# TARGET T0254 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0254.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.1529 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.991 2 P 0.067 0.007 0.003 0.016 0.013 0.006 0.888 3 H 0.603 0.025 0.015 0.039 0.079 0.019 0.220 4 L 0.828 0.004 0.009 0.031 0.011 0.007 0.110 5 R 0.838 0.008 0.005 0.049 0.007 0.003 0.090 6 F 0.759 0.006 0.010 0.069 0.015 0.015 0.126 7 R 0.586 0.006 0.011 0.096 0.079 0.037 0.186 8 A 0.368 0.013 0.018 0.253 0.092 0.047 0.208 9 V 0.218 0.015 0.031 0.333 0.083 0.040 0.280 10 E 0.068 0.006 0.040 0.616 0.046 0.033 0.190 11 A 0.008 0.001 0.032 0.865 0.020 0.049 0.025 12 H 0.004 0.001 0.020 0.887 0.011 0.061 0.016 13 I 0.008 0.003 0.020 0.916 0.009 0.026 0.018 14 V 0.006 0.002 0.018 0.945 0.005 0.019 0.006 15 E 0.007 0.001 0.042 0.906 0.007 0.033 0.004 16 S 0.003 0.002 0.042 0.825 0.010 0.113 0.005 17 L 0.002 0.007 0.031 0.727 0.045 0.136 0.051 18 V 0.001 0.001 0.023 0.790 0.035 0.029 0.121 19 P 0.001 0.001 0.020 0.972 0.001 0.006 0.001 20 T 0.001 0.001 0.032 0.957 0.001 0.010 0.001 21 L 0.001 0.001 0.022 0.970 0.001 0.008 0.001 22 L 0.001 0.001 0.006 0.991 0.001 0.003 0.001 23 N 0.001 0.001 0.006 0.982 0.001 0.012 0.001 24 E 0.001 0.001 0.004 0.937 0.001 0.057 0.001 25 L 0.001 0.001 0.005 0.963 0.001 0.027 0.003 26 S 0.001 0.001 0.022 0.965 0.001 0.010 0.002 27 S 0.001 0.001 0.030 0.943 0.001 0.024 0.001 28 L 0.001 0.001 0.049 0.886 0.003 0.057 0.004 29 L 0.007 0.004 0.081 0.720 0.033 0.132 0.024 30 S 0.046 0.014 0.074 0.284 0.082 0.387 0.113 31 T 0.105 0.033 0.020 0.062 0.258 0.096 0.425 32 A 0.059 0.013 0.010 0.003 0.176 0.021 0.718 33 R 0.019 0.004 0.489 0.029 0.062 0.263 0.134 34 N 0.021 0.001 0.339 0.008 0.243 0.337 0.050 35 A 0.324 0.008 0.208 0.004 0.112 0.139 0.205 36 F 0.849 0.005 0.003 0.002 0.007 0.004 0.130 37 T 0.982 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 38 F 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 39 E 0.957 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.035 40 L 0.927 0.005 0.001 0.001 0.007 0.005 0.055 41 I 0.687 0.012 0.003 0.002 0.060 0.066 0.170 42 N 0.385 0.004 0.005 0.003 0.212 0.160 0.231 43 T 0.255 0.008 0.023 0.010 0.269 0.157 0.279 44 Q 0.460 0.017 0.052 0.022 0.150 0.117 0.181 45 Y 0.727 0.018 0.045 0.017 0.065 0.047 0.081 46 F 0.726 0.030 0.047 0.016 0.029 0.028 0.123 47 A 0.555 0.022 0.076 0.034 0.075 0.075 0.163 48 E 0.288 0.017 0.078 0.026 0.162 0.226 0.202 49 G 0.070 0.005 0.097 0.011 0.194 0.396 0.226 50 G 0.088 0.005 0.054 0.006 0.216 0.339 0.293 51 V 0.231 0.055 0.037 0.004 0.200 0.103 0.370 52 Y 0.350 0.012 0.002 0.001 0.155 0.004 0.477 53 P 0.281 0.002 0.001 0.001 0.077 0.007 0.633 54 M 0.896 0.002 0.001 0.001 0.030 0.004 0.067 55 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 56 E 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 57 V 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 58 L 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 59 W 0.862 0.003 0.001 0.001 0.013 0.005 0.113 60 F 0.459 0.011 0.006 0.002 0.130 0.074 0.319 61 G 0.153 0.007 0.008 0.003 0.301 0.131 0.397 62 R 0.051 0.015 0.039 0.067 0.333 0.141 0.355 63 E 0.033 0.012 0.049 0.328 0.128 0.093 0.357 64 Q 0.010 0.002 0.046 0.722 0.043 0.056 0.121 65 Q 0.012 0.007 0.024 0.823 0.024 0.031 0.079 66 T 0.006 0.003 0.008 0.926 0.009 0.017 0.031 67 Q 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.005 0.003 68 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 69 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 70 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 75 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 76 D 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 77 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 78 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 79 R 0.001 0.001 0.006 0.984 0.001 0.008 0.001 80 Q 0.001 0.001 0.007 0.959 0.001 0.031 0.001 81 L 0.001 0.001 0.010 0.894 0.006 0.073 0.015 82 L 0.004 0.006 0.025 0.528 0.037 0.332 0.068 83 G 0.009 0.002 0.040 0.078 0.054 0.631 0.187 84 A 0.020 0.004 0.056 0.020 0.316 0.319 0.265 85 D 0.045 0.004 0.074 0.004 0.168 0.261 0.443 86 S 0.062 0.005 0.043 0.002 0.399 0.142 0.347 87 H 0.429 0.008 0.012 0.001 0.053 0.021 0.477 88 L 0.871 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.113 89 A 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 90 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 91 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 92 F 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 93 I 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 94 P 0.933 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.059 95 L 0.635 0.019 0.002 0.001 0.062 0.004 0.276 96 Q 0.268 0.009 0.005 0.001 0.133 0.008 0.575 97 R 0.063 0.003 0.119 0.011 0.281 0.337 0.185 98 T 0.048 0.008 0.209 0.028 0.142 0.416 0.150 99 A 0.170 0.008 0.181 0.032 0.230 0.201 0.177 100 Y 0.545 0.059 0.040 0.035 0.041 0.084 0.197 101 Y 0.506 0.053 0.023 0.040 0.020 0.044 0.315 102 L 0.302 0.027 0.020 0.053 0.050 0.338 0.209 103 D 0.012 0.001 0.004 0.008 0.038 0.914 0.023 104 G 0.021 0.001 0.011 0.004 0.235 0.641 0.086 105 Q 0.133 0.042 0.019 0.006 0.256 0.105 0.439 106 H 0.192 0.118 0.008 0.004 0.067 0.024 0.587 107 F 0.016 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.973