# TARGET T0254 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0254.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.1529 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.025 0.219 0.340 0.003 0.049 0.017 0.025 0.001 0.319 0.004 0.001 2 P 0.404 0.004 0.379 0.028 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.167 3 H 0.050 0.526 0.209 0.056 0.082 0.031 0.008 0.002 0.034 0.001 0.001 4 L 0.011 0.627 0.281 0.008 0.032 0.022 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 5 R 0.011 0.783 0.125 0.006 0.026 0.026 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 6 F 0.011 0.734 0.146 0.006 0.048 0.033 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 7 R 0.025 0.608 0.208 0.016 0.046 0.042 0.008 0.001 0.044 0.001 0.001 8 A 0.075 0.225 0.297 0.020 0.197 0.067 0.055 0.019 0.023 0.020 0.003 9 V 0.189 0.437 0.247 0.041 0.030 0.028 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 10 E 0.144 0.196 0.578 0.009 0.012 0.038 0.002 0.001 0.014 0.004 0.002 11 A 0.861 0.030 0.070 0.016 0.006 0.006 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 12 H 0.858 0.015 0.025 0.039 0.008 0.005 0.029 0.017 0.003 0.002 0.001 13 I 0.938 0.014 0.014 0.024 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 14 V 0.959 0.012 0.011 0.010 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.984 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 S 0.967 0.005 0.004 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 L 0.731 0.004 0.009 0.248 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 V 0.750 0.023 0.085 0.009 0.008 0.006 0.006 0.004 0.085 0.023 0.001 19 P 0.983 0.001 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 T 0.990 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 N 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 E 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 L 0.992 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 S 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 S 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 L 0.967 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.835 0.008 0.014 0.138 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 30 S 0.572 0.012 0.025 0.300 0.003 0.016 0.054 0.011 0.006 0.001 0.001 31 T 0.221 0.215 0.274 0.127 0.057 0.020 0.025 0.007 0.046 0.008 0.001 32 A 0.297 0.096 0.348 0.070 0.039 0.067 0.033 0.007 0.029 0.012 0.004 33 R 0.574 0.049 0.203 0.086 0.017 0.025 0.021 0.005 0.008 0.008 0.002 34 N 0.334 0.045 0.041 0.480 0.019 0.019 0.044 0.010 0.006 0.001 0.001 35 A 0.055 0.410 0.093 0.228 0.155 0.013 0.023 0.003 0.019 0.001 0.001 36 F 0.002 0.769 0.126 0.004 0.077 0.009 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 37 T 0.002 0.873 0.078 0.002 0.025 0.012 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 38 F 0.002 0.855 0.042 0.001 0.079 0.007 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 39 E 0.002 0.795 0.132 0.001 0.021 0.024 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 40 L 0.022 0.351 0.469 0.004 0.005 0.117 0.002 0.001 0.029 0.001 0.002 41 I 0.088 0.486 0.296 0.017 0.046 0.039 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 42 N 0.185 0.107 0.118 0.276 0.056 0.094 0.107 0.009 0.042 0.005 0.001 43 T 0.127 0.388 0.195 0.102 0.151 0.015 0.007 0.004 0.008 0.003 0.001 44 Q 0.238 0.467 0.098 0.087 0.068 0.015 0.006 0.002 0.019 0.001 0.001 45 Y 0.071 0.578 0.191 0.031 0.084 0.020 0.002 0.001 0.018 0.002 0.001 46 F 0.095 0.617 0.103 0.043 0.050 0.039 0.003 0.001 0.047 0.001 0.001 47 A 0.192 0.397 0.175 0.074 0.086 0.040 0.008 0.002 0.017 0.009 0.001 48 E 0.081 0.165 0.140 0.205 0.061 0.042 0.201 0.008 0.093 0.004 0.001 49 G 0.034 0.016 0.110 0.050 0.092 0.002 0.119 0.377 0.002 0.197 0.001 50 G 0.071 0.078 0.210 0.059 0.147 0.010 0.091 0.213 0.003 0.117 0.002 51 V 0.058 0.527 0.264 0.053 0.063 0.013 0.004 0.002 0.010 0.005 0.001 52 Y 0.006 0.426 0.247 0.001 0.029 0.015 0.010 0.001 0.266 0.001 0.001 53 P 0.045 0.007 0.876 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 54 M 0.017 0.523 0.290 0.020 0.081 0.034 0.005 0.001 0.027 0.001 0.002 55 V 0.002 0.752 0.193 0.001 0.014 0.012 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 56 E 0.001 0.430 0.521 0.001 0.002 0.036 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 57 V 0.004 0.831 0.100 0.001 0.012 0.029 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 58 L 0.005 0.644 0.226 0.001 0.024 0.057 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 59 W 0.030 0.469 0.322 0.016 0.023 0.096 0.004 0.001 0.038 0.001 0.001 60 F 0.044 0.344 0.322 0.055 0.115 0.047 0.024 0.003 0.042 0.004 0.001 61 G 0.065 0.082 0.417 0.041 0.146 0.022 0.022 0.076 0.006 0.121 0.002 62 R 0.258 0.208 0.345 0.056 0.065 0.018 0.012 0.004 0.020 0.013 0.001 63 E 0.348 0.037 0.430 0.055 0.020 0.042 0.022 0.009 0.010 0.024 0.003 64 Q 0.862 0.017 0.039 0.050 0.006 0.011 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 65 Q 0.896 0.013 0.031 0.044 0.003 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 66 T 0.903 0.012 0.020 0.044 0.003 0.006 0.004 0.001 0.006 0.002 0.001 67 Q 0.989 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 D 0.993 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 Q 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 I 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 D 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 Q 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 I 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 Q 0.987 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.869 0.004 0.005 0.118 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 L 0.301 0.015 0.055 0.599 0.003 0.004 0.010 0.002 0.010 0.001 0.001 83 G 0.030 0.001 0.015 0.025 0.010 0.002 0.239 0.546 0.001 0.131 0.001 84 A 0.252 0.089 0.342 0.204 0.034 0.034 0.017 0.007 0.009 0.011 0.001 85 D 0.166 0.082 0.255 0.317 0.045 0.055 0.043 0.013 0.020 0.004 0.001 86 S 0.277 0.237 0.235 0.141 0.069 0.015 0.010 0.003 0.009 0.003 0.001 87 H 0.060 0.381 0.253 0.135 0.050 0.051 0.017 0.002 0.049 0.001 0.001 88 L 0.003 0.709 0.222 0.003 0.040 0.010 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 89 A 0.003 0.688 0.263 0.002 0.016 0.018 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 90 V 0.001 0.844 0.121 0.001 0.019 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 91 V 0.001 0.881 0.078 0.001 0.010 0.017 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 92 F 0.003 0.646 0.257 0.002 0.020 0.044 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 93 I 0.003 0.695 0.124 0.001 0.029 0.025 0.004 0.001 0.121 0.001 0.001 94 P 0.013 0.041 0.850 0.001 0.001 0.078 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 95 L 0.160 0.167 0.456 0.117 0.010 0.072 0.003 0.001 0.012 0.001 0.002 96 Q 0.019 0.311 0.333 0.009 0.251 0.025 0.009 0.003 0.027 0.012 0.001 97 R 0.711 0.041 0.104 0.086 0.018 0.015 0.010 0.005 0.005 0.004 0.001 98 T 0.418 0.161 0.074 0.251 0.055 0.009 0.009 0.006 0.015 0.002 0.001 99 A 0.194 0.278 0.240 0.107 0.108 0.030 0.010 0.006 0.022 0.003 0.001 100 Y 0.098 0.597 0.142 0.043 0.075 0.018 0.003 0.002 0.017 0.003 0.001 101 Y 0.136 0.467 0.220 0.048 0.064 0.034 0.004 0.001 0.022 0.004 0.001 102 L 0.292 0.350 0.129 0.079 0.027 0.048 0.015 0.002 0.053 0.004 0.001 103 D 0.013 0.008 0.023 0.103 0.006 0.010 0.812 0.005 0.018 0.002 0.001 104 G 0.005 0.001 0.018 0.004 0.015 0.001 0.092 0.769 0.001 0.095 0.001 105 Q 0.105 0.489 0.331 0.028 0.023 0.012 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 106 H 0.067 0.212 0.527 0.036 0.008 0.093 0.014 0.001 0.038 0.002 0.001 107 F 0.153 0.289 0.246 0.115 0.100 0.043 0.020 0.007 0.022 0.006 0.001