# TARGET T0254 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0254.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.1529 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.309 0.172 0.075 0.128 0.078 0.058 0.055 0.045 0.038 0.027 0.016 2 P 0.178 0.134 0.047 0.131 0.115 0.104 0.117 0.074 0.053 0.033 0.015 3 H 0.086 0.097 0.050 0.175 0.183 0.146 0.134 0.068 0.037 0.017 0.008 4 L 0.073 0.033 0.021 0.045 0.050 0.059 0.122 0.149 0.181 0.158 0.109 5 R 0.038 0.084 0.106 0.294 0.221 0.115 0.078 0.031 0.018 0.009 0.005 6 F 0.040 0.037 0.032 0.064 0.053 0.062 0.122 0.152 0.192 0.156 0.090 7 R 0.071 0.141 0.110 0.219 0.184 0.123 0.090 0.034 0.018 0.007 0.003 8 A 0.096 0.113 0.100 0.120 0.090 0.094 0.156 0.092 0.070 0.045 0.025 9 V 0.034 0.059 0.074 0.108 0.124 0.112 0.162 0.102 0.094 0.075 0.055 10 E 0.094 0.300 0.270 0.187 0.071 0.036 0.028 0.008 0.004 0.001 0.001 11 A 0.121 0.121 0.150 0.284 0.188 0.084 0.038 0.009 0.004 0.001 0.001 12 H 0.719 0.103 0.109 0.039 0.014 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 13 I 0.011 0.035 0.095 0.213 0.223 0.207 0.153 0.037 0.017 0.006 0.002 14 V 0.003 0.007 0.043 0.015 0.017 0.031 0.143 0.178 0.219 0.208 0.137 15 E 0.010 0.030 0.280 0.347 0.210 0.084 0.030 0.006 0.002 0.001 0.001 16 S 0.103 0.083 0.680 0.075 0.032 0.015 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 17 L 0.001 0.008 0.041 0.046 0.065 0.150 0.301 0.159 0.113 0.076 0.040 18 V 0.004 0.016 0.069 0.029 0.045 0.089 0.334 0.192 0.125 0.066 0.030 19 P 0.098 0.108 0.545 0.174 0.055 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 20 T 0.155 0.120 0.381 0.182 0.095 0.044 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 21 L 0.001 0.002 0.026 0.012 0.010 0.018 0.096 0.140 0.253 0.257 0.185 22 L 0.001 0.002 0.053 0.025 0.050 0.148 0.412 0.151 0.085 0.047 0.025 23 N 0.003 0.012 0.845 0.104 0.026 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 E 0.002 0.007 0.064 0.079 0.159 0.289 0.306 0.066 0.018 0.007 0.002 25 L 0.001 0.001 0.014 0.004 0.004 0.006 0.048 0.096 0.249 0.312 0.267 26 S 0.001 0.002 0.035 0.052 0.132 0.224 0.351 0.122 0.055 0.020 0.007 27 S 0.012 0.029 0.673 0.195 0.063 0.020 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 28 L 0.001 0.006 0.030 0.029 0.066 0.142 0.333 0.187 0.120 0.063 0.023 29 L 0.002 0.002 0.011 0.008 0.008 0.016 0.093 0.138 0.236 0.247 0.237 30 S 0.040 0.133 0.228 0.251 0.187 0.087 0.049 0.014 0.006 0.003 0.001 31 T 0.007 0.017 0.036 0.037 0.043 0.062 0.148 0.169 0.201 0.171 0.108 32 A 0.191 0.339 0.184 0.161 0.071 0.028 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 33 R 0.063 0.089 0.046 0.145 0.175 0.162 0.187 0.068 0.039 0.018 0.010 34 N 0.555 0.161 0.067 0.115 0.052 0.025 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 35 A 0.024 0.060 0.043 0.188 0.210 0.209 0.170 0.053 0.027 0.010 0.005 36 F 0.002 0.002 0.002 0.005 0.007 0.017 0.078 0.148 0.236 0.266 0.236 37 T 0.013 0.038 0.033 0.202 0.204 0.202 0.149 0.069 0.044 0.027 0.019 38 F 0.004 0.006 0.015 0.019 0.021 0.032 0.093 0.144 0.246 0.246 0.174 39 E 0.014 0.021 0.025 0.111 0.124 0.145 0.215 0.144 0.104 0.058 0.038 40 L 0.008 0.012 0.015 0.030 0.029 0.043 0.134 0.162 0.211 0.211 0.145 41 I 0.015 0.019 0.027 0.100 0.118 0.135 0.173 0.146 0.132 0.087 0.048 42 N 0.038 0.085 0.063 0.166 0.151 0.153 0.166 0.082 0.059 0.027 0.011 43 T 0.017 0.019 0.022 0.048 0.048 0.061 0.124 0.156 0.194 0.186 0.127 44 Q 0.055 0.088 0.057 0.188 0.165 0.144 0.132 0.077 0.050 0.026 0.016 45 Y 0.013 0.025 0.020 0.057 0.075 0.098 0.191 0.187 0.163 0.111 0.059 46 F 0.008 0.012 0.013 0.043 0.047 0.061 0.122 0.154 0.206 0.187 0.148 47 A 0.020 0.028 0.026 0.081 0.101 0.123 0.185 0.145 0.143 0.087 0.061 48 E 0.195 0.198 0.084 0.205 0.114 0.080 0.063 0.030 0.018 0.008 0.004 49 G 0.158 0.078 0.032 0.097 0.088 0.105 0.138 0.102 0.090 0.067 0.045 50 G 0.437 0.273 0.055 0.119 0.056 0.027 0.017 0.007 0.004 0.003 0.002 51 V 0.053 0.068 0.023 0.119 0.138 0.120 0.158 0.114 0.096 0.066 0.044 52 Y 0.010 0.038 0.017 0.106 0.164 0.183 0.200 0.122 0.084 0.048 0.027 53 P 0.005 0.007 0.005 0.027 0.047 0.081 0.199 0.199 0.197 0.147 0.086 54 M 0.007 0.014 0.013 0.093 0.140 0.165 0.200 0.141 0.105 0.072 0.050 55 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.010 0.051 0.139 0.270 0.304 0.214 56 E 0.003 0.008 0.012 0.062 0.083 0.110 0.208 0.181 0.163 0.098 0.073 57 V 0.002 0.002 0.005 0.007 0.006 0.011 0.050 0.110 0.214 0.310 0.283 58 L 0.005 0.010 0.016 0.095 0.160 0.163 0.230 0.155 0.101 0.045 0.020 59 W 0.005 0.020 0.030 0.053 0.052 0.072 0.173 0.172 0.204 0.146 0.071 60 F 0.005 0.008 0.012 0.040 0.065 0.080 0.185 0.184 0.194 0.143 0.083 61 G 0.140 0.225 0.129 0.202 0.121 0.078 0.065 0.023 0.011 0.004 0.002 62 R 0.063 0.110 0.058 0.129 0.143 0.133 0.161 0.093 0.057 0.037 0.015 63 E 0.356 0.353 0.120 0.112 0.034 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 64 Q 0.335 0.166 0.105 0.146 0.094 0.066 0.062 0.015 0.007 0.002 0.001 65 Q 0.720 0.110 0.096 0.050 0.014 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 66 T 0.018 0.037 0.089 0.111 0.110 0.205 0.266 0.093 0.043 0.020 0.007 67 Q 0.004 0.009 0.134 0.088 0.115 0.194 0.265 0.112 0.050 0.021 0.007 68 D 0.022 0.048 0.599 0.196 0.082 0.035 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 69 Q 0.012 0.035 0.412 0.262 0.162 0.078 0.032 0.005 0.001 0.001 0.001 70 I 0.001 0.001 0.047 0.007 0.008 0.016 0.107 0.139 0.244 0.264 0.168 71 A 0.001 0.001 0.076 0.031 0.071 0.156 0.417 0.147 0.063 0.027 0.010 72 Q 0.002 0.013 0.801 0.136 0.038 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.001 0.005 0.047 0.040 0.109 0.240 0.384 0.115 0.040 0.015 0.005 74 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.021 0.064 0.232 0.345 0.327 75 T 0.001 0.001 0.010 0.023 0.107 0.256 0.403 0.119 0.050 0.022 0.010 76 D 0.019 0.039 0.665 0.203 0.052 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 77 Q 0.001 0.001 0.003 0.011 0.039 0.119 0.418 0.216 0.114 0.058 0.021 78 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.018 0.058 0.182 0.305 0.430 79 R 0.001 0.002 0.024 0.082 0.239 0.263 0.231 0.089 0.044 0.018 0.007 80 Q 0.014 0.059 0.548 0.221 0.084 0.045 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 81 L 0.001 0.003 0.004 0.014 0.030 0.094 0.347 0.216 0.160 0.093 0.037 82 L 0.008 0.007 0.003 0.014 0.015 0.039 0.133 0.175 0.212 0.197 0.198 83 G 0.233 0.297 0.165 0.137 0.068 0.041 0.027 0.012 0.009 0.006 0.005 84 A 0.297 0.169 0.095 0.163 0.084 0.075 0.061 0.024 0.016 0.010 0.004 85 D 0.475 0.219 0.050 0.101 0.070 0.038 0.025 0.010 0.006 0.003 0.002 86 S 0.042 0.083 0.060 0.221 0.180 0.158 0.140 0.062 0.033 0.015 0.007 87 H 0.010 0.049 0.063 0.217 0.259 0.234 0.111 0.032 0.015 0.007 0.003 88 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.017 0.099 0.225 0.274 0.246 0.125 89 A 0.001 0.004 0.006 0.071 0.171 0.233 0.257 0.146 0.063 0.033 0.016 90 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.034 0.096 0.247 0.317 0.294 91 V 0.002 0.004 0.003 0.050 0.083 0.100 0.247 0.209 0.159 0.094 0.049 92 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.044 0.105 0.234 0.308 0.293 93 I 0.009 0.031 0.025 0.175 0.202 0.169 0.185 0.095 0.068 0.029 0.012 94 P 0.081 0.149 0.056 0.204 0.164 0.133 0.123 0.052 0.025 0.010 0.004 95 L 0.007 0.009 0.007 0.028 0.044 0.053 0.126 0.170 0.211 0.201 0.144 96 Q 0.089 0.277 0.078 0.222 0.147 0.082 0.062 0.022 0.013 0.005 0.003 97 R 0.227 0.158 0.061 0.209 0.148 0.094 0.062 0.023 0.011 0.005 0.002 98 T 0.415 0.215 0.076 0.142 0.070 0.040 0.023 0.009 0.005 0.003 0.002 99 A 0.023 0.040 0.024 0.105 0.138 0.165 0.218 0.128 0.090 0.047 0.021 100 Y 0.009 0.024 0.018 0.055 0.082 0.110 0.198 0.162 0.156 0.114 0.073 101 Y 0.005 0.015 0.025 0.064 0.095 0.120 0.208 0.162 0.147 0.092 0.067 102 L 0.151 0.134 0.144 0.202 0.149 0.091 0.072 0.029 0.016 0.008 0.004 103 D 0.304 0.290 0.073 0.180 0.079 0.037 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 104 G 0.599 0.110 0.030 0.075 0.053 0.044 0.037 0.022 0.016 0.010 0.005 105 Q 0.246 0.295 0.102 0.174 0.087 0.046 0.030 0.010 0.006 0.003 0.002 106 H 0.076 0.134 0.071 0.150 0.136 0.126 0.141 0.073 0.053 0.027 0.012 107 F 0.163 0.090 0.033 0.094 0.094 0.100 0.122 0.102 0.089 0.066 0.048