# TARGET T0252 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0252.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 86 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.010 0.003 0.004 0.050 0.010 0.921 2 L 0.004 0.023 0.007 0.014 0.072 0.043 0.837 3 D 0.005 0.020 0.012 0.050 0.229 0.077 0.607 4 A 0.003 0.006 0.082 0.372 0.112 0.219 0.206 5 N 0.004 0.005 0.109 0.394 0.076 0.289 0.123 6 K 0.005 0.007 0.082 0.534 0.087 0.109 0.174 7 L 0.004 0.004 0.019 0.844 0.041 0.024 0.065 8 Q 0.003 0.002 0.007 0.904 0.015 0.022 0.048 9 Q 0.001 0.002 0.004 0.947 0.007 0.020 0.018 10 A 0.001 0.001 0.002 0.975 0.004 0.010 0.008 11 V 0.001 0.001 0.001 0.988 0.003 0.004 0.003 12 D 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.004 0.003 13 Q 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.006 0.002 14 A 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.011 0.002 15 Y 0.002 0.001 0.004 0.940 0.003 0.047 0.003 16 T 0.002 0.001 0.006 0.868 0.008 0.105 0.012 17 Q 0.003 0.003 0.014 0.792 0.031 0.100 0.057 18 F 0.019 0.009 0.028 0.567 0.091 0.076 0.209 19 H 0.029 0.006 0.076 0.463 0.075 0.164 0.187 20 S 0.030 0.006 0.072 0.424 0.115 0.216 0.137 21 L 0.025 0.009 0.077 0.312 0.142 0.227 0.207 22 N 0.019 0.005 0.068 0.184 0.192 0.362 0.171 23 G 0.015 0.003 0.042 0.088 0.201 0.543 0.108 24 G 0.036 0.006 0.023 0.044 0.326 0.276 0.290 25 Q 0.171 0.048 0.010 0.048 0.085 0.023 0.614 26 N 0.188 0.041 0.053 0.164 0.049 0.031 0.475 27 A 0.093 0.015 0.207 0.260 0.047 0.058 0.319 28 D 0.100 0.007 0.291 0.200 0.068 0.102 0.232 29 Y 0.163 0.023 0.212 0.228 0.092 0.084 0.199 30 I 0.220 0.034 0.047 0.188 0.068 0.016 0.426 31 P 0.064 0.004 0.225 0.502 0.032 0.059 0.112 32 F 0.022 0.006 0.378 0.408 0.032 0.116 0.038 33 L 0.017 0.007 0.652 0.206 0.019 0.067 0.032 34 A 0.026 0.002 0.558 0.202 0.031 0.133 0.049 35 N 0.037 0.006 0.325 0.172 0.043 0.326 0.091 36 V 0.073 0.018 0.041 0.062 0.240 0.075 0.491 37 P 0.031 0.008 0.015 0.004 0.059 0.031 0.853 38 G 0.003 0.002 0.153 0.010 0.043 0.776 0.012 39 Q 0.002 0.001 0.172 0.002 0.027 0.790 0.006 40 L 0.083 0.012 0.250 0.005 0.144 0.315 0.192 41 A 0.614 0.007 0.004 0.001 0.057 0.040 0.277 42 A 0.941 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.042 43 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 44 A 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 45 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 46 V 0.965 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.030 47 T 0.642 0.006 0.001 0.001 0.006 0.003 0.342 48 C 0.400 0.005 0.012 0.001 0.106 0.346 0.130 49 D 0.008 0.001 0.006 0.001 0.065 0.915 0.005 50 G 0.025 0.001 0.009 0.001 0.319 0.606 0.040 51 N 0.574 0.011 0.002 0.001 0.044 0.009 0.360 52 V 0.923 0.047 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 53 Y 0.953 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.037 54 S 0.918 0.008 0.001 0.001 0.010 0.006 0.056 55 A 0.638 0.011 0.009 0.002 0.075 0.066 0.198 56 G 0.198 0.013 0.017 0.002 0.274 0.327 0.169 57 D 0.062 0.015 0.038 0.003 0.199 0.290 0.392 58 S 0.038 0.015 0.037 0.004 0.209 0.545 0.153 59 D 0.042 0.015 0.025 0.007 0.333 0.391 0.188 60 Y 0.059 0.009 0.004 0.008 0.703 0.024 0.193 61 R 0.391 0.036 0.003 0.010 0.067 0.029 0.465 62 F 0.744 0.022 0.002 0.008 0.022 0.007 0.195 63 A 0.814 0.015 0.003 0.008 0.026 0.004 0.130 64 L 0.661 0.019 0.030 0.036 0.038 0.015 0.201 65 E 0.467 0.015 0.045 0.064 0.119 0.023 0.267 66 S 0.331 0.009 0.038 0.120 0.085 0.024 0.392 67 I 0.230 0.007 0.045 0.420 0.065 0.080 0.153 68 S 0.172 0.006 0.022 0.562 0.042 0.040 0.156 69 K 0.145 0.005 0.010 0.674 0.037 0.016 0.114 70 V 0.040 0.001 0.002 0.933 0.004 0.003 0.016 71 C 0.012 0.001 0.001 0.979 0.002 0.001 0.004 72 T 0.006 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 73 L 0.004 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.001 74 A 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 75 L 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 76 A 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.009 0.001 77 L 0.001 0.001 0.006 0.966 0.004 0.019 0.003 78 E 0.001 0.001 0.015 0.930 0.006 0.044 0.004 79 D 0.001 0.001 0.015 0.818 0.014 0.136 0.016 80 V 0.001 0.005 0.013 0.679 0.056 0.184 0.062 81 G 0.004 0.011 0.011 0.432 0.081 0.130 0.332 82 P 0.002 0.002 0.015 0.848 0.034 0.040 0.059 83 Q 0.002 0.001 0.010 0.940 0.010 0.020 0.018 84 A 0.001 0.001 0.006 0.961 0.006 0.016 0.009 85 V 0.003 0.001 0.003 0.966 0.006 0.013 0.008 86 Q 0.004 0.001 0.010 0.954 0.006 0.015 0.010 87 D 0.002 0.001 0.008 0.953 0.004 0.028 0.004 88 K 0.001 0.001 0.009 0.920 0.005 0.061 0.004 89 I 0.004 0.003 0.009 0.693 0.054 0.206 0.031 90 G 0.010 0.006 0.009 0.092 0.220 0.291 0.372 91 A 0.022 0.098 0.008 0.019 0.207 0.053 0.592 92 D 0.025 0.042 0.013 0.006 0.174 0.041 0.698 93 P 0.007 0.017 0.009 0.002 0.144 0.132 0.688 94 T 0.005 0.044 0.016 0.004 0.344 0.223 0.364 95 G 0.002 0.009 0.009 0.007 0.714 0.079 0.180 96 L 0.004 0.013 0.039 0.050 0.302 0.099 0.493 97 P 0.020 0.046 0.083 0.131 0.158 0.218 0.344 98 F 0.052 0.051 0.113 0.258 0.086 0.174 0.265 99 N 0.064 0.034 0.093 0.302 0.096 0.110 0.300 100 S 0.072 0.020 0.066 0.438 0.122 0.109 0.173 101 V 0.064 0.009 0.054 0.660 0.055 0.068 0.091 102 I 0.072 0.008 0.054 0.683 0.025 0.039 0.120 103 A 0.125 0.009 0.055 0.653 0.021 0.044 0.093 104 L 0.111 0.004 0.036 0.685 0.037 0.048 0.078 105 E 0.110 0.007 0.039 0.706 0.031 0.048 0.058 106 L 0.072 0.013 0.047 0.640 0.052 0.085 0.092 107 H 0.051 0.010 0.069 0.445 0.083 0.184 0.157 108 G 0.004 0.001 0.028 0.103 0.079 0.755 0.030 109 G 0.002 0.001 0.006 0.007 0.071 0.879 0.033 110 K 0.023 0.012 0.003 0.006 0.209 0.024 0.724 111 P 0.039 0.051 0.003 0.005 0.074 0.015 0.811 112 L 0.042 0.033 0.012 0.026 0.198 0.029 0.659 113 S 0.022 0.006 0.009 0.023 0.162 0.019 0.759 114 P 0.016 0.002 0.070 0.300 0.182 0.255 0.175 115 L 0.052 0.018 0.087 0.468 0.072 0.141 0.162 116 V 0.054 0.014 0.063 0.712 0.047 0.036 0.074 117 N 0.040 0.005 0.015 0.841 0.014 0.025 0.060 118 A 0.016 0.002 0.011 0.903 0.011 0.031 0.025 119 G 0.021 0.002 0.015 0.881 0.007 0.062 0.012 120 A 0.024 0.001 0.006 0.930 0.007 0.016 0.015 121 I 0.038 0.001 0.011 0.926 0.008 0.007 0.009 122 A 0.016 0.001 0.027 0.926 0.005 0.018 0.007 123 T 0.019 0.002 0.083 0.842 0.003 0.040 0.011 124 T 0.013 0.004 0.262 0.620 0.012 0.068 0.021 125 S 0.024 0.001 0.213 0.528 0.045 0.155 0.033 126 L 0.017 0.004 0.224 0.424 0.052 0.206 0.073 127 I 0.027 0.045 0.091 0.127 0.309 0.098 0.303 128 N 0.011 0.007 0.080 0.043 0.146 0.452 0.261 129 A 0.007 0.004 0.066 0.034 0.203 0.475 0.211 130 E 0.009 0.016 0.057 0.042 0.313 0.114 0.449 131 N 0.008 0.015 0.035 0.082 0.200 0.078 0.582 132 V 0.001 0.001 0.074 0.726 0.053 0.064 0.081 133 E 0.001 0.001 0.036 0.860 0.033 0.040 0.030 134 Q 0.001 0.001 0.018 0.922 0.009 0.032 0.017 135 R 0.001 0.001 0.004 0.966 0.004 0.015 0.011 136 W 0.001 0.001 0.001 0.979 0.003 0.011 0.005 137 Q 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.008 0.003 138 R 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.002 139 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 140 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 141 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 142 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 143 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 144 Q 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.014 0.001 145 Q 0.001 0.001 0.004 0.953 0.003 0.038 0.002 146 L 0.001 0.001 0.006 0.917 0.008 0.064 0.005 147 A 0.001 0.004 0.010 0.487 0.038 0.423 0.037 148 G 0.003 0.003 0.013 0.073 0.191 0.473 0.243 149 E 0.015 0.004 0.014 0.047 0.453 0.100 0.366 150 Q 0.077 0.017 0.026 0.023 0.239 0.119 0.499 151 V 0.261 0.021 0.018 0.019 0.123 0.051 0.506 152 A 0.347 0.033 0.010 0.013 0.120 0.022 0.455 153 L 0.385 0.096 0.007 0.045 0.121 0.010 0.336 154 S 0.156 0.008 0.003 0.050 0.037 0.008 0.739 155 D 0.007 0.001 0.042 0.876 0.016 0.043 0.016 156 E 0.008 0.002 0.031 0.895 0.017 0.036 0.011 157 V 0.010 0.002 0.045 0.886 0.013 0.029 0.015 158 N 0.016 0.003 0.021 0.886 0.013 0.034 0.028 159 Q 0.025 0.005 0.032 0.739 0.024 0.143 0.032 160 S 0.026 0.005 0.036 0.644 0.046 0.189 0.054 161 E 0.023 0.008 0.041 0.547 0.086 0.192 0.103 162 Q 0.025 0.012 0.060 0.429 0.139 0.115 0.220 163 T 0.017 0.006 0.037 0.444 0.173 0.116 0.208 164 T 0.005 0.002 0.020 0.441 0.154 0.167 0.210 165 N 0.003 0.002 0.016 0.569 0.126 0.131 0.152 166 F 0.007 0.004 0.012 0.725 0.068 0.068 0.117 167 H 0.004 0.001 0.006 0.928 0.015 0.018 0.028 168 N 0.005 0.001 0.002 0.969 0.005 0.007 0.012 169 R 0.006 0.001 0.001 0.982 0.003 0.003 0.004 170 A 0.005 0.001 0.001 0.987 0.001 0.002 0.004 171 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 172 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 173 W 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 174 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 175 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 176 Y 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.012 0.001 177 S 0.001 0.001 0.004 0.904 0.003 0.086 0.002 178 A 0.001 0.001 0.007 0.327 0.021 0.633 0.011 179 G 0.002 0.004 0.005 0.041 0.151 0.646 0.151 180 Y 0.010 0.026 0.006 0.006 0.138 0.032 0.784 181 L 0.064 0.069 0.025 0.019 0.104 0.041 0.676 182 Y 0.029 0.011 0.040 0.019 0.166 0.150 0.585 183 C 0.014 0.011 0.020 0.033 0.602 0.124 0.196 184 D 0.033 0.025 0.005 0.111 0.319 0.032 0.475 185 A 0.001 0.001 0.009 0.980 0.002 0.005 0.003 186 M 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.002 0.001 187 E 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.003 0.001 188 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 189 C 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 190 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 191 V 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.002 192 Y 0.001 0.001 0.002 0.957 0.003 0.031 0.005 193 T 0.005 0.001 0.004 0.874 0.013 0.092 0.011 194 R 0.009 0.001 0.008 0.814 0.029 0.111 0.028 195 Q 0.017 0.002 0.010 0.747 0.080 0.113 0.031 196 C 0.038 0.004 0.015 0.721 0.041 0.089 0.091 197 S 0.072 0.004 0.014 0.679 0.044 0.095 0.091 198 T 0.098 0.002 0.013 0.766 0.025 0.070 0.027 199 L 0.197 0.004 0.004 0.691 0.014 0.044 0.045 200 L 0.150 0.010 0.006 0.599 0.032 0.047 0.155 201 N 0.219 0.014 0.006 0.415 0.065 0.047 0.235 202 T 0.026 0.002 0.017 0.862 0.021 0.029 0.042 203 I 0.009 0.001 0.017 0.908 0.031 0.015 0.020 204 E 0.004 0.001 0.008 0.954 0.013 0.010 0.010 205 L 0.001 0.001 0.002 0.978 0.005 0.006 0.007 206 A 0.001 0.001 0.001 0.983 0.003 0.008 0.004 207 T 0.001 0.001 0.001 0.977 0.004 0.014 0.004 208 L 0.001 0.001 0.001 0.974 0.005 0.014 0.005 209 G 0.002 0.001 0.002 0.972 0.007 0.008 0.009 210 A 0.004 0.001 0.004 0.968 0.006 0.012 0.007 211 T 0.006 0.001 0.012 0.920 0.006 0.045 0.011 212 L 0.006 0.003 0.020 0.828 0.015 0.101 0.027 213 A 0.008 0.004 0.035 0.702 0.023 0.155 0.073 214 A 0.004 0.002 0.045 0.264 0.060 0.586 0.039 215 G 0.002 0.001 0.025 0.037 0.069 0.838 0.029 216 G 0.020 0.012 0.021 0.022 0.353 0.143 0.429 217 V 0.093 0.172 0.009 0.018 0.095 0.018 0.596 218 N 0.110 0.048 0.016 0.016 0.081 0.034 0.695 219 P 0.038 0.012 0.077 0.022 0.109 0.382 0.361 220 L 0.024 0.011 0.074 0.017 0.190 0.546 0.136 221 T 0.018 0.010 0.050 0.021 0.370 0.420 0.111 222 H 0.022 0.006 0.036 0.012 0.234 0.379 0.311 223 K 0.144 0.029 0.025 0.008 0.199 0.093 0.501 224 R 0.479 0.096 0.013 0.007 0.078 0.020 0.307 225 V 0.421 0.044 0.014 0.006 0.083 0.018 0.414 226 L 0.316 0.066 0.005 0.006 0.145 0.013 0.449 227 Q 0.049 0.006 0.001 0.005 0.068 0.006 0.865 228 A 0.001 0.001 0.137 0.650 0.040 0.147 0.025 229 D 0.001 0.001 0.087 0.750 0.029 0.119 0.013 230 N 0.001 0.001 0.056 0.889 0.008 0.032 0.013 231 V 0.001 0.001 0.004 0.972 0.004 0.006 0.012 232 P 0.003 0.001 0.003 0.973 0.004 0.009 0.007 233 Y 0.002 0.001 0.002 0.986 0.001 0.007 0.002 234 I 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.004 0.002 235 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.005 0.001 236 A 0.002 0.001 0.001 0.985 0.001 0.009 0.001 237 E 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.009 0.001 238 M 0.007 0.001 0.004 0.967 0.005 0.013 0.004 239 M 0.007 0.001 0.012 0.929 0.008 0.036 0.008 240 M 0.012 0.002 0.017 0.812 0.032 0.099 0.026 241 E 0.008 0.002 0.026 0.698 0.038 0.185 0.043 242 G 0.010 0.011 0.041 0.449 0.069 0.319 0.101 243 L 0.024 0.014 0.062 0.425 0.101 0.160 0.214 244 Y 0.034 0.010 0.062 0.424 0.131 0.096 0.243 245 G 0.026 0.009 0.072 0.501 0.086 0.193 0.113 246 R 0.027 0.008 0.044 0.399 0.073 0.357 0.091 247 S 0.030 0.012 0.041 0.399 0.077 0.353 0.088 248 G 0.056 0.007 0.042 0.256 0.193 0.240 0.207 249 D 0.103 0.007 0.050 0.258 0.187 0.174 0.220 250 W 0.263 0.034 0.053 0.302 0.087 0.091 0.170 251 A 0.404 0.026 0.032 0.210 0.050 0.079 0.199 252 Y 0.539 0.016 0.037 0.159 0.057 0.071 0.121 253 R 0.543 0.026 0.033 0.137 0.053 0.075 0.133 254 V 0.368 0.018 0.021 0.065 0.096 0.139 0.294 255 G 0.224 0.017 0.012 0.020 0.224 0.177 0.326 256 L 0.207 0.049 0.006 0.008 0.212 0.036 0.482 257 P 0.148 0.029 0.007 0.005 0.150 0.029 0.632 258 G 0.139 0.041 0.023 0.014 0.230 0.094 0.458 259 K 0.081 0.051 0.032 0.019 0.277 0.178 0.363 260 S 0.108 0.035 0.024 0.012 0.232 0.156 0.433 261 G 0.115 0.041 0.039 0.020 0.316 0.193 0.275 262 V 0.109 0.052 0.027 0.016 0.267 0.103 0.426 263 G 0.167 0.018 0.033 0.014 0.294 0.155 0.319 264 G 0.445 0.013 0.023 0.015 0.224 0.083 0.197 265 G 0.800 0.009 0.015 0.013 0.042 0.021 0.100 266 I 0.927 0.001 0.005 0.011 0.007 0.010 0.038 267 L 0.973 0.001 0.002 0.006 0.005 0.005 0.009 268 A 0.972 0.002 0.001 0.005 0.003 0.002 0.016 269 V 0.931 0.003 0.001 0.003 0.008 0.003 0.051 270 V 0.681 0.008 0.002 0.002 0.028 0.009 0.271 271 P 0.060 0.003 0.020 0.002 0.112 0.767 0.036 272 G 0.008 0.001 0.011 0.001 0.077 0.895 0.009 273 V 0.369 0.005 0.017 0.001 0.217 0.155 0.237 274 M 0.805 0.010 0.001 0.001 0.017 0.008 0.158 275 G 0.977 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.015 276 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 277 A 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 278 A 0.971 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.023 279 F 0.849 0.008 0.001 0.001 0.022 0.002 0.118 280 S 0.484 0.008 0.004 0.001 0.073 0.007 0.422 281 P 0.175 0.012 0.069 0.008 0.174 0.108 0.455 282 P 0.099 0.028 0.084 0.016 0.265 0.166 0.341 283 L 0.082 0.040 0.067 0.025 0.253 0.100 0.433 284 D 0.030 0.021 0.038 0.027 0.198 0.087 0.599 285 E 0.015 0.013 0.063 0.054 0.174 0.476 0.204 286 D 0.004 0.002 0.026 0.049 0.187 0.663 0.069 287 G 0.005 0.004 0.012 0.052 0.356 0.404 0.168 288 N 0.008 0.012 0.005 0.091 0.265 0.042 0.577 289 S 0.016 0.020 0.005 0.502 0.097 0.025 0.335 290 V 0.001 0.001 0.006 0.956 0.007 0.015 0.014 291 R 0.001 0.001 0.005 0.965 0.003 0.019 0.007 292 G 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.006 0.003 293 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.002 294 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 295 M 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 296 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 297 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 298 S 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 299 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 300 A 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.012 0.001 301 K 0.001 0.001 0.007 0.932 0.003 0.054 0.003 302 Q 0.001 0.001 0.015 0.849 0.007 0.121 0.007 303 L 0.002 0.005 0.017 0.513 0.058 0.363 0.043 304 G 0.008 0.007 0.015 0.092 0.107 0.509 0.260 305 Y 0.045 0.027 0.038 0.054 0.153 0.057 0.626 306 N 0.140 0.034 0.097 0.073 0.116 0.053 0.487 307 V 0.180 0.015 0.177 0.125 0.120 0.163 0.220 308 F 0.254 0.031 0.110 0.142 0.114 0.148 0.201 309 K 0.189 0.026 0.041 0.083 0.125 0.100 0.436 310 G 0.061 0.007 0.029 0.096 0.139 0.090 0.578