# TARGET T0251 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0251.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.008 0.682 0.004 0.001 0.004 0.014 0.017 0.143 0.034 0.003 0.019 0.066 2 V 0.016 0.011 0.152 0.003 0.001 0.004 0.086 0.106 0.508 0.010 0.002 0.060 0.042 3 V 0.019 0.009 0.054 0.003 0.001 0.004 0.120 0.193 0.486 0.006 0.002 0.014 0.091 4 Y 0.025 0.006 0.168 0.109 0.001 0.008 0.069 0.160 0.291 0.016 0.008 0.107 0.033 5 G 0.013 0.012 0.404 0.029 0.003 0.007 0.041 0.030 0.196 0.064 0.033 0.044 0.125 6 A 0.012 0.015 0.428 0.023 0.027 0.016 0.020 0.006 0.057 0.155 0.105 0.028 0.108 7 D 0.028 0.018 0.352 0.022 0.043 0.024 0.016 0.007 0.059 0.174 0.087 0.110 0.060 8 V 0.031 0.016 0.256 0.010 0.088 0.030 0.016 0.003 0.058 0.100 0.081 0.030 0.280 9 I 0.067 0.023 0.203 0.109 0.061 0.025 0.031 0.003 0.039 0.104 0.083 0.117 0.135 10 C 0.052 0.018 0.251 0.056 0.045 0.023 0.011 0.001 0.012 0.130 0.047 0.204 0.150 11 A 0.029 0.030 0.276 0.025 0.066 0.022 0.007 0.001 0.011 0.118 0.061 0.031 0.323 12 S 0.032 0.022 0.259 0.007 0.046 0.037 0.008 0.002 0.011 0.113 0.088 0.303 0.074 13 C 0.041 0.028 0.260 0.022 0.045 0.051 0.005 0.001 0.016 0.089 0.085 0.018 0.339 14 V 0.026 0.027 0.433 0.013 0.037 0.034 0.003 0.001 0.019 0.118 0.060 0.157 0.071 15 N 0.011 0.042 0.302 0.012 0.031 0.013 0.002 0.001 0.014 0.268 0.204 0.012 0.089 16 A 0.001 0.013 0.495 0.005 0.010 0.009 0.001 0.001 0.011 0.311 0.078 0.050 0.018 17 P 0.001 0.017 0.446 0.003 0.012 0.012 0.001 0.001 0.005 0.285 0.160 0.014 0.044 18 T 0.001 0.051 0.542 0.001 0.014 0.019 0.001 0.001 0.006 0.244 0.099 0.007 0.017 19 S 0.001 0.017 0.466 0.001 0.060 0.123 0.001 0.001 0.004 0.205 0.108 0.002 0.013 20 K 0.001 0.008 0.124 0.001 0.127 0.421 0.001 0.001 0.002 0.140 0.168 0.003 0.005 21 D 0.001 0.026 0.152 0.001 0.107 0.482 0.001 0.001 0.002 0.120 0.103 0.002 0.006 22 I 0.001 0.014 0.098 0.001 0.023 0.760 0.001 0.001 0.001 0.061 0.036 0.001 0.006 23 Y 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 24 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 25 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 30 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.801 0.001 0.001 0.001 0.004 0.183 0.001 0.001 31 K 0.001 0.001 0.064 0.001 0.036 0.379 0.001 0.001 0.001 0.031 0.485 0.002 0.001 32 R 0.001 0.011 0.174 0.002 0.123 0.268 0.001 0.001 0.002 0.130 0.256 0.004 0.030 33 K 0.001 0.066 0.388 0.001 0.052 0.066 0.001 0.001 0.005 0.207 0.122 0.038 0.053 34 Y 0.001 0.013 0.698 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 0.002 0.197 0.027 0.005 0.042 35 P 0.001 0.002 0.114 0.008 0.029 0.014 0.001 0.001 0.001 0.205 0.619 0.005 0.003 36 N 0.001 0.003 0.063 0.003 0.044 0.006 0.001 0.001 0.001 0.228 0.640 0.002 0.011 37 I 0.001 0.007 0.479 0.015 0.051 0.005 0.001 0.001 0.003 0.303 0.091 0.029 0.016 38 S 0.004 0.013 0.444 0.061 0.025 0.002 0.005 0.003 0.047 0.142 0.076 0.012 0.166 39 F 0.048 0.023 0.248 0.010 0.005 0.001 0.028 0.017 0.121 0.063 0.010 0.278 0.149 40 K 0.130 0.011 0.149 0.006 0.001 0.001 0.078 0.023 0.255 0.012 0.002 0.129 0.203 41 Y 0.205 0.005 0.064 0.019 0.001 0.001 0.085 0.037 0.292 0.007 0.001 0.060 0.226 42 T 0.252 0.001 0.049 0.113 0.001 0.001 0.090 0.035 0.193 0.007 0.001 0.198 0.062 43 Y 0.280 0.003 0.021 0.003 0.001 0.001 0.241 0.087 0.140 0.003 0.001 0.047 0.175 44 I 0.201 0.003 0.062 0.007 0.001 0.001 0.225 0.076 0.141 0.008 0.001 0.176 0.098 45 D 0.065 0.006 0.203 0.006 0.002 0.002 0.064 0.034 0.293 0.015 0.003 0.083 0.223 46 I 0.025 0.013 0.298 0.028 0.022 0.020 0.024 0.006 0.084 0.137 0.148 0.033 0.163 47 T 0.003 0.011 0.308 0.013 0.037 0.024 0.002 0.001 0.013 0.307 0.248 0.018 0.017 48 K 0.001 0.007 0.411 0.001 0.023 0.023 0.001 0.001 0.005 0.463 0.048 0.010 0.010 49 D 0.001 0.013 0.689 0.001 0.050 0.059 0.001 0.001 0.003 0.116 0.054 0.002 0.012 50 N 0.001 0.015 0.299 0.001 0.170 0.212 0.001 0.001 0.002 0.133 0.161 0.002 0.005 51 D 0.001 0.006 0.155 0.001 0.208 0.290 0.001 0.001 0.001 0.119 0.216 0.002 0.002 52 N 0.001 0.006 0.212 0.001 0.202 0.325 0.001 0.001 0.001 0.091 0.157 0.001 0.004 53 L 0.001 0.008 0.246 0.001 0.125 0.370 0.001 0.001 0.001 0.103 0.140 0.003 0.003 54 T 0.001 0.004 0.257 0.001 0.046 0.474 0.001 0.001 0.001 0.134 0.078 0.002 0.003 55 D 0.001 0.004 0.090 0.001 0.058 0.731 0.001 0.001 0.001 0.041 0.072 0.001 0.002 56 H 0.001 0.002 0.053 0.001 0.031 0.836 0.001 0.001 0.001 0.030 0.045 0.001 0.001 57 D 0.001 0.001 0.051 0.001 0.021 0.873 0.001 0.001 0.001 0.014 0.037 0.001 0.001 58 L 0.001 0.001 0.025 0.001 0.009 0.937 0.001 0.001 0.001 0.010 0.016 0.001 0.001 59 Q 0.001 0.001 0.014 0.001 0.007 0.947 0.001 0.001 0.001 0.009 0.020 0.001 0.001 60 F 0.001 0.001 0.013 0.001 0.008 0.954 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 61 I 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 62 E 0.001 0.001 0.009 0.001 0.019 0.947 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.001 0.001 63 R 0.001 0.001 0.008 0.001 0.020 0.909 0.001 0.001 0.001 0.005 0.055 0.001 0.001 64 I 0.001 0.003 0.018 0.001 0.016 0.862 0.001 0.001 0.001 0.018 0.078 0.001 0.002 65 E 0.001 0.008 0.140 0.004 0.036 0.611 0.001 0.001 0.001 0.077 0.108 0.007 0.005 66 Q 0.001 0.003 0.126 0.003 0.110 0.361 0.001 0.001 0.001 0.084 0.301 0.002 0.008 67 D 0.001 0.005 0.110 0.002 0.183 0.203 0.001 0.001 0.001 0.109 0.374 0.004 0.009 68 E 0.006 0.020 0.167 0.001 0.258 0.087 0.002 0.001 0.003 0.116 0.286 0.014 0.041 69 L 0.032 0.025 0.241 0.012 0.123 0.057 0.009 0.001 0.018 0.129 0.172 0.080 0.100 70 F 0.058 0.019 0.316 0.022 0.037 0.023 0.003 0.001 0.009 0.154 0.091 0.054 0.213 71 Y 0.096 0.010 0.272 0.015 0.004 0.011 0.003 0.001 0.011 0.132 0.039 0.331 0.077 72 P 0.183 0.002 0.257 0.026 0.001 0.007 0.005 0.001 0.009 0.056 0.024 0.056 0.373 73 L 0.626 0.002 0.061 0.009 0.001 0.004 0.017 0.003 0.008 0.003 0.001 0.144 0.122 74 I 0.892 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.033 0.046 75 T 0.920 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.029 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.037 76 M 0.741 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.027 0.001 0.003 0.001 0.001 0.168 0.049 77 N 0.111 0.003 0.031 0.015 0.003 0.005 0.004 0.001 0.002 0.037 0.692 0.034 0.061 78 D 0.005 0.001 0.009 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.926 0.002 0.004 79 E 0.347 0.002 0.030 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.002 0.016 0.012 0.506 0.062 80 Y 0.169 0.024 0.016 0.001 0.001 0.002 0.084 0.005 0.008 0.001 0.003 0.013 0.674 81 V 0.123 0.005 0.042 0.575 0.003 0.006 0.046 0.002 0.004 0.010 0.017 0.119 0.047 82 A 0.162 0.005 0.118 0.042 0.019 0.025 0.045 0.001 0.004 0.051 0.039 0.224 0.265 83 D 0.027 0.011 0.142 0.013 0.051 0.046 0.010 0.001 0.004 0.093 0.222 0.048 0.334 84 G 0.015 0.018 0.251 0.044 0.026 0.062 0.005 0.001 0.004 0.167 0.272 0.068 0.067 85 Y 0.010 0.013 0.389 0.011 0.023 0.187 0.003 0.001 0.006 0.169 0.058 0.054 0.076 86 I 0.018 0.014 0.260 0.021 0.033 0.327 0.004 0.001 0.011 0.067 0.078 0.022 0.145 87 Q 0.017 0.023 0.241 0.010 0.035 0.384 0.007 0.001 0.011 0.080 0.071 0.096 0.024 88 T 0.007 0.011 0.121 0.002 0.021 0.641 0.002 0.001 0.017 0.049 0.032 0.002 0.095 89 K 0.003 0.001 0.070 0.005 0.014 0.821 0.001 0.001 0.004 0.039 0.010 0.027 0.004 90 Q 0.002 0.002 0.027 0.001 0.014 0.921 0.001 0.001 0.003 0.007 0.014 0.001 0.009 91 I 0.003 0.001 0.012 0.001 0.011 0.949 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.002 0.002 92 T 0.002 0.001 0.007 0.001 0.006 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.002 93 R 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 94 F 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 95 I 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.963 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.001 0.001 96 D 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 0.951 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.001 0.001 97 Q 0.001 0.001 0.007 0.001 0.018 0.907 0.001 0.001 0.001 0.008 0.057 0.001 0.001 98 K 0.001 0.001 0.023 0.001 0.023 0.856 0.001 0.001 0.001 0.015 0.078 0.001 0.001 99 L 0.001 0.009 0.054 0.001 0.026 0.730 0.001 0.001 0.002 0.049 0.119 0.002 0.008 100 V 0.001 0.013 0.150 0.001 0.013 0.479 0.001 0.001 0.003 0.059 0.270 0.007 0.005 101 N 0.001 0.005 0.580 0.001 0.005 0.172 0.001 0.001 0.003 0.048 0.175 0.003 0.009 102 E 0.001 0.001 0.971 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001