# TARGET T0254 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0254.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.25694 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.196 0.335 0.003 0.041 0.017 0.022 0.001 0.357 0.004 0.001 2 P 0.510 0.004 0.304 0.033 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 3 H 0.073 0.432 0.197 0.103 0.103 0.034 0.014 0.003 0.038 0.001 0.001 4 L 0.014 0.588 0.304 0.012 0.044 0.021 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 5 R 0.014 0.763 0.133 0.008 0.029 0.027 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 6 F 0.010 0.742 0.147 0.006 0.050 0.026 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 7 R 0.024 0.613 0.208 0.014 0.041 0.048 0.007 0.001 0.043 0.001 0.001 8 A 0.065 0.275 0.311 0.018 0.179 0.068 0.033 0.012 0.024 0.014 0.002 9 V 0.160 0.477 0.224 0.041 0.036 0.030 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 10 E 0.130 0.198 0.584 0.011 0.013 0.040 0.003 0.001 0.015 0.004 0.002 11 A 0.827 0.036 0.086 0.020 0.009 0.007 0.007 0.003 0.002 0.002 0.001 12 H 0.813 0.018 0.029 0.050 0.011 0.007 0.044 0.023 0.004 0.002 0.001 13 I 0.924 0.019 0.017 0.030 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 14 V 0.940 0.018 0.016 0.014 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 E 0.979 0.004 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 S 0.963 0.006 0.006 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.726 0.004 0.009 0.251 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 V 0.756 0.024 0.097 0.009 0.009 0.006 0.006 0.003 0.069 0.021 0.001 19 P 0.984 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 T 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 N 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 E 0.991 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 S 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 S 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 L 0.950 0.001 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.832 0.008 0.023 0.129 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 30 S 0.558 0.010 0.026 0.336 0.003 0.015 0.039 0.009 0.005 0.001 0.001 31 T 0.204 0.208 0.305 0.134 0.051 0.018 0.021 0.006 0.047 0.006 0.001 32 A 0.360 0.084 0.315 0.070 0.038 0.052 0.029 0.010 0.024 0.015 0.004 33 R 0.580 0.044 0.182 0.111 0.014 0.022 0.024 0.006 0.007 0.009 0.001 34 N 0.296 0.059 0.053 0.455 0.029 0.023 0.063 0.014 0.007 0.001 0.001 35 A 0.072 0.385 0.102 0.267 0.123 0.014 0.017 0.003 0.016 0.001 0.001 36 F 0.002 0.757 0.134 0.006 0.079 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 37 T 0.003 0.867 0.080 0.002 0.031 0.011 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 38 F 0.003 0.825 0.042 0.002 0.105 0.007 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 39 E 0.005 0.756 0.158 0.001 0.024 0.028 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 40 L 0.039 0.319 0.475 0.006 0.005 0.126 0.002 0.001 0.026 0.001 0.002 41 I 0.116 0.474 0.297 0.018 0.048 0.026 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 42 N 0.218 0.114 0.145 0.229 0.065 0.094 0.086 0.011 0.032 0.006 0.001 43 T 0.196 0.426 0.166 0.089 0.092 0.015 0.004 0.002 0.008 0.001 0.001 44 Q 0.411 0.375 0.069 0.077 0.039 0.011 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 45 Y 0.135 0.619 0.143 0.027 0.043 0.016 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 46 F 0.187 0.540 0.096 0.042 0.047 0.039 0.003 0.001 0.043 0.001 0.001 47 A 0.267 0.397 0.158 0.058 0.072 0.026 0.004 0.001 0.012 0.004 0.001 48 E 0.142 0.173 0.190 0.247 0.054 0.032 0.097 0.005 0.055 0.003 0.001 49 G 0.020 0.007 0.059 0.032 0.058 0.001 0.136 0.430 0.002 0.255 0.001 50 G 0.079 0.039 0.207 0.052 0.092 0.013 0.162 0.228 0.002 0.121 0.003 51 V 0.072 0.534 0.227 0.081 0.051 0.015 0.005 0.002 0.011 0.004 0.001 52 Y 0.007 0.403 0.316 0.001 0.045 0.017 0.013 0.001 0.198 0.001 0.001 53 P 0.066 0.012 0.849 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 54 M 0.012 0.610 0.240 0.012 0.075 0.026 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 55 V 0.003 0.780 0.167 0.001 0.013 0.012 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 56 E 0.001 0.518 0.436 0.001 0.004 0.031 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 57 V 0.004 0.829 0.098 0.002 0.013 0.030 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 58 L 0.005 0.645 0.228 0.001 0.024 0.057 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 59 W 0.030 0.488 0.289 0.017 0.024 0.099 0.005 0.001 0.046 0.001 0.001 60 F 0.045 0.337 0.359 0.057 0.096 0.047 0.019 0.002 0.034 0.003 0.001 61 G 0.059 0.085 0.394 0.034 0.171 0.021 0.026 0.072 0.007 0.129 0.001 62 R 0.401 0.148 0.255 0.093 0.048 0.018 0.012 0.005 0.011 0.009 0.001 63 E 0.400 0.056 0.323 0.075 0.033 0.033 0.028 0.011 0.015 0.024 0.001 64 Q 0.903 0.011 0.027 0.038 0.003 0.007 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 65 Q 0.914 0.011 0.026 0.038 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 66 T 0.912 0.011 0.020 0.037 0.003 0.005 0.003 0.001 0.005 0.002 0.001 67 Q 0.990 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 D 0.994 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 Q 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 T 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 D 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 Q 0.989 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 I 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 Q 0.961 0.003 0.004 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.851 0.005 0.008 0.129 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 82 L 0.475 0.034 0.081 0.362 0.004 0.012 0.008 0.002 0.021 0.001 0.001 83 G 0.196 0.010 0.074 0.070 0.039 0.005 0.094 0.240 0.003 0.269 0.001 84 A 0.375 0.046 0.151 0.313 0.025 0.023 0.039 0.011 0.008 0.009 0.001 85 D 0.179 0.084 0.218 0.281 0.050 0.049 0.081 0.026 0.026 0.005 0.001 86 S 0.309 0.206 0.247 0.148 0.046 0.017 0.011 0.004 0.009 0.003 0.001 87 H 0.068 0.364 0.257 0.122 0.058 0.057 0.024 0.003 0.043 0.001 0.001 88 L 0.005 0.730 0.189 0.006 0.046 0.010 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 89 A 0.003 0.716 0.226 0.002 0.027 0.015 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 90 V 0.001 0.862 0.098 0.001 0.025 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 91 V 0.002 0.880 0.079 0.001 0.011 0.016 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 92 F 0.003 0.675 0.234 0.002 0.022 0.038 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 93 I 0.003 0.695 0.132 0.001 0.027 0.025 0.004 0.001 0.114 0.001 0.001 94 P 0.017 0.047 0.846 0.001 0.001 0.073 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 95 L 0.154 0.167 0.453 0.119 0.012 0.075 0.003 0.001 0.014 0.001 0.002 96 Q 0.023 0.318 0.339 0.010 0.234 0.021 0.011 0.004 0.025 0.015 0.001 97 R 0.646 0.045 0.139 0.095 0.020 0.022 0.015 0.006 0.007 0.005 0.002 98 T 0.375 0.166 0.095 0.256 0.063 0.011 0.010 0.007 0.014 0.002 0.001 99 A 0.196 0.237 0.224 0.124 0.132 0.032 0.017 0.010 0.022 0.005 0.001 100 Y 0.100 0.549 0.164 0.052 0.087 0.020 0.004 0.003 0.017 0.003 0.001 101 Y 0.100 0.492 0.216 0.049 0.062 0.039 0.005 0.001 0.032 0.003 0.001 102 L 0.261 0.303 0.234 0.067 0.027 0.053 0.015 0.002 0.033 0.004 0.001 103 D 0.022 0.015 0.032 0.154 0.012 0.021 0.694 0.010 0.037 0.002 0.001 104 G 0.014 0.005 0.081 0.006 0.056 0.001 0.044 0.499 0.001 0.291 0.001 105 Q 0.243 0.323 0.288 0.081 0.036 0.014 0.003 0.002 0.007 0.002 0.002 106 H 0.133 0.277 0.311 0.101 0.038 0.055 0.030 0.006 0.040 0.009 0.001 107 F 0.157 0.283 0.238 0.113 0.099 0.043 0.023 0.007 0.028 0.009 0.001