# TARGET T0254 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0254.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.129 0.168 0.101 0.050 0.241 0.038 0.040 0.056 0.068 0.065 0.044 2 P 0.183 0.184 0.066 0.014 0.373 0.007 0.013 0.038 0.030 0.039 0.053 3 H 0.206 0.154 0.034 0.011 0.434 0.009 0.015 0.032 0.023 0.031 0.051 4 L 0.141 0.204 0.021 0.005 0.525 0.005 0.009 0.030 0.019 0.019 0.023 5 R 0.377 0.059 0.013 0.002 0.404 0.003 0.006 0.015 0.009 0.024 0.089 6 F 0.171 0.209 0.059 0.046 0.291 0.034 0.023 0.060 0.028 0.035 0.043 7 R 0.068 0.137 0.078 0.056 0.144 0.043 0.068 0.145 0.075 0.119 0.066 8 A 0.084 0.163 0.191 0.087 0.133 0.029 0.016 0.057 0.042 0.120 0.078 9 V 0.076 0.352 0.163 0.016 0.198 0.009 0.014 0.097 0.025 0.024 0.026 10 E 0.060 0.402 0.161 0.013 0.109 0.006 0.007 0.147 0.035 0.038 0.023 11 A 0.007 0.021 0.006 0.006 0.020 0.011 0.020 0.751 0.146 0.010 0.003 12 H 0.003 0.007 0.006 0.005 0.005 0.006 0.010 0.807 0.114 0.030 0.006 13 I 0.002 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.009 0.870 0.080 0.025 0.002 14 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.867 0.109 0.017 0.001 15 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.856 0.124 0.002 0.001 16 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.079 0.858 0.052 0.002 0.001 17 L 0.006 0.007 0.006 0.002 0.006 0.007 0.053 0.439 0.147 0.315 0.011 18 V 0.043 0.090 0.027 0.003 0.054 0.001 0.002 0.524 0.160 0.062 0.034 19 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.762 0.221 0.004 0.001 20 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.895 0.075 0.004 0.001 21 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.802 0.140 0.046 0.001 22 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.836 0.142 0.014 0.001 23 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.898 0.084 0.001 0.001 24 E 0.001 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.029 0.861 0.075 0.020 0.001 25 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.683 0.240 0.067 0.002 26 S 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.799 0.180 0.004 0.001 27 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.762 0.180 0.020 0.001 28 L 0.002 0.002 0.001 0.003 0.004 0.014 0.193 0.595 0.137 0.047 0.001 29 L 0.069 0.076 0.007 0.002 0.116 0.004 0.029 0.266 0.162 0.214 0.055 30 S 0.064 0.029 0.009 0.014 0.060 0.017 0.037 0.158 0.136 0.410 0.066 31 T 0.037 0.309 0.276 0.052 0.159 0.009 0.020 0.046 0.025 0.051 0.018 32 A 0.063 0.272 0.185 0.041 0.139 0.018 0.046 0.103 0.062 0.041 0.029 33 R 0.049 0.095 0.030 0.011 0.088 0.031 0.089 0.253 0.266 0.063 0.024 34 N 0.043 0.093 0.052 0.035 0.115 0.050 0.104 0.181 0.162 0.134 0.031 35 A 0.297 0.064 0.011 0.005 0.309 0.007 0.013 0.032 0.035 0.118 0.108 36 F 0.163 0.186 0.013 0.002 0.590 0.002 0.002 0.005 0.004 0.012 0.020 37 T 0.348 0.057 0.009 0.002 0.500 0.002 0.004 0.006 0.004 0.012 0.056 38 F 0.246 0.207 0.037 0.009 0.447 0.004 0.002 0.007 0.004 0.007 0.031 39 E 0.216 0.192 0.033 0.004 0.470 0.004 0.008 0.015 0.006 0.009 0.042 40 L 0.293 0.120 0.064 0.014 0.391 0.009 0.006 0.013 0.007 0.020 0.062 41 I 0.056 0.255 0.101 0.096 0.205 0.101 0.074 0.065 0.022 0.012 0.012 42 N 0.243 0.094 0.031 0.023 0.242 0.020 0.024 0.052 0.041 0.112 0.118 43 T 0.214 0.117 0.020 0.012 0.407 0.008 0.012 0.050 0.044 0.065 0.053 44 Q 0.214 0.117 0.019 0.007 0.462 0.009 0.020 0.059 0.026 0.025 0.042 45 Y 0.245 0.124 0.012 0.003 0.539 0.003 0.005 0.018 0.006 0.010 0.034 46 F 0.425 0.076 0.022 0.008 0.272 0.009 0.010 0.025 0.012 0.031 0.110 47 A 0.103 0.115 0.105 0.118 0.155 0.133 0.086 0.085 0.037 0.029 0.035 48 E 0.044 0.173 0.138 0.260 0.068 0.039 0.031 0.041 0.043 0.115 0.049 49 G 0.030 0.110 0.113 0.157 0.053 0.064 0.047 0.048 0.069 0.246 0.064 50 G 0.084 0.269 0.127 0.028 0.219 0.022 0.039 0.062 0.068 0.053 0.028 51 V 0.189 0.170 0.095 0.020 0.286 0.020 0.060 0.029 0.038 0.042 0.051 52 Y 0.141 0.303 0.116 0.020 0.330 0.010 0.009 0.007 0.009 0.019 0.036 53 P 0.180 0.181 0.037 0.006 0.509 0.005 0.010 0.008 0.008 0.020 0.037 54 M 0.289 0.098 0.019 0.005 0.526 0.003 0.004 0.002 0.002 0.010 0.042 55 V 0.178 0.140 0.008 0.002 0.655 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 56 E 0.239 0.070 0.004 0.001 0.667 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 57 V 0.419 0.050 0.004 0.001 0.465 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.053 58 L 0.189 0.162 0.022 0.010 0.533 0.014 0.012 0.007 0.003 0.006 0.042 59 W 0.342 0.084 0.018 0.007 0.299 0.007 0.008 0.011 0.013 0.054 0.157 60 F 0.069 0.317 0.213 0.060 0.236 0.013 0.010 0.019 0.013 0.022 0.027 61 G 0.116 0.213 0.123 0.038 0.174 0.030 0.040 0.099 0.050 0.059 0.057 62 R 0.029 0.127 0.102 0.064 0.061 0.078 0.103 0.216 0.110 0.084 0.027 63 E 0.069 0.213 0.122 0.029 0.142 0.012 0.012 0.189 0.092 0.081 0.039 64 Q 0.019 0.032 0.012 0.006 0.033 0.012 0.017 0.601 0.210 0.046 0.013 65 Q 0.009 0.022 0.008 0.003 0.016 0.005 0.023 0.794 0.089 0.023 0.008 66 T 0.006 0.018 0.005 0.001 0.008 0.001 0.005 0.801 0.101 0.049 0.005 67 Q 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.906 0.072 0.007 0.001 68 D 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.006 0.937 0.044 0.002 0.001 69 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.943 0.043 0.005 0.001 70 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.057 0.004 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.042 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.961 0.030 0.001 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.963 0.028 0.003 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.906 0.086 0.006 0.001 75 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.934 0.058 0.001 0.001 76 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.932 0.046 0.003 0.001 77 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.905 0.043 0.006 0.001 78 I 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.777 0.163 0.035 0.005 79 R 0.001 0.012 0.005 0.003 0.005 0.012 0.033 0.750 0.165 0.014 0.001 80 Q 0.006 0.020 0.008 0.004 0.015 0.006 0.098 0.664 0.119 0.053 0.006 81 L 0.015 0.015 0.007 0.006 0.020 0.039 0.268 0.401 0.114 0.104 0.011 82 L 0.103 0.158 0.034 0.017 0.139 0.017 0.044 0.229 0.096 0.106 0.058 83 G 0.016 0.052 0.047 0.091 0.034 0.129 0.101 0.270 0.167 0.080 0.011 84 A 0.036 0.081 0.057 0.042 0.056 0.033 0.063 0.167 0.194 0.231 0.041 85 D 0.125 0.089 0.029 0.007 0.168 0.007 0.011 0.055 0.123 0.277 0.110 86 S 0.060 0.173 0.060 0.020 0.186 0.037 0.129 0.135 0.121 0.064 0.016 87 H 0.365 0.049 0.008 0.004 0.283 0.005 0.011 0.022 0.027 0.087 0.137 88 L 0.159 0.205 0.012 0.006 0.589 0.003 0.002 0.002 0.001 0.006 0.014 89 A 0.177 0.033 0.001 0.001 0.780 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 90 V 0.395 0.015 0.001 0.001 0.571 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 91 V 0.308 0.043 0.005 0.005 0.579 0.015 0.005 0.002 0.001 0.003 0.036 92 F 0.392 0.055 0.008 0.001 0.419 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.111 93 I 0.092 0.318 0.118 0.043 0.268 0.037 0.029 0.028 0.018 0.018 0.031 94 P 0.215 0.235 0.056 0.003 0.417 0.003 0.008 0.022 0.007 0.007 0.027 95 L 0.160 0.048 0.025 0.045 0.111 0.116 0.114 0.086 0.058 0.138 0.098 96 Q 0.012 0.326 0.369 0.172 0.062 0.020 0.009 0.014 0.008 0.004 0.002 97 R 0.008 0.011 0.011 0.037 0.009 0.048 0.082 0.407 0.318 0.058 0.012 98 T 0.066 0.129 0.056 0.011 0.158 0.010 0.030 0.184 0.165 0.153 0.039 99 A 0.202 0.103 0.016 0.007 0.303 0.008 0.016 0.106 0.076 0.080 0.083 100 Y 0.231 0.140 0.024 0.004 0.423 0.004 0.012 0.053 0.021 0.040 0.047 101 Y 0.244 0.197 0.096 0.025 0.194 0.013 0.014 0.062 0.038 0.036 0.082 102 L 0.046 0.053 0.075 0.070 0.066 0.132 0.170 0.233 0.094 0.043 0.018 103 D 0.035 0.298 0.170 0.179 0.069 0.029 0.031 0.048 0.034 0.078 0.029 104 G 0.031 0.055 0.061 0.130 0.043 0.041 0.025 0.062 0.070 0.350 0.131 105 Q 0.103 0.256 0.122 0.024 0.243 0.023 0.034 0.092 0.050 0.029 0.024 106 H 0.192 0.132 0.053 0.019 0.270 0.017 0.036 0.072 0.051 0.067 0.092 107 F 0.125 0.165 0.094 0.041 0.222 0.026 0.032 0.077 0.059 0.100 0.058