# TARGET T0254 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0254.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 9 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.763 0.190 0.039 0.007 0.001 0.001 0.001 2 P 0.592 0.251 0.097 0.048 0.011 0.001 0.001 3 H 0.223 0.223 0.223 0.189 0.110 0.030 0.002 4 L 0.241 0.150 0.174 0.203 0.155 0.069 0.010 5 R 0.142 0.279 0.234 0.185 0.112 0.042 0.006 6 F 0.066 0.045 0.083 0.199 0.284 0.265 0.058 7 R 0.216 0.383 0.236 0.121 0.035 0.008 0.001 8 A 0.207 0.263 0.216 0.186 0.100 0.026 0.001 9 V 0.153 0.222 0.240 0.242 0.123 0.019 0.001 10 E 0.379 0.376 0.158 0.071 0.014 0.001 0.001 11 A 0.513 0.349 0.109 0.026 0.003 0.001 0.001 12 H 0.699 0.257 0.037 0.005 0.001 0.001 0.001 13 I 0.121 0.299 0.316 0.204 0.056 0.004 0.001 14 V 0.055 0.072 0.168 0.372 0.275 0.057 0.001 15 E 0.157 0.440 0.266 0.110 0.024 0.003 0.001 16 S 0.255 0.419 0.230 0.078 0.015 0.002 0.001 17 L 0.017 0.060 0.135 0.314 0.350 0.119 0.004 18 V 0.014 0.060 0.147 0.325 0.321 0.127 0.006 19 P 0.131 0.438 0.288 0.113 0.026 0.004 0.001 20 T 0.078 0.325 0.356 0.183 0.050 0.008 0.001 21 L 0.004 0.014 0.030 0.114 0.378 0.429 0.032 22 L 0.003 0.025 0.100 0.303 0.414 0.150 0.006 23 N 0.045 0.399 0.364 0.152 0.034 0.005 0.001 24 E 0.005 0.036 0.181 0.428 0.280 0.067 0.003 25 L 0.002 0.005 0.006 0.036 0.257 0.620 0.074 26 S 0.010 0.075 0.253 0.386 0.219 0.052 0.004 27 S 0.090 0.391 0.304 0.153 0.047 0.014 0.001 28 L 0.010 0.037 0.108 0.275 0.357 0.198 0.016 29 L 0.012 0.037 0.090 0.250 0.365 0.229 0.017 30 S 0.159 0.393 0.263 0.131 0.043 0.010 0.001 31 T 0.087 0.201 0.225 0.293 0.156 0.033 0.003 32 A 0.382 0.397 0.154 0.055 0.011 0.002 0.001 33 R 0.351 0.343 0.177 0.092 0.031 0.005 0.001 34 N 0.282 0.373 0.197 0.112 0.030 0.005 0.001 35 A 0.085 0.296 0.321 0.213 0.071 0.014 0.001 36 F 0.006 0.012 0.034 0.133 0.368 0.396 0.050 37 T 0.020 0.117 0.261 0.314 0.205 0.075 0.008 38 F 0.010 0.021 0.044 0.130 0.280 0.402 0.113 39 E 0.025 0.120 0.217 0.276 0.222 0.118 0.020 40 L 0.024 0.067 0.108 0.215 0.294 0.249 0.042 41 I 0.043 0.116 0.183 0.259 0.239 0.140 0.021 42 N 0.148 0.221 0.209 0.200 0.132 0.077 0.013 43 T 0.159 0.188 0.181 0.185 0.165 0.104 0.017 44 Q 0.139 0.209 0.217 0.221 0.144 0.063 0.008 45 Y 0.111 0.173 0.205 0.235 0.179 0.088 0.009 46 F 0.093 0.117 0.148 0.229 0.255 0.146 0.013 47 A 0.183 0.249 0.215 0.215 0.110 0.026 0.002 48 E 0.416 0.329 0.159 0.073 0.019 0.004 0.001 49 G 0.427 0.274 0.147 0.101 0.043 0.009 0.001 50 G 0.467 0.325 0.133 0.055 0.016 0.004 0.001 51 V 0.184 0.314 0.262 0.174 0.057 0.010 0.001 52 Y 0.034 0.089 0.160 0.291 0.293 0.127 0.006 53 P 0.019 0.121 0.220 0.320 0.239 0.076 0.005 54 M 0.003 0.027 0.100 0.252 0.343 0.237 0.038 55 V 0.001 0.001 0.004 0.023 0.136 0.570 0.266 56 E 0.001 0.010 0.037 0.135 0.280 0.396 0.141 57 V 0.001 0.003 0.011 0.040 0.151 0.555 0.240 58 L 0.002 0.019 0.083 0.225 0.317 0.299 0.055 59 W 0.003 0.013 0.038 0.115 0.297 0.456 0.076 60 F 0.006 0.025 0.067 0.213 0.392 0.283 0.016 61 G 0.113 0.305 0.275 0.201 0.084 0.020 0.001 62 R 0.114 0.242 0.293 0.243 0.093 0.015 0.001 63 E 0.396 0.398 0.141 0.052 0.011 0.002 0.001 64 Q 0.558 0.282 0.112 0.040 0.007 0.001 0.001 65 Q 0.622 0.309 0.056 0.010 0.002 0.001 0.001 66 T 0.086 0.215 0.290 0.287 0.109 0.014 0.001 67 Q 0.027 0.136 0.310 0.333 0.164 0.029 0.001 68 D 0.280 0.490 0.180 0.042 0.007 0.001 0.001 69 Q 0.068 0.337 0.391 0.175 0.026 0.002 0.001 70 I 0.002 0.005 0.016 0.095 0.415 0.449 0.019 71 A 0.001 0.019 0.108 0.339 0.391 0.135 0.007 72 Q 0.041 0.399 0.380 0.140 0.034 0.007 0.001 73 V 0.003 0.027 0.168 0.451 0.289 0.060 0.002 74 I 0.001 0.002 0.002 0.016 0.153 0.706 0.119 75 T 0.005 0.062 0.240 0.412 0.228 0.049 0.003 76 D 0.050 0.419 0.345 0.140 0.038 0.008 0.001 77 Q 0.003 0.023 0.139 0.440 0.312 0.081 0.003 78 I 0.007 0.018 0.033 0.147 0.447 0.333 0.015 79 R 0.091 0.361 0.276 0.184 0.072 0.015 0.001 80 Q 0.221 0.470 0.200 0.082 0.021 0.005 0.001 81 L 0.080 0.208 0.312 0.269 0.109 0.021 0.001 82 L 0.207 0.262 0.220 0.207 0.091 0.014 0.001 83 G 0.570 0.289 0.091 0.038 0.010 0.002 0.001 84 A 0.558 0.296 0.104 0.035 0.006 0.001 0.001 85 D 0.341 0.302 0.190 0.118 0.041 0.007 0.001 86 S 0.161 0.365 0.265 0.148 0.053 0.009 0.001 87 H 0.022 0.124 0.247 0.351 0.200 0.053 0.004 88 L 0.002 0.008 0.021 0.090 0.291 0.485 0.102 89 A 0.001 0.012 0.047 0.148 0.309 0.366 0.117 90 V 0.001 0.001 0.003 0.012 0.054 0.390 0.540 91 V 0.001 0.004 0.015 0.062 0.165 0.392 0.361 92 F 0.001 0.002 0.005 0.020 0.082 0.424 0.468 93 I 0.002 0.018 0.048 0.127 0.235 0.366 0.203 94 P 0.007 0.054 0.158 0.270 0.257 0.205 0.050 95 L 0.006 0.022 0.053 0.171 0.374 0.336 0.039 96 Q 0.061 0.235 0.298 0.272 0.111 0.022 0.002 97 R 0.257 0.317 0.221 0.128 0.057 0.018 0.002 98 T 0.291 0.424 0.198 0.068 0.018 0.003 0.001 99 A 0.095 0.147 0.224 0.305 0.189 0.039 0.001 100 Y 0.127 0.229 0.312 0.238 0.083 0.012 0.001 101 Y 0.326 0.265 0.196 0.144 0.062 0.007 0.001 102 L 0.592 0.271 0.104 0.028 0.004 0.001 0.001 103 D 0.758 0.174 0.050 0.015 0.003 0.001 0.001 104 G 0.670 0.226 0.066 0.028 0.008 0.001 0.001 105 Q 0.601 0.242 0.105 0.042 0.008 0.001 0.001 106 H 0.610 0.231 0.093 0.046 0.016 0.004 0.001 107 F 0.581 0.207 0.096 0.066 0.036 0.012 0.001