# TARGET T0254 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0254.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.1529 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.007 0.820 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.116 0.007 0.021 0.015 2 P 0.006 0.008 0.743 0.023 0.004 0.002 0.003 0.001 0.012 0.077 0.010 0.015 0.094 3 H 0.143 0.017 0.186 0.055 0.015 0.008 0.064 0.033 0.078 0.052 0.012 0.170 0.168 4 L 0.326 0.006 0.040 0.002 0.004 0.007 0.143 0.106 0.073 0.008 0.002 0.105 0.180 5 R 0.346 0.003 0.046 0.057 0.002 0.012 0.132 0.080 0.085 0.005 0.002 0.144 0.085 6 F 0.306 0.002 0.079 0.006 0.004 0.028 0.093 0.031 0.074 0.004 0.002 0.080 0.291 7 R 0.137 0.002 0.075 0.215 0.013 0.082 0.037 0.035 0.076 0.043 0.087 0.140 0.056 8 A 0.101 0.009 0.178 0.025 0.019 0.116 0.029 0.014 0.055 0.076 0.132 0.056 0.189 9 V 0.045 0.023 0.236 0.005 0.017 0.274 0.016 0.013 0.050 0.059 0.044 0.099 0.119 10 E 0.013 0.015 0.218 0.005 0.016 0.495 0.004 0.006 0.035 0.054 0.049 0.029 0.060 11 A 0.002 0.001 0.020 0.002 0.018 0.899 0.001 0.001 0.001 0.018 0.032 0.002 0.004 12 H 0.001 0.001 0.013 0.001 0.012 0.931 0.001 0.001 0.001 0.007 0.029 0.002 0.003 13 I 0.002 0.002 0.012 0.001 0.015 0.940 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.001 0.003 14 V 0.001 0.001 0.014 0.001 0.008 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.003 15 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.016 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 16 S 0.001 0.001 0.007 0.001 0.015 0.901 0.001 0.001 0.001 0.004 0.067 0.001 0.002 17 L 0.001 0.002 0.021 0.001 0.012 0.844 0.001 0.001 0.001 0.012 0.107 0.001 0.001 18 V 0.001 0.001 0.057 0.001 0.003 0.912 0.001 0.001 0.001 0.014 0.011 0.001 0.001 19 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 20 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 22 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 23 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 25 L 0.001 0.001 0.009 0.001 0.005 0.973 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 26 S 0.001 0.001 0.003 0.001 0.033 0.941 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 27 S 0.001 0.001 0.003 0.001 0.040 0.908 0.001 0.001 0.001 0.004 0.044 0.001 0.001 28 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.076 0.838 0.001 0.001 0.001 0.002 0.080 0.001 0.001 29 L 0.001 0.004 0.033 0.001 0.036 0.679 0.001 0.001 0.002 0.039 0.204 0.001 0.001 30 S 0.001 0.005 0.119 0.002 0.040 0.142 0.001 0.001 0.002 0.063 0.621 0.003 0.002 31 T 0.001 0.008 0.491 0.002 0.012 0.036 0.001 0.001 0.003 0.343 0.098 0.002 0.005 32 A 0.001 0.008 0.804 0.001 0.019 0.008 0.001 0.001 0.001 0.122 0.034 0.002 0.003 33 R 0.001 0.004 0.144 0.005 0.399 0.035 0.001 0.001 0.002 0.091 0.310 0.001 0.008 34 N 0.001 0.005 0.079 0.025 0.332 0.022 0.001 0.001 0.014 0.231 0.273 0.012 0.004 35 A 0.008 0.006 0.245 0.046 0.199 0.026 0.009 0.009 0.107 0.113 0.117 0.013 0.103 36 F 0.084 0.009 0.182 0.012 0.004 0.007 0.053 0.067 0.274 0.038 0.004 0.165 0.102 37 T 0.253 0.008 0.026 0.008 0.001 0.003 0.098 0.184 0.190 0.006 0.001 0.125 0.097 38 F 0.227 0.002 0.018 0.009 0.001 0.005 0.144 0.288 0.160 0.001 0.001 0.039 0.106 39 E 0.270 0.002 0.043 0.051 0.002 0.005 0.139 0.100 0.140 0.007 0.005 0.158 0.078 40 L 0.156 0.005 0.147 0.021 0.003 0.003 0.070 0.023 0.125 0.022 0.010 0.084 0.331 41 I 0.070 0.016 0.232 0.074 0.011 0.005 0.015 0.004 0.046 0.101 0.067 0.211 0.149 42 N 0.013 0.007 0.246 0.105 0.023 0.006 0.002 0.001 0.014 0.234 0.239 0.030 0.080 43 T 0.032 0.007 0.324 0.035 0.040 0.014 0.003 0.001 0.015 0.211 0.130 0.071 0.116 44 Q 0.190 0.014 0.138 0.016 0.025 0.012 0.024 0.006 0.024 0.099 0.036 0.214 0.204 45 Y 0.364 0.013 0.037 0.006 0.007 0.008 0.057 0.013 0.029 0.010 0.006 0.167 0.282 46 F 0.473 0.012 0.036 0.018 0.005 0.009 0.056 0.013 0.017 0.007 0.010 0.116 0.227 47 A 0.333 0.020 0.071 0.026 0.007 0.009 0.039 0.004 0.016 0.023 0.028 0.197 0.227 48 E 0.066 0.009 0.174 0.030 0.020 0.010 0.007 0.001 0.011 0.110 0.223 0.137 0.203 49 G 0.007 0.004 0.119 0.038 0.016 0.003 0.001 0.001 0.003 0.198 0.545 0.025 0.042 50 G 0.008 0.008 0.249 0.012 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 0.317 0.292 0.058 0.039 51 V 0.023 0.032 0.378 0.012 0.006 0.001 0.008 0.001 0.015 0.219 0.033 0.050 0.223 52 Y 0.019 0.013 0.492 0.012 0.003 0.001 0.011 0.001 0.035 0.123 0.006 0.206 0.078 53 P 0.039 0.007 0.392 0.071 0.002 0.001 0.042 0.005 0.057 0.057 0.003 0.035 0.289 54 M 0.191 0.005 0.087 0.070 0.002 0.001 0.191 0.060 0.105 0.014 0.002 0.178 0.094 55 V 0.339 0.002 0.020 0.003 0.001 0.001 0.251 0.115 0.089 0.002 0.001 0.057 0.121 56 E 0.352 0.001 0.021 0.020 0.001 0.001 0.264 0.120 0.089 0.002 0.001 0.085 0.043 57 V 0.303 0.001 0.043 0.010 0.001 0.001 0.227 0.071 0.115 0.002 0.001 0.039 0.185 58 L 0.141 0.004 0.143 0.063 0.003 0.002 0.070 0.029 0.195 0.023 0.010 0.239 0.078 59 W 0.052 0.014 0.285 0.020 0.009 0.005 0.024 0.007 0.128 0.100 0.032 0.036 0.287 60 F 0.009 0.014 0.363 0.023 0.021 0.010 0.003 0.002 0.042 0.277 0.108 0.072 0.056 61 G 0.002 0.014 0.281 0.003 0.043 0.029 0.001 0.001 0.008 0.298 0.290 0.009 0.023 62 R 0.001 0.013 0.323 0.001 0.030 0.043 0.001 0.001 0.002 0.374 0.192 0.010 0.010 63 E 0.001 0.011 0.567 0.001 0.023 0.134 0.001 0.001 0.002 0.164 0.071 0.004 0.023 64 Q 0.001 0.001 0.023 0.001 0.024 0.909 0.001 0.001 0.001 0.010 0.032 0.001 0.001 65 Q 0.001 0.002 0.013 0.001 0.013 0.952 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 66 T 0.001 0.001 0.011 0.001 0.009 0.960 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 67 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 68 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 75 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 76 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 77 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 78 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 79 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 80 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.940 0.001 0.001 0.001 0.003 0.045 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.026 0.888 0.001 0.001 0.001 0.005 0.072 0.001 0.001 82 L 0.001 0.027 0.088 0.001 0.018 0.525 0.001 0.001 0.003 0.122 0.209 0.003 0.004 83 G 0.001 0.010 0.526 0.003 0.016 0.047 0.001 0.001 0.001 0.092 0.299 0.003 0.004 84 A 0.001 0.006 0.339 0.002 0.033 0.020 0.001 0.001 0.001 0.234 0.359 0.002 0.005 85 D 0.001 0.005 0.240 0.004 0.110 0.009 0.001 0.001 0.001 0.176 0.447 0.003 0.005 86 S 0.001 0.005 0.181 0.009 0.074 0.003 0.001 0.001 0.002 0.525 0.185 0.011 0.005 87 H 0.009 0.006 0.547 0.020 0.026 0.002 0.007 0.002 0.030 0.154 0.084 0.018 0.095 88 L 0.175 0.010 0.115 0.019 0.002 0.001 0.131 0.035 0.097 0.050 0.002 0.125 0.239 89 A 0.536 0.001 0.018 0.010 0.001 0.001 0.148 0.042 0.051 0.003 0.001 0.147 0.043 90 V 0.564 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.242 0.072 0.033 0.001 0.001 0.021 0.061 91 V 0.490 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 0.228 0.041 0.045 0.001 0.001 0.154 0.020 92 F 0.305 0.001 0.041 0.004 0.001 0.001 0.182 0.025 0.105 0.002 0.001 0.017 0.318 93 I 0.100 0.002 0.152 0.023 0.001 0.001 0.044 0.008 0.191 0.016 0.003 0.420 0.039 94 P 0.016 0.012 0.415 0.013 0.003 0.001 0.011 0.003 0.106 0.040 0.010 0.012 0.360 95 L 0.007 0.034 0.558 0.029 0.019 0.004 0.004 0.002 0.027 0.120 0.075 0.078 0.043 96 Q 0.002 0.016 0.456 0.009 0.035 0.009 0.001 0.001 0.010 0.284 0.097 0.027 0.052 97 R 0.001 0.003 0.128 0.005 0.148 0.071 0.001 0.001 0.001 0.330 0.291 0.010 0.013 98 T 0.014 0.009 0.183 0.011 0.144 0.087 0.001 0.001 0.003 0.138 0.324 0.023 0.063 99 A 0.105 0.036 0.136 0.017 0.093 0.111 0.009 0.002 0.011 0.083 0.091 0.086 0.221 100 Y 0.213 0.054 0.097 0.014 0.030 0.087 0.018 0.004 0.019 0.038 0.072 0.163 0.191 101 Y 0.264 0.021 0.109 0.011 0.030 0.106 0.017 0.006 0.016 0.035 0.092 0.075 0.217 102 L 0.180 0.039 0.066 0.008 0.019 0.063 0.012 0.001 0.007 0.040 0.188 0.271 0.106 103 D 0.002 0.002 0.036 0.006 0.007 0.016 0.001 0.001 0.001 0.048 0.862 0.007 0.013 104 G 0.003 0.002 0.079 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.128 0.759 0.005 0.007 105 Q 0.014 0.028 0.489 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.115 0.023 0.265 0.055 106 H 0.011 0.067 0.351 0.002 0.002 0.001 0.004 0.001 0.005 0.031 0.008 0.014 0.504 107 F 0.007 0.021 0.723 0.029 0.004 0.003 0.004 0.001 0.002 0.024 0.009 0.151 0.022