# TARGET T0255 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0255.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 95.2774 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.457 0.249 0.142 0.093 0.042 0.014 0.002 2 N 0.315 0.237 0.183 0.150 0.084 0.027 0.003 3 S 0.437 0.270 0.149 0.094 0.038 0.011 0.002 4 K 0.266 0.353 0.205 0.110 0.047 0.016 0.003 5 N 0.016 0.051 0.134 0.277 0.327 0.170 0.026 6 T 0.007 0.029 0.098 0.235 0.313 0.251 0.066 7 I 0.002 0.005 0.012 0.031 0.123 0.526 0.301 8 C 0.001 0.006 0.020 0.069 0.215 0.417 0.272 9 L 0.001 0.002 0.004 0.016 0.087 0.432 0.458 10 W 0.001 0.009 0.026 0.099 0.260 0.411 0.194 11 Y 0.001 0.011 0.042 0.155 0.352 0.383 0.056 12 D 0.028 0.156 0.281 0.286 0.178 0.063 0.009 13 S 0.336 0.391 0.173 0.071 0.023 0.006 0.001 14 A 0.172 0.339 0.267 0.152 0.053 0.016 0.002 15 A 0.031 0.044 0.085 0.263 0.379 0.187 0.012 16 L 0.128 0.286 0.316 0.184 0.068 0.017 0.002 17 E 0.100 0.316 0.305 0.190 0.067 0.019 0.002 18 A 0.011 0.017 0.041 0.122 0.308 0.432 0.070 19 A 0.010 0.047 0.115 0.270 0.332 0.207 0.021 20 T 0.072 0.319 0.331 0.199 0.060 0.016 0.002 21 F 0.008 0.033 0.136 0.355 0.338 0.125 0.005 22 Y 0.006 0.008 0.018 0.058 0.274 0.572 0.063 23 A 0.080 0.199 0.314 0.268 0.114 0.024 0.001 24 E 0.150 0.380 0.269 0.145 0.048 0.008 0.001 25 T 0.026 0.062 0.135 0.311 0.314 0.143 0.010 26 F 0.038 0.074 0.139 0.325 0.315 0.104 0.005 27 P 0.611 0.311 0.064 0.012 0.002 0.001 0.001 28 D 0.522 0.276 0.131 0.057 0.012 0.002 0.001 29 S 0.381 0.359 0.163 0.068 0.021 0.007 0.001 30 A 0.099 0.193 0.249 0.254 0.148 0.052 0.006 31 V 0.036 0.064 0.119 0.245 0.311 0.197 0.028 32 L 0.042 0.107 0.164 0.221 0.232 0.188 0.045 33 A 0.043 0.106 0.156 0.224 0.219 0.202 0.050 34 V 0.025 0.044 0.087 0.193 0.291 0.294 0.065 35 H 0.075 0.145 0.193 0.223 0.208 0.127 0.028 36 R 0.098 0.186 0.217 0.214 0.166 0.100 0.019 37 A 0.140 0.156 0.205 0.240 0.182 0.071 0.007 38 P 0.290 0.265 0.214 0.147 0.064 0.018 0.002 39 G 0.534 0.229 0.122 0.073 0.033 0.008 0.001 40 D 0.593 0.253 0.097 0.039 0.014 0.004 0.001 41 Y 0.178 0.175 0.225 0.258 0.131 0.031 0.001 42 P 0.485 0.291 0.130 0.066 0.023 0.005 0.001 43 S 0.654 0.238 0.076 0.025 0.006 0.001 0.001 44 G 0.590 0.204 0.109 0.070 0.023 0.003 0.001 45 K 0.662 0.235 0.075 0.024 0.004 0.001 0.001 46 E 0.576 0.272 0.109 0.035 0.007 0.001 0.001 47 G 0.345 0.330 0.199 0.099 0.024 0.003 0.001 48 D 0.147 0.327 0.278 0.176 0.060 0.011 0.001 49 V 0.011 0.041 0.105 0.261 0.369 0.195 0.018 50 L 0.004 0.022 0.071 0.174 0.300 0.347 0.082 51 T 0.006 0.034 0.087 0.184 0.248 0.302 0.140 52 V 0.002 0.008 0.015 0.049 0.152 0.473 0.300 53 E 0.001 0.017 0.066 0.179 0.266 0.290 0.180 54 F 0.001 0.001 0.005 0.025 0.125 0.472 0.371 55 R 0.003 0.035 0.113 0.250 0.298 0.235 0.066 56 V 0.009 0.030 0.064 0.140 0.273 0.361 0.123 57 M 0.070 0.212 0.266 0.233 0.123 0.071 0.024 58 G 0.168 0.220 0.234 0.200 0.108 0.053 0.016 59 I 0.076 0.103 0.140 0.199 0.214 0.194 0.075 60 P 0.073 0.103 0.145 0.215 0.228 0.180 0.055 61 C 0.045 0.054 0.069 0.113 0.198 0.334 0.187 62 L 0.035 0.053 0.065 0.125 0.228 0.326 0.168 63 G 0.020 0.036 0.063 0.114 0.223 0.352 0.192 64 L 0.035 0.055 0.094 0.205 0.291 0.253 0.067 65 N 0.113 0.204 0.237 0.218 0.139 0.070 0.019 66 G 0.151 0.236 0.229 0.203 0.120 0.052 0.010 67 G 0.248 0.230 0.202 0.168 0.103 0.042 0.007 68 P 0.223 0.199 0.190 0.187 0.131 0.059 0.011 69 A 0.285 0.268 0.179 0.124 0.080 0.052 0.012 70 F 0.067 0.110 0.186 0.288 0.240 0.099 0.009 71 R 0.301 0.348 0.202 0.098 0.037 0.012 0.002 72 H 0.213 0.234 0.223 0.193 0.101 0.032 0.004 73 S 0.355 0.274 0.173 0.115 0.060 0.020 0.003 74 E 0.135 0.230 0.268 0.216 0.103 0.041 0.007 75 A 0.042 0.114 0.177 0.235 0.240 0.164 0.028 76 F 0.006 0.018 0.046 0.122 0.269 0.407 0.132 77 S 0.006 0.021 0.059 0.155 0.268 0.343 0.148 78 F 0.002 0.007 0.015 0.043 0.131 0.488 0.312 79 Q 0.004 0.021 0.065 0.160 0.272 0.328 0.150 80 V 0.002 0.006 0.016 0.054 0.182 0.502 0.237 81 A 0.011 0.070 0.150 0.267 0.270 0.193 0.040 82 T 0.013 0.041 0.106 0.265 0.366 0.194 0.016 83 D 0.210 0.395 0.247 0.105 0.032 0.009 0.002 84 D 0.308 0.372 0.196 0.092 0.026 0.005 0.001 85 Q 0.176 0.339 0.284 0.148 0.045 0.008 0.001 86 A 0.382 0.333 0.154 0.076 0.040 0.013 0.002 87 E 0.032 0.193 0.310 0.259 0.140 0.059 0.008 88 T 0.003 0.007 0.022 0.129 0.369 0.407 0.063 89 D 0.011 0.127 0.319 0.343 0.151 0.044 0.006 90 R 0.041 0.324 0.367 0.186 0.063 0.018 0.002 91 L 0.001 0.008 0.031 0.110 0.356 0.445 0.048 92 W 0.002 0.005 0.019 0.131 0.423 0.377 0.044 93 N 0.037 0.338 0.375 0.196 0.046 0.007 0.001 94 A 0.013 0.163 0.374 0.354 0.088 0.008 0.001 95 I 0.004 0.012 0.039 0.213 0.448 0.273 0.012 96 V 0.036 0.204 0.353 0.298 0.099 0.009 0.001 97 D 0.597 0.319 0.064 0.016 0.004 0.001 0.001 98 N 0.503 0.286 0.142 0.056 0.012 0.002 0.001 99 G 0.541 0.219 0.140 0.073 0.023 0.004 0.001 100 G 0.664 0.190 0.076 0.045 0.019 0.005 0.001 101 E 0.598 0.218 0.105 0.053 0.020 0.005 0.001 102 E 0.406 0.286 0.184 0.090 0.028 0.005 0.001 103 S 0.290 0.291 0.198 0.140 0.061 0.017 0.003 104 A 0.072 0.181 0.231 0.229 0.186 0.086 0.016 105 C 0.028 0.078 0.147 0.273 0.279 0.154 0.041 106 G 0.019 0.051 0.081 0.174 0.248 0.320 0.108 107 W 0.010 0.064 0.164 0.284 0.249 0.167 0.062 108 C 0.003 0.006 0.017 0.075 0.217 0.445 0.237 109 R 0.020 0.103 0.204 0.257 0.201 0.149 0.067 110 D 0.022 0.051 0.081 0.156 0.240 0.327 0.123 111 K 0.077 0.173 0.202 0.200 0.163 0.124 0.061 112 W 0.065 0.089 0.128 0.198 0.205 0.214 0.100 113 G 0.119 0.168 0.159 0.154 0.135 0.159 0.106 114 I 0.050 0.056 0.086 0.150 0.211 0.269 0.178 115 S 0.061 0.072 0.104 0.159 0.190 0.238 0.177 116 W 0.049 0.051 0.060 0.099 0.183 0.357 0.200 117 Q 0.037 0.051 0.082 0.146 0.230 0.274 0.180 118 I 0.018 0.022 0.038 0.086 0.199 0.405 0.231 119 T 0.035 0.047 0.063 0.119 0.215 0.334 0.188 120 P 0.033 0.076 0.130 0.235 0.263 0.214 0.049 121 R 0.159 0.305 0.242 0.167 0.082 0.036 0.009 122 V 0.137 0.229 0.229 0.216 0.129 0.052 0.008 123 L 0.118 0.109 0.141 0.229 0.249 0.139 0.014 124 S 0.291 0.266 0.219 0.143 0.063 0.016 0.002 125 E 0.304 0.315 0.225 0.109 0.036 0.010 0.001 126 A 0.091 0.132 0.186 0.260 0.228 0.096 0.008 127 I 0.091 0.165 0.241 0.265 0.177 0.057 0.004 128 A 0.527 0.278 0.119 0.053 0.018 0.005 0.001 129 S 0.648 0.214 0.082 0.039 0.013 0.003 0.001 130 P 0.693 0.195 0.066 0.032 0.012 0.003 0.001 131 D 0.620 0.241 0.092 0.035 0.010 0.002 0.001 132 R 0.281 0.393 0.229 0.076 0.017 0.003 0.001 133 A 0.438 0.300 0.136 0.077 0.038 0.009 0.001 134 A 0.052 0.186 0.280 0.269 0.162 0.046 0.005 135 A 0.016 0.031 0.060 0.279 0.402 0.196 0.015 136 R 0.042 0.303 0.387 0.214 0.045 0.009 0.001 137 R 0.041 0.123 0.313 0.346 0.150 0.026 0.001 138 A 0.027 0.018 0.025 0.059 0.215 0.539 0.117 139 F 0.017 0.027 0.081 0.260 0.361 0.229 0.025 140 E 0.060 0.264 0.344 0.226 0.080 0.025 0.003 141 A 0.062 0.068 0.111 0.281 0.330 0.137 0.012 142 M 0.020 0.037 0.049 0.082 0.186 0.418 0.209 143 M 0.083 0.085 0.111 0.168 0.221 0.278 0.053 144 T 0.087 0.243 0.296 0.237 0.100 0.029 0.008 145 M 0.045 0.060 0.104 0.231 0.339 0.188 0.034 146 G 0.063 0.114 0.137 0.185 0.219 0.212 0.069 147 R 0.024 0.058 0.086 0.166 0.292 0.321 0.054 148 I 0.010 0.036 0.085 0.235 0.383 0.208 0.044 149 D 0.006 0.028 0.084 0.209 0.301 0.280 0.092 150 I 0.005 0.007 0.010 0.036 0.156 0.554 0.233 151 A 0.036 0.100 0.196 0.321 0.225 0.107 0.014 152 T 0.067 0.264 0.272 0.232 0.114 0.045 0.007 153 I 0.029 0.033 0.064 0.205 0.366 0.264 0.038 154 E 0.092 0.165 0.216 0.260 0.194 0.069 0.003 155 K 0.296 0.383 0.202 0.089 0.024 0.005 0.001 156 A 0.202 0.223 0.240 0.220 0.097 0.017 0.001 157 F 0.255 0.216 0.234 0.188 0.088 0.019 0.001 158 K 0.719 0.216 0.049 0.013 0.003 0.001 0.001 159 G 0.808 0.133 0.043 0.012 0.003 0.001 0.001