# TARGET T0254 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0254.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.1529 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.431 0.288 0.152 0.079 0.034 0.013 0.003 2 P 0.138 0.161 0.186 0.220 0.178 0.100 0.017 3 H 0.109 0.155 0.183 0.225 0.186 0.118 0.024 4 L 0.085 0.100 0.145 0.227 0.246 0.169 0.028 5 R 0.117 0.229 0.270 0.201 0.111 0.060 0.012 6 F 0.044 0.053 0.082 0.187 0.321 0.275 0.039 7 R 0.248 0.328 0.224 0.124 0.053 0.021 0.003 8 A 0.261 0.228 0.196 0.191 0.099 0.025 0.001 9 V 0.169 0.153 0.197 0.270 0.165 0.044 0.002 10 E 0.389 0.348 0.177 0.068 0.017 0.002 0.001 11 A 0.518 0.342 0.110 0.025 0.004 0.001 0.001 12 H 0.542 0.309 0.105 0.033 0.008 0.001 0.001 13 I 0.085 0.235 0.313 0.248 0.096 0.022 0.001 14 V 0.021 0.037 0.089 0.301 0.416 0.133 0.004 15 E 0.231 0.423 0.255 0.079 0.011 0.001 0.001 16 S 0.255 0.479 0.191 0.058 0.014 0.003 0.001 17 L 0.022 0.054 0.144 0.329 0.337 0.109 0.004 18 V 0.013 0.040 0.116 0.348 0.371 0.109 0.003 19 P 0.228 0.457 0.224 0.074 0.014 0.002 0.001 20 T 0.071 0.266 0.371 0.229 0.055 0.007 0.001 21 L 0.007 0.014 0.031 0.106 0.377 0.441 0.025 22 L 0.007 0.048 0.167 0.419 0.289 0.067 0.003 23 N 0.105 0.511 0.261 0.092 0.024 0.006 0.001 24 E 0.020 0.065 0.263 0.440 0.189 0.022 0.001 25 L 0.015 0.014 0.021 0.093 0.313 0.497 0.046 26 S 0.042 0.141 0.286 0.336 0.166 0.029 0.001 27 S 0.157 0.490 0.231 0.091 0.025 0.006 0.001 28 L 0.050 0.106 0.203 0.334 0.225 0.075 0.007 29 L 0.044 0.073 0.122 0.266 0.307 0.168 0.021 30 S 0.382 0.367 0.155 0.064 0.023 0.007 0.001 31 T 0.230 0.231 0.199 0.199 0.108 0.029 0.004 32 A 0.379 0.362 0.172 0.065 0.018 0.004 0.001 33 R 0.220 0.287 0.256 0.167 0.061 0.008 0.001 34 N 0.496 0.339 0.119 0.034 0.009 0.002 0.001 35 A 0.126 0.292 0.270 0.204 0.083 0.022 0.003 36 F 0.020 0.036 0.080 0.227 0.343 0.268 0.025 37 T 0.022 0.119 0.262 0.317 0.189 0.079 0.013 38 F 0.005 0.009 0.019 0.070 0.219 0.491 0.187 39 E 0.008 0.048 0.112 0.227 0.292 0.244 0.069 40 L 0.022 0.047 0.086 0.155 0.266 0.311 0.113 41 I 0.059 0.146 0.211 0.231 0.174 0.135 0.044 42 N 0.119 0.183 0.211 0.207 0.155 0.099 0.025 43 T 0.123 0.130 0.161 0.208 0.194 0.148 0.036 44 Q 0.253 0.240 0.184 0.163 0.102 0.049 0.009 45 Y 0.172 0.150 0.148 0.191 0.179 0.132 0.029 46 F 0.143 0.144 0.144 0.196 0.189 0.153 0.031 47 A 0.158 0.196 0.192 0.205 0.160 0.074 0.014 48 E 0.333 0.308 0.192 0.112 0.040 0.012 0.002 49 G 0.315 0.252 0.207 0.147 0.064 0.014 0.002 50 G 0.422 0.315 0.163 0.071 0.023 0.005 0.001 51 V 0.127 0.224 0.259 0.233 0.121 0.032 0.004 52 Y 0.060 0.107 0.174 0.255 0.257 0.126 0.021 53 P 0.012 0.035 0.071 0.155 0.262 0.356 0.109 54 M 0.006 0.025 0.058 0.134 0.244 0.350 0.182 55 V 0.001 0.003 0.008 0.030 0.108 0.403 0.448 56 E 0.003 0.010 0.030 0.089 0.187 0.373 0.308 57 V 0.006 0.015 0.025 0.050 0.118 0.428 0.358 58 L 0.010 0.032 0.072 0.176 0.268 0.335 0.108 59 W 0.011 0.038 0.089 0.171 0.260 0.351 0.080 60 F 0.034 0.049 0.085 0.195 0.328 0.268 0.041 61 G 0.208 0.320 0.239 0.152 0.061 0.019 0.002 62 R 0.134 0.272 0.305 0.206 0.070 0.012 0.001 63 E 0.487 0.352 0.116 0.034 0.009 0.002 0.001 64 Q 0.465 0.316 0.150 0.053 0.014 0.002 0.001 65 Q 0.678 0.238 0.059 0.017 0.005 0.001 0.001 66 T 0.258 0.311 0.214 0.153 0.053 0.010 0.001 67 Q 0.082 0.159 0.213 0.359 0.162 0.023 0.001 68 D 0.225 0.453 0.241 0.069 0.010 0.001 0.001 69 Q 0.108 0.356 0.350 0.150 0.032 0.003 0.001 70 I 0.004 0.007 0.025 0.115 0.405 0.421 0.023 71 A 0.004 0.038 0.151 0.404 0.325 0.076 0.002 72 Q 0.043 0.408 0.363 0.147 0.032 0.006 0.001 73 V 0.003 0.023 0.150 0.416 0.345 0.063 0.001 74 I 0.001 0.001 0.003 0.014 0.143 0.688 0.150 75 T 0.004 0.036 0.153 0.427 0.302 0.074 0.003 76 D 0.033 0.392 0.364 0.153 0.045 0.011 0.001 77 Q 0.002 0.021 0.132 0.406 0.338 0.095 0.006 78 I 0.003 0.005 0.014 0.100 0.381 0.444 0.053 79 R 0.031 0.177 0.312 0.303 0.150 0.026 0.001 80 Q 0.238 0.438 0.188 0.087 0.034 0.013 0.002 81 L 0.040 0.155 0.260 0.309 0.158 0.071 0.007 82 L 0.064 0.153 0.267 0.314 0.165 0.036 0.002 83 G 0.449 0.301 0.135 0.077 0.032 0.007 0.001 84 A 0.468 0.279 0.152 0.075 0.022 0.003 0.001 85 D 0.503 0.295 0.130 0.054 0.016 0.003 0.001 86 S 0.190 0.342 0.280 0.148 0.035 0.004 0.001 87 H 0.093 0.318 0.324 0.181 0.068 0.015 0.002 88 L 0.003 0.009 0.033 0.149 0.394 0.376 0.036 89 A 0.003 0.020 0.084 0.229 0.353 0.279 0.032 90 V 0.001 0.003 0.008 0.025 0.106 0.532 0.325 91 V 0.002 0.009 0.027 0.106 0.251 0.422 0.182 92 F 0.001 0.003 0.009 0.028 0.119 0.488 0.353 93 I 0.008 0.033 0.076 0.195 0.265 0.305 0.118 94 P 0.046 0.138 0.228 0.256 0.177 0.126 0.028 95 L 0.041 0.064 0.120 0.209 0.297 0.234 0.036 96 Q 0.227 0.215 0.202 0.173 0.113 0.061 0.009 97 R 0.378 0.287 0.172 0.101 0.046 0.015 0.002 98 T 0.504 0.273 0.133 0.066 0.020 0.004 0.001 99 A 0.181 0.165 0.169 0.223 0.179 0.078 0.005 100 Y 0.238 0.273 0.222 0.173 0.072 0.020 0.001 101 Y 0.406 0.239 0.155 0.121 0.063 0.016 0.001 102 L 0.588 0.255 0.104 0.042 0.009 0.001 0.001 103 D 0.742 0.171 0.055 0.023 0.007 0.002 0.001 104 G 0.707 0.188 0.076 0.023 0.005 0.001 0.001 105 Q 0.770 0.171 0.041 0.014 0.003 0.001 0.001 106 H 0.503 0.231 0.149 0.080 0.032 0.005 0.001 107 F 0.481 0.220 0.160 0.095 0.036 0.008 0.001