# TARGET T0255 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0255.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95.2774 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.194 0.147 0.215 0.160 0.103 0.026 0.060 0.049 0.017 0.028 0.001 2 N 0.083 0.230 0.344 0.059 0.077 0.044 0.065 0.006 0.076 0.015 0.001 3 S 0.381 0.063 0.355 0.106 0.023 0.025 0.012 0.011 0.005 0.011 0.006 4 K 0.205 0.278 0.164 0.152 0.093 0.025 0.040 0.015 0.020 0.007 0.001 5 N 0.053 0.357 0.291 0.125 0.057 0.046 0.027 0.004 0.036 0.002 0.001 6 T 0.010 0.670 0.175 0.008 0.095 0.014 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 7 I 0.014 0.465 0.433 0.007 0.021 0.041 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 8 C 0.010 0.715 0.157 0.004 0.048 0.027 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 9 L 0.014 0.741 0.147 0.003 0.033 0.039 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 10 W 0.018 0.673 0.176 0.011 0.032 0.057 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 11 Y 0.016 0.674 0.132 0.015 0.081 0.043 0.004 0.001 0.034 0.001 0.001 12 D 0.023 0.189 0.399 0.016 0.055 0.163 0.017 0.001 0.128 0.009 0.001 13 S 0.834 0.003 0.018 0.081 0.009 0.006 0.031 0.011 0.001 0.003 0.001 14 A 0.757 0.007 0.032 0.163 0.005 0.015 0.007 0.005 0.006 0.002 0.001 15 A 0.972 0.002 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 L 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 T 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 F 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 Y 0.987 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.987 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 E 0.972 0.002 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 T 0.679 0.004 0.006 0.306 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 26 F 0.117 0.117 0.268 0.027 0.012 0.029 0.017 0.001 0.411 0.001 0.001 27 P 0.462 0.004 0.440 0.045 0.001 0.033 0.005 0.001 0.001 0.003 0.005 28 D 0.562 0.043 0.161 0.128 0.026 0.022 0.028 0.019 0.005 0.005 0.001 29 S 0.651 0.059 0.076 0.159 0.029 0.006 0.007 0.009 0.003 0.002 0.001 30 A 0.372 0.181 0.159 0.145 0.069 0.025 0.022 0.005 0.018 0.003 0.001 31 V 0.136 0.539 0.199 0.029 0.029 0.042 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 32 L 0.231 0.458 0.095 0.104 0.059 0.022 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 33 A 0.053 0.473 0.334 0.014 0.074 0.028 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 34 V 0.128 0.616 0.136 0.035 0.027 0.026 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 35 H 0.185 0.429 0.143 0.088 0.075 0.033 0.013 0.003 0.025 0.006 0.001 36 R 0.127 0.268 0.247 0.170 0.070 0.047 0.025 0.003 0.036 0.004 0.001 37 A 0.024 0.330 0.428 0.003 0.057 0.012 0.012 0.001 0.129 0.003 0.001 38 P 0.112 0.008 0.761 0.015 0.001 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.078 39 G 0.104 0.053 0.185 0.033 0.170 0.006 0.022 0.197 0.003 0.226 0.001 40 D 0.171 0.131 0.206 0.314 0.025 0.075 0.036 0.004 0.032 0.003 0.004 41 Y 0.032 0.237 0.499 0.012 0.053 0.020 0.020 0.001 0.121 0.003 0.001 42 P 0.177 0.014 0.725 0.014 0.001 0.027 0.001 0.001 0.003 0.001 0.038 43 S 0.185 0.061 0.490 0.188 0.013 0.034 0.008 0.007 0.009 0.003 0.003 44 G 0.069 0.030 0.207 0.028 0.117 0.004 0.018 0.252 0.005 0.270 0.001 45 K 0.302 0.173 0.351 0.089 0.029 0.018 0.007 0.003 0.019 0.006 0.002 46 E 0.098 0.066 0.495 0.163 0.013 0.032 0.096 0.007 0.020 0.007 0.003 47 G 0.011 0.005 0.034 0.014 0.062 0.001 0.094 0.666 0.001 0.111 0.001 48 D 0.058 0.260 0.419 0.089 0.051 0.083 0.013 0.002 0.023 0.001 0.002 49 V 0.005 0.800 0.152 0.003 0.022 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 50 L 0.008 0.762 0.126 0.018 0.046 0.024 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 51 T 0.001 0.790 0.103 0.001 0.097 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 52 V 0.001 0.828 0.013 0.001 0.149 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 53 E 0.001 0.880 0.088 0.001 0.016 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 54 F 0.001 0.845 0.101 0.001 0.024 0.016 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 55 R 0.003 0.793 0.130 0.001 0.025 0.022 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 56 V 0.079 0.583 0.202 0.020 0.009 0.059 0.002 0.001 0.044 0.001 0.001 57 M 0.034 0.081 0.171 0.112 0.083 0.020 0.422 0.009 0.033 0.034 0.001 58 G 0.007 0.002 0.014 0.014 0.017 0.001 0.148 0.713 0.001 0.083 0.001 59 I 0.011 0.344 0.575 0.001 0.026 0.009 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 60 P 0.208 0.006 0.660 0.011 0.001 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 61 C 0.068 0.647 0.109 0.023 0.100 0.022 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 62 L 0.043 0.687 0.112 0.035 0.050 0.027 0.004 0.001 0.040 0.001 0.001 63 G 0.053 0.293 0.290 0.041 0.174 0.060 0.027 0.012 0.036 0.010 0.002 64 L 0.094 0.419 0.178 0.102 0.086 0.063 0.007 0.003 0.043 0.004 0.001 65 N 0.064 0.085 0.161 0.206 0.041 0.106 0.244 0.012 0.067 0.012 0.003 66 G 0.065 0.028 0.169 0.136 0.111 0.011 0.105 0.272 0.004 0.092 0.007 67 G 0.042 0.026 0.231 0.005 0.120 0.002 0.009 0.048 0.009 0.508 0.001 68 P 0.403 0.008 0.343 0.044 0.007 0.014 0.004 0.003 0.001 0.005 0.167 69 A 0.313 0.103 0.193 0.277 0.033 0.032 0.020 0.011 0.014 0.003 0.002 70 F 0.108 0.300 0.306 0.122 0.058 0.033 0.011 0.004 0.056 0.002 0.001 71 R 0.172 0.178 0.397 0.086 0.023 0.068 0.031 0.007 0.030 0.004 0.004 72 H 0.127 0.229 0.265 0.148 0.076 0.065 0.031 0.009 0.042 0.007 0.001 73 S 0.095 0.166 0.172 0.112 0.263 0.021 0.075 0.033 0.024 0.037 0.002 74 E 0.161 0.154 0.286 0.188 0.133 0.022 0.021 0.009 0.012 0.010 0.004 75 A 0.032 0.386 0.288 0.071 0.185 0.013 0.006 0.009 0.008 0.003 0.001 76 F 0.002 0.779 0.079 0.007 0.116 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 77 S 0.001 0.849 0.048 0.001 0.097 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 78 F 0.001 0.884 0.024 0.001 0.083 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 79 Q 0.001 0.910 0.051 0.001 0.019 0.009 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 80 V 0.001 0.880 0.059 0.001 0.027 0.015 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 81 A 0.009 0.605 0.245 0.008 0.026 0.082 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 82 T 0.034 0.604 0.156 0.012 0.129 0.029 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 83 D 0.521 0.008 0.019 0.436 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 D 0.010 0.272 0.160 0.045 0.324 0.054 0.007 0.001 0.124 0.004 0.001 85 Q 0.944 0.010 0.010 0.027 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 86 A 0.973 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 87 E 0.961 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 T 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 W 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 I 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 V 0.980 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 D 0.938 0.002 0.009 0.046 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 98 N 0.143 0.003 0.010 0.823 0.003 0.001 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 99 G 0.039 0.007 0.088 0.033 0.045 0.004 0.242 0.389 0.005 0.149 0.001 100 G 0.086 0.054 0.341 0.052 0.167 0.026 0.028 0.065 0.005 0.173 0.002 101 E 0.183 0.184 0.196 0.201 0.134 0.035 0.023 0.014 0.015 0.013 0.001 102 E 0.195 0.165 0.191 0.095 0.224 0.026 0.026 0.018 0.027 0.033 0.001 103 S 0.339 0.156 0.206 0.162 0.100 0.015 0.005 0.006 0.006 0.005 0.002 104 A 0.157 0.298 0.157 0.100 0.215 0.020 0.018 0.011 0.016 0.007 0.001 105 C 0.063 0.547 0.151 0.073 0.120 0.013 0.007 0.002 0.021 0.002 0.001 106 G 0.053 0.258 0.115 0.020 0.471 0.007 0.013 0.014 0.013 0.036 0.001 107 W 0.040 0.595 0.190 0.027 0.091 0.036 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 108 C 0.018 0.641 0.142 0.021 0.101 0.039 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 109 R 0.047 0.556 0.169 0.080 0.076 0.037 0.005 0.001 0.027 0.002 0.001 110 D 0.006 0.183 0.435 0.004 0.156 0.094 0.012 0.001 0.106 0.003 0.001 111 K 0.808 0.013 0.019 0.134 0.002 0.012 0.003 0.002 0.003 0.001 0.003 112 W 0.225 0.062 0.086 0.511 0.032 0.006 0.058 0.005 0.013 0.002 0.001 113 G 0.059 0.012 0.052 0.063 0.092 0.002 0.052 0.542 0.002 0.123 0.001 114 I 0.087 0.480 0.293 0.042 0.044 0.027 0.006 0.001 0.018 0.002 0.001 115 S 0.106 0.433 0.305 0.041 0.056 0.030 0.005 0.002 0.016 0.005 0.001 116 W 0.083 0.605 0.146 0.023 0.113 0.015 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 117 Q 0.058 0.660 0.153 0.011 0.050 0.038 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 118 I 0.079 0.580 0.222 0.024 0.024 0.043 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 119 T 0.034 0.358 0.194 0.005 0.041 0.043 0.016 0.001 0.306 0.002 0.001 120 P 0.373 0.012 0.539 0.013 0.002 0.030 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 121 R 0.686 0.050 0.114 0.070 0.023 0.019 0.017 0.010 0.008 0.003 0.001 122 V 0.689 0.062 0.129 0.060 0.010 0.023 0.008 0.002 0.012 0.003 0.001 123 L 0.686 0.040 0.112 0.102 0.006 0.027 0.013 0.003 0.009 0.001 0.001 124 S 0.821 0.028 0.051 0.058 0.012 0.008 0.012 0.005 0.003 0.002 0.001 125 E 0.821 0.024 0.064 0.050 0.016 0.006 0.010 0.003 0.005 0.001 0.001 126 A 0.746 0.019 0.077 0.134 0.004 0.010 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 127 I 0.531 0.095 0.127 0.179 0.018 0.022 0.008 0.002 0.016 0.001 0.001 128 A 0.348 0.048 0.141 0.388 0.015 0.027 0.011 0.008 0.006 0.008 0.001 129 S 0.060 0.200 0.410 0.009 0.095 0.023 0.012 0.001 0.175 0.015 0.001 130 P 0.836 0.001 0.092 0.037 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 131 D 0.331 0.044 0.161 0.150 0.022 0.151 0.007 0.003 0.128 0.003 0.001 132 R 0.981 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 A 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 M 0.957 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 M 0.955 0.003 0.019 0.016 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 144 T 0.798 0.004 0.010 0.182 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 M 0.306 0.031 0.171 0.373 0.009 0.020 0.046 0.012 0.031 0.001 0.001 146 G 0.171 0.037 0.115 0.055 0.061 0.008 0.179 0.294 0.006 0.073 0.001 147 R 0.386 0.159 0.179 0.100 0.041 0.072 0.032 0.006 0.009 0.014 0.003 148 I 0.124 0.486 0.232 0.022 0.070 0.040 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 149 D 0.038 0.062 0.413 0.005 0.010 0.396 0.002 0.001 0.073 0.001 0.001 150 I 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 A 0.988 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 T 0.956 0.002 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 153 I 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 E 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 155 K 0.981 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 156 A 0.912 0.002 0.007 0.076 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 157 F 0.758 0.018 0.025 0.168 0.004 0.005 0.012 0.003 0.004 0.001 0.001 158 K 0.265 0.045 0.133 0.462 0.014 0.015 0.043 0.007 0.012 0.004 0.001 159 G 0.060 0.011 0.067 0.025 0.057 0.003 0.092 0.379 0.003 0.300 0.001