 0.264 0.001 0.002 29 S 0.001 0.002 0.096 0.003 0.431 0.205 0.001 0.001 0.003 0.095 0.155 0.002 0.006 30 A 0.005 0.016 0.117 0.007 0.316 0.316 0.005 0.004 0.041 0.035 0.062 0.034 0.043 31 V 0.045 0.019 0.083 0.042 0.096 0.259 0.018 0.021 0.131 0.029 0.020 0.028 0.210 32 L 0.108 0.012 0.073 0.074 0.030 0.138 0.029 0.021 0.107 0.029 0.015 0.304 0.062 33 A 0.106 0.012 0.054 0.004 0.022 0.136 0.032 0.059 0.199 0.011 0.016 0.068 0.281 34 V 0.139 0.014 0.094 0.038 0.017 0.116 0.048 0.059 0.118 0.019 0.026 0.096 0.217 35 H 0.106 0.022 0.164 0.024 0.018 0.078 0.026 0.021 0.074 0.063 0.072 0.210 0.123 36 R 0.027 0.025 0.300 0.015 0.026 0.052 0.008 0.005 0.041 0.219 0.102 0.046 0.133 37 A 0.003 0.031 0.541 0.006 0.015 0.014 0.001 0.001 0.007 0.252 0.052 0.043 0.035 38 P 0.001 0.012 0.348 0.006 0.052 0.013 0.001 0.001 0.002 0.135 0.406 0.005 0.018 39 G 0.001 0.012 0.229 0.002 0.046 0.007 0.001 0.001 0.001 0.272 0.412 0.010 0.007 40 D 0.002 0.028 0.419 0.002 0.047 0.007 0.001 0.001 0.002 0.281 0.179 0.006 0.027 41 Y 0.001 0.047 0.571 0.001 0.011 0.004 0.001 0.001 0.002 0.311 0.025 0.016 0.012 42 P 0.001 0.024 0.774 0.002 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.085 0.069 0.007 0.017 43 S 0.001 0.043 0.390 0.004 0.050 0.006 0.001 0.001 0.001 0.153 0.331 0.004 0.016 44 G 0.001 0.016 0.466 0.004 0.050 0.005 0.001 0.001 0.001 0.201 0.232 0.011 0.012 45 K 0.001 0.019 0.480 0.003 0.052 0.004 0.001 0.001 0.001 0.265 0.130 0.024 0.021 46 E 0.001 0.012 0.129 0.007 0.064 0.006 0.001 0.001 0.001 0.148 0.600 0.009 0.025 47 G 0.004 0.006 0.150 0.037 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.227 0.477 0.052 0.022 48 D 0.046 0.018 0.438 0.024 0.010 0.001 0.004 0.001 0.004 0.094 0.059 0.083 0.219 49 V 0.245 0.008 0.051 0.004 0.001 0.001 0.017 0.001 0.005 0.006 0.003 0.133 0.527 50 L 0.716 0.001 0.014 0.020 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.003 0.001 0.165 0.055 51 T 0.753 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.084 0.131 52 V 0.864 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.046 53 E 0.910 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.038 54 F 0.780 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.063 55 R 0.810 0.001 0.011 0.004 0.001 0.001 0.030 0.002 0.004 0.003 0.006 0.018 0.112 56 V 0.448 0.013 0.050 0.009 0.003 0.001 0.044 0.002 0.009 0.015 0.038 0.257 0.111 57 M 0.005 0.002 0.017 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.885 0.025 0.014 58 G 0.002 0.001 0.035 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.866 0.002 0.010 59 I 0.041 0.014 0.180 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.036 0.006 0.663 0.050 60 P 0.063 0.020 0.079 0.003 0.001 0.001 0.020 0.002 0.011 0.010 0.002 0.016 0.772 61 C 0.261 0.008 0.060 0.119 0.005 0.002 0.103 0.012 0.015 0.006 0.004 0.340 0.065 62 L 0.362 0.011 0.036 0.017 0.007 0.004 0.223 0.020 0.020 0.014 0.011 0.054 0.221 63 G 0.266 0.007 0.089 0.028 0.019 0.009 0.142 0.032 0.062 0.030 0.021 0.178 0.118 64 L 0.183 0.016 0.151 0.015 0.010 0.009 0.061 0.011 0.048 0.056 0.036 0.146 0.256 65 N 0.032 0.019 0.322 0.023 0.015 0.008 0.010 0.004 0.032 0.242 0.107 0.092 0.094 66 G 0.007 0.024 0.267 0.012 0.016 0.010 0.001 0.001 0.005 0.443 0.155 0.019 0.040 67 G 0.001 0.021 0.449 0.004 0.027 0.012 0.001 0.001 0.004 0.373 0.083 0.013 0.014 68 P 0.001 0.024 0.234 0.004 0.183 0.037 0.001 0.001 0.001 0.140 0.365 0.003 0.009 69 A 0.002 0.017 0.205 0.002 0.251 0.040 0.001 0.001 0.001 0.114 0.354 0.004 0.010 70 F 0.003 0.039 0.301 0.003 0.183 0.032 0.001 0.001 0.002 0.259 0.143 0.019 0.014 71 R 0.003 0.048 0.421 0.003 0.104 0.023 0.001 0.001 0.002 0.107 0.226 0.011 0.051 72 H 0.001 0.022 0.365 0.005 0.079 0.014 0.001 0.001 0.001 0.151 0.324 0.010 0.027 73 S 0.001 0.015 0.437 0.014 0.051 0.004 0.001 0.001 0.001 0.302 0.141 0.017 0.018 74 E 0.001 0.005 0.246 0.018 0.066 0.005 0.001 0.001 0.001 0.407 0.225 0.014 0.013 75 A 0.016 0.008 0.328 0.045 0.027 0.001 0.002 0.001 0.006 0.158 0.224 0.038 0.146 76 F 0.310 0.014 0.119 0.008 0.003 0.001 0.062 0.003 0.032 0.031 0.011 0.218 0.189 77 S 0.506 0.004 0.024 0.002 0.001 0.001 0.114 0.007 0.042 0.003 0.001 0.081 0.215 78 F 0.597 0.001 0.017 0.011 0.001 0.001 0.098 0.004 0.023 0.004 0.001 0.194 0.053 79 Q 0.614 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.151 0.006 0.035 0.003 0.001 0.034 0.138 80 V 0.395 0.001 0.024 0.002 0.001 0.001 0.116 0.007 0.036 0.004 0.001 0.353 0.061 81 A 0.294 0.003 0.097 0.005 0.001 0.001 0.090 0.007 0.079 0.020 0.006 0.041 0.357 82 T 0.052 0.027 0.401 0.018 0.014 0.002 0.029 0.005 0.048 0.101 0.077 0.139 0.089 83 D 0.003 0.023 0.260 0.002 0.011 0.002 0.001 0.001 0.008 0.460 0.191 0.018 0.021 84 D 0.001 0.006 0.481 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.461 0.034 0.001 0.005 85 Q 0.001 0.001 0.015 0.001 0.032 0.866 0.001 0.001 0.001 0.024 0.063 0.001 0.001 86 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 87 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 88 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 96 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 97 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.001 0.001 98 N 0.001 0.001 0.014 0.001 0.006 0.348 0.001 0.001 0.001 0.017 0.615 0.001 0.001 99 G 0.001 0.003 0.225 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.176 0.574 0.001 0.001 100 G 0.001 0.009 0.775 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.188 0.018 0.002 0.003 101 E 0.001 0.036 0.552 0.008 0.031 0.005 0.001 0.001 0.004 0.220 0.109 0.009 0.026 102 E 0.002 0.027 0.196 0.017 0.200 0.017 0.001 0.001 0.006 0.248 0.231 0.018 0.037 103 S 0.003 0.012 0.297 0.040 0.169 0.015 0.002 0.001 0.009 0.240 0.158 0.020 0.034 104 A 0.025 0.017 0.259 0.025 0.130 0.020 0.008 0.002 0.035 0.138 0.193 0.047 0.100 105 C 0.226 0.017 0.158 0.026 0.016 0.008 0.022 0.005 0.028 0.065 0.055 0.127 0.248 106 G 0.519 0.002 0.050 0.007 0.002 0.001 0.014 0.002 0.005 0.017 0.008 0.245 0.127 107 W 0.667 0.002 0.014 0.003 0.001 0.001 0.036 0.004 0.008 0.004 0.003 0.066 0.191 108 C 0.599 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.002 0.002 0.001 0.260 0.103 109 R 0.579 0.006 0.020 0.015 0.001 0.001 0.030 0.001 0.003 0.007 0.002 0.059 0.277 110 D 0.120 0.004 0.205 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.029 0.007 0.315 0.305 111 K 0.015 0.002 0.032 0.022 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.089 0.763 0.011 0.040 112 W 0.014 0.003 0.035 0.006 0.016 0.003 0.001 0.001 0.002 0.127 0.727 0.040 0.025 113 G 0.061 0.008 0.108 0.025 0.009 0.001 0.003 0.001 0.002 0.303 0.351 0.058 0.071 114 I 0.257 0.020 0.211 0.002 0.002 0.001 0.017 0.001 0.007 0.036 0.016 0.202 0.230 115 S 0.326 0.017 0.056 0.044 0.002 0.001 0.030 0.001 0.002 0.019 0.005 0.063 0.436 116 W 0.618 0.001 0.026 0.048 0.001 0.001 0.049 0.001 0.002 0.006 0.004 0.158 0.085 117 Q 0.719 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.061 0.001 0.003 0.003 0.002 0.091 0.112 118 I 0.531 0.006 0.039 0.003 0.001 0.001 0.086 0.001 0.008 0.004 0.001 0.094 0.227 119 T 0.108 0.005 0.330 0.012 0.001 0.002 0.012 0.001 0.016 0.018 0.003 0.325 0.167 120 P 0.036 0.006 0.295 0.011 0.021 0.065 0.007 0.001 0.011 0.078 0.091 0.013 0.366 121 R 0.018 0.008 0.140 0.011 0.085 0.277 0.004 0.001 0.005 0.131 0.130 0.173 0.016 122 V 0.011 0.019 0.125 0.002 0.128 0.420 0.004 0.001 0.017 0.061 0.082 0.015 0.114 123 L 0.003 0.023 0.105 0.008 0.098 0.631 0.001 0.001 0.002 0.034 0.063 0.007 0.023 124 S 0.002 0.006 0.059 0.005 0.126 0.654 0.001 0.001 0.001 0.029 0.100 0.007 0.009 125 E 0.001 0.003 0.066 0.002 0.126 0.612 0.001 0.001 0.002 0.040 0.136 0.003 0.010 126 A 0.002 0.010 0.071 0.001 0.149 0.593 0.001 0.001 0.001 0.033 0.127 0.004 0.007 127 I 0.002 0.020 0.140 0.001 0.075 0.438 0.001 0.001 0.002 0.076 0.226 0.007 0.013 128 A 0.001 0.021 0.152 0.001 0.035 0.358 0.001 0.001 0.002 0.136 0.278 0.005 0.009 129 S 0.001 0.005 0.564 0.001 0.006 0.094 0.001 0.001 0.001 0.283 0.045 0.001 0.001 130 P 0.001 0.006 0.185 0.001 0.043 0.339 0.001 0.001 0.001 0.162 0.264 0.001 0.001 131 D 0.001 0.006 0.168 0.001 0.032 0.552 0.001 0.001 0.001 0.078 0.162 0.001 0.001 132 R 0.001 0.001 0.017 0.001 0.010 0.955 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.001 0.001 133 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 134 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 135 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 136 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 137 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 138 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 143 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.001 0.001 144 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.644 0.001 0.001 0.001 0.004 0.334 0.001 0.001 145 M 0.001 0.001 0.034 0.001 0.037 0.409 0.001 0.001 0.001 0.031 0.488 0.001 0.001 146 G 0.001 0.001 0.064 0.001 0.027 0.134 0.001 0.001 0.003 0.107 0.664 0.001 0.001 147 R 0.001 0.008 0.323 0.002 0.029 0.078 0.001 0.001 0.013 0.186 0.355 0.001 0.005 148 I 0.001 0.035 0.647 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.076 0.179 0.003 0.040 0.004 149 D 0.001 0.021 0.846 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.022 0.024 0.002 0.001 0.064 150 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 151 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 152 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 156 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 157 F 0.001 0.002 0.009 0.001 0.021 0.820 0.001 0.001 0.001 0.007 0.141 0.001 0.001 158 K 0.001 0.001 0.022 0.001 0.022 0.319 0.001 0.001 0.001 0.018 0.617 0.001 0.001 159 G 0.001 0.003 0.266 0.001 0.017 0.066 0.001 0.001 0.001 0.193 0.454 0.001 0.001