# TARGET T0254 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0254.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.981 2 P 0.084 0.006 0.001 0.005 0.026 0.010 0.868 3 H 0.635 0.032 0.002 0.004 0.042 0.011 0.273 4 L 0.893 0.010 0.001 0.004 0.010 0.003 0.079 5 R 0.944 0.004 0.001 0.004 0.006 0.002 0.038 6 F 0.885 0.007 0.002 0.005 0.009 0.005 0.088 7 R 0.592 0.004 0.007 0.008 0.074 0.042 0.273 8 A 0.280 0.007 0.020 0.022 0.232 0.150 0.288 9 V 0.148 0.067 0.013 0.027 0.275 0.051 0.419 10 E 0.050 0.011 0.006 0.047 0.123 0.021 0.743 11 A 0.002 0.001 0.049 0.862 0.023 0.043 0.020 12 H 0.002 0.001 0.039 0.885 0.018 0.046 0.008 13 I 0.002 0.001 0.062 0.901 0.006 0.022 0.007 14 V 0.002 0.001 0.030 0.934 0.004 0.018 0.011 15 E 0.005 0.001 0.027 0.910 0.008 0.040 0.008 16 S 0.004 0.001 0.028 0.849 0.013 0.092 0.013 17 L 0.001 0.001 0.020 0.816 0.042 0.080 0.040 18 V 0.002 0.002 0.012 0.812 0.030 0.039 0.104 19 P 0.001 0.001 0.008 0.945 0.008 0.032 0.006 20 T 0.001 0.001 0.008 0.951 0.005 0.030 0.005 21 L 0.001 0.001 0.009 0.965 0.003 0.017 0.004 22 L 0.001 0.001 0.003 0.982 0.003 0.008 0.003 23 N 0.001 0.001 0.006 0.967 0.002 0.020 0.004 24 E 0.001 0.001 0.005 0.925 0.003 0.062 0.004 25 L 0.001 0.001 0.006 0.945 0.009 0.025 0.013 26 S 0.001 0.001 0.038 0.931 0.004 0.022 0.004 27 S 0.001 0.001 0.038 0.896 0.005 0.057 0.004 28 L 0.001 0.001 0.045 0.881 0.004 0.065 0.004 29 L 0.008 0.011 0.019 0.669 0.098 0.152 0.042 30 S 0.019 0.006 0.016 0.076 0.121 0.559 0.204 31 T 0.040 0.020 0.003 0.015 0.493 0.069 0.360 32 A 0.048 0.012 0.004 0.004 0.111 0.039 0.783 33 R 0.035 0.006 0.171 0.043 0.306 0.254 0.185 34 N 0.079 0.006 0.189 0.048 0.387 0.195 0.097 35 A 0.504 0.014 0.126 0.032 0.079 0.074 0.170 36 F 0.839 0.007 0.009 0.015 0.012 0.009 0.109 37 T 0.939 0.004 0.002 0.004 0.007 0.003 0.042 38 F 0.927 0.004 0.003 0.003 0.007 0.003 0.053 39 E 0.893 0.006 0.004 0.002 0.015 0.005 0.075 40 L 0.758 0.010 0.009 0.002 0.038 0.014 0.169 41 I 0.603 0.008 0.016 0.002 0.136 0.073 0.161 42 N 0.454 0.006 0.030 0.003 0.155 0.124 0.229 43 T 0.658 0.007 0.017 0.003 0.090 0.033 0.193 44 Q 0.813 0.009 0.007 0.004 0.041 0.013 0.112 45 Y 0.894 0.015 0.005 0.004 0.016 0.008 0.057 46 F 0.846 0.017 0.006 0.007 0.016 0.020 0.087 47 A 0.666 0.008 0.011 0.008 0.051 0.120 0.134 48 E 0.120 0.003 0.015 0.007 0.152 0.639 0.065 49 G 0.067 0.002 0.010 0.001 0.309 0.500 0.110 50 G 0.325 0.009 0.003 0.001 0.258 0.029 0.374 51 V 0.672 0.023 0.001 0.001 0.046 0.006 0.252 52 Y 0.825 0.006 0.001 0.001 0.022 0.001 0.145 53 P 0.806 0.004 0.001 0.001 0.029 0.001 0.158 54 M 0.928 0.002 0.002 0.001 0.008 0.001 0.058 55 V 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 56 E 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 57 V 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 58 L 0.950 0.004 0.001 0.002 0.005 0.002 0.037 59 W 0.766 0.007 0.004 0.005 0.031 0.008 0.178 60 F 0.406 0.023 0.008 0.014 0.178 0.027 0.344 61 G 0.210 0.030 0.019 0.032 0.218 0.079 0.410 62 R 0.023 0.007 0.026 0.057 0.225 0.117 0.544 63 E 0.008 0.003 0.018 0.110 0.218 0.096 0.547 64 Q 0.001 0.001 0.052 0.743 0.064 0.105 0.034 65 Q 0.001 0.001 0.024 0.878 0.025 0.046 0.025 66 T 0.001 0.001 0.017 0.928 0.009 0.026 0.017 67 Q 0.001 0.001 0.002 0.978 0.006 0.008 0.006 68 D 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.002 69 Q 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 70 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 75 T 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.008 0.001 76 D 0.001 0.001 0.003 0.981 0.001 0.014 0.001 77 Q 0.001 0.001 0.004 0.973 0.002 0.019 0.002 78 I 0.002 0.001 0.006 0.956 0.003 0.027 0.005 79 R 0.004 0.001 0.031 0.888 0.007 0.059 0.010 80 Q 0.008 0.001 0.035 0.844 0.019 0.080 0.013 81 L 0.009 0.002 0.039 0.797 0.028 0.100 0.025 82 L 0.020 0.010 0.036 0.460 0.121 0.250 0.103 83 G 0.015 0.003 0.043 0.107 0.143 0.488 0.201 84 A 0.016 0.002 0.035 0.041 0.189 0.622 0.096 85 D 0.081 0.006 0.033 0.014 0.292 0.224 0.350 86 S 0.167 0.015 0.013 0.006 0.264 0.059 0.476 87 H 0.565 0.010 0.004 0.001 0.079 0.016 0.324 88 L 0.876 0.004 0.001 0.001 0.011 0.001 0.106 89 A 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 90 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 91 V 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 92 F 0.939 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.051 93 I 0.859 0.003 0.005 0.003 0.028 0.005 0.097 94 P 0.736 0.012 0.011 0.005 0.062 0.015 0.159 95 L 0.456 0.034 0.014 0.011 0.136 0.026 0.323 96 Q 0.166 0.015 0.018 0.011 0.170 0.035 0.585 97 R 0.022 0.003 0.271 0.082 0.141 0.400 0.082 98 T 0.038 0.005 0.334 0.131 0.125 0.263 0.105 99 A 0.100 0.022 0.290 0.148 0.101 0.108 0.231 100 Y 0.187 0.057 0.129 0.163 0.075 0.123 0.266 101 Y 0.150 0.030 0.142 0.134 0.091 0.170 0.284 102 L 0.077 0.012 0.093 0.114 0.127 0.409 0.169 103 D 0.021 0.005 0.036 0.050 0.122 0.686 0.080 104 G 0.029 0.006 0.024 0.017 0.295 0.371 0.258 105 Q 0.096 0.031 0.014 0.020 0.220 0.082 0.536 106 H 0.092 0.048 0.008 0.015 0.008 0.045 0.785 107 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998