# TARGET T0255 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0255.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95.2774 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.005 0.023 0.008 0.014 0.945 2 N 0.021 0.021 0.022 0.068 0.017 0.040 0.811 3 S 0.025 0.011 0.124 0.095 0.139 0.245 0.362 4 K 0.043 0.002 0.106 0.042 0.126 0.358 0.322 5 N 0.167 0.024 0.034 0.026 0.143 0.061 0.545 6 T 0.346 0.016 0.007 0.009 0.131 0.017 0.475 7 I 0.580 0.009 0.009 0.018 0.047 0.014 0.322 8 C 0.791 0.018 0.010 0.030 0.029 0.009 0.114 9 L 0.893 0.006 0.007 0.017 0.017 0.012 0.048 10 W 0.772 0.017 0.009 0.024 0.028 0.024 0.126 11 Y 0.453 0.029 0.008 0.050 0.063 0.047 0.350 12 D 0.095 0.010 0.008 0.067 0.232 0.096 0.492 13 S 0.014 0.003 0.031 0.369 0.213 0.316 0.055 14 A 0.008 0.006 0.021 0.713 0.050 0.130 0.072 15 A 0.001 0.001 0.007 0.966 0.002 0.013 0.011 16 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.003 0.001 17 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 18 A 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.002 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 20 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 21 F 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.008 0.001 22 Y 0.001 0.001 0.005 0.980 0.001 0.012 0.001 23 A 0.001 0.001 0.024 0.950 0.003 0.021 0.001 24 E 0.001 0.001 0.020 0.906 0.002 0.069 0.002 25 T 0.002 0.002 0.016 0.816 0.020 0.124 0.021 26 F 0.008 0.008 0.008 0.104 0.361 0.103 0.408 27 P 0.014 0.005 0.018 0.031 0.255 0.233 0.443 28 D 0.034 0.005 0.083 0.102 0.285 0.313 0.177 29 S 0.163 0.008 0.101 0.127 0.216 0.150 0.235 30 A 0.516 0.011 0.050 0.124 0.075 0.066 0.157 31 V 0.756 0.022 0.009 0.088 0.011 0.008 0.106 32 L 0.852 0.008 0.006 0.061 0.011 0.006 0.057 33 A 0.883 0.004 0.007 0.041 0.010 0.009 0.048 34 V 0.845 0.007 0.013 0.037 0.015 0.015 0.067 35 H 0.756 0.011 0.013 0.034 0.053 0.025 0.108 36 R 0.442 0.035 0.026 0.039 0.130 0.066 0.262 37 A 0.105 0.026 0.008 0.007 0.282 0.030 0.542 38 P 0.035 0.022 0.031 0.008 0.161 0.179 0.565 39 G 0.010 0.011 0.038 0.005 0.224 0.487 0.223 40 D 0.019 0.021 0.050 0.008 0.290 0.280 0.333 41 Y 0.012 0.019 0.020 0.004 0.255 0.022 0.668 42 P 0.030 0.029 0.038 0.005 0.102 0.083 0.712 43 S 0.032 0.066 0.095 0.011 0.100 0.504 0.193 44 G 0.018 0.006 0.099 0.007 0.123 0.292 0.456 45 K 0.052 0.015 0.123 0.009 0.205 0.143 0.452 46 E 0.035 0.023 0.086 0.002 0.198 0.548 0.108 47 G 0.037 0.001 0.030 0.001 0.301 0.492 0.139 48 D 0.157 0.008 0.011 0.001 0.341 0.048 0.435 49 V 0.805 0.017 0.002 0.001 0.016 0.002 0.159 50 L 0.919 0.002 0.001 0.001 0.014 0.001 0.064 51 T 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 52 V 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 53 E 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 54 F 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 55 R 0.962 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.032 56 V 0.840 0.007 0.001 0.001 0.007 0.013 0.133 57 M 0.075 0.001 0.001 0.001 0.070 0.816 0.037 58 G 0.045 0.001 0.001 0.001 0.112 0.829 0.013 59 I 0.613 0.012 0.001 0.001 0.077 0.012 0.284 60 P 0.818 0.009 0.002 0.001 0.035 0.005 0.130 61 C 0.943 0.004 0.004 0.001 0.010 0.005 0.034 62 L 0.931 0.006 0.006 0.002 0.006 0.003 0.046 63 G 0.867 0.007 0.015 0.006 0.018 0.010 0.078 64 L 0.589 0.018 0.024 0.007 0.066 0.035 0.262 65 N 0.268 0.022 0.012 0.004 0.273 0.065 0.355 66 G 0.080 0.020 0.019 0.005 0.400 0.094 0.383 67 G 0.019 0.018 0.043 0.005 0.221 0.041 0.654 68 P 0.014 0.011 0.232 0.018 0.128 0.318 0.279 69 A 0.017 0.016 0.276 0.025 0.100 0.359 0.206 70 F 0.020 0.017 0.151 0.019 0.297 0.136 0.362 71 R 0.027 0.015 0.072 0.013 0.148 0.254 0.471 72 H 0.041 0.022 0.053 0.007 0.263 0.273 0.341 73 S 0.053 0.010 0.057 0.003 0.282 0.159 0.436 74 E 0.096 0.010 0.061 0.002 0.346 0.162 0.323 75 A 0.267 0.010 0.023 0.001 0.154 0.063 0.483 76 F 0.727 0.013 0.004 0.001 0.034 0.007 0.216 77 S 0.926 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.064 78 F 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 79 Q 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 80 V 0.977 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 81 A 0.899 0.003 0.001 0.001 0.009 0.003 0.086 82 T 0.481 0.009 0.009 0.011 0.052 0.117 0.322 83 D 0.072 0.010 0.004 0.006 0.479 0.203 0.227 84 D 0.018 0.015 0.001 0.016 0.511 0.013 0.425 85 Q 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.008 0.001 86 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 87 E 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 88 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 89 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 90 R 0.001 0.001 0.001 0.980 0.001 0.018 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.974 0.001 0.019 0.005 92 W 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.004 0.002 93 N 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.004 0.001 94 A 0.001 0.001 0.003 0.985 0.001 0.011 0.001 95 I 0.001 0.001 0.010 0.958 0.001 0.028 0.002 96 V 0.001 0.001 0.023 0.872 0.011 0.086 0.006 97 D 0.001 0.001 0.020 0.587 0.013 0.362 0.014 98 N 0.002 0.003 0.017 0.371 0.083 0.442 0.083 99 G 0.004 0.006 0.006 0.051 0.186 0.047 0.701 100 G 0.011 0.008 0.033 0.022 0.091 0.096 0.740 101 E 0.056 0.035 0.151 0.050 0.175 0.276 0.256 102 E 0.095 0.019 0.219 0.033 0.202 0.143 0.288 103 S 0.144 0.015 0.188 0.044 0.155 0.117 0.338 104 A 0.403 0.026 0.067 0.013 0.139 0.113 0.239 105 C 0.693 0.033 0.020 0.005 0.032 0.034 0.183 106 G 0.700 0.008 0.013 0.006 0.079 0.029 0.163 107 W 0.830 0.004 0.005 0.004 0.035 0.013 0.109 108 C 0.939 0.004 0.001 0.002 0.004 0.004 0.046 109 R 0.838 0.128 0.001 0.002 0.009 0.002 0.021 110 D 0.399 0.013 0.001 0.001 0.029 0.003 0.555 111 K 0.008 0.001 0.008 0.001 0.046 0.921 0.016 112 W 0.002 0.001 0.005 0.001 0.019 0.968 0.004 113 G 0.050 0.006 0.026 0.002 0.449 0.335 0.131 114 I 0.280 0.034 0.005 0.004 0.087 0.019 0.570 115 S 0.749 0.058 0.007 0.007 0.039 0.009 0.131 116 W 0.886 0.011 0.009 0.008 0.015 0.010 0.062 117 Q 0.874 0.009 0.005 0.010 0.013 0.012 0.076 118 I 0.853 0.020 0.002 0.006 0.022 0.005 0.091 119 T 0.455 0.013 0.002 0.007 0.031 0.006 0.486 120 P 0.141 0.009 0.047 0.169 0.055 0.055 0.524 121 R 0.080 0.012 0.135 0.379 0.117 0.093 0.185 122 V 0.037 0.012 0.141 0.490 0.060 0.076 0.184 123 L 0.016 0.007 0.092 0.671 0.028 0.046 0.140 124 S 0.007 0.003 0.089 0.793 0.018 0.030 0.059 125 E 0.007 0.001 0.111 0.793 0.017 0.043 0.029 126 A 0.013 0.003 0.130 0.721 0.019 0.080 0.034 127 I 0.012 0.012 0.120 0.464 0.070 0.248 0.075 128 A 0.006 0.007 0.052 0.264 0.129 0.451 0.091 129 S 0.004 0.007 0.004 0.017 0.530 0.042 0.396 130 P 0.002 0.011 0.019 0.095 0.226 0.313 0.333 131 D 0.002 0.013 0.010 0.203 0.263 0.143 0.366 132 R 0.001 0.001 0.007 0.975 0.002 0.007 0.008 133 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 134 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 0.001 135 A 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.005 0.001 136 R 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.008 0.001 137 R 0.001 0.001 0.001 0.977 0.001 0.021 0.001 138 A 0.001 0.001 0.001 0.978 0.001 0.013 0.007 139 F 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.002 140 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.004 0.001 141 A 0.001 0.001 0.001 0.980 0.001 0.018 0.001 142 M 0.001 0.001 0.006 0.936 0.002 0.054 0.002 143 M 0.001 0.001 0.016 0.820 0.009 0.149 0.005 144 T 0.001 0.001 0.016 0.540 0.008 0.416 0.018 145 M 0.005 0.006 0.017 0.309 0.136 0.174 0.353 146 G 0.011 0.003 0.016 0.100 0.182 0.276 0.413 147 R 0.115 0.019 0.019 0.141 0.173 0.056 0.479 148 I 0.269 0.039 0.003 0.101 0.068 0.004 0.515 149 D 0.317 0.025 0.003 0.228 0.073 0.005 0.349 150 I 0.006 0.001 0.008 0.978 0.001 0.003 0.005 151 A 0.006 0.001 0.008 0.978 0.001 0.002 0.003 152 T 0.003 0.001 0.008 0.980 0.001 0.002 0.006 153 I 0.001 0.001 0.007 0.978 0.002 0.004 0.008 154 E 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.002 0.001 155 K 0.001 0.001 0.006 0.983 0.001 0.010 0.001 156 A 0.001 0.001 0.013 0.942 0.002 0.031 0.011 157 F 0.002 0.004 0.022 0.803 0.013 0.125 0.032 158 K 0.001 0.003 0.016 0.270 0.019 0.646 0.045 159 G 0.001 0.001 0.018 0.075 0.129 0.275 0.500