# TARGET T0254 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0254.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.25694 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.222 0.162 0.071 0.132 0.088 0.070 0.072 0.063 0.055 0.040 0.025 2 P 0.191 0.137 0.050 0.130 0.112 0.100 0.109 0.070 0.051 0.033 0.017 3 H 0.076 0.086 0.047 0.169 0.186 0.153 0.144 0.072 0.040 0.018 0.008 4 L 0.064 0.029 0.021 0.043 0.046 0.054 0.118 0.149 0.187 0.167 0.121 5 R 0.036 0.076 0.097 0.284 0.222 0.123 0.088 0.036 0.022 0.010 0.006 6 F 0.033 0.034 0.031 0.061 0.050 0.062 0.121 0.153 0.196 0.164 0.096 7 R 0.057 0.113 0.093 0.195 0.184 0.142 0.118 0.050 0.028 0.013 0.006 8 A 0.079 0.091 0.086 0.105 0.085 0.093 0.167 0.107 0.089 0.062 0.038 9 V 0.027 0.050 0.062 0.098 0.119 0.110 0.167 0.111 0.105 0.086 0.064 10 E 0.085 0.285 0.244 0.200 0.084 0.045 0.036 0.011 0.006 0.002 0.001 11 A 0.123 0.120 0.136 0.270 0.192 0.092 0.046 0.012 0.005 0.002 0.001 12 H 0.699 0.110 0.108 0.046 0.017 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 13 I 0.009 0.032 0.072 0.187 0.218 0.220 0.179 0.047 0.023 0.009 0.004 14 V 0.003 0.005 0.026 0.011 0.012 0.023 0.116 0.162 0.226 0.234 0.182 15 E 0.009 0.027 0.222 0.353 0.238 0.101 0.037 0.008 0.003 0.001 0.001 16 S 0.116 0.094 0.647 0.080 0.034 0.016 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 17 L 0.001 0.007 0.027 0.038 0.056 0.141 0.300 0.168 0.126 0.088 0.049 18 V 0.005 0.017 0.046 0.027 0.046 0.091 0.331 0.199 0.133 0.071 0.034 19 P 0.157 0.137 0.484 0.161 0.046 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 20 T 0.136 0.121 0.317 0.202 0.122 0.066 0.032 0.004 0.001 0.001 0.001 21 L 0.001 0.002 0.015 0.009 0.007 0.013 0.073 0.124 0.251 0.279 0.226 22 L 0.001 0.002 0.042 0.027 0.055 0.167 0.413 0.147 0.081 0.042 0.022 23 N 0.005 0.016 0.834 0.110 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 E 0.001 0.005 0.041 0.055 0.118 0.265 0.372 0.095 0.029 0.012 0.005 25 L 0.001 0.001 0.015 0.005 0.004 0.006 0.048 0.096 0.239 0.310 0.276 26 S 0.001 0.003 0.054 0.065 0.146 0.229 0.329 0.106 0.045 0.016 0.005 27 S 0.011 0.029 0.624 0.220 0.078 0.028 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 28 L 0.002 0.007 0.028 0.025 0.055 0.119 0.317 0.196 0.141 0.079 0.031 29 L 0.004 0.004 0.017 0.011 0.012 0.022 0.113 0.149 0.235 0.224 0.209 30 S 0.050 0.140 0.255 0.233 0.169 0.078 0.047 0.015 0.007 0.004 0.002 31 T 0.017 0.042 0.068 0.072 0.072 0.089 0.161 0.151 0.150 0.114 0.065 32 A 0.282 0.280 0.171 0.135 0.068 0.031 0.021 0.007 0.003 0.002 0.001 33 R 0.121 0.136 0.069 0.173 0.165 0.127 0.125 0.043 0.024 0.012 0.006 34 N 0.430 0.157 0.081 0.138 0.077 0.048 0.034 0.015 0.010 0.006 0.004 35 A 0.058 0.092 0.074 0.206 0.194 0.167 0.131 0.042 0.022 0.009 0.005 36 F 0.007 0.005 0.006 0.011 0.015 0.033 0.111 0.161 0.222 0.228 0.201 37 T 0.027 0.081 0.066 0.267 0.217 0.153 0.095 0.043 0.026 0.015 0.010 38 F 0.015 0.018 0.027 0.035 0.040 0.054 0.125 0.151 0.217 0.187 0.131 39 E 0.046 0.053 0.064 0.158 0.144 0.135 0.162 0.096 0.070 0.042 0.030 40 L 0.021 0.029 0.040 0.061 0.059 0.074 0.177 0.150 0.161 0.138 0.089 41 I 0.032 0.031 0.047 0.101 0.104 0.117 0.159 0.128 0.123 0.095 0.061 42 N 0.053 0.111 0.094 0.168 0.139 0.132 0.141 0.067 0.052 0.028 0.014 43 T 0.021 0.029 0.036 0.066 0.068 0.081 0.142 0.145 0.164 0.147 0.101 44 Q 0.103 0.099 0.088 0.173 0.143 0.121 0.115 0.063 0.046 0.029 0.021 45 Y 0.017 0.033 0.039 0.092 0.114 0.131 0.209 0.144 0.113 0.071 0.037 46 F 0.007 0.012 0.017 0.040 0.044 0.058 0.124 0.148 0.198 0.190 0.163 47 A 0.038 0.055 0.061 0.126 0.133 0.138 0.168 0.102 0.089 0.052 0.038 48 E 0.254 0.200 0.116 0.180 0.092 0.065 0.051 0.020 0.012 0.006 0.003 49 G 0.341 0.141 0.050 0.119 0.087 0.077 0.077 0.041 0.031 0.021 0.014 50 G 0.430 0.236 0.053 0.121 0.067 0.037 0.027 0.012 0.009 0.005 0.003 51 V 0.052 0.111 0.037 0.161 0.177 0.136 0.140 0.078 0.056 0.032 0.019 52 Y 0.003 0.011 0.006 0.038 0.080 0.132 0.226 0.192 0.159 0.098 0.056 53 P 0.005 0.007 0.005 0.030 0.058 0.102 0.232 0.202 0.174 0.118 0.068 54 M 0.003 0.004 0.005 0.028 0.045 0.075 0.156 0.179 0.192 0.169 0.146 55 V 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.012 0.057 0.151 0.274 0.298 0.194 56 E 0.001 0.002 0.004 0.014 0.021 0.038 0.135 0.199 0.235 0.192 0.159 57 V 0.001 0.002 0.010 0.010 0.008 0.013 0.051 0.109 0.203 0.303 0.290 58 L 0.002 0.004 0.011 0.051 0.101 0.128 0.251 0.198 0.145 0.074 0.035 59 W 0.004 0.014 0.032 0.048 0.048 0.068 0.171 0.175 0.211 0.153 0.075 60 F 0.004 0.006 0.011 0.032 0.054 0.077 0.195 0.189 0.201 0.148 0.083 61 G 0.148 0.228 0.145 0.201 0.113 0.071 0.059 0.021 0.010 0.003 0.001 62 R 0.080 0.131 0.069 0.134 0.141 0.136 0.152 0.076 0.043 0.027 0.011 63 E 0.334 0.354 0.131 0.113 0.035 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 64 Q 0.383 0.160 0.127 0.148 0.080 0.050 0.039 0.008 0.003 0.001 0.001 65 Q 0.696 0.099 0.122 0.056 0.016 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 66 T 0.011 0.027 0.118 0.104 0.098 0.200 0.274 0.098 0.044 0.019 0.007 67 Q 0.002 0.007 0.165 0.085 0.115 0.192 0.261 0.105 0.044 0.019 0.006 68 D 0.015 0.038 0.723 0.142 0.052 0.020 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 69 Q 0.011 0.030 0.453 0.251 0.152 0.070 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 70 I 0.001 0.002 0.096 0.009 0.010 0.018 0.117 0.138 0.228 0.234 0.149 71 A 0.001 0.001 0.138 0.043 0.087 0.169 0.379 0.116 0.043 0.017 0.006 72 Q 0.002 0.011 0.851 0.101 0.028 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.001 0.007 0.083 0.054 0.132 0.255 0.342 0.085 0.027 0.009 0.003 74 I 0.001 0.001 0.015 0.002 0.002 0.002 0.028 0.071 0.234 0.337 0.308 75 T 0.001 0.001 0.021 0.033 0.127 0.252 0.377 0.113 0.045 0.021 0.009 76 D 0.015 0.030 0.737 0.161 0.041 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 77 Q 0.001 0.002 0.008 0.017 0.060 0.165 0.446 0.169 0.080 0.038 0.014 78 I 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.003 0.024 0.064 0.198 0.299 0.402 79 R 0.001 0.003 0.044 0.102 0.265 0.258 0.215 0.065 0.030 0.012 0.004 80 Q 0.029 0.072 0.673 0.159 0.043 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.002 0.003 0.006 0.016 0.036 0.113 0.374 0.200 0.144 0.075 0.030 82 L 0.005 0.005 0.003 0.010 0.012 0.033 0.121 0.157 0.200 0.203 0.251 83 G 0.215 0.319 0.214 0.127 0.060 0.031 0.019 0.007 0.004 0.003 0.002 84 A 0.484 0.178 0.106 0.123 0.050 0.032 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 85 D 0.433 0.211 0.047 0.110 0.081 0.049 0.038 0.015 0.009 0.005 0.003 86 S 0.056 0.099 0.067 0.222 0.180 0.160 0.125 0.048 0.025 0.011 0.006 87 H 0.008 0.044 0.051 0.190 0.246 0.248 0.137 0.043 0.021 0.009 0.004 88 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.017 0.098 0.209 0.265 0.250 0.148 89 A 0.001 0.008 0.011 0.115 0.195 0.212 0.220 0.127 0.061 0.033 0.017 90 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.010 0.050 0.114 0.252 0.308 0.255 91 V 0.003 0.007 0.008 0.083 0.120 0.126 0.234 0.179 0.132 0.071 0.038 92 F 0.001 0.002 0.001 0.005 0.007 0.012 0.059 0.122 0.237 0.294 0.261 93 I 0.013 0.040 0.037 0.200 0.216 0.163 0.161 0.082 0.056 0.023 0.009 94 P 0.084 0.148 0.058 0.193 0.155 0.135 0.129 0.055 0.028 0.012 0.004 95 L 0.010 0.012 0.009 0.031 0.044 0.052 0.121 0.160 0.208 0.201 0.152 96 Q 0.109 0.279 0.086 0.222 0.138 0.076 0.055 0.019 0.010 0.004 0.002 97 R 0.272 0.178 0.067 0.203 0.128 0.075 0.046 0.017 0.008 0.004 0.001 98 T 0.356 0.226 0.078 0.145 0.080 0.049 0.034 0.015 0.009 0.005 0.003 99 A 0.052 0.070 0.039 0.140 0.157 0.157 0.178 0.096 0.064 0.033 0.014 100 Y 0.012 0.025 0.017 0.060 0.089 0.116 0.202 0.160 0.147 0.105 0.067 101 Y 0.008 0.020 0.029 0.069 0.101 0.122 0.205 0.158 0.144 0.084 0.061 102 L 0.231 0.136 0.123 0.198 0.128 0.079 0.059 0.024 0.013 0.006 0.003 103 D 0.318 0.319 0.068 0.165 0.071 0.032 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 104 G 0.335 0.094 0.031 0.088 0.077 0.082 0.097 0.074 0.061 0.040 0.022 105 Q 0.191 0.296 0.115 0.205 0.101 0.049 0.028 0.008 0.004 0.002 0.001 106 H 0.015 0.040 0.036 0.087 0.103 0.130 0.211 0.151 0.124 0.070 0.033 107 F 0.085 0.067 0.033 0.109 0.118 0.118 0.138 0.117 0.097 0.070 0.047