# TARGET T0255 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0255.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95.2774 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.404 0.128 0.055 0.096 0.063 0.054 0.052 0.043 0.044 0.034 0.028 2 N 0.181 0.118 0.042 0.114 0.100 0.088 0.118 0.086 0.068 0.050 0.035 3 S 0.240 0.158 0.057 0.135 0.105 0.084 0.085 0.054 0.042 0.026 0.014 4 K 0.191 0.130 0.058 0.184 0.157 0.111 0.085 0.039 0.024 0.014 0.007 5 N 0.016 0.012 0.010 0.032 0.038 0.048 0.115 0.152 0.206 0.201 0.170 6 T 0.011 0.039 0.039 0.147 0.163 0.166 0.178 0.110 0.080 0.044 0.024 7 I 0.003 0.006 0.005 0.020 0.028 0.053 0.162 0.212 0.230 0.182 0.099 8 C 0.004 0.007 0.008 0.036 0.057 0.096 0.183 0.197 0.174 0.131 0.108 9 L 0.003 0.003 0.004 0.010 0.013 0.023 0.088 0.140 0.247 0.271 0.199 10 W 0.002 0.006 0.007 0.049 0.088 0.111 0.192 0.184 0.168 0.119 0.072 11 Y 0.001 0.007 0.008 0.016 0.020 0.032 0.092 0.143 0.230 0.254 0.197 12 D 0.021 0.081 0.054 0.218 0.254 0.154 0.134 0.052 0.023 0.007 0.003 13 S 0.647 0.141 0.060 0.090 0.035 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 14 A 0.104 0.243 0.098 0.208 0.138 0.095 0.062 0.023 0.015 0.009 0.005 15 A 0.003 0.004 0.003 0.012 0.024 0.067 0.209 0.197 0.224 0.149 0.107 16 L 0.105 0.067 0.078 0.169 0.177 0.192 0.133 0.041 0.025 0.010 0.004 17 E 0.016 0.077 0.311 0.252 0.148 0.101 0.066 0.018 0.007 0.003 0.002 18 A 0.001 0.001 0.005 0.006 0.008 0.016 0.066 0.112 0.222 0.291 0.272 19 A 0.001 0.001 0.003 0.009 0.024 0.060 0.199 0.176 0.208 0.196 0.123 20 T 0.008 0.030 0.507 0.282 0.114 0.039 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 21 F 0.001 0.002 0.008 0.019 0.054 0.170 0.379 0.180 0.104 0.060 0.025 22 Y 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.037 0.103 0.230 0.317 0.301 23 A 0.002 0.005 0.017 0.063 0.144 0.225 0.296 0.128 0.073 0.034 0.014 24 E 0.034 0.072 0.495 0.226 0.104 0.042 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 25 T 0.003 0.006 0.007 0.024 0.037 0.080 0.280 0.213 0.185 0.118 0.047 26 F 0.004 0.005 0.003 0.014 0.021 0.046 0.134 0.188 0.225 0.205 0.154 27 P 0.176 0.354 0.171 0.154 0.075 0.037 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 28 D 0.199 0.072 0.051 0.128 0.123 0.139 0.137 0.069 0.045 0.027 0.011 29 S 0.455 0.160 0.028 0.083 0.056 0.044 0.059 0.043 0.036 0.024 0.013 30 A 0.083 0.089 0.059 0.177 0.132 0.141 0.135 0.072 0.058 0.034 0.020 31 V 0.023 0.023 0.029 0.056 0.057 0.091 0.151 0.153 0.165 0.148 0.104 32 L 0.016 0.027 0.044 0.080 0.093 0.139 0.204 0.157 0.123 0.078 0.038 33 A 0.024 0.048 0.065 0.126 0.128 0.117 0.166 0.122 0.099 0.066 0.038 34 V 0.010 0.014 0.020 0.047 0.062 0.077 0.156 0.151 0.185 0.164 0.113 35 H 0.028 0.048 0.056 0.148 0.167 0.161 0.168 0.097 0.071 0.037 0.018 36 R 0.033 0.064 0.054 0.155 0.162 0.144 0.159 0.095 0.074 0.042 0.019 37 A 0.040 0.048 0.040 0.080 0.093 0.116 0.195 0.146 0.111 0.083 0.048 38 P 0.290 0.162 0.060 0.138 0.111 0.073 0.085 0.039 0.024 0.013 0.005 39 G 0.501 0.133 0.036 0.088 0.069 0.052 0.053 0.028 0.020 0.013 0.006 40 D 0.356 0.268 0.062 0.143 0.073 0.039 0.030 0.012 0.008 0.005 0.003 41 Y 0.031 0.028 0.014 0.056 0.081 0.110 0.197 0.158 0.147 0.109 0.069 42 P 0.275 0.239 0.065 0.140 0.098 0.066 0.055 0.028 0.019 0.011 0.006 43 S 0.313 0.206 0.075 0.156 0.094 0.062 0.049 0.021 0.012 0.007 0.004 44 G 0.384 0.112 0.040 0.109 0.083 0.074 0.073 0.044 0.035 0.025 0.020 45 K 0.411 0.218 0.078 0.113 0.064 0.045 0.033 0.015 0.011 0.007 0.004 46 E 0.280 0.247 0.101 0.182 0.093 0.046 0.030 0.010 0.006 0.003 0.001 47 G 0.189 0.151 0.063 0.147 0.129 0.110 0.099 0.052 0.033 0.019 0.009 48 D 0.028 0.103 0.072 0.262 0.223 0.148 0.107 0.032 0.016 0.007 0.003 49 V 0.002 0.006 0.008 0.042 0.077 0.111 0.206 0.182 0.173 0.123 0.070 50 L 0.001 0.003 0.003 0.023 0.044 0.086 0.243 0.236 0.181 0.117 0.061 51 T 0.001 0.008 0.011 0.079 0.122 0.162 0.208 0.163 0.125 0.079 0.043 52 V 0.002 0.001 0.002 0.005 0.006 0.010 0.055 0.126 0.238 0.305 0.250 53 E 0.005 0.013 0.017 0.138 0.177 0.165 0.198 0.131 0.083 0.047 0.027 54 F 0.001 0.003 0.008 0.008 0.008 0.012 0.050 0.105 0.235 0.310 0.262 55 R 0.007 0.025 0.034 0.216 0.252 0.191 0.148 0.068 0.034 0.016 0.009 56 V 0.006 0.013 0.019 0.025 0.030 0.045 0.132 0.151 0.222 0.199 0.158 57 M 0.044 0.071 0.047 0.199 0.193 0.154 0.151 0.072 0.040 0.020 0.010 58 G 0.338 0.170 0.044 0.131 0.091 0.067 0.065 0.036 0.027 0.017 0.014 59 I 0.048 0.077 0.037 0.109 0.116 0.109 0.146 0.130 0.105 0.079 0.046 60 P 0.104 0.101 0.040 0.147 0.145 0.137 0.137 0.071 0.056 0.035 0.028 61 C 0.008 0.006 0.004 0.012 0.015 0.029 0.080 0.133 0.219 0.240 0.255 62 L 0.009 0.013 0.008 0.032 0.043 0.066 0.162 0.183 0.199 0.154 0.131 63 G 0.012 0.012 0.011 0.024 0.022 0.033 0.081 0.118 0.191 0.225 0.271 64 L 0.014 0.015 0.012 0.043 0.055 0.076 0.143 0.151 0.181 0.166 0.143 65 N 0.045 0.053 0.038 0.109 0.118 0.122 0.163 0.131 0.109 0.071 0.040 66 G 0.160 0.109 0.044 0.125 0.114 0.099 0.114 0.078 0.065 0.055 0.037 67 G 0.109 0.107 0.042 0.112 0.108 0.094 0.129 0.098 0.088 0.067 0.045 68 P 0.324 0.154 0.050 0.112 0.093 0.075 0.073 0.042 0.034 0.025 0.018 69 A 0.267 0.138 0.052 0.140 0.102 0.079 0.085 0.048 0.040 0.028 0.021 70 F 0.064 0.039 0.017 0.056 0.066 0.085 0.141 0.131 0.153 0.134 0.114 71 R 0.264 0.209 0.084 0.150 0.095 0.064 0.055 0.030 0.023 0.015 0.011 72 H 0.127 0.073 0.037 0.095 0.094 0.105 0.138 0.101 0.092 0.078 0.060 73 S 0.210 0.157 0.055 0.123 0.106 0.086 0.097 0.061 0.047 0.034 0.023 74 E 0.204 0.139 0.060 0.198 0.136 0.089 0.077 0.038 0.028 0.019 0.013 75 A 0.048 0.040 0.026 0.084 0.102 0.118 0.166 0.130 0.126 0.096 0.062 76 F 0.006 0.007 0.007 0.028 0.041 0.065 0.168 0.187 0.208 0.166 0.115 77 S 0.003 0.011 0.014 0.060 0.074 0.105 0.174 0.173 0.159 0.122 0.105 78 F 0.003 0.004 0.007 0.014 0.017 0.031 0.114 0.199 0.253 0.223 0.136 79 Q 0.006 0.008 0.015 0.042 0.061 0.096 0.198 0.179 0.181 0.123 0.091 80 V 0.001 0.002 0.003 0.007 0.008 0.013 0.050 0.102 0.221 0.323 0.268 81 A 0.008 0.028 0.017 0.106 0.151 0.165 0.246 0.134 0.091 0.037 0.017 82 T 0.005 0.008 0.009 0.014 0.019 0.036 0.139 0.187 0.240 0.204 0.136 83 D 0.268 0.230 0.073 0.187 0.129 0.059 0.030 0.012 0.006 0.003 0.002 84 D 0.032 0.314 0.060 0.189 0.129 0.106 0.089 0.043 0.022 0.012 0.006 85 Q 0.217 0.126 0.054 0.176 0.217 0.122 0.058 0.017 0.009 0.003 0.001 86 A 0.801 0.104 0.034 0.036 0.012 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 87 E 0.002 0.010 0.022 0.083 0.102 0.185 0.297 0.153 0.088 0.041 0.016 88 T 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.013 0.098 0.176 0.245 0.258 0.199 89 D 0.001 0.007 0.200 0.254 0.235 0.188 0.078 0.023 0.009 0.004 0.001 90 R 0.004 0.018 0.368 0.262 0.181 0.101 0.045 0.012 0.005 0.002 0.001 91 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.014 0.102 0.143 0.243 0.273 0.215 92 W 0.001 0.001 0.004 0.002 0.006 0.022 0.194 0.210 0.237 0.195 0.130 93 N 0.002 0.008 0.564 0.218 0.126 0.048 0.020 0.007 0.003 0.002 0.001 94 A 0.001 0.006 0.062 0.059 0.154 0.275 0.316 0.082 0.029 0.012 0.005 95 I 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.002 0.020 0.060 0.208 0.331 0.369 96 V 0.001 0.002 0.004 0.021 0.072 0.161 0.352 0.186 0.114 0.058 0.030 97 D 0.036 0.083 0.595 0.183 0.060 0.026 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 98 N 0.083 0.071 0.047 0.097 0.117 0.180 0.240 0.082 0.044 0.028 0.011 99 G 0.230 0.093 0.017 0.045 0.033 0.040 0.086 0.098 0.122 0.122 0.114 100 G 0.186 0.168 0.031 0.086 0.086 0.083 0.097 0.073 0.071 0.061 0.057 101 E 0.331 0.243 0.077 0.130 0.074 0.054 0.044 0.020 0.015 0.008 0.005 102 E 0.237 0.104 0.046 0.136 0.139 0.118 0.104 0.050 0.033 0.019 0.012 103 S 0.237 0.158 0.096 0.205 0.121 0.071 0.048 0.026 0.018 0.011 0.008 104 A 0.025 0.044 0.039 0.131 0.171 0.188 0.198 0.098 0.064 0.030 0.013 105 C 0.008 0.011 0.010 0.029 0.039 0.070 0.164 0.189 0.196 0.161 0.122 106 G 0.013 0.014 0.011 0.043 0.062 0.091 0.174 0.170 0.159 0.152 0.109 107 W 0.012 0.027 0.023 0.084 0.108 0.124 0.191 0.142 0.129 0.096 0.066 108 C 0.010 0.007 0.008 0.018 0.020 0.028 0.081 0.120 0.203 0.256 0.249 109 R 0.023 0.043 0.025 0.127 0.152 0.141 0.178 0.123 0.092 0.058 0.039 110 D 0.008 0.019 0.011 0.040 0.050 0.061 0.135 0.172 0.207 0.177 0.121 111 K 0.191 0.159 0.076 0.187 0.136 0.094 0.072 0.037 0.024 0.014 0.009 112 W 0.045 0.031 0.014 0.073 0.084 0.105 0.218 0.151 0.132 0.095 0.052 113 G 0.040 0.029 0.015 0.066 0.076 0.087 0.149 0.155 0.168 0.127 0.087 114 I 0.008 0.011 0.011 0.035 0.040 0.065 0.160 0.175 0.209 0.166 0.118 115 S 0.008 0.015 0.018 0.055 0.063 0.100 0.169 0.187 0.173 0.127 0.085 116 W 0.006 0.006 0.006 0.017 0.020 0.039 0.122 0.214 0.242 0.208 0.119 117 Q 0.005 0.006 0.008 0.026 0.033 0.051 0.138 0.178 0.218 0.190 0.144 118 I 0.002 0.004 0.005 0.010 0.012 0.019 0.059 0.116 0.222 0.283 0.268 119 T 0.004 0.022 0.014 0.066 0.087 0.100 0.175 0.177 0.177 0.117 0.060 120 P 0.015 0.028 0.022 0.068 0.088 0.118 0.194 0.167 0.157 0.094 0.050 121 R 0.363 0.145 0.106 0.165 0.106 0.054 0.036 0.014 0.007 0.003 0.002 122 V 0.053 0.090 0.053 0.160 0.155 0.147 0.145 0.077 0.059 0.036 0.024 123 L 0.012 0.016 0.014 0.032 0.046 0.080 0.154 0.160 0.200 0.167 0.119 124 S 0.165 0.107 0.121 0.172 0.137 0.106 0.108 0.042 0.026 0.011 0.005 125 E 0.163 0.145 0.312 0.184 0.090 0.050 0.033 0.012 0.006 0.003 0.002 126 A 0.024 0.024 0.026 0.049 0.061 0.101 0.203 0.151 0.154 0.126 0.080 127 I 0.026 0.019 0.020 0.043 0.066 0.099 0.195 0.153 0.167 0.130 0.082 128 A 0.190 0.182 0.290 0.129 0.078 0.052 0.043 0.017 0.011 0.006 0.003 129 S 0.263 0.175 0.095 0.143 0.098 0.076 0.081 0.034 0.020 0.011 0.004 130 P 0.505 0.129 0.032 0.064 0.066 0.057 0.056 0.036 0.026 0.019 0.010 131 D 0.085 0.503 0.083 0.131 0.063 0.051 0.041 0.019 0.013 0.008 0.005 132 R 0.130 0.077 0.109 0.233 0.218 0.135 0.068 0.018 0.009 0.002 0.001 133 A 0.835 0.075 0.045 0.026 0.009 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.002 0.015 0.079 0.193 0.170 0.212 0.203 0.081 0.031 0.010 0.004 135 A 0.003 0.001 0.021 0.006 0.008 0.026 0.133 0.203 0.245 0.218 0.136 136 R 0.002 0.011 0.433 0.275 0.162 0.083 0.027 0.005 0.002 0.001 0.001 137 R 0.002 0.021 0.528 0.239 0.118 0.057 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 138 A 0.001 0.001 0.025 0.009 0.012 0.031 0.141 0.129 0.205 0.220 0.226 139 F 0.001 0.001 0.035 0.011 0.019 0.066 0.401 0.236 0.147 0.063 0.021 140 E 0.001 0.007 0.675 0.202 0.080 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 141 A 0.003 0.013 0.317 0.082 0.116 0.165 0.203 0.055 0.027 0.014 0.006 142 M 0.011 0.012 0.190 0.036 0.022 0.025 0.097 0.114 0.200 0.163 0.131 143 M 0.009 0.011 0.160 0.079 0.100 0.144 0.254 0.116 0.066 0.042 0.018 144 T 0.032 0.071 0.573 0.172 0.089 0.040 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 145 M 0.014 0.022 0.106 0.051 0.068 0.093 0.214 0.137 0.140 0.099 0.056 146 G 0.128 0.143 0.128 0.135 0.100 0.085 0.122 0.065 0.048 0.030 0.016 147 R 0.053 0.099 0.188 0.220 0.166 0.134 0.087 0.028 0.015 0.007 0.003 148 I 0.058 0.042 0.114 0.063 0.074 0.084 0.174 0.137 0.134 0.080 0.039 149 D 0.006 0.091 0.192 0.235 0.150 0.120 0.116 0.047 0.024 0.012 0.007 150 I 0.004 0.012 0.068 0.044 0.058 0.074 0.180 0.149 0.172 0.144 0.096 151 A 0.282 0.063 0.267 0.151 0.088 0.064 0.052 0.018 0.009 0.004 0.002 152 T 0.003 0.022 0.116 0.261 0.231 0.172 0.136 0.037 0.015 0.006 0.002 153 I 0.001 0.002 0.029 0.006 0.006 0.010 0.056 0.103 0.226 0.290 0.272 154 E 0.003 0.005 0.086 0.189 0.220 0.196 0.171 0.069 0.039 0.017 0.005 155 K 0.009 0.042 0.711 0.122 0.069 0.029 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 156 A 0.002 0.007 0.029 0.037 0.056 0.141 0.320 0.176 0.125 0.075 0.033 157 F 0.028 0.016 0.029 0.031 0.041 0.070 0.244 0.206 0.176 0.110 0.049 158 K 0.125 0.202 0.349 0.165 0.079 0.040 0.023 0.009 0.005 0.002 0.001 159 G 0.505 0.199 0.103 0.085 0.049 0.026 0.016 0.007 0.005 0.003 0.001