# TARGET T0254 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0254.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.1529 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.070 0.397 0.187 0.027 0.200 0.011 0.017 0.043 0.014 0.013 0.022 2 P 0.095 0.367 0.055 0.005 0.366 0.005 0.009 0.035 0.025 0.018 0.020 3 H 0.223 0.110 0.020 0.004 0.447 0.011 0.030 0.059 0.039 0.024 0.032 4 L 0.182 0.204 0.032 0.007 0.485 0.008 0.010 0.030 0.008 0.009 0.024 5 R 0.306 0.070 0.011 0.004 0.465 0.004 0.014 0.028 0.010 0.022 0.065 6 F 0.297 0.126 0.022 0.007 0.351 0.012 0.010 0.050 0.021 0.035 0.069 7 R 0.103 0.146 0.042 0.023 0.251 0.018 0.061 0.115 0.061 0.099 0.081 8 A 0.106 0.215 0.138 0.031 0.171 0.025 0.026 0.128 0.044 0.071 0.046 9 V 0.043 0.422 0.149 0.023 0.145 0.012 0.026 0.102 0.032 0.026 0.020 10 E 0.041 0.427 0.165 0.015 0.118 0.008 0.008 0.154 0.028 0.017 0.018 11 A 0.005 0.013 0.004 0.003 0.011 0.013 0.023 0.753 0.163 0.009 0.004 12 H 0.004 0.011 0.006 0.005 0.008 0.006 0.028 0.780 0.100 0.043 0.009 13 I 0.006 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.009 0.836 0.094 0.040 0.003 14 V 0.005 0.007 0.002 0.002 0.007 0.003 0.005 0.802 0.145 0.018 0.004 15 E 0.001 0.006 0.003 0.004 0.004 0.025 0.070 0.705 0.175 0.006 0.001 16 S 0.002 0.004 0.005 0.004 0.002 0.013 0.220 0.679 0.051 0.017 0.003 17 L 0.003 0.010 0.008 0.006 0.004 0.006 0.042 0.343 0.170 0.400 0.008 18 V 0.017 0.031 0.009 0.002 0.018 0.002 0.004 0.727 0.155 0.025 0.010 19 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.934 0.062 0.001 0.001 20 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.975 0.019 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.930 0.058 0.011 0.001 22 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.901 0.096 0.002 0.001 23 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.937 0.054 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.890 0.052 0.013 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.788 0.143 0.059 0.001 26 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.779 0.206 0.003 0.001 27 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.870 0.103 0.006 0.001 28 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.060 0.678 0.190 0.058 0.001 29 L 0.031 0.092 0.016 0.003 0.086 0.005 0.032 0.521 0.144 0.054 0.015 30 S 0.051 0.014 0.004 0.002 0.032 0.008 0.057 0.146 0.137 0.488 0.061 31 T 0.011 0.426 0.388 0.012 0.090 0.003 0.012 0.026 0.013 0.015 0.004 32 A 0.081 0.375 0.164 0.014 0.178 0.008 0.021 0.071 0.037 0.021 0.030 33 R 0.073 0.065 0.015 0.011 0.096 0.020 0.056 0.194 0.334 0.086 0.051 34 N 0.024 0.041 0.010 0.014 0.059 0.061 0.147 0.280 0.212 0.129 0.024 35 A 0.229 0.095 0.016 0.004 0.372 0.004 0.020 0.044 0.048 0.127 0.041 36 F 0.326 0.080 0.006 0.001 0.551 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.025 37 T 0.288 0.064 0.008 0.005 0.550 0.004 0.008 0.008 0.004 0.008 0.053 38 F 0.311 0.101 0.009 0.002 0.534 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.031 39 E 0.274 0.105 0.010 0.003 0.538 0.003 0.007 0.009 0.002 0.009 0.040 40 L 0.365 0.104 0.029 0.010 0.376 0.009 0.008 0.014 0.005 0.015 0.065 41 I 0.093 0.161 0.075 0.093 0.189 0.100 0.098 0.066 0.027 0.051 0.048 42 N 0.229 0.101 0.047 0.047 0.191 0.027 0.024 0.034 0.032 0.139 0.130 43 T 0.153 0.163 0.067 0.028 0.282 0.014 0.014 0.054 0.059 0.102 0.064 44 Q 0.145 0.158 0.037 0.015 0.330 0.027 0.049 0.102 0.067 0.040 0.030 45 Y 0.189 0.165 0.048 0.012 0.388 0.011 0.028 0.068 0.025 0.024 0.043 46 F 0.241 0.087 0.032 0.028 0.203 0.045 0.052 0.093 0.040 0.082 0.097 47 A 0.081 0.131 0.133 0.114 0.125 0.102 0.068 0.109 0.044 0.053 0.039 48 E 0.045 0.093 0.095 0.180 0.063 0.121 0.098 0.104 0.063 0.103 0.036 49 G 0.026 0.153 0.192 0.219 0.054 0.051 0.032 0.037 0.047 0.145 0.044 50 G 0.041 0.110 0.109 0.083 0.074 0.037 0.028 0.083 0.106 0.272 0.057 51 V 0.196 0.207 0.077 0.004 0.336 0.005 0.026 0.031 0.030 0.036 0.051 52 Y 0.025 0.538 0.225 0.006 0.179 0.004 0.007 0.008 0.003 0.002 0.003 53 P 0.218 0.213 0.035 0.002 0.487 0.002 0.004 0.005 0.002 0.005 0.026 54 M 0.288 0.085 0.016 0.009 0.495 0.019 0.030 0.008 0.006 0.008 0.035 55 V 0.107 0.172 0.009 0.001 0.700 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 56 E 0.196 0.082 0.003 0.001 0.699 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.013 57 V 0.403 0.043 0.004 0.001 0.477 0.002 0.003 0.003 0.001 0.005 0.058 58 L 0.186 0.126 0.017 0.013 0.461 0.026 0.051 0.031 0.013 0.018 0.059 59 W 0.358 0.111 0.029 0.007 0.308 0.007 0.011 0.021 0.011 0.037 0.099 60 F 0.073 0.222 0.099 0.107 0.147 0.047 0.036 0.069 0.043 0.104 0.052 61 G 0.044 0.221 0.212 0.128 0.076 0.068 0.026 0.063 0.033 0.097 0.032 62 R 0.037 0.193 0.093 0.025 0.107 0.018 0.035 0.254 0.129 0.078 0.030 63 E 0.041 0.204 0.092 0.011 0.090 0.008 0.016 0.401 0.063 0.053 0.022 64 Q 0.004 0.010 0.004 0.001 0.011 0.003 0.007 0.778 0.144 0.032 0.005 65 Q 0.004 0.009 0.004 0.001 0.005 0.002 0.007 0.908 0.047 0.012 0.002 66 T 0.002 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.895 0.050 0.036 0.001 67 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.028 0.002 0.001 68 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.971 0.017 0.002 0.001 69 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.014 0.003 0.001 70 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.021 0.003 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.018 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.006 0.001 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.979 0.017 0.001 0.001 74 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.050 0.011 0.001 75 T 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.042 0.001 0.001 76 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.012 0.001 0.001 77 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.019 0.002 0.001 78 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.915 0.076 0.007 0.001 79 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.894 0.098 0.002 0.001 80 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.073 0.843 0.067 0.010 0.001 81 L 0.003 0.004 0.006 0.006 0.003 0.027 0.272 0.565 0.063 0.048 0.003 82 L 0.043 0.415 0.087 0.044 0.111 0.028 0.057 0.095 0.037 0.059 0.024 83 G 0.042 0.037 0.071 0.155 0.021 0.063 0.012 0.045 0.059 0.382 0.113 84 A 0.036 0.096 0.047 0.033 0.070 0.035 0.096 0.252 0.198 0.106 0.031 85 D 0.121 0.077 0.023 0.010 0.126 0.008 0.023 0.062 0.148 0.273 0.128 86 S 0.035 0.293 0.067 0.012 0.135 0.015 0.031 0.082 0.144 0.164 0.020 87 H 0.344 0.053 0.013 0.005 0.281 0.007 0.032 0.019 0.027 0.098 0.120 88 L 0.161 0.199 0.015 0.001 0.614 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 89 A 0.111 0.095 0.004 0.001 0.784 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 90 V 0.496 0.023 0.002 0.001 0.447 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 91 V 0.201 0.096 0.009 0.004 0.641 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.040 92 F 0.366 0.079 0.019 0.007 0.461 0.004 0.003 0.001 0.001 0.006 0.051 93 I 0.072 0.367 0.096 0.021 0.343 0.014 0.016 0.025 0.010 0.013 0.022 94 P 0.311 0.194 0.044 0.003 0.358 0.002 0.006 0.010 0.004 0.010 0.060 95 L 0.107 0.097 0.021 0.069 0.115 0.087 0.050 0.065 0.105 0.175 0.106 96 Q 0.044 0.269 0.329 0.120 0.134 0.024 0.009 0.021 0.020 0.020 0.011 97 R 0.023 0.016 0.010 0.019 0.023 0.035 0.079 0.399 0.282 0.090 0.023 98 T 0.118 0.085 0.043 0.018 0.141 0.017 0.060 0.119 0.110 0.220 0.070 99 A 0.251 0.102 0.020 0.005 0.355 0.011 0.020 0.054 0.040 0.059 0.084 100 Y 0.129 0.191 0.042 0.004 0.505 0.006 0.008 0.038 0.015 0.028 0.034 101 Y 0.262 0.144 0.128 0.015 0.189 0.008 0.018 0.103 0.033 0.034 0.067 102 L 0.016 0.027 0.047 0.204 0.019 0.253 0.131 0.190 0.060 0.044 0.010 103 D 0.003 0.276 0.187 0.367 0.020 0.041 0.056 0.030 0.008 0.009 0.003 104 G 0.009 0.007 0.017 0.033 0.005 0.008 0.002 0.010 0.029 0.731 0.149 105 Q 0.020 0.545 0.134 0.005 0.198 0.003 0.011 0.044 0.027 0.011 0.003 106 H 0.313 0.135 0.030 0.003 0.340 0.005 0.012 0.033 0.020 0.025 0.082 107 F 0.106 0.226 0.122 0.061 0.185 0.044 0.051 0.057 0.044 0.056 0.048