# TARGET T0251 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0251.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.033 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.963 2 V 0.833 0.008 0.001 0.003 0.012 0.002 0.142 3 V 0.885 0.033 0.001 0.002 0.005 0.004 0.070 4 Y 0.847 0.007 0.003 0.004 0.016 0.032 0.091 5 G 0.457 0.005 0.015 0.023 0.170 0.091 0.239 6 A 0.226 0.007 0.080 0.060 0.172 0.114 0.340 7 D 0.206 0.006 0.087 0.060 0.247 0.133 0.262 8 V 0.217 0.026 0.118 0.113 0.185 0.103 0.238 9 I 0.201 0.178 0.050 0.126 0.089 0.042 0.315 10 C 0.093 0.015 0.044 0.065 0.091 0.042 0.648 11 A 0.043 0.007 0.184 0.109 0.170 0.306 0.181 12 S 0.043 0.013 0.205 0.134 0.155 0.320 0.130 13 C 0.042 0.021 0.165 0.211 0.126 0.246 0.188 14 V 0.058 0.012 0.057 0.149 0.194 0.248 0.282 15 N 0.057 0.018 0.023 0.046 0.334 0.184 0.339 16 A 0.040 0.020 0.013 0.026 0.286 0.057 0.558 17 P 0.035 0.059 0.027 0.037 0.205 0.073 0.564 18 T 0.017 0.017 0.024 0.072 0.279 0.066 0.525 19 S 0.007 0.004 0.043 0.391 0.158 0.062 0.335 20 K 0.001 0.001 0.038 0.864 0.020 0.059 0.018 21 D 0.001 0.001 0.030 0.888 0.011 0.052 0.017 22 I 0.001 0.001 0.014 0.928 0.009 0.028 0.019 23 Y 0.001 0.001 0.003 0.970 0.008 0.010 0.009 24 D 0.001 0.001 0.003 0.975 0.004 0.011 0.006 25 W 0.001 0.001 0.002 0.984 0.002 0.008 0.003 26 L 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.006 0.003 27 Q 0.001 0.001 0.003 0.983 0.003 0.009 0.002 28 P 0.001 0.001 0.003 0.978 0.002 0.014 0.002 29 L 0.001 0.001 0.009 0.952 0.002 0.032 0.004 30 L 0.001 0.002 0.015 0.831 0.008 0.135 0.009 31 K 0.003 0.002 0.027 0.612 0.014 0.318 0.025 32 R 0.007 0.005 0.034 0.419 0.122 0.193 0.220 33 K 0.017 0.038 0.033 0.318 0.119 0.117 0.358 34 Y 0.014 0.018 0.035 0.059 0.208 0.087 0.578 35 P 0.005 0.009 0.081 0.020 0.127 0.607 0.151 36 N 0.005 0.002 0.038 0.006 0.196 0.668 0.085 37 I 0.027 0.019 0.014 0.005 0.574 0.043 0.317 38 S 0.140 0.012 0.003 0.001 0.067 0.060 0.717 39 F 0.523 0.010 0.001 0.001 0.047 0.003 0.415 40 K 0.908 0.002 0.001 0.001 0.028 0.001 0.062 41 Y 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 42 T 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 43 Y 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 44 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 45 D 0.849 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.140 46 I 0.268 0.005 0.006 0.005 0.128 0.046 0.541 47 T 0.079 0.011 0.010 0.010 0.446 0.094 0.349 48 K 0.023 0.007 0.015 0.028 0.504 0.065 0.359 49 D 0.007 0.012 0.022 0.048 0.266 0.075 0.570 50 N 0.006 0.010 0.087 0.196 0.155 0.292 0.254 51 D 0.004 0.005 0.104 0.234 0.164 0.254 0.236 52 N 0.004 0.006 0.127 0.301 0.153 0.245 0.163 53 L 0.005 0.007 0.080 0.436 0.095 0.128 0.250 54 T 0.006 0.008 0.053 0.454 0.117 0.092 0.270 55 D 0.007 0.006 0.057 0.605 0.074 0.106 0.146 56 H 0.005 0.004 0.055 0.641 0.036 0.093 0.166 57 D 0.004 0.002 0.033 0.726 0.024 0.055 0.156 58 L 0.005 0.002 0.022 0.854 0.011 0.059 0.047 59 Q 0.005 0.002 0.018 0.869 0.019 0.053 0.034 60 F 0.004 0.002 0.017 0.905 0.015 0.033 0.025 61 I 0.002 0.001 0.018 0.937 0.006 0.024 0.011 62 E 0.004 0.001 0.029 0.898 0.006 0.051 0.012 63 R 0.006 0.002 0.035 0.850 0.012 0.076 0.020 64 I 0.020 0.007 0.025 0.778 0.043 0.075 0.051 65 E 0.026 0.003 0.038 0.690 0.043 0.096 0.103 66 Q 0.016 0.003 0.091 0.584 0.057 0.184 0.064 67 D 0.014 0.003 0.176 0.307 0.084 0.346 0.070 68 E 0.022 0.006 0.158 0.147 0.116 0.461 0.091 69 L 0.106 0.011 0.068 0.083 0.186 0.256 0.290 70 F 0.435 0.009 0.015 0.028 0.112 0.092 0.309 71 Y 0.638 0.004 0.005 0.007 0.082 0.011 0.252 72 P 0.856 0.004 0.003 0.002 0.013 0.002 0.120 73 L 0.968 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.022 74 I 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 75 T 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 76 M 0.937 0.003 0.001 0.001 0.007 0.006 0.045 77 N 0.265 0.002 0.012 0.003 0.091 0.573 0.052 78 D 0.041 0.001 0.027 0.004 0.130 0.769 0.028 79 E 0.576 0.008 0.019 0.010 0.123 0.073 0.191 80 Y 0.867 0.039 0.005 0.007 0.009 0.009 0.063 81 V 0.897 0.012 0.005 0.015 0.014 0.010 0.047 82 A 0.749 0.009 0.012 0.031 0.028 0.069 0.101 83 D 0.216 0.003 0.018 0.027 0.145 0.504 0.087 84 G 0.092 0.003 0.012 0.008 0.249 0.499 0.136 85 Y 0.141 0.012 0.018 0.022 0.204 0.054 0.549 86 I 0.152 0.020 0.048 0.058 0.160 0.085 0.476 87 Q 0.159 0.034 0.078 0.152 0.106 0.100 0.371 88 T 0.082 0.021 0.052 0.414 0.059 0.057 0.315 89 K 0.039 0.005 0.020 0.667 0.061 0.039 0.169 90 Q 0.019 0.003 0.018 0.859 0.022 0.032 0.046 91 I 0.007 0.001 0.014 0.932 0.008 0.020 0.017 92 T 0.010 0.001 0.008 0.948 0.008 0.013 0.012 93 R 0.010 0.001 0.006 0.949 0.010 0.015 0.011 94 F 0.007 0.001 0.005 0.943 0.006 0.030 0.009 95 I 0.007 0.002 0.007 0.923 0.011 0.030 0.020 96 D 0.007 0.001 0.015 0.899 0.012 0.037 0.029 97 Q 0.006 0.001 0.022 0.858 0.020 0.066 0.028 98 K 0.006 0.001 0.028 0.823 0.018 0.098 0.026 99 L 0.018 0.010 0.028 0.656 0.070 0.136 0.082 100 V 0.028 0.010 0.023 0.391 0.127 0.181 0.240 101 N 0.021 0.009 0.013 0.170 0.009 0.254 0.523 102 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996