# TARGET T0252 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0252.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17.5609 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.026 0.007 0.013 0.052 0.154 0.748 2 L 0.041 0.018 0.023 0.149 0.175 0.594 3 D 0.030 0.016 0.021 0.143 0.191 0.598 4 A 0.017 0.007 0.096 0.560 0.140 0.180 5 N 0.014 0.003 0.067 0.704 0.105 0.108 6 K 0.012 0.002 0.054 0.784 0.071 0.077 7 L 0.004 0.001 0.006 0.959 0.012 0.018 8 Q 0.004 0.001 0.003 0.972 0.008 0.012 9 Q 0.001 0.001 0.002 0.989 0.004 0.003 10 A 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.003 11 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 12 D 0.001 0.001 0.001 0.992 0.003 0.004 13 Q 0.001 0.001 0.002 0.989 0.004 0.004 14 A 0.002 0.001 0.004 0.972 0.009 0.013 15 Y 0.004 0.001 0.011 0.956 0.017 0.011 16 T 0.005 0.001 0.019 0.943 0.021 0.012 17 Q 0.010 0.001 0.025 0.901 0.031 0.033 18 F 0.034 0.005 0.032 0.738 0.072 0.119 19 H 0.133 0.013 0.044 0.482 0.128 0.198 20 S 0.198 0.024 0.043 0.328 0.210 0.198 21 L 0.114 0.033 0.040 0.154 0.574 0.085 22 N 0.038 0.009 0.020 0.048 0.796 0.088 23 G 0.011 0.002 0.011 0.036 0.865 0.076 24 G 0.047 0.022 0.008 0.035 0.732 0.156 25 Q 0.175 0.119 0.008 0.087 0.212 0.399 26 N 0.207 0.097 0.025 0.143 0.205 0.323 27 A 0.123 0.010 0.209 0.151 0.295 0.211 28 D 0.169 0.010 0.257 0.138 0.229 0.197 29 Y 0.221 0.023 0.204 0.244 0.176 0.133 30 I 0.188 0.020 0.045 0.166 0.260 0.321 31 P 0.167 0.006 0.102 0.203 0.265 0.256 32 F 0.202 0.025 0.155 0.277 0.195 0.146 33 L 0.162 0.028 0.212 0.328 0.222 0.048 34 A 0.148 0.012 0.146 0.351 0.250 0.093 35 N 0.083 0.010 0.064 0.210 0.389 0.245 36 V 0.083 0.029 0.023 0.070 0.462 0.333 37 P 0.050 0.013 0.013 0.008 0.515 0.401 38 G 0.011 0.004 0.239 0.021 0.620 0.104 39 Q 0.030 0.003 0.230 0.013 0.635 0.089 40 L 0.236 0.009 0.138 0.010 0.495 0.112 41 A 0.687 0.006 0.008 0.004 0.130 0.166 42 A 0.940 0.002 0.001 0.001 0.017 0.039 43 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 44 A 0.991 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 45 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 46 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 47 T 0.962 0.002 0.001 0.001 0.030 0.006 48 C 0.496 0.003 0.001 0.001 0.482 0.018 49 D 0.040 0.001 0.001 0.001 0.940 0.017 50 G 0.114 0.003 0.001 0.001 0.862 0.019 51 N 0.756 0.010 0.001 0.001 0.133 0.098 52 V 0.962 0.004 0.001 0.001 0.011 0.021 53 Y 0.967 0.003 0.001 0.001 0.008 0.020 54 S 0.926 0.003 0.001 0.002 0.025 0.044 55 A 0.716 0.006 0.004 0.004 0.105 0.165 56 G 0.346 0.011 0.011 0.004 0.312 0.316 57 D 0.273 0.019 0.034 0.005 0.473 0.196 58 S 0.213 0.011 0.071 0.010 0.472 0.222 59 D 0.238 0.010 0.084 0.010 0.440 0.219 60 Y 0.442 0.012 0.027 0.007 0.291 0.223 61 R 0.586 0.008 0.006 0.005 0.099 0.295 62 F 0.795 0.013 0.004 0.006 0.045 0.137 63 A 0.790 0.009 0.003 0.009 0.045 0.144 64 L 0.827 0.007 0.008 0.018 0.037 0.103 65 E 0.821 0.006 0.013 0.035 0.052 0.074 66 S 0.717 0.008 0.030 0.071 0.099 0.075 67 I 0.319 0.017 0.065 0.180 0.222 0.197 68 S 0.093 0.022 0.094 0.362 0.185 0.245 69 K 0.024 0.007 0.072 0.663 0.092 0.142 70 V 0.005 0.001 0.023 0.914 0.023 0.035 71 C 0.007 0.002 0.019 0.935 0.022 0.016 72 T 0.004 0.001 0.009 0.975 0.008 0.003 73 L 0.002 0.001 0.005 0.987 0.004 0.001 74 A 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 75 L 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 76 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.003 0.002 78 E 0.002 0.001 0.008 0.972 0.013 0.005 79 D 0.004 0.002 0.011 0.876 0.071 0.036 80 V 0.004 0.005 0.006 0.665 0.103 0.217 81 G 0.001 0.002 0.001 0.033 0.054 0.909 82 P 0.001 0.001 0.013 0.919 0.018 0.048 83 Q 0.004 0.001 0.022 0.941 0.020 0.012 84 A 0.006 0.001 0.021 0.956 0.012 0.005 85 V 0.005 0.001 0.010 0.973 0.007 0.004 86 Q 0.005 0.001 0.011 0.971 0.007 0.005 87 D 0.004 0.001 0.010 0.970 0.009 0.007 88 K 0.005 0.002 0.006 0.948 0.019 0.021 89 I 0.003 0.002 0.006 0.901 0.038 0.050 90 G 0.009 0.005 0.007 0.112 0.264 0.604 91 A 0.016 0.012 0.007 0.029 0.220 0.717 92 D 0.042 0.024 0.014 0.010 0.293 0.617 93 P 0.031 0.029 0.044 0.010 0.420 0.466 94 T 0.034 0.033 0.049 0.018 0.458 0.408 95 G 0.027 0.017 0.028 0.023 0.396 0.509 96 L 0.019 0.015 0.010 0.014 0.320 0.622 97 P 0.033 0.019 0.023 0.033 0.390 0.501 98 F 0.052 0.028 0.044 0.077 0.456 0.343 99 N 0.072 0.021 0.043 0.110 0.467 0.288 100 S 0.164 0.013 0.069 0.159 0.315 0.280 101 V 0.312 0.010 0.074 0.254 0.173 0.177 102 I 0.393 0.014 0.041 0.379 0.079 0.095 103 A 0.418 0.011 0.031 0.412 0.053 0.074 104 L 0.474 0.007 0.041 0.347 0.048 0.083 105 E 0.467 0.017 0.045 0.263 0.098 0.111 106 L 0.301 0.032 0.045 0.184 0.406 0.032 107 H 0.089 0.010 0.020 0.068 0.748 0.065 108 G 0.010 0.002 0.012 0.025 0.842 0.109 109 G 0.026 0.014 0.010 0.005 0.731 0.213 110 K 0.101 0.033 0.005 0.003 0.219 0.639 111 P 0.149 0.053 0.008 0.006 0.233 0.552 112 L 0.161 0.035 0.008 0.010 0.222 0.564 113 S 0.129 0.014 0.006 0.011 0.245 0.595 114 P 0.154 0.007 0.026 0.036 0.361 0.416 115 L 0.378 0.022 0.046 0.075 0.177 0.302 116 V 0.622 0.030 0.039 0.107 0.072 0.130 117 N 0.475 0.022 0.022 0.176 0.123 0.182 118 A 0.321 0.009 0.020 0.305 0.166 0.180 119 G 0.239 0.005 0.024 0.279 0.239 0.215 120 A 0.407 0.007 0.033 0.348 0.138 0.067 121 I 0.494 0.009 0.045 0.335 0.075 0.043 122 A 0.591 0.008 0.047 0.267 0.060 0.027 123 T 0.397 0.009 0.046 0.431 0.060 0.056 124 T 0.227 0.006 0.131 0.444 0.104 0.087 125 S 0.147 0.005 0.155 0.439 0.142 0.113 126 L 0.067 0.008 0.140 0.427 0.142 0.216 127 I 0.049 0.028 0.067 0.328 0.228 0.300 128 N 0.024 0.010 0.032 0.209 0.323 0.402 129 A 0.007 0.004 0.056 0.238 0.379 0.315 130 E 0.014 0.013 0.035 0.189 0.401 0.348 131 N 0.011 0.009 0.009 0.116 0.252 0.604 132 V 0.001 0.001 0.019 0.939 0.020 0.021 133 E 0.001 0.001 0.012 0.972 0.009 0.005 134 Q 0.001 0.001 0.017 0.963 0.014 0.005 135 R 0.001 0.001 0.009 0.975 0.007 0.007 136 W 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 137 Q 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 138 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.003 139 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 140 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 141 H 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 142 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 143 Q 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 144 Q 0.001 0.001 0.004 0.992 0.002 0.001 145 Q 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.003 146 L 0.002 0.001 0.004 0.953 0.027 0.013 147 A 0.002 0.001 0.006 0.877 0.082 0.031 148 G 0.003 0.002 0.011 0.258 0.558 0.168 149 E 0.010 0.005 0.012 0.046 0.617 0.312 150 Q 0.086 0.013 0.025 0.030 0.297 0.549 151 V 0.316 0.045 0.047 0.040 0.199 0.352 152 A 0.377 0.053 0.032 0.053 0.135 0.350 153 L 0.277 0.033 0.018 0.067 0.139 0.466 154 S 0.081 0.007 0.008 0.101 0.272 0.530 155 D 0.005 0.001 0.065 0.761 0.133 0.036 156 E 0.015 0.003 0.099 0.722 0.124 0.037 157 V 0.021 0.005 0.108 0.725 0.113 0.028 158 N 0.043 0.009 0.058 0.678 0.107 0.105 159 Q 0.036 0.010 0.037 0.670 0.114 0.132 160 S 0.041 0.009 0.029 0.501 0.187 0.233 161 E 0.023 0.004 0.042 0.601 0.174 0.157 162 Q 0.028 0.009 0.052 0.521 0.205 0.185 163 T 0.017 0.010 0.029 0.466 0.225 0.253 164 T 0.009 0.007 0.010 0.396 0.159 0.419 165 N 0.003 0.003 0.003 0.718 0.057 0.215 166 F 0.001 0.001 0.003 0.976 0.008 0.012 167 H 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.003 168 N 0.001 0.001 0.001 0.991 0.003 0.005 169 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 170 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 171 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 172 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 173 W 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 174 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 175 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 176 Y 0.001 0.001 0.004 0.991 0.004 0.002 177 S 0.001 0.001 0.005 0.981 0.009 0.004 178 A 0.001 0.001 0.007 0.936 0.024 0.033 179 G 0.002 0.002 0.018 0.144 0.132 0.702 180 Y 0.013 0.019 0.036 0.038 0.245 0.651 181 L 0.067 0.032 0.054 0.074 0.476 0.297 182 Y 0.050 0.019 0.028 0.095 0.495 0.314 183 C 0.021 0.013 0.037 0.251 0.412 0.267 184 D 0.023 0.010 0.042 0.357 0.300 0.267 185 A 0.009 0.003 0.041 0.858 0.054 0.035 186 M 0.014 0.004 0.032 0.869 0.045 0.035 187 E 0.017 0.002 0.036 0.896 0.028 0.021 188 A 0.013 0.001 0.019 0.946 0.011 0.010 189 C 0.019 0.001 0.013 0.933 0.016 0.018 190 D 0.019 0.001 0.011 0.915 0.029 0.026 191 V 0.014 0.001 0.009 0.942 0.021 0.014 192 Y 0.012 0.001 0.009 0.948 0.017 0.013 193 T 0.016 0.002 0.014 0.921 0.030 0.018 194 R 0.020 0.001 0.012 0.906 0.038 0.024 195 Q 0.025 0.001 0.010 0.866 0.041 0.057 196 C 0.029 0.004 0.011 0.768 0.068 0.120 197 S 0.081 0.007 0.023 0.614 0.121 0.154 198 T 0.129 0.004 0.034 0.621 0.096 0.116 199 L 0.337 0.009 0.026 0.412 0.083 0.134 200 L 0.313 0.016 0.012 0.236 0.102 0.322 201 N 0.214 0.017 0.005 0.144 0.045 0.574 202 T 0.009 0.001 0.005 0.952 0.007 0.026 203 I 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.002 204 E 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 205 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 206 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 207 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 208 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 209 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 210 A 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 211 T 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 212 L 0.001 0.001 0.008 0.988 0.003 0.001 213 A 0.001 0.001 0.012 0.969 0.010 0.008 214 A 0.002 0.004 0.023 0.830 0.062 0.078 215 G 0.005 0.006 0.040 0.345 0.269 0.334 216 G 0.008 0.007 0.016 0.020 0.300 0.649 217 V 0.038 0.071 0.020 0.009 0.299 0.565 218 N 0.066 0.048 0.012 0.006 0.465 0.403 219 P 0.061 0.025 0.023 0.012 0.654 0.226 220 L 0.065 0.024 0.033 0.013 0.638 0.226 221 T 0.053 0.017 0.051 0.026 0.693 0.161 222 H 0.082 0.017 0.065 0.033 0.579 0.223 223 K 0.222 0.021 0.054 0.054 0.346 0.302 224 R 0.563 0.022 0.037 0.028 0.181 0.170 225 V 0.655 0.041 0.016 0.020 0.094 0.173 226 L 0.465 0.094 0.009 0.021 0.112 0.299 227 Q 0.200 0.020 0.017 0.020 0.419 0.323 228 A 0.008 0.001 0.521 0.129 0.304 0.037 229 D 0.006 0.001 0.538 0.117 0.301 0.036 230 N 0.014 0.008 0.493 0.207 0.240 0.038 231 V 0.026 0.016 0.038 0.553 0.116 0.251 232 P 0.018 0.004 0.024 0.800 0.058 0.097 233 Y 0.018 0.002 0.017 0.921 0.023 0.019 234 I 0.049 0.003 0.009 0.898 0.024 0.015 235 L 0.041 0.002 0.010 0.887 0.033 0.026 236 A 0.042 0.001 0.012 0.878 0.032 0.035 237 E 0.048 0.002 0.012 0.874 0.031 0.033 238 M 0.045 0.005 0.012 0.846 0.039 0.053 239 M 0.042 0.012 0.012 0.744 0.054 0.137 240 M 0.023 0.008 0.021 0.808 0.052 0.090 241 E 0.015 0.004 0.044 0.730 0.095 0.113 242 G 0.017 0.009 0.077 0.496 0.194 0.207 243 L 0.026 0.029 0.067 0.486 0.243 0.149 244 Y 0.028 0.016 0.087 0.492 0.237 0.139 245 G 0.016 0.006 0.105 0.352 0.393 0.129 246 R 0.015 0.007 0.109 0.508 0.285 0.077 247 S 0.037 0.018 0.097 0.413 0.280 0.155 248 G 0.057 0.009 0.103 0.279 0.342 0.210 249 D 0.067 0.003 0.156 0.285 0.326 0.163 250 W 0.336 0.009 0.148 0.240 0.184 0.082 251 A 0.573 0.008 0.053 0.281 0.051 0.034 252 Y 0.552 0.005 0.031 0.356 0.025 0.032 253 R 0.621 0.007 0.025 0.263 0.035 0.049 254 V 0.581 0.015 0.015 0.189 0.070 0.129 255 G 0.207 0.027 0.011 0.037 0.198 0.520 256 L 0.124 0.020 0.011 0.009 0.308 0.528 257 P 0.147 0.024 0.021 0.010 0.401 0.397 258 G 0.097 0.069 0.025 0.008 0.437 0.364 259 K 0.084 0.059 0.034 0.012 0.486 0.325 260 S 0.141 0.051 0.050 0.036 0.451 0.271 261 G 0.115 0.048 0.040 0.028 0.509 0.260 262 V 0.131 0.057 0.030 0.038 0.554 0.190 263 G 0.181 0.048 0.019 0.021 0.517 0.214 264 G 0.200 0.013 0.029 0.027 0.528 0.202 265 G 0.444 0.011 0.042 0.032 0.318 0.153 266 I 0.769 0.010 0.032 0.032 0.096 0.061 267 L 0.901 0.004 0.016 0.035 0.027 0.017 268 A 0.934 0.002 0.006 0.035 0.013 0.011 269 V 0.919 0.005 0.003 0.033 0.016 0.024 270 V 0.740 0.008 0.004 0.032 0.112 0.105 271 P 0.251 0.009 0.003 0.015 0.318 0.403 272 G 0.066 0.006 0.013 0.006 0.553 0.357 273 V 0.300 0.014 0.012 0.007 0.464 0.204 274 M 0.608 0.010 0.007 0.004 0.177 0.194 275 G 0.886 0.005 0.002 0.001 0.039 0.067 276 I 0.971 0.002 0.001 0.001 0.007 0.018 277 A 0.982 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 278 A 0.964 0.003 0.001 0.002 0.009 0.022 279 F 0.843 0.007 0.001 0.002 0.045 0.102 280 S 0.433 0.008 0.006 0.002 0.260 0.292 281 P 0.214 0.014 0.021 0.003 0.419 0.329 282 P 0.194 0.054 0.052 0.005 0.406 0.289 283 L 0.122 0.100 0.031 0.008 0.446 0.293 284 D 0.017 0.015 0.022 0.009 0.859 0.079 285 E 0.005 0.004 0.095 0.027 0.828 0.041 286 D 0.006 0.005 0.094 0.064 0.789 0.042 287 G 0.012 0.034 0.061 0.090 0.717 0.086 288 N 0.019 0.048 0.008 0.054 0.212 0.659 289 S 0.045 0.084 0.012 0.203 0.132 0.524 290 V 0.021 0.010 0.023 0.764 0.087 0.096 291 R 0.010 0.003 0.015 0.873 0.039 0.059 292 G 0.001 0.001 0.005 0.980 0.005 0.008 293 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 294 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 295 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 296 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 297 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 298 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 299 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 300 A 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 301 K 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.002 302 Q 0.001 0.001 0.007 0.967 0.015 0.010 303 L 0.001 0.002 0.021 0.801 0.065 0.110 304 G 0.006 0.006 0.035 0.061 0.177 0.715 305 Y 0.022 0.023 0.246 0.122 0.282 0.305 306 N 0.057 0.006 0.308 0.103 0.326 0.199 307 V 0.120 0.033 0.188 0.083 0.283 0.294 308 F 0.113 0.047 0.047 0.092 0.306 0.394 309 K 0.098 0.024 0.009 0.072 0.218 0.579 310 G 0.011 0.001 0.001 0.002 0.043 0.942