# TARGET T0254 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0254.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.011 0.002 0.003 0.241 0.720 2 P 0.107 0.033 0.003 0.007 0.077 0.773 3 H 0.310 0.035 0.007 0.013 0.087 0.549 4 L 0.472 0.009 0.018 0.022 0.119 0.360 5 R 0.711 0.029 0.013 0.021 0.064 0.161 6 F 0.691 0.017 0.019 0.014 0.086 0.174 7 R 0.636 0.006 0.013 0.017 0.129 0.199 8 A 0.502 0.007 0.014 0.016 0.214 0.248 9 V 0.333 0.031 0.007 0.017 0.228 0.385 10 E 0.205 0.020 0.017 0.091 0.292 0.376 11 A 0.022 0.001 0.088 0.591 0.187 0.110 12 H 0.022 0.003 0.058 0.696 0.142 0.080 13 I 0.008 0.003 0.086 0.780 0.093 0.030 14 V 0.011 0.003 0.037 0.822 0.060 0.067 15 E 0.010 0.002 0.078 0.831 0.051 0.027 16 S 0.006 0.001 0.086 0.807 0.057 0.043 17 L 0.003 0.001 0.055 0.827 0.044 0.070 18 V 0.001 0.001 0.020 0.836 0.039 0.102 19 P 0.001 0.001 0.013 0.941 0.019 0.026 20 T 0.001 0.001 0.011 0.951 0.019 0.018 21 L 0.001 0.001 0.008 0.973 0.009 0.009 22 L 0.001 0.001 0.002 0.992 0.003 0.003 23 N 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.002 24 E 0.001 0.001 0.005 0.992 0.002 0.001 25 L 0.001 0.001 0.006 0.988 0.004 0.001 26 S 0.001 0.001 0.016 0.971 0.010 0.002 27 S 0.001 0.001 0.020 0.935 0.032 0.012 28 L 0.003 0.001 0.019 0.879 0.055 0.043 29 L 0.031 0.012 0.016 0.735 0.091 0.115 30 S 0.081 0.019 0.012 0.219 0.216 0.453 31 T 0.059 0.019 0.009 0.063 0.220 0.629 32 A 0.031 0.012 0.015 0.025 0.601 0.315 33 R 0.014 0.003 0.126 0.026 0.751 0.079 34 N 0.027 0.003 0.095 0.013 0.790 0.072 35 A 0.241 0.010 0.067 0.011 0.563 0.109 36 F 0.735 0.010 0.004 0.005 0.063 0.181 37 T 0.920 0.007 0.002 0.003 0.017 0.051 38 F 0.956 0.003 0.002 0.002 0.012 0.025 39 E 0.956 0.002 0.002 0.002 0.015 0.024 40 L 0.904 0.004 0.003 0.002 0.048 0.040 41 I 0.692 0.003 0.007 0.004 0.195 0.098 42 N 0.505 0.003 0.009 0.004 0.318 0.160 43 T 0.667 0.008 0.008 0.009 0.193 0.115 44 Q 0.860 0.006 0.003 0.012 0.059 0.060 45 Y 0.927 0.006 0.003 0.012 0.029 0.023 46 F 0.885 0.006 0.004 0.017 0.061 0.028 47 A 0.689 0.007 0.010 0.032 0.203 0.059 48 E 0.217 0.007 0.017 0.043 0.548 0.168 49 G 0.068 0.005 0.008 0.011 0.682 0.226 50 G 0.145 0.011 0.006 0.005 0.449 0.384 51 V 0.379 0.032 0.004 0.003 0.156 0.426 52 Y 0.633 0.026 0.002 0.002 0.074 0.264 53 P 0.708 0.005 0.001 0.002 0.052 0.232 54 M 0.916 0.003 0.001 0.001 0.016 0.063 55 V 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 56 E 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 57 V 0.974 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 58 L 0.929 0.001 0.001 0.003 0.017 0.048 59 W 0.736 0.005 0.005 0.007 0.065 0.181 60 F 0.399 0.011 0.005 0.009 0.170 0.405 61 G 0.138 0.019 0.009 0.015 0.362 0.457 62 R 0.025 0.012 0.019 0.035 0.469 0.441 63 E 0.021 0.011 0.033 0.110 0.389 0.435 64 Q 0.005 0.001 0.029 0.841 0.085 0.039 65 Q 0.002 0.001 0.009 0.950 0.025 0.014 66 T 0.002 0.002 0.008 0.969 0.011 0.007 67 Q 0.001 0.001 0.003 0.990 0.004 0.003 68 D 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 69 Q 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.003 70 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 71 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.005 73 V 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.004 74 I 0.001 0.001 0.002 0.987 0.004 0.006 75 T 0.001 0.001 0.003 0.980 0.007 0.009 76 D 0.001 0.001 0.003 0.968 0.012 0.017 77 Q 0.001 0.001 0.004 0.975 0.011 0.009 78 I 0.001 0.001 0.008 0.961 0.018 0.012 79 R 0.001 0.001 0.046 0.903 0.036 0.014 80 Q 0.001 0.001 0.057 0.874 0.048 0.019 81 L 0.002 0.001 0.065 0.791 0.093 0.048 82 L 0.008 0.008 0.065 0.478 0.275 0.166 83 G 0.011 0.005 0.105 0.191 0.553 0.136 84 A 0.010 0.004 0.122 0.089 0.614 0.161 85 D 0.026 0.004 0.061 0.016 0.690 0.203 86 S 0.162 0.010 0.018 0.007 0.486 0.317 87 H 0.527 0.004 0.004 0.002 0.125 0.337 88 L 0.973 0.002 0.001 0.001 0.006 0.019 89 A 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 90 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 91 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 92 F 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 93 I 0.942 0.001 0.001 0.001 0.015 0.041 94 P 0.899 0.005 0.002 0.001 0.032 0.062 95 L 0.797 0.014 0.002 0.001 0.063 0.122 96 Q 0.519 0.014 0.005 0.004 0.321 0.137 97 R 0.164 0.005 0.058 0.023 0.616 0.132 98 T 0.138 0.014 0.065 0.034 0.643 0.105 99 A 0.300 0.019 0.088 0.060 0.448 0.086 100 Y 0.462 0.043 0.033 0.072 0.201 0.189 101 Y 0.365 0.055 0.040 0.089 0.352 0.098 102 L 0.110 0.011 0.032 0.069 0.668 0.110 103 D 0.054 0.003 0.021 0.033 0.739 0.151 104 G 0.105 0.013 0.014 0.020 0.636 0.211 105 Q 0.324 0.096 0.007 0.015 0.180 0.378 106 H 0.277 0.072 0.004 0.013 0.074 0.560 107 F 0.004 0.002 0.001 0.002 0.022 0.970