# TARGET T0255 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0255.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95.2774 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.099 0.146 0.072 0.033 0.142 0.033 0.055 0.125 0.089 0.145 0.061 2 N 0.103 0.216 0.133 0.042 0.186 0.018 0.016 0.083 0.061 0.091 0.051 3 S 0.052 0.156 0.061 0.017 0.127 0.022 0.053 0.254 0.189 0.050 0.020 4 K 0.088 0.085 0.031 0.014 0.133 0.021 0.091 0.215 0.139 0.132 0.051 5 N 0.192 0.153 0.037 0.010 0.288 0.007 0.021 0.037 0.046 0.143 0.066 6 T 0.161 0.262 0.086 0.010 0.384 0.007 0.010 0.019 0.014 0.021 0.028 7 I 0.254 0.136 0.039 0.012 0.388 0.015 0.023 0.035 0.023 0.022 0.052 8 C 0.232 0.115 0.023 0.005 0.484 0.007 0.029 0.027 0.022 0.016 0.040 9 L 0.209 0.171 0.027 0.005 0.406 0.011 0.014 0.045 0.025 0.028 0.061 10 W 0.253 0.150 0.021 0.002 0.388 0.002 0.009 0.033 0.012 0.050 0.079 11 Y 0.089 0.140 0.064 0.076 0.129 0.131 0.042 0.058 0.037 0.145 0.089 12 D 0.150 0.191 0.102 0.031 0.417 0.011 0.014 0.019 0.008 0.016 0.041 13 S 0.004 0.008 0.009 0.006 0.007 0.014 0.018 0.471 0.348 0.106 0.009 14 A 0.010 0.027 0.022 0.005 0.012 0.003 0.016 0.540 0.109 0.241 0.014 15 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.865 0.115 0.012 0.001 16 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.948 0.043 0.001 0.001 17 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.947 0.042 0.007 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.921 0.062 0.015 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.943 0.052 0.003 0.001 20 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.974 0.021 0.001 0.001 21 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.969 0.022 0.003 0.001 22 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.870 0.114 0.013 0.001 23 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.789 0.194 0.002 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.136 0.766 0.081 0.008 0.001 25 T 0.003 0.009 0.007 0.005 0.006 0.027 0.289 0.424 0.101 0.124 0.004 26 F 0.126 0.317 0.069 0.010 0.197 0.010 0.023 0.076 0.034 0.074 0.065 27 P 0.076 0.102 0.061 0.029 0.090 0.042 0.041 0.123 0.110 0.223 0.104 28 D 0.115 0.049 0.014 0.005 0.162 0.004 0.017 0.171 0.206 0.170 0.087 29 S 0.014 0.025 0.006 0.002 0.030 0.009 0.042 0.446 0.339 0.076 0.011 30 A 0.038 0.052 0.013 0.005 0.084 0.006 0.037 0.360 0.158 0.228 0.019 31 V 0.247 0.074 0.012 0.005 0.286 0.008 0.026 0.175 0.056 0.056 0.055 32 L 0.101 0.161 0.054 0.020 0.274 0.028 0.031 0.190 0.057 0.044 0.041 33 A 0.206 0.131 0.039 0.006 0.354 0.005 0.016 0.126 0.034 0.037 0.047 34 V 0.174 0.091 0.024 0.017 0.215 0.028 0.072 0.171 0.082 0.071 0.056 35 H 0.092 0.160 0.061 0.033 0.186 0.038 0.099 0.159 0.072 0.060 0.039 36 R 0.128 0.135 0.069 0.023 0.187 0.032 0.063 0.077 0.057 0.161 0.067 37 A 0.073 0.310 0.234 0.047 0.216 0.014 0.018 0.032 0.015 0.018 0.022 38 P 0.039 0.170 0.151 0.096 0.083 0.064 0.071 0.150 0.109 0.047 0.019 39 G 0.012 0.156 0.160 0.114 0.058 0.059 0.085 0.139 0.114 0.089 0.013 40 D 0.099 0.057 0.033 0.019 0.095 0.030 0.072 0.078 0.084 0.321 0.112 41 Y 0.034 0.384 0.357 0.018 0.150 0.005 0.011 0.018 0.006 0.007 0.010 42 P 0.031 0.320 0.294 0.054 0.124 0.042 0.040 0.047 0.020 0.018 0.011 43 S 0.039 0.162 0.135 0.084 0.075 0.076 0.145 0.099 0.082 0.075 0.028 44 G 0.028 0.061 0.160 0.229 0.032 0.089 0.018 0.041 0.046 0.231 0.065 45 K 0.044 0.144 0.324 0.154 0.084 0.071 0.033 0.039 0.031 0.057 0.020 46 E 0.006 0.042 0.038 0.182 0.012 0.158 0.418 0.098 0.027 0.013 0.007 47 G 0.010 0.032 0.048 0.137 0.012 0.035 0.006 0.013 0.047 0.593 0.068 48 D 0.095 0.284 0.060 0.008 0.393 0.008 0.015 0.027 0.041 0.055 0.015 49 V 0.445 0.046 0.005 0.001 0.440 0.001 0.002 0.002 0.003 0.008 0.049 50 L 0.158 0.182 0.039 0.034 0.506 0.024 0.024 0.004 0.003 0.009 0.017 51 T 0.480 0.033 0.005 0.004 0.417 0.003 0.003 0.001 0.001 0.006 0.049 52 V 0.268 0.088 0.008 0.004 0.592 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.027 53 E 0.328 0.036 0.002 0.001 0.595 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 54 F 0.255 0.117 0.006 0.001 0.594 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 55 R 0.343 0.072 0.010 0.002 0.522 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.041 56 V 0.137 0.032 0.030 0.206 0.075 0.312 0.045 0.042 0.021 0.035 0.063 57 M 0.003 0.045 0.059 0.574 0.012 0.075 0.143 0.051 0.021 0.015 0.003 58 G 0.028 0.020 0.061 0.106 0.020 0.025 0.005 0.015 0.045 0.583 0.092 59 I 0.009 0.630 0.183 0.006 0.140 0.002 0.005 0.015 0.007 0.003 0.001 60 P 0.358 0.078 0.016 0.003 0.431 0.006 0.020 0.018 0.007 0.006 0.056 61 C 0.259 0.103 0.037 0.033 0.343 0.062 0.043 0.028 0.022 0.023 0.048 62 L 0.179 0.151 0.040 0.035 0.356 0.023 0.026 0.034 0.020 0.054 0.083 63 G 0.110 0.194 0.180 0.092 0.184 0.026 0.010 0.033 0.016 0.095 0.061 64 L 0.118 0.126 0.052 0.036 0.158 0.055 0.112 0.081 0.065 0.130 0.066 65 N 0.076 0.167 0.165 0.110 0.148 0.066 0.066 0.053 0.036 0.067 0.047 66 G 0.030 0.112 0.155 0.154 0.053 0.042 0.036 0.049 0.075 0.242 0.051 67 G 0.032 0.103 0.225 0.239 0.056 0.075 0.034 0.037 0.044 0.114 0.041 68 P 0.052 0.213 0.132 0.035 0.139 0.024 0.041 0.120 0.140 0.070 0.035 69 A 0.098 0.109 0.046 0.014 0.154 0.032 0.096 0.144 0.136 0.117 0.055 70 F 0.105 0.261 0.112 0.024 0.205 0.015 0.027 0.053 0.061 0.090 0.047 71 R 0.131 0.148 0.138 0.057 0.149 0.051 0.040 0.066 0.051 0.093 0.075 72 H 0.106 0.097 0.043 0.057 0.119 0.053 0.090 0.120 0.126 0.122 0.068 73 S 0.061 0.132 0.119 0.093 0.093 0.047 0.047 0.067 0.096 0.193 0.052 74 E 0.072 0.206 0.119 0.043 0.182 0.021 0.042 0.107 0.103 0.085 0.021 75 A 0.292 0.105 0.017 0.006 0.405 0.012 0.029 0.024 0.018 0.036 0.055 76 F 0.240 0.142 0.013 0.007 0.546 0.005 0.004 0.003 0.002 0.010 0.027 77 S 0.327 0.033 0.004 0.004 0.595 0.006 0.006 0.001 0.001 0.002 0.021 78 F 0.206 0.058 0.004 0.002 0.715 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 79 Q 0.278 0.041 0.001 0.001 0.637 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 80 V 0.237 0.097 0.011 0.001 0.608 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.039 81 A 0.419 0.024 0.003 0.001 0.281 0.001 0.002 0.001 0.002 0.038 0.227 82 T 0.070 0.322 0.186 0.046 0.232 0.019 0.006 0.027 0.030 0.034 0.027 83 D 0.005 0.008 0.007 0.023 0.010 0.147 0.377 0.185 0.104 0.125 0.009 84 D 0.143 0.324 0.186 0.002 0.270 0.001 0.001 0.012 0.006 0.028 0.028 85 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.691 0.286 0.012 0.002 86 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.939 0.053 0.003 0.001 87 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.026 0.009 0.001 88 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.028 0.003 0.001 89 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.021 0.001 0.001 90 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 91 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.022 0.003 0.001 92 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.045 0.001 0.001 93 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.027 0.001 0.001 94 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.970 0.023 0.004 0.001 95 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.922 0.065 0.009 0.001 96 V 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.809 0.171 0.004 0.001 97 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.171 0.732 0.071 0.017 0.001 98 N 0.004 0.555 0.293 0.013 0.077 0.007 0.022 0.010 0.004 0.013 0.002 99 G 0.119 0.059 0.061 0.058 0.047 0.013 0.008 0.009 0.009 0.230 0.389 100 G 0.074 0.067 0.076 0.171 0.063 0.073 0.032 0.066 0.065 0.212 0.102 101 E 0.068 0.076 0.037 0.057 0.113 0.037 0.028 0.143 0.182 0.183 0.076 102 E 0.069 0.121 0.032 0.040 0.100 0.037 0.065 0.169 0.195 0.127 0.046 103 S 0.110 0.117 0.060 0.025 0.168 0.034 0.061 0.112 0.106 0.157 0.050 104 A 0.123 0.118 0.044 0.024 0.180 0.037 0.083 0.142 0.082 0.132 0.034 105 C 0.212 0.131 0.067 0.048 0.211 0.018 0.032 0.028 0.035 0.115 0.103 106 G 0.031 0.242 0.219 0.247 0.128 0.067 0.009 0.016 0.009 0.019 0.012 107 W 0.201 0.155 0.012 0.001 0.574 0.001 0.003 0.013 0.005 0.009 0.027 108 C 0.256 0.156 0.029 0.003 0.465 0.007 0.008 0.014 0.006 0.009 0.045 109 R 0.221 0.159 0.040 0.012 0.413 0.008 0.018 0.014 0.009 0.036 0.069 110 D 0.134 0.227 0.277 0.022 0.237 0.005 0.008 0.034 0.015 0.012 0.027 111 K 0.031 0.048 0.024 0.030 0.034 0.084 0.107 0.297 0.236 0.094 0.017 112 W 0.015 0.239 0.240 0.193 0.049 0.042 0.072 0.044 0.041 0.051 0.013 113 G 0.053 0.047 0.076 0.147 0.046 0.063 0.020 0.034 0.041 0.345 0.128 114 I 0.124 0.341 0.056 0.006 0.348 0.005 0.013 0.032 0.025 0.024 0.025 115 S 0.242 0.139 0.032 0.009 0.420 0.012 0.024 0.032 0.021 0.021 0.048 116 W 0.212 0.148 0.020 0.008 0.508 0.014 0.013 0.023 0.016 0.014 0.024 117 Q 0.181 0.135 0.025 0.002 0.588 0.002 0.006 0.017 0.006 0.009 0.028 118 I 0.228 0.173 0.057 0.013 0.302 0.013 0.021 0.036 0.013 0.045 0.099 119 T 0.111 0.328 0.156 0.017 0.299 0.004 0.010 0.021 0.007 0.014 0.032 120 P 0.042 0.223 0.073 0.012 0.111 0.012 0.016 0.276 0.162 0.049 0.023 121 R 0.027 0.101 0.042 0.008 0.074 0.012 0.035 0.465 0.172 0.048 0.015 122 V 0.049 0.071 0.027 0.010 0.057 0.011 0.034 0.554 0.108 0.063 0.018 123 L 0.027 0.052 0.020 0.014 0.042 0.015 0.031 0.512 0.164 0.106 0.017 124 S 0.016 0.057 0.025 0.012 0.035 0.016 0.031 0.554 0.210 0.035 0.008 125 E 0.016 0.032 0.016 0.006 0.036 0.009 0.053 0.601 0.177 0.044 0.010 126 A 0.035 0.050 0.023 0.009 0.060 0.021 0.076 0.420 0.158 0.126 0.022 127 I 0.084 0.100 0.029 0.007 0.136 0.008 0.038 0.322 0.107 0.129 0.039 128 A 0.033 0.150 0.102 0.023 0.091 0.039 0.072 0.196 0.090 0.180 0.024 129 S 0.149 0.218 0.116 0.006 0.348 0.003 0.009 0.068 0.016 0.021 0.047 130 P 0.013 0.081 0.039 0.005 0.044 0.015 0.031 0.455 0.204 0.100 0.014 131 D 0.069 0.373 0.105 0.002 0.185 0.001 0.005 0.155 0.022 0.064 0.019 132 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.860 0.124 0.013 0.001 133 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.034 0.001 0.001 134 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.019 0.004 0.001 135 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.021 0.002 0.001 136 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.019 0.001 0.001 137 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.001 0.001 138 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.021 0.004 0.001 139 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.052 0.001 0.001 140 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.032 0.001 0.001 141 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.935 0.046 0.003 0.001 142 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.886 0.087 0.015 0.001 143 M 0.002 0.022 0.004 0.001 0.004 0.003 0.028 0.750 0.157 0.028 0.002 144 T 0.006 0.007 0.003 0.002 0.005 0.006 0.066 0.449 0.156 0.284 0.015 145 M 0.025 0.554 0.109 0.010 0.168 0.005 0.014 0.060 0.023 0.019 0.012 146 G 0.018 0.094 0.073 0.070 0.037 0.032 0.065 0.256 0.180 0.149 0.026 147 R 0.095 0.082 0.027 0.007 0.144 0.013 0.065 0.373 0.099 0.060 0.036 148 I 0.025 0.360 0.129 0.019 0.196 0.020 0.025 0.135 0.042 0.029 0.020 149 D 0.367 0.153 0.021 0.001 0.362 0.001 0.001 0.024 0.003 0.007 0.061 150 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.603 0.370 0.019 0.002 151 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.943 0.047 0.001 0.001 152 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.044 0.013 0.001 153 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.899 0.090 0.009 0.001 154 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.882 0.108 0.002 0.001 155 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.889 0.080 0.010 0.001 156 A 0.001 0.004 0.005 0.002 0.002 0.008 0.105 0.746 0.104 0.023 0.001 157 F 0.012 0.015 0.010 0.007 0.009 0.006 0.034 0.536 0.185 0.166 0.021 158 K 0.005 0.207 0.079 0.045 0.028 0.106 0.270 0.172 0.058 0.027 0.005 159 G 0.018 0.027 0.026 0.038 0.017 0.014 0.016 0.031 0.043 0.606 0.165