# TARGET T0252 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0252.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 86 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.623 0.228 0.095 0.041 0.011 0.002 0.001 2 L 0.441 0.217 0.148 0.118 0.059 0.016 0.001 3 D 0.444 0.252 0.135 0.098 0.051 0.018 0.002 4 A 0.349 0.188 0.152 0.149 0.105 0.049 0.008 5 N 0.373 0.258 0.171 0.115 0.059 0.021 0.004 6 K 0.299 0.318 0.179 0.126 0.057 0.019 0.003 7 L 0.117 0.195 0.253 0.254 0.138 0.041 0.003 8 Q 0.445 0.333 0.144 0.057 0.017 0.004 0.001 9 Q 0.232 0.386 0.237 0.109 0.030 0.006 0.001 10 A 0.047 0.063 0.104 0.243 0.365 0.170 0.009 11 V 0.075 0.206 0.288 0.280 0.125 0.026 0.001 12 D 0.341 0.464 0.145 0.039 0.009 0.002 0.001 13 Q 0.038 0.139 0.316 0.340 0.144 0.023 0.001 14 A 0.024 0.032 0.065 0.215 0.404 0.248 0.011 15 Y 0.137 0.300 0.282 0.195 0.069 0.016 0.001 16 T 0.390 0.393 0.152 0.048 0.014 0.003 0.001 17 Q 0.122 0.209 0.261 0.250 0.130 0.027 0.001 18 F 0.151 0.179 0.237 0.245 0.152 0.035 0.002 19 H 0.518 0.285 0.121 0.056 0.016 0.003 0.001 20 S 0.532 0.290 0.114 0.051 0.012 0.001 0.001 21 L 0.433 0.269 0.176 0.093 0.025 0.003 0.001 22 N 0.745 0.175 0.053 0.020 0.005 0.001 0.001 23 G 0.749 0.176 0.047 0.021 0.005 0.001 0.001 24 G 0.586 0.239 0.110 0.050 0.013 0.002 0.001 25 Q 0.427 0.396 0.130 0.039 0.007 0.001 0.001 26 N 0.141 0.255 0.245 0.233 0.102 0.022 0.001 27 A 0.154 0.181 0.225 0.254 0.150 0.035 0.002 28 D 0.188 0.389 0.246 0.133 0.037 0.006 0.001 29 Y 0.151 0.223 0.208 0.226 0.142 0.046 0.004 30 I 0.037 0.118 0.183 0.283 0.255 0.111 0.012 31 P 0.103 0.203 0.221 0.254 0.158 0.052 0.008 32 F 0.081 0.248 0.254 0.222 0.135 0.054 0.006 33 L 0.011 0.027 0.069 0.228 0.394 0.250 0.020 34 A 0.032 0.198 0.279 0.298 0.148 0.040 0.004 35 N 0.238 0.428 0.216 0.093 0.022 0.004 0.001 36 V 0.044 0.136 0.233 0.378 0.185 0.023 0.001 37 P 0.398 0.463 0.112 0.024 0.003 0.001 0.001 38 G 0.308 0.361 0.196 0.107 0.025 0.002 0.001 39 Q 0.170 0.458 0.256 0.097 0.017 0.002 0.001 40 L 0.005 0.070 0.214 0.377 0.277 0.055 0.001 41 A 0.001 0.001 0.008 0.056 0.220 0.565 0.150 42 A 0.001 0.001 0.004 0.023 0.122 0.476 0.374 43 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.161 0.823 44 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.205 0.771 45 I 0.001 0.001 0.002 0.008 0.033 0.218 0.738 46 V 0.001 0.002 0.006 0.025 0.121 0.445 0.400 47 T 0.003 0.024 0.084 0.217 0.364 0.248 0.061 48 C 0.022 0.094 0.195 0.294 0.233 0.126 0.035 49 D 0.233 0.329 0.193 0.131 0.072 0.035 0.007 50 G 0.138 0.150 0.184 0.231 0.190 0.094 0.013 51 N 0.144 0.241 0.249 0.210 0.111 0.040 0.005 52 V 0.135 0.221 0.231 0.213 0.132 0.059 0.010 53 Y 0.034 0.057 0.103 0.208 0.318 0.234 0.046 54 S 0.083 0.188 0.232 0.234 0.159 0.084 0.021 55 A 0.059 0.084 0.116 0.195 0.226 0.222 0.098 56 G 0.143 0.189 0.174 0.200 0.168 0.102 0.025 57 D 0.219 0.250 0.206 0.166 0.103 0.047 0.009 58 S 0.179 0.224 0.213 0.216 0.121 0.043 0.005 59 D 0.332 0.367 0.177 0.085 0.029 0.009 0.001 60 Y 0.087 0.149 0.185 0.260 0.220 0.090 0.010 61 R 0.045 0.143 0.229 0.275 0.206 0.090 0.012 62 F 0.028 0.033 0.053 0.125 0.244 0.359 0.159 63 A 0.026 0.060 0.099 0.186 0.239 0.264 0.125 64 L 0.020 0.035 0.063 0.115 0.195 0.363 0.210 65 E 0.025 0.042 0.063 0.124 0.227 0.315 0.203 66 S 0.012 0.024 0.036 0.084 0.181 0.359 0.304 67 I 0.006 0.013 0.024 0.072 0.152 0.357 0.374 68 S 0.003 0.009 0.018 0.057 0.148 0.354 0.411 69 K 0.001 0.003 0.010 0.035 0.113 0.328 0.509 70 V 0.001 0.002 0.004 0.012 0.060 0.290 0.631 71 C 0.001 0.003 0.007 0.025 0.070 0.313 0.581 72 T 0.001 0.004 0.008 0.029 0.081 0.262 0.616 73 L 0.001 0.003 0.004 0.012 0.036 0.226 0.716 74 A 0.002 0.003 0.006 0.028 0.079 0.382 0.500 75 L 0.007 0.017 0.030 0.078 0.170 0.387 0.311 76 A 0.004 0.010 0.023 0.078 0.209 0.464 0.211 77 L 0.005 0.013 0.028 0.093 0.290 0.441 0.130 78 E 0.017 0.085 0.175 0.311 0.262 0.133 0.017 79 D 0.067 0.259 0.279 0.223 0.127 0.042 0.004 80 V 0.077 0.199 0.287 0.259 0.136 0.039 0.003 81 G 0.314 0.355 0.177 0.105 0.039 0.009 0.001 82 P 0.109 0.226 0.293 0.250 0.103 0.018 0.001 83 Q 0.417 0.401 0.135 0.036 0.009 0.002 0.001 84 A 0.112 0.298 0.311 0.190 0.072 0.016 0.001 85 V 0.031 0.051 0.102 0.260 0.361 0.181 0.013 86 Q 0.063 0.171 0.243 0.293 0.176 0.049 0.005 87 D 0.295 0.415 0.191 0.069 0.021 0.007 0.001 88 K 0.057 0.139 0.240 0.301 0.197 0.058 0.008 89 I 0.062 0.082 0.135 0.257 0.296 0.147 0.022 90 G 0.198 0.259 0.203 0.182 0.097 0.048 0.012 91 A 0.290 0.275 0.170 0.140 0.076 0.040 0.009 92 D 0.163 0.211 0.210 0.179 0.135 0.079 0.022 93 P 0.169 0.136 0.145 0.216 0.211 0.103 0.019 94 T 0.407 0.213 0.137 0.113 0.074 0.046 0.010 95 G 0.303 0.260 0.191 0.158 0.065 0.020 0.003 96 L 0.248 0.352 0.205 0.116 0.059 0.018 0.004 97 P 0.133 0.143 0.158 0.215 0.207 0.118 0.027 98 F 0.137 0.127 0.139 0.188 0.181 0.177 0.051 99 N 0.245 0.219 0.198 0.164 0.100 0.059 0.015 100 S 0.288 0.194 0.142 0.166 0.130 0.067 0.013 101 V 0.122 0.114 0.141 0.194 0.232 0.166 0.031 102 I 0.234 0.213 0.213 0.198 0.104 0.034 0.005 103 A 0.196 0.303 0.218 0.164 0.084 0.030 0.005 104 L 0.182 0.196 0.213 0.208 0.142 0.054 0.005 105 E 0.189 0.240 0.201 0.187 0.124 0.056 0.004 106 L 0.300 0.272 0.198 0.152 0.063 0.014 0.001 107 H 0.540 0.250 0.132 0.057 0.017 0.003 0.001 108 G 0.762 0.166 0.048 0.018 0.005 0.001 0.001 109 G 0.708 0.220 0.053 0.015 0.003 0.001 0.001 110 K 0.262 0.276 0.242 0.165 0.049 0.006 0.001 111 P 0.400 0.260 0.145 0.120 0.057 0.016 0.001 112 L 0.148 0.155 0.206 0.244 0.171 0.068 0.008 113 S 0.111 0.096 0.121 0.211 0.236 0.184 0.040 114 P 0.110 0.100 0.113 0.183 0.226 0.206 0.061 115 L 0.047 0.068 0.079 0.134 0.210 0.279 0.183 116 V 0.065 0.069 0.080 0.113 0.205 0.295 0.172 117 N 0.034 0.054 0.060 0.110 0.170 0.339 0.233 118 A 0.009 0.014 0.026 0.075 0.147 0.336 0.393 119 G 0.008 0.020 0.030 0.078 0.136 0.304 0.424 120 A 0.004 0.007 0.011 0.032 0.131 0.363 0.452 121 I 0.006 0.006 0.012 0.036 0.100 0.334 0.506 122 A 0.010 0.022 0.040 0.078 0.116 0.317 0.417 123 T 0.008 0.010 0.019 0.050 0.104 0.371 0.438 124 T 0.009 0.014 0.024 0.070 0.229 0.509 0.146 125 S 0.031 0.076 0.109 0.216 0.299 0.228 0.040 126 L 0.028 0.069 0.165 0.257 0.268 0.190 0.024 127 I 0.048 0.095 0.124 0.250 0.319 0.156 0.009 128 N 0.221 0.268 0.252 0.178 0.069 0.013 0.001 129 A 0.466 0.281 0.148 0.077 0.023 0.005 0.001 130 E 0.507 0.254 0.134 0.071 0.027 0.006 0.001 131 N 0.507 0.270 0.131 0.066 0.022 0.004 0.001 132 V 0.385 0.306 0.178 0.096 0.029 0.006 0.001 133 E 0.459 0.304 0.150 0.062 0.019 0.004 0.001 134 Q 0.444 0.341 0.138 0.056 0.017 0.004 0.001 135 R 0.070 0.186 0.265 0.279 0.155 0.043 0.003 136 W 0.019 0.077 0.182 0.315 0.296 0.104 0.006 137 Q 0.100 0.355 0.319 0.164 0.050 0.012 0.001 138 R 0.021 0.108 0.223 0.323 0.236 0.084 0.006 139 I 0.003 0.005 0.009 0.047 0.253 0.576 0.106 140 L 0.004 0.033 0.156 0.368 0.316 0.116 0.008 141 H 0.021 0.227 0.369 0.262 0.098 0.023 0.001 142 I 0.004 0.010 0.028 0.116 0.369 0.428 0.044 143 Q 0.002 0.007 0.019 0.111 0.360 0.459 0.042 144 Q 0.055 0.334 0.337 0.194 0.062 0.017 0.002 145 Q 0.088 0.240 0.309 0.262 0.086 0.016 0.001 146 L 0.022 0.064 0.103 0.226 0.351 0.220 0.015 147 A 0.089 0.160 0.248 0.301 0.161 0.037 0.002 148 G 0.463 0.358 0.116 0.046 0.014 0.003 0.001 149 E 0.169 0.331 0.277 0.164 0.049 0.008 0.001 150 Q 0.253 0.370 0.222 0.112 0.034 0.009 0.001 151 V 0.048 0.071 0.120 0.240 0.338 0.169 0.013 152 A 0.068 0.210 0.294 0.268 0.126 0.032 0.002 153 L 0.028 0.043 0.079 0.221 0.365 0.238 0.026 154 S 0.052 0.187 0.232 0.264 0.185 0.070 0.009 155 D 0.299 0.337 0.196 0.104 0.045 0.016 0.003 156 E 0.164 0.285 0.258 0.179 0.078 0.029 0.006 157 V 0.045 0.068 0.105 0.203 0.303 0.242 0.034 158 N 0.084 0.142 0.179 0.239 0.222 0.117 0.017 159 Q 0.202 0.289 0.217 0.162 0.074 0.042 0.014 160 S 0.097 0.133 0.163 0.217 0.220 0.138 0.032 161 E 0.072 0.099 0.114 0.168 0.253 0.231 0.063 162 Q 0.118 0.173 0.217 0.251 0.159 0.067 0.016 163 T 0.278 0.289 0.192 0.127 0.073 0.034 0.009 164 T 0.151 0.194 0.179 0.187 0.157 0.106 0.026 165 N 0.062 0.132 0.171 0.258 0.233 0.119 0.026 166 F 0.016 0.070 0.128 0.223 0.291 0.204 0.067 167 H 0.002 0.007 0.018 0.065 0.206 0.431 0.272 168 N 0.001 0.003 0.007 0.027 0.126 0.399 0.438 169 R 0.001 0.009 0.035 0.130 0.277 0.377 0.170 170 A 0.001 0.003 0.007 0.032 0.100 0.348 0.508 171 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.162 0.820 172 A 0.001 0.003 0.009 0.044 0.116 0.458 0.370 173 W 0.002 0.015 0.050 0.170 0.367 0.331 0.065 174 L 0.001 0.001 0.006 0.047 0.221 0.572 0.152 175 L 0.001 0.005 0.016 0.063 0.284 0.514 0.117 176 Y 0.013 0.111 0.261 0.363 0.185 0.060 0.008 177 S 0.073 0.290 0.244 0.225 0.127 0.036 0.004 178 A 0.028 0.126 0.321 0.350 0.144 0.029 0.002 179 G 0.200 0.323 0.230 0.145 0.074 0.025 0.002 180 Y 0.106 0.242 0.257 0.224 0.134 0.035 0.003 181 L 0.082 0.114 0.165 0.294 0.258 0.082 0.005 182 Y 0.102 0.305 0.293 0.197 0.082 0.019 0.002 183 C 0.351 0.351 0.174 0.086 0.030 0.007 0.001 184 D 0.117 0.235 0.248 0.229 0.127 0.038 0.005 185 A 0.023 0.055 0.108 0.245 0.347 0.200 0.021 186 M 0.083 0.258 0.282 0.236 0.109 0.029 0.002 187 E 0.082 0.210 0.280 0.237 0.135 0.051 0.005 188 A 0.018 0.025 0.031 0.087 0.264 0.480 0.096 189 C 0.007 0.018 0.053 0.188 0.358 0.327 0.049 190 D 0.026 0.103 0.227 0.291 0.212 0.120 0.022 191 V 0.024 0.046 0.067 0.148 0.303 0.335 0.077 192 Y 0.007 0.010 0.016 0.048 0.153 0.464 0.301 193 T 0.025 0.053 0.092 0.193 0.230 0.281 0.126 194 R 0.030 0.098 0.133 0.213 0.238 0.202 0.087 195 Q 0.007 0.019 0.038 0.087 0.188 0.371 0.290 196 C 0.007 0.015 0.025 0.068 0.171 0.369 0.345 197 S 0.015 0.036 0.066 0.148 0.219 0.280 0.236 198 T 0.007 0.021 0.032 0.073 0.129 0.332 0.405 199 L 0.015 0.052 0.096 0.177 0.229 0.271 0.159 200 L 0.004 0.013 0.026 0.084 0.223 0.442 0.208 201 N 0.010 0.057 0.132 0.269 0.298 0.180 0.053 202 T 0.004 0.019 0.046 0.141 0.334 0.343 0.113 203 I 0.021 0.141 0.197 0.293 0.229 0.101 0.017 204 E 0.006 0.031 0.097 0.202 0.280 0.272 0.113 205 L 0.001 0.002 0.004 0.016 0.091 0.485 0.401 206 A 0.001 0.006 0.018 0.088 0.298 0.441 0.147 207 T 0.003 0.015 0.041 0.115 0.205 0.317 0.304 208 L 0.001 0.002 0.002 0.005 0.019 0.160 0.812 209 G 0.001 0.001 0.001 0.006 0.028 0.240 0.725 210 A 0.001 0.003 0.010 0.042 0.115 0.317 0.511 211 T 0.002 0.004 0.011 0.037 0.114 0.325 0.508 212 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.038 0.255 0.695 213 A 0.001 0.002 0.007 0.027 0.098 0.343 0.522 214 A 0.003 0.011 0.029 0.085 0.186 0.346 0.340 215 G 0.008 0.030 0.069 0.142 0.254 0.315 0.182 216 G 0.021 0.048 0.080 0.151 0.218 0.300 0.182 217 V 0.043 0.082 0.108 0.149 0.214 0.285 0.119 218 N 0.055 0.082 0.112 0.200 0.242 0.236 0.073 219 P 0.094 0.138 0.165 0.188 0.192 0.166 0.056 220 L 0.139 0.167 0.175 0.231 0.184 0.087 0.017 221 T 0.235 0.265 0.220 0.164 0.084 0.026 0.006 222 H 0.385 0.301 0.181 0.094 0.030 0.008 0.002 223 K 0.459 0.319 0.136 0.060 0.019 0.006 0.001 224 R 0.240 0.299 0.211 0.151 0.071 0.025 0.002 225 V 0.074 0.174 0.227 0.260 0.187 0.073 0.005 226 L 0.028 0.051 0.126 0.301 0.340 0.141 0.013 227 Q 0.267 0.434 0.212 0.070 0.014 0.002 0.001 228 A 0.375 0.353 0.174 0.077 0.017 0.002 0.001 229 D 0.365 0.405 0.151 0.057 0.017 0.004 0.001 230 N 0.046 0.113 0.208 0.316 0.241 0.073 0.004 231 V 0.020 0.075 0.164 0.279 0.308 0.143 0.010 232 P 0.094 0.296 0.278 0.196 0.100 0.033 0.003 233 Y 0.022 0.084 0.191 0.308 0.260 0.120 0.014 234 I 0.006 0.011 0.019 0.065 0.238 0.503 0.159 235 L 0.007 0.033 0.096 0.241 0.329 0.230 0.065 236 A 0.029 0.089 0.143 0.199 0.236 0.227 0.077 237 E 0.013 0.016 0.023 0.063 0.184 0.413 0.288 238 M 0.011 0.018 0.027 0.062 0.137 0.373 0.372 239 M 0.024 0.050 0.084 0.162 0.188 0.267 0.225 240 M 0.016 0.029 0.045 0.093 0.172 0.310 0.335 241 E 0.013 0.017 0.025 0.058 0.148 0.321 0.417 242 G 0.037 0.064 0.086 0.138 0.186 0.228 0.261 243 L 0.060 0.079 0.084 0.126 0.158 0.232 0.261 244 Y 0.076 0.091 0.092 0.156 0.186 0.220 0.180 245 G 0.123 0.150 0.151 0.177 0.165 0.144 0.090 246 R 0.116 0.112 0.133 0.195 0.202 0.159 0.082 247 S 0.140 0.135 0.105 0.131 0.157 0.204 0.128 248 G 0.137 0.150 0.142 0.194 0.175 0.138 0.063 249 D 0.165 0.222 0.189 0.175 0.135 0.081 0.032 250 W 0.088 0.096 0.121 0.180 0.213 0.219 0.083 251 A 0.089 0.096 0.115 0.157 0.200 0.242 0.100 252 Y 0.071 0.113 0.152 0.218 0.214 0.170 0.063 253 R 0.101 0.163 0.176 0.210 0.186 0.121 0.043 254 V 0.054 0.074 0.120 0.197 0.248 0.215 0.093 255 G 0.080 0.121 0.150 0.197 0.185 0.174 0.094 256 L 0.034 0.047 0.069 0.137 0.236 0.294 0.184 257 P 0.047 0.066 0.083 0.154 0.220 0.262 0.169 258 G 0.036 0.057 0.096 0.163 0.222 0.257 0.168 259 K 0.057 0.084 0.123 0.161 0.204 0.222 0.150 260 S 0.054 0.082 0.097 0.145 0.186 0.270 0.167 261 G 0.077 0.103 0.107 0.166 0.204 0.212 0.131 262 V 0.039 0.051 0.064 0.103 0.165 0.298 0.280 263 G 0.021 0.037 0.051 0.118 0.183 0.308 0.282 264 G 0.009 0.019 0.044 0.089 0.142 0.286 0.412 265 G 0.004 0.007 0.015 0.040 0.092 0.246 0.596 266 I 0.002 0.004 0.008 0.018 0.063 0.201 0.704 267 L 0.001 0.002 0.005 0.013 0.032 0.165 0.782 268 A 0.001 0.003 0.007 0.021 0.053 0.259 0.657 269 V 0.002 0.004 0.007 0.027 0.109 0.415 0.436 270 V 0.006 0.021 0.054 0.154 0.314 0.354 0.097 271 P 0.021 0.108 0.241 0.303 0.238 0.078 0.010 272 G 0.023 0.154 0.332 0.303 0.141 0.044 0.004 273 V 0.005 0.056 0.149 0.326 0.327 0.128 0.009 274 M 0.001 0.002 0.012 0.061 0.238 0.577 0.110 275 G 0.001 0.001 0.002 0.015 0.091 0.472 0.419 276 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.198 0.781 277 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.157 0.826 278 A 0.001 0.001 0.002 0.009 0.031 0.185 0.773 279 F 0.001 0.002 0.005 0.019 0.071 0.323 0.579 280 S 0.001 0.005 0.016 0.057 0.215 0.429 0.277 281 P 0.003 0.016 0.043 0.116 0.255 0.355 0.212 282 P 0.017 0.072 0.150 0.209 0.251 0.227 0.074 283 L 0.026 0.050 0.106 0.236 0.315 0.223 0.044 284 D 0.065 0.140 0.192 0.248 0.209 0.116 0.030 285 E 0.286 0.225 0.175 0.146 0.093 0.057 0.017 286 D 0.237 0.260 0.196 0.149 0.094 0.050 0.014 287 G 0.158 0.235 0.207 0.198 0.126 0.057 0.018 288 N 0.052 0.087 0.132 0.204 0.260 0.192 0.074 289 S 0.043 0.078 0.089 0.126 0.221 0.315 0.128 290 V 0.036 0.079 0.123 0.190 0.220 0.231 0.122 291 R 0.013 0.040 0.076 0.188 0.222 0.266 0.195 292 G 0.006 0.015 0.021 0.056 0.149 0.373 0.380 293 Q 0.006 0.025 0.055 0.126 0.227 0.336 0.225 294 K 0.008 0.051 0.139 0.325 0.258 0.182 0.036 295 M 0.001 0.006 0.018 0.086 0.288 0.426 0.174 296 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.055 0.436 0.499 297 A 0.002 0.032 0.113 0.324 0.348 0.166 0.014 298 S 0.003 0.041 0.192 0.406 0.289 0.066 0.004 299 V 0.002 0.007 0.011 0.047 0.224 0.627 0.082 300 A 0.009 0.043 0.126 0.341 0.376 0.100 0.004 301 K 0.165 0.507 0.252 0.065 0.011 0.002 0.001 302 Q 0.136 0.267 0.318 0.225 0.049 0.005 0.001 303 L 0.049 0.118 0.215 0.317 0.251 0.048 0.002 304 G 0.346 0.359 0.189 0.076 0.024 0.005 0.001 305 Y 0.322 0.206 0.178 0.173 0.092 0.026 0.004 306 N 0.282 0.246 0.181 0.147 0.099 0.041 0.004 307 V 0.309 0.243 0.186 0.149 0.084 0.028 0.002 308 F 0.394 0.183 0.138 0.143 0.092 0.042 0.008 309 K 0.531 0.236 0.121 0.076 0.028 0.008 0.001 310 G 0.667 0.191 0.079 0.039 0.017 0.006 0.001