# TARGET T0254 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0254.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.010 0.517 0.007 0.015 0.004 0.001 0.001 0.003 0.289 0.056 0.076 0.020 2 P 0.009 0.012 0.610 0.023 0.010 0.005 0.001 0.001 0.004 0.095 0.071 0.005 0.154 3 H 0.270 0.014 0.179 0.004 0.006 0.005 0.021 0.004 0.021 0.018 0.023 0.356 0.079 4 L 0.593 0.005 0.054 0.005 0.007 0.010 0.043 0.007 0.013 0.017 0.007 0.024 0.216 5 R 0.715 0.004 0.022 0.002 0.002 0.007 0.060 0.011 0.019 0.002 0.002 0.108 0.045 6 F 0.728 0.002 0.025 0.008 0.002 0.005 0.048 0.010 0.018 0.004 0.003 0.031 0.118 7 R 0.491 0.006 0.072 0.013 0.005 0.016 0.029 0.005 0.038 0.036 0.021 0.161 0.108 8 A 0.191 0.011 0.200 0.007 0.016 0.030 0.007 0.002 0.026 0.122 0.067 0.056 0.264 9 V 0.017 0.033 0.336 0.002 0.012 0.035 0.002 0.001 0.013 0.345 0.074 0.080 0.051 10 E 0.001 0.023 0.609 0.002 0.007 0.066 0.001 0.001 0.005 0.163 0.040 0.003 0.080 11 A 0.001 0.001 0.036 0.001 0.031 0.824 0.001 0.001 0.001 0.044 0.058 0.002 0.002 12 H 0.001 0.001 0.009 0.001 0.031 0.904 0.001 0.001 0.001 0.014 0.039 0.001 0.001 13 I 0.001 0.001 0.012 0.001 0.048 0.906 0.001 0.001 0.001 0.009 0.021 0.001 0.001 14 V 0.001 0.001 0.014 0.001 0.013 0.948 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 0.001 0.002 15 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.960 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 16 S 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 0.944 0.001 0.001 0.001 0.005 0.035 0.001 0.001 17 L 0.001 0.001 0.012 0.001 0.004 0.922 0.001 0.001 0.001 0.011 0.050 0.001 0.001 18 V 0.001 0.001 0.031 0.001 0.003 0.930 0.001 0.001 0.001 0.024 0.010 0.001 0.001 19 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 20 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 22 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 23 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 26 S 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 27 S 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 0.933 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 0.001 0.001 28 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.030 0.880 0.001 0.001 0.001 0.007 0.076 0.001 0.001 29 L 0.001 0.004 0.041 0.001 0.024 0.731 0.001 0.001 0.001 0.041 0.152 0.001 0.004 30 S 0.001 0.014 0.182 0.001 0.016 0.300 0.001 0.001 0.001 0.093 0.374 0.004 0.013 31 T 0.001 0.009 0.462 0.001 0.006 0.024 0.001 0.001 0.001 0.391 0.096 0.004 0.007 32 A 0.001 0.007 0.729 0.002 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.181 0.060 0.001 0.005 33 R 0.001 0.003 0.218 0.006 0.114 0.010 0.001 0.001 0.001 0.191 0.448 0.002 0.006 34 N 0.003 0.006 0.183 0.006 0.107 0.010 0.001 0.001 0.006 0.316 0.282 0.064 0.017 35 A 0.018 0.010 0.341 0.050 0.034 0.013 0.004 0.002 0.051 0.168 0.044 0.011 0.256 36 F 0.138 0.008 0.186 0.024 0.003 0.008 0.028 0.008 0.084 0.024 0.005 0.340 0.145 37 T 0.245 0.013 0.067 0.022 0.001 0.007 0.065 0.024 0.054 0.008 0.003 0.124 0.367 38 F 0.240 0.011 0.064 0.012 0.004 0.009 0.068 0.035 0.035 0.011 0.004 0.263 0.243 39 E 0.185 0.007 0.118 0.035 0.004 0.010 0.053 0.038 0.067 0.020 0.011 0.159 0.293 40 L 0.061 0.015 0.245 0.025 0.016 0.010 0.025 0.009 0.067 0.044 0.038 0.105 0.341 41 I 0.053 0.014 0.244 0.068 0.027 0.009 0.010 0.002 0.019 0.162 0.144 0.127 0.122 42 N 0.055 0.012 0.172 0.072 0.024 0.006 0.004 0.001 0.020 0.187 0.210 0.106 0.131 43 T 0.104 0.007 0.205 0.053 0.017 0.006 0.010 0.002 0.013 0.128 0.064 0.116 0.275 44 Q 0.237 0.006 0.108 0.016 0.005 0.004 0.024 0.003 0.018 0.033 0.008 0.316 0.221 45 Y 0.222 0.012 0.061 0.011 0.007 0.006 0.034 0.005 0.021 0.015 0.005 0.114 0.487 46 F 0.279 0.016 0.098 0.030 0.008 0.007 0.050 0.004 0.024 0.015 0.009 0.186 0.274 47 A 0.126 0.011 0.166 0.036 0.007 0.005 0.020 0.001 0.015 0.038 0.032 0.264 0.279 48 E 0.031 0.010 0.201 0.030 0.012 0.007 0.002 0.001 0.003 0.178 0.201 0.083 0.244 49 G 0.003 0.011 0.293 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.366 0.194 0.039 0.074 50 G 0.001 0.003 0.320 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.426 0.164 0.035 0.032 51 V 0.002 0.036 0.477 0.013 0.006 0.002 0.002 0.001 0.007 0.211 0.061 0.037 0.145 52 Y 0.016 0.041 0.444 0.027 0.003 0.001 0.009 0.001 0.029 0.061 0.012 0.223 0.133 53 P 0.110 0.006 0.291 0.076 0.004 0.001 0.030 0.002 0.020 0.068 0.025 0.076 0.292 54 M 0.476 0.004 0.036 0.005 0.001 0.001 0.098 0.010 0.027 0.006 0.002 0.132 0.204 55 V 0.640 0.001 0.018 0.019 0.001 0.001 0.123 0.011 0.009 0.003 0.001 0.044 0.130 56 E 0.776 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.087 0.006 0.013 0.001 0.001 0.080 0.030 57 V 0.760 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.056 0.006 0.020 0.001 0.001 0.025 0.118 58 L 0.642 0.001 0.026 0.010 0.001 0.001 0.060 0.006 0.051 0.004 0.001 0.134 0.063 59 W 0.406 0.005 0.114 0.011 0.002 0.002 0.024 0.004 0.059 0.028 0.012 0.060 0.274 60 F 0.076 0.016 0.373 0.006 0.009 0.005 0.005 0.001 0.035 0.221 0.043 0.111 0.099 61 G 0.008 0.024 0.547 0.002 0.011 0.009 0.001 0.001 0.013 0.185 0.071 0.028 0.102 62 R 0.001 0.012 0.422 0.001 0.016 0.045 0.001 0.001 0.003 0.320 0.142 0.011 0.027 63 E 0.001 0.005 0.484 0.001 0.011 0.100 0.001 0.001 0.001 0.294 0.095 0.002 0.008 64 Q 0.001 0.002 0.057 0.001 0.024 0.773 0.001 0.001 0.001 0.073 0.066 0.001 0.002 65 Q 0.001 0.001 0.041 0.001 0.015 0.896 0.001 0.001 0.001 0.020 0.025 0.001 0.001 66 T 0.001 0.003 0.035 0.001 0.013 0.914 0.001 0.001 0.001 0.011 0.020 0.001 0.003 67 Q 0.001 0.001 0.026 0.001 0.005 0.951 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 68 D 0.001 0.001 0.011 0.001 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 69 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 70 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 75 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 76 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 77 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.954 0.001 0.001 0.001 0.004 0.033 0.001 0.001 78 I 0.001 0.001 0.013 0.001 0.009 0.932 0.001 0.001 0.001 0.008 0.034 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.017 0.001 0.023 0.907 0.001 0.001 0.001 0.014 0.035 0.001 0.001 80 Q 0.001 0.001 0.019 0.001 0.031 0.840 0.001 0.001 0.001 0.016 0.091 0.001 0.001 81 L 0.001 0.002 0.042 0.001 0.029 0.759 0.001 0.001 0.001 0.035 0.130 0.001 0.002 82 L 0.001 0.010 0.209 0.001 0.038 0.408 0.001 0.001 0.001 0.120 0.204 0.003 0.005 83 G 0.001 0.004 0.162 0.001 0.063 0.143 0.001 0.001 0.001 0.145 0.474 0.002 0.004 84 A 0.001 0.003 0.118 0.004 0.050 0.043 0.001 0.001 0.001 0.244 0.533 0.002 0.003 85 D 0.001 0.008 0.465 0.005 0.051 0.014 0.001 0.001 0.003 0.254 0.180 0.007 0.012 86 S 0.007 0.011 0.491 0.009 0.019 0.007 0.004 0.002 0.033 0.241 0.085 0.045 0.048 87 H 0.038 0.011 0.321 0.041 0.007 0.004 0.034 0.014 0.157 0.118 0.049 0.043 0.163 88 L 0.131 0.009 0.097 0.006 0.001 0.002 0.135 0.058 0.337 0.013 0.002 0.119 0.090 89 A 0.243 0.002 0.026 0.015 0.001 0.002 0.264 0.096 0.213 0.004 0.001 0.028 0.106 90 V 0.222 0.001 0.012 0.008 0.001 0.001 0.362 0.161 0.147 0.001 0.001 0.056 0.029 91 V 0.219 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.385 0.186 0.116 0.001 0.001 0.026 0.051 92 F 0.294 0.002 0.033 0.021 0.002 0.004 0.301 0.081 0.102 0.005 0.002 0.046 0.106 93 I 0.257 0.001 0.066 0.036 0.003 0.006 0.124 0.019 0.066 0.017 0.004 0.291 0.113 94 P 0.109 0.010 0.090 0.026 0.005 0.006 0.050 0.004 0.050 0.032 0.016 0.035 0.568 95 L 0.042 0.028 0.282 0.059 0.014 0.014 0.018 0.002 0.018 0.149 0.022 0.225 0.130 96 Q 0.006 0.026 0.484 0.024 0.036 0.014 0.002 0.001 0.007 0.198 0.029 0.047 0.128 97 R 0.002 0.005 0.140 0.019 0.299 0.059 0.001 0.001 0.002 0.143 0.295 0.006 0.030 98 T 0.007 0.008 0.102 0.010 0.374 0.073 0.002 0.001 0.004 0.084 0.295 0.019 0.022 99 A 0.029 0.027 0.152 0.006 0.376 0.105 0.005 0.001 0.008 0.072 0.122 0.025 0.072 100 Y 0.082 0.040 0.183 0.008 0.149 0.168 0.009 0.001 0.018 0.069 0.128 0.057 0.089 101 Y 0.079 0.028 0.292 0.009 0.073 0.118 0.005 0.001 0.012 0.078 0.106 0.035 0.166 102 L 0.033 0.043 0.201 0.005 0.047 0.064 0.003 0.001 0.007 0.175 0.269 0.091 0.061 103 D 0.002 0.005 0.094 0.007 0.031 0.017 0.001 0.001 0.001 0.226 0.598 0.008 0.012 104 G 0.002 0.007 0.235 0.009 0.020 0.008 0.001 0.001 0.002 0.327 0.360 0.011 0.019 105 Q 0.006 0.047 0.481 0.001 0.016 0.013 0.003 0.001 0.007 0.157 0.088 0.105 0.075 106 H 0.003 0.069 0.692 0.001 0.007 0.009 0.003 0.001 0.010 0.019 0.021 0.010 0.157 107 F 0.001 0.003 0.968 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.007