# TARGET T0252 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0252.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 86 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.004 0.002 0.008 0.090 0.891 2 L 0.014 0.033 0.011 0.053 0.157 0.732 3 D 0.013 0.020 0.025 0.116 0.377 0.449 4 A 0.004 0.003 0.089 0.469 0.313 0.122 5 N 0.002 0.003 0.061 0.583 0.251 0.101 6 K 0.004 0.010 0.055 0.576 0.221 0.133 7 L 0.002 0.003 0.010 0.916 0.038 0.032 8 Q 0.002 0.001 0.005 0.951 0.022 0.019 9 Q 0.002 0.001 0.006 0.961 0.015 0.014 10 A 0.001 0.001 0.003 0.985 0.005 0.006 11 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.003 12 D 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.003 13 Q 0.001 0.001 0.002 0.991 0.004 0.003 14 A 0.001 0.001 0.003 0.984 0.007 0.005 15 Y 0.001 0.001 0.007 0.970 0.013 0.008 16 T 0.002 0.001 0.007 0.912 0.041 0.038 17 Q 0.003 0.001 0.006 0.800 0.063 0.127 18 F 0.011 0.006 0.015 0.524 0.166 0.279 19 H 0.025 0.010 0.042 0.449 0.279 0.195 20 S 0.030 0.005 0.061 0.383 0.328 0.192 21 L 0.021 0.006 0.053 0.215 0.495 0.210 22 N 0.020 0.007 0.040 0.186 0.517 0.229 23 G 0.022 0.005 0.030 0.212 0.449 0.282 24 G 0.056 0.008 0.016 0.132 0.341 0.447 25 Q 0.158 0.042 0.017 0.136 0.187 0.461 26 N 0.189 0.026 0.022 0.290 0.120 0.354 27 A 0.138 0.005 0.098 0.411 0.141 0.206 28 D 0.175 0.016 0.107 0.462 0.103 0.138 29 Y 0.059 0.006 0.071 0.676 0.070 0.118 30 I 0.030 0.004 0.057 0.726 0.086 0.096 31 P 0.018 0.002 0.068 0.811 0.072 0.028 32 F 0.007 0.001 0.072 0.853 0.055 0.012 33 L 0.004 0.002 0.058 0.894 0.034 0.008 34 A 0.003 0.001 0.070 0.867 0.045 0.015 35 N 0.011 0.004 0.036 0.604 0.207 0.139 36 V 0.012 0.025 0.029 0.219 0.249 0.467 37 P 0.006 0.013 0.008 0.014 0.618 0.341 38 G 0.004 0.002 0.177 0.011 0.745 0.060 39 Q 0.010 0.003 0.202 0.007 0.741 0.037 40 L 0.077 0.014 0.310 0.006 0.566 0.028 41 A 0.541 0.016 0.043 0.003 0.202 0.195 42 A 0.769 0.004 0.016 0.001 0.101 0.109 43 V 0.941 0.005 0.003 0.001 0.020 0.031 44 A 0.974 0.001 0.001 0.001 0.007 0.016 45 I 0.982 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 46 V 0.980 0.002 0.001 0.001 0.006 0.010 47 T 0.756 0.011 0.001 0.001 0.224 0.008 48 C 0.160 0.002 0.002 0.001 0.819 0.016 49 D 0.024 0.001 0.001 0.001 0.969 0.005 50 G 0.064 0.003 0.006 0.002 0.911 0.013 51 N 0.796 0.021 0.001 0.002 0.075 0.105 52 V 0.954 0.015 0.001 0.001 0.012 0.018 53 Y 0.903 0.003 0.001 0.001 0.021 0.071 54 S 0.920 0.020 0.001 0.001 0.022 0.036 55 A 0.667 0.009 0.008 0.003 0.117 0.195 56 G 0.433 0.012 0.012 0.005 0.292 0.246 57 D 0.160 0.018 0.031 0.007 0.620 0.163 58 S 0.131 0.018 0.041 0.013 0.616 0.182 59 D 0.130 0.018 0.044 0.012 0.595 0.200 60 Y 0.213 0.019 0.029 0.022 0.463 0.253 61 R 0.274 0.016 0.012 0.024 0.230 0.444 62 F 0.397 0.044 0.015 0.032 0.163 0.349 63 A 0.536 0.031 0.018 0.025 0.169 0.221 64 L 0.457 0.015 0.077 0.036 0.236 0.179 65 E 0.259 0.011 0.133 0.040 0.358 0.199 66 S 0.230 0.012 0.139 0.054 0.336 0.230 67 I 0.212 0.018 0.070 0.097 0.361 0.242 68 S 0.147 0.017 0.037 0.162 0.221 0.417 69 K 0.095 0.012 0.022 0.679 0.071 0.121 70 V 0.003 0.001 0.005 0.982 0.006 0.004 71 C 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 72 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 73 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 74 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 75 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 76 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 77 L 0.001 0.001 0.003 0.983 0.010 0.003 78 E 0.001 0.001 0.008 0.950 0.027 0.014 79 D 0.001 0.001 0.013 0.895 0.059 0.031 80 V 0.002 0.001 0.009 0.721 0.108 0.159 81 G 0.002 0.003 0.007 0.217 0.152 0.619 82 P 0.004 0.001 0.025 0.711 0.156 0.102 83 Q 0.008 0.001 0.039 0.783 0.123 0.046 84 A 0.013 0.002 0.059 0.850 0.064 0.012 85 V 0.027 0.002 0.049 0.858 0.045 0.019 86 Q 0.036 0.002 0.055 0.827 0.055 0.025 87 D 0.017 0.001 0.037 0.885 0.039 0.022 88 K 0.028 0.001 0.018 0.797 0.068 0.087 89 I 0.040 0.027 0.011 0.191 0.190 0.541 90 G 0.054 0.005 0.007 0.026 0.204 0.703 91 A 0.165 0.019 0.030 0.031 0.275 0.481 92 D 0.169 0.047 0.027 0.023 0.328 0.406 93 P 0.146 0.018 0.028 0.014 0.372 0.422 94 T 0.081 0.013 0.014 0.009 0.451 0.433 95 G 0.053 0.036 0.021 0.020 0.444 0.426 96 L 0.036 0.043 0.019 0.048 0.428 0.426 97 P 0.025 0.009 0.048 0.158 0.369 0.391 98 F 0.042 0.028 0.050 0.249 0.318 0.313 99 N 0.046 0.013 0.037 0.379 0.275 0.250 100 S 0.084 0.023 0.032 0.427 0.185 0.250 101 V 0.059 0.008 0.028 0.728 0.079 0.098 102 I 0.060 0.005 0.035 0.808 0.054 0.039 103 A 0.046 0.006 0.042 0.850 0.037 0.020 104 L 0.032 0.003 0.048 0.851 0.044 0.022 105 E 0.023 0.003 0.026 0.871 0.042 0.035 106 L 0.013 0.008 0.030 0.821 0.075 0.052 107 H 0.009 0.012 0.025 0.391 0.465 0.097 108 G 0.005 0.002 0.013 0.064 0.715 0.202 109 G 0.007 0.008 0.007 0.007 0.707 0.264 110 K 0.043 0.060 0.004 0.002 0.692 0.198 111 P 0.103 0.063 0.006 0.003 0.476 0.350 112 L 0.065 0.032 0.011 0.003 0.504 0.384 113 S 0.068 0.023 0.004 0.002 0.467 0.436 114 P 0.075 0.006 0.005 0.005 0.246 0.663 115 L 0.363 0.046 0.015 0.024 0.194 0.358 116 V 0.553 0.020 0.010 0.041 0.122 0.254 117 N 0.612 0.016 0.009 0.061 0.096 0.207 118 A 0.640 0.009 0.012 0.074 0.075 0.190 119 G 0.812 0.009 0.011 0.082 0.029 0.058 120 A 0.934 0.001 0.005 0.033 0.009 0.018 121 I 0.948 0.002 0.002 0.026 0.006 0.016 122 A 0.923 0.006 0.004 0.047 0.007 0.013 123 T 0.833 0.004 0.016 0.098 0.022 0.027 124 T 0.459 0.003 0.104 0.215 0.128 0.091 125 S 0.225 0.013 0.115 0.247 0.215 0.184 126 L 0.121 0.070 0.080 0.335 0.232 0.161 127 I 0.047 0.038 0.022 0.055 0.766 0.072 128 N 0.012 0.002 0.017 0.020 0.845 0.103 129 A 0.007 0.003 0.010 0.010 0.863 0.107 130 E 0.019 0.025 0.010 0.024 0.742 0.178 131 N 0.023 0.043 0.006 0.043 0.198 0.688 132 V 0.003 0.002 0.032 0.838 0.076 0.049 133 E 0.001 0.001 0.024 0.927 0.038 0.010 134 Q 0.001 0.001 0.014 0.942 0.033 0.009 135 R 0.001 0.001 0.009 0.957 0.022 0.011 136 W 0.001 0.001 0.002 0.984 0.007 0.007 137 Q 0.001 0.001 0.002 0.979 0.010 0.009 138 R 0.001 0.001 0.002 0.985 0.005 0.008 139 I 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.006 140 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.004 141 H 0.001 0.001 0.001 0.990 0.003 0.005 142 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 143 Q 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 144 Q 0.001 0.001 0.005 0.983 0.008 0.003 145 Q 0.001 0.001 0.010 0.957 0.022 0.011 146 L 0.001 0.001 0.013 0.842 0.101 0.043 147 A 0.003 0.008 0.020 0.408 0.347 0.215 148 G 0.006 0.003 0.008 0.046 0.508 0.429 149 E 0.035 0.006 0.010 0.016 0.474 0.459 150 Q 0.140 0.014 0.011 0.013 0.225 0.598 151 V 0.396 0.031 0.009 0.016 0.130 0.418 152 A 0.302 0.030 0.006 0.021 0.120 0.522 153 L 0.265 0.046 0.005 0.033 0.093 0.558 154 S 0.139 0.013 0.005 0.058 0.108 0.676 155 D 0.010 0.001 0.029 0.885 0.042 0.033 156 E 0.009 0.001 0.039 0.904 0.039 0.008 157 V 0.015 0.002 0.036 0.891 0.047 0.009 158 N 0.029 0.005 0.027 0.858 0.058 0.024 159 Q 0.031 0.004 0.020 0.848 0.062 0.034 160 S 0.036 0.003 0.024 0.782 0.110 0.045 161 E 0.024 0.002 0.018 0.779 0.110 0.068 162 Q 0.026 0.009 0.021 0.672 0.158 0.115 163 T 0.041 0.012 0.014 0.548 0.199 0.185 164 T 0.017 0.006 0.010 0.510 0.196 0.260 165 N 0.018 0.007 0.012 0.414 0.232 0.316 166 F 0.009 0.004 0.013 0.647 0.161 0.166 167 H 0.002 0.002 0.006 0.935 0.027 0.029 168 N 0.001 0.001 0.002 0.982 0.006 0.008 169 R 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.004 170 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 171 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 172 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 173 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 174 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 175 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.002 176 Y 0.001 0.001 0.002 0.983 0.009 0.006 177 S 0.001 0.001 0.005 0.962 0.017 0.015 178 A 0.002 0.001 0.005 0.860 0.042 0.091 179 G 0.005 0.003 0.006 0.062 0.164 0.760 180 Y 0.045 0.028 0.021 0.043 0.295 0.568 181 L 0.112 0.020 0.037 0.042 0.486 0.302 182 Y 0.017 0.007 0.057 0.045 0.664 0.210 183 C 0.009 0.013 0.039 0.068 0.502 0.369 184 D 0.004 0.008 0.008 0.068 0.272 0.638 185 A 0.001 0.001 0.017 0.955 0.016 0.011 186 M 0.001 0.001 0.013 0.964 0.015 0.007 187 E 0.001 0.001 0.026 0.963 0.008 0.002 188 A 0.001 0.001 0.016 0.977 0.005 0.001 189 C 0.001 0.001 0.009 0.980 0.008 0.001 190 D 0.001 0.001 0.007 0.976 0.013 0.003 191 V 0.001 0.001 0.005 0.970 0.016 0.009 192 Y 0.001 0.001 0.004 0.972 0.011 0.011 193 T 0.002 0.003 0.006 0.944 0.018 0.028 194 R 0.002 0.001 0.002 0.974 0.009 0.012 195 Q 0.004 0.001 0.004 0.975 0.010 0.007 196 C 0.003 0.001 0.004 0.971 0.012 0.009 197 S 0.006 0.001 0.010 0.962 0.015 0.007 198 T 0.009 0.001 0.009 0.954 0.016 0.011 199 L 0.012 0.001 0.006 0.958 0.010 0.012 200 L 0.023 0.003 0.007 0.894 0.014 0.059 201 N 0.022 0.010 0.006 0.786 0.018 0.159 202 T 0.001 0.001 0.008 0.973 0.004 0.014 203 I 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 204 E 0.001 0.001 0.005 0.987 0.005 0.002 205 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 206 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 207 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 208 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 209 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 210 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 211 T 0.001 0.001 0.002 0.991 0.006 0.002 212 L 0.001 0.001 0.004 0.984 0.008 0.004 213 A 0.001 0.002 0.018 0.920 0.034 0.025 214 A 0.003 0.002 0.028 0.806 0.087 0.074 215 G 0.009 0.004 0.021 0.239 0.280 0.449 216 G 0.023 0.009 0.010 0.024 0.302 0.632 217 V 0.059 0.039 0.016 0.013 0.323 0.550 218 N 0.058 0.054 0.022 0.012 0.402 0.452 219 P 0.035 0.024 0.056 0.016 0.653 0.216 220 L 0.033 0.022 0.112 0.019 0.732 0.082 221 T 0.039 0.006 0.062 0.011 0.807 0.076 222 H 0.052 0.005 0.071 0.009 0.759 0.104 223 K 0.269 0.035 0.024 0.008 0.345 0.320 224 R 0.511 0.062 0.012 0.005 0.128 0.281 225 V 0.432 0.039 0.008 0.004 0.096 0.421 226 L 0.223 0.064 0.002 0.003 0.089 0.618 227 Q 0.036 0.011 0.002 0.016 0.092 0.844 228 A 0.001 0.001 0.030 0.917 0.033 0.021 229 D 0.001 0.001 0.020 0.942 0.031 0.006 230 N 0.001 0.001 0.015 0.966 0.016 0.003 231 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.003 232 P 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 233 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 234 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 235 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 236 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 237 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 238 M 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.003 239 M 0.002 0.001 0.003 0.979 0.007 0.009 240 M 0.001 0.001 0.004 0.968 0.008 0.018 241 E 0.003 0.001 0.003 0.940 0.012 0.041 242 G 0.013 0.006 0.010 0.586 0.107 0.277 243 L 0.010 0.003 0.018 0.767 0.106 0.097 244 Y 0.017 0.006 0.025 0.732 0.143 0.078 245 G 0.016 0.004 0.023 0.717 0.189 0.051 246 R 0.014 0.004 0.031 0.749 0.144 0.059 247 S 0.022 0.009 0.031 0.641 0.197 0.100 248 G 0.044 0.006 0.045 0.457 0.311 0.138 249 D 0.068 0.008 0.040 0.473 0.238 0.174 250 W 0.243 0.029 0.044 0.448 0.153 0.084 251 A 0.306 0.007 0.034 0.472 0.120 0.060 252 Y 0.423 0.007 0.030 0.365 0.106 0.069 253 R 0.384 0.013 0.035 0.332 0.130 0.106 254 V 0.205 0.008 0.027 0.292 0.173 0.294 255 G 0.084 0.004 0.004 0.026 0.184 0.698 256 L 0.105 0.040 0.005 0.011 0.180 0.659 257 P 0.107 0.017 0.016 0.013 0.274 0.572 258 G 0.118 0.036 0.065 0.021 0.407 0.353 259 K 0.094 0.020 0.092 0.017 0.580 0.198 260 S 0.059 0.010 0.066 0.008 0.733 0.124 261 G 0.055 0.009 0.031 0.003 0.668 0.234 262 V 0.114 0.029 0.011 0.002 0.439 0.406 263 G 0.154 0.006 0.002 0.001 0.239 0.598 264 G 0.360 0.004 0.002 0.002 0.090 0.544 265 G 0.939 0.007 0.001 0.002 0.016 0.035 266 I 0.983 0.001 0.002 0.001 0.005 0.007 267 L 0.987 0.001 0.002 0.001 0.004 0.005 268 A 0.984 0.001 0.002 0.001 0.007 0.006 269 V 0.979 0.002 0.001 0.001 0.008 0.009 270 V 0.912 0.005 0.004 0.001 0.058 0.020 271 P 0.287 0.004 0.040 0.006 0.613 0.050 272 G 0.075 0.004 0.089 0.008 0.782 0.041 273 V 0.351 0.011 0.036 0.004 0.545 0.053 274 M 0.762 0.003 0.005 0.002 0.138 0.089 275 G 0.958 0.001 0.001 0.001 0.010 0.030 276 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 277 A 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 278 A 0.963 0.001 0.001 0.001 0.007 0.028 279 F 0.779 0.004 0.001 0.001 0.032 0.183 280 S 0.360 0.009 0.002 0.001 0.119 0.509 281 P 0.189 0.017 0.009 0.003 0.194 0.588 282 P 0.153 0.056 0.024 0.006 0.257 0.504 283 L 0.091 0.121 0.019 0.015 0.242 0.513 284 D 0.027 0.059 0.010 0.021 0.605 0.278 285 E 0.005 0.006 0.019 0.252 0.580 0.137 286 D 0.001 0.001 0.013 0.595 0.364 0.026 287 G 0.001 0.002 0.012 0.630 0.337 0.019 288 N 0.001 0.003 0.005 0.908 0.057 0.026 289 S 0.001 0.001 0.003 0.966 0.022 0.008 290 V 0.001 0.001 0.004 0.966 0.022 0.007 291 R 0.001 0.001 0.003 0.976 0.012 0.008 292 G 0.001 0.001 0.003 0.984 0.004 0.008 293 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 294 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 295 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 296 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 297 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 298 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 299 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 300 A 0.001 0.001 0.004 0.984 0.010 0.002 301 K 0.001 0.001 0.008 0.963 0.022 0.007 302 Q 0.001 0.001 0.006 0.934 0.035 0.024 303 L 0.001 0.002 0.010 0.816 0.060 0.111 304 G 0.002 0.002 0.004 0.057 0.120 0.815 305 Y 0.025 0.008 0.076 0.098 0.309 0.483 306 N 0.103 0.018 0.150 0.104 0.358 0.267 307 V 0.088 0.016 0.263 0.098 0.307 0.229 308 F 0.083 0.033 0.097 0.086 0.234 0.468 309 K 0.028 0.020 0.039 0.103 0.165 0.645 310 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.971