# TARGET T0251 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0251.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.45469 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.003 0.003 0.009 0.011 0.018 0.060 0.140 0.256 0.280 0.217 2 V 0.009 0.044 0.052 0.262 0.289 0.196 0.099 0.029 0.012 0.005 0.003 3 V 0.001 0.002 0.004 0.007 0.008 0.012 0.050 0.120 0.251 0.263 0.281 4 Y 0.005 0.009 0.009 0.066 0.121 0.180 0.285 0.166 0.097 0.041 0.022 5 G 0.058 0.152 0.063 0.137 0.100 0.081 0.127 0.088 0.088 0.060 0.046 6 A 0.004 0.005 0.004 0.017 0.018 0.024 0.063 0.097 0.192 0.250 0.325 7 D 0.219 0.252 0.097 0.219 0.122 0.051 0.028 0.008 0.003 0.001 0.001 8 V 0.067 0.074 0.039 0.137 0.146 0.134 0.163 0.104 0.069 0.042 0.026 9 I 0.059 0.081 0.038 0.114 0.119 0.132 0.151 0.100 0.092 0.062 0.052 10 C 0.018 0.022 0.014 0.046 0.059 0.079 0.152 0.152 0.183 0.154 0.122 11 A 0.022 0.024 0.019 0.044 0.057 0.079 0.136 0.141 0.168 0.158 0.151 12 S 0.065 0.055 0.042 0.110 0.107 0.108 0.140 0.119 0.110 0.079 0.064 13 C 0.031 0.028 0.018 0.054 0.071 0.093 0.189 0.167 0.150 0.113 0.086 14 V 0.040 0.034 0.027 0.053 0.050 0.058 0.108 0.121 0.171 0.179 0.159 15 N 0.178 0.142 0.057 0.154 0.135 0.103 0.098 0.052 0.039 0.025 0.016 16 A 0.066 0.059 0.032 0.088 0.076 0.089 0.143 0.130 0.133 0.110 0.073 17 P 0.208 0.128 0.045 0.098 0.111 0.095 0.119 0.077 0.055 0.038 0.025 18 T 0.178 0.254 0.057 0.141 0.099 0.081 0.081 0.042 0.032 0.021 0.014 19 S 0.072 0.062 0.024 0.081 0.104 0.128 0.169 0.116 0.104 0.082 0.058 20 K 0.550 0.167 0.079 0.111 0.051 0.023 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 21 D 0.086 0.137 0.090 0.221 0.168 0.129 0.100 0.038 0.018 0.008 0.005 22 I 0.005 0.015 0.017 0.036 0.038 0.064 0.154 0.177 0.201 0.173 0.120 23 Y 0.018 0.021 0.036 0.078 0.141 0.206 0.284 0.113 0.067 0.026 0.011 24 D 0.102 0.099 0.523 0.203 0.049 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 25 W 0.002 0.006 0.039 0.071 0.097 0.166 0.294 0.143 0.093 0.062 0.027 26 L 0.001 0.001 0.014 0.006 0.005 0.009 0.061 0.131 0.238 0.284 0.252 27 Q 0.001 0.007 0.130 0.219 0.262 0.212 0.112 0.034 0.015 0.006 0.001 28 P 0.008 0.027 0.416 0.140 0.124 0.129 0.106 0.030 0.013 0.006 0.002 29 L 0.002 0.004 0.025 0.024 0.032 0.061 0.247 0.197 0.197 0.141 0.070 30 L 0.005 0.005 0.021 0.015 0.016 0.030 0.174 0.192 0.214 0.206 0.122 31 K 0.009 0.046 0.254 0.310 0.214 0.089 0.040 0.020 0.010 0.005 0.002 32 R 0.028 0.066 0.151 0.090 0.111 0.147 0.186 0.097 0.071 0.040 0.014 33 K 0.068 0.092 0.069 0.157 0.152 0.109 0.149 0.091 0.065 0.034 0.015 34 Y 0.022 0.025 0.016 0.040 0.066 0.098 0.232 0.175 0.163 0.110 0.053 35 P 0.326 0.195 0.118 0.204 0.084 0.034 0.020 0.009 0.005 0.003 0.002 36 N 0.383 0.174 0.087 0.157 0.088 0.051 0.033 0.014 0.008 0.003 0.001 37 I 0.154 0.081 0.038 0.118 0.092 0.122 0.145 0.107 0.074 0.045 0.024 38 S 0.154 0.259 0.124 0.247 0.118 0.055 0.027 0.008 0.004 0.002 0.001 39 F 0.009 0.008 0.008 0.021 0.027 0.047 0.136 0.186 0.233 0.199 0.125 40 K 0.057 0.171 0.098 0.397 0.193 0.057 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 41 Y 0.001 0.001 0.002 0.006 0.009 0.018 0.068 0.148 0.281 0.273 0.194 42 T 0.021 0.069 0.037 0.350 0.265 0.146 0.076 0.022 0.009 0.003 0.001 43 Y 0.001 0.006 0.004 0.029 0.046 0.088 0.196 0.208 0.201 0.141 0.081 44 I 0.001 0.001 0.002 0.010 0.020 0.048 0.137 0.179 0.266 0.206 0.132 45 D 0.006 0.043 0.022 0.193 0.249 0.172 0.177 0.075 0.039 0.016 0.007 46 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.011 0.045 0.101 0.211 0.320 0.299 47 T 0.012 0.067 0.035 0.275 0.306 0.165 0.099 0.028 0.010 0.003 0.001 48 K 0.162 0.195 0.040 0.224 0.164 0.103 0.073 0.025 0.009 0.004 0.001 49 D 0.222 0.243 0.093 0.202 0.111 0.060 0.037 0.015 0.009 0.006 0.003 50 N 0.286 0.233 0.069 0.153 0.101 0.062 0.053 0.020 0.013 0.007 0.004 51 D 0.657 0.180 0.039 0.063 0.029 0.013 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 52 N 0.347 0.258 0.074 0.139 0.075 0.047 0.033 0.012 0.008 0.004 0.002 53 L 0.105 0.070 0.042 0.102 0.091 0.120 0.162 0.097 0.096 0.070 0.045 54 T 0.222 0.172 0.084 0.155 0.115 0.090 0.082 0.036 0.024 0.013 0.006 55 D 0.408 0.175 0.148 0.119 0.063 0.035 0.028 0.012 0.007 0.003 0.001 56 H 0.141 0.145 0.078 0.148 0.136 0.135 0.106 0.049 0.033 0.021 0.010 57 D 0.041 0.104 0.047 0.094 0.092 0.107 0.163 0.122 0.110 0.079 0.041 58 L 0.062 0.041 0.076 0.202 0.223 0.184 0.134 0.045 0.023 0.007 0.002 59 Q 0.120 0.164 0.319 0.219 0.099 0.046 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 60 F 0.001 0.004 0.011 0.031 0.038 0.083 0.243 0.232 0.188 0.117 0.054 61 I 0.001 0.001 0.009 0.010 0.025 0.063 0.228 0.210 0.203 0.155 0.096 62 E 0.009 0.020 0.720 0.159 0.056 0.022 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 63 R 0.001 0.008 0.073 0.152 0.222 0.269 0.195 0.053 0.019 0.008 0.002 64 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 0.045 0.083 0.208 0.293 0.359 65 E 0.035 0.044 0.114 0.191 0.207 0.171 0.173 0.042 0.016 0.005 0.002 66 Q 0.057 0.111 0.581 0.171 0.053 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 67 D 0.026 0.042 0.055 0.104 0.123 0.182 0.263 0.106 0.055 0.029 0.014 68 E 0.223 0.104 0.072 0.136 0.095 0.098 0.132 0.061 0.040 0.023 0.017 69 L 0.011 0.033 0.071 0.095 0.131 0.162 0.214 0.117 0.089 0.054 0.023 70 F 0.003 0.007 0.014 0.038 0.052 0.078 0.184 0.185 0.191 0.155 0.093 71 Y 0.003 0.008 0.012 0.037 0.061 0.099 0.215 0.206 0.178 0.119 0.063 72 P 0.005 0.010 0.022 0.052 0.071 0.116 0.236 0.184 0.151 0.100 0.054 73 L 0.002 0.003 0.007 0.014 0.014 0.022 0.077 0.160 0.244 0.267 0.188 74 I 0.002 0.003 0.005 0.013 0.018 0.033 0.119 0.183 0.249 0.223 0.152 75 T 0.004 0.015 0.034 0.048 0.048 0.063 0.161 0.177 0.211 0.144 0.095 76 M 0.002 0.005 0.007 0.020 0.029 0.050 0.134 0.172 0.223 0.201 0.156 77 N 0.073 0.203 0.096 0.246 0.177 0.089 0.067 0.028 0.014 0.005 0.002 78 D 0.307 0.152 0.079 0.167 0.121 0.075 0.055 0.023 0.013 0.005 0.002 79 E 0.333 0.194 0.089 0.169 0.102 0.054 0.035 0.013 0.007 0.003 0.002 80 Y 0.021 0.046 0.020 0.079 0.099 0.137 0.204 0.145 0.124 0.077 0.046 81 V 0.015 0.020 0.014 0.042 0.059 0.091 0.147 0.154 0.181 0.153 0.125 82 A 0.158 0.108 0.075 0.112 0.101 0.103 0.125 0.078 0.065 0.042 0.032 83 D 0.179 0.134 0.068 0.183 0.137 0.095 0.088 0.050 0.032 0.020 0.012 84 G 0.301 0.124 0.035 0.091 0.081 0.073 0.088 0.063 0.057 0.049 0.038 85 Y 0.110 0.150 0.080 0.206 0.147 0.110 0.096 0.041 0.029 0.018 0.013 86 I 0.036 0.030 0.033 0.051 0.057 0.071 0.143 0.128 0.173 0.153 0.125 87 Q 0.180 0.165 0.126 0.217 0.122 0.079 0.065 0.025 0.012 0.006 0.003 88 T 0.084 0.091 0.075 0.142 0.133 0.131 0.163 0.084 0.051 0.029 0.016 89 K 0.038 0.052 0.069 0.124 0.124 0.153 0.181 0.109 0.080 0.045 0.025 90 Q 0.147 0.193 0.194 0.284 0.117 0.043 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 91 I 0.003 0.007 0.018 0.017 0.017 0.023 0.094 0.139 0.228 0.245 0.209 92 T 0.013 0.037 0.109 0.187 0.196 0.168 0.176 0.063 0.034 0.012 0.005 93 R 0.098 0.135 0.381 0.217 0.089 0.040 0.028 0.007 0.003 0.001 0.001 94 F 0.024 0.050 0.200 0.171 0.159 0.173 0.145 0.045 0.020 0.009 0.004 95 I 0.004 0.007 0.031 0.019 0.028 0.051 0.156 0.160 0.211 0.194 0.138 96 D 0.031 0.096 0.254 0.225 0.169 0.095 0.085 0.026 0.012 0.004 0.002 97 Q 0.078 0.089 0.509 0.203 0.076 0.029 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 98 K 0.164 0.135 0.236 0.156 0.114 0.083 0.070 0.023 0.011 0.005 0.003 99 L 0.016 0.019 0.063 0.046 0.053 0.098 0.236 0.160 0.148 0.101 0.059 100 V 0.029 0.064 0.214 0.125 0.126 0.126 0.154 0.075 0.046 0.028 0.013 101 N 0.163 0.197 0.369 0.144 0.065 0.031 0.018 0.006 0.004 0.002 0.001 102 E 0.456 0.161 0.101 0.095 0.067 0.043 0.037 0.017 0.012 0.008 0.004