# TARGET T0251 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0251.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.45469 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.669 0.253 0.004 0.039 0.016 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 2 V 0.004 0.818 0.138 0.001 0.011 0.016 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 3 V 0.010 0.697 0.174 0.003 0.005 0.071 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 4 Y 0.018 0.500 0.182 0.035 0.072 0.037 0.047 0.001 0.105 0.002 0.001 5 G 0.011 0.014 0.073 0.008 0.205 0.005 0.097 0.275 0.002 0.309 0.001 6 A 0.274 0.134 0.396 0.059 0.091 0.013 0.005 0.006 0.005 0.015 0.001 7 D 0.499 0.063 0.110 0.268 0.015 0.020 0.011 0.005 0.006 0.003 0.001 8 V 0.062 0.586 0.175 0.036 0.069 0.032 0.007 0.001 0.031 0.001 0.001 9 I 0.061 0.654 0.183 0.026 0.026 0.024 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 10 C 0.035 0.467 0.242 0.008 0.082 0.047 0.012 0.001 0.104 0.002 0.001 11 A 0.336 0.087 0.416 0.046 0.040 0.040 0.006 0.009 0.006 0.008 0.007 12 S 0.274 0.232 0.164 0.096 0.170 0.010 0.014 0.011 0.014 0.015 0.001 13 C 0.316 0.119 0.162 0.167 0.063 0.055 0.065 0.017 0.024 0.008 0.003 14 V 0.301 0.233 0.180 0.205 0.017 0.033 0.011 0.001 0.018 0.001 0.001 15 N 0.157 0.059 0.097 0.236 0.039 0.078 0.259 0.031 0.030 0.012 0.001 16 A 0.078 0.255 0.439 0.011 0.032 0.030 0.024 0.001 0.128 0.003 0.001 17 P 0.335 0.005 0.574 0.031 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 18 T 0.144 0.127 0.362 0.123 0.122 0.033 0.019 0.025 0.022 0.022 0.001 19 S 0.685 0.037 0.171 0.040 0.019 0.019 0.007 0.006 0.007 0.009 0.001 20 K 0.979 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 D 0.973 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 I 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 Y 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 D 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 W 0.993 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 Q 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 P 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.987 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.945 0.001 0.004 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.883 0.003 0.009 0.087 0.001 0.002 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 32 R 0.672 0.043 0.095 0.148 0.007 0.012 0.015 0.002 0.006 0.001 0.001 33 K 0.538 0.063 0.135 0.211 0.005 0.031 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 34 Y 0.047 0.183 0.218 0.010 0.034 0.030 0.032 0.001 0.438 0.004 0.001 35 P 0.466 0.004 0.435 0.042 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 36 N 0.149 0.052 0.063 0.521 0.030 0.026 0.066 0.068 0.022 0.003 0.001 37 I 0.021 0.405 0.393 0.032 0.052 0.039 0.015 0.001 0.040 0.001 0.001 38 S 0.035 0.346 0.454 0.041 0.013 0.080 0.010 0.001 0.017 0.001 0.002 39 F 0.003 0.573 0.104 0.007 0.290 0.008 0.003 0.001 0.010 0.001 0.001 40 K 0.004 0.782 0.128 0.006 0.041 0.027 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 41 Y 0.001 0.771 0.124 0.001 0.077 0.017 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 42 T 0.091 0.737 0.053 0.064 0.021 0.019 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 43 Y 0.001 0.788 0.067 0.001 0.127 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 44 I 0.008 0.905 0.030 0.003 0.015 0.007 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 45 D 0.012 0.345 0.246 0.011 0.054 0.204 0.010 0.001 0.116 0.001 0.001 46 I 0.132 0.415 0.158 0.174 0.040 0.043 0.004 0.001 0.032 0.001 0.001 47 T 0.115 0.325 0.290 0.121 0.057 0.057 0.005 0.003 0.023 0.004 0.001 48 K 0.122 0.328 0.244 0.080 0.068 0.037 0.043 0.005 0.063 0.008 0.001 49 D 0.192 0.128 0.429 0.085 0.021 0.077 0.019 0.004 0.033 0.008 0.004 50 N 0.291 0.061 0.101 0.234 0.021 0.066 0.148 0.029 0.038 0.010 0.001 51 D 0.533 0.043 0.079 0.244 0.013 0.017 0.050 0.009 0.008 0.003 0.001 52 N 0.212 0.037 0.107 0.329 0.015 0.060 0.173 0.032 0.032 0.002 0.001 53 L 0.399 0.108 0.186 0.222 0.009 0.034 0.020 0.003 0.018 0.001 0.001 54 T 0.352 0.179 0.273 0.094 0.039 0.024 0.011 0.003 0.012 0.013 0.001 55 D 0.453 0.039 0.184 0.149 0.018 0.070 0.048 0.008 0.023 0.005 0.001 56 H 0.786 0.027 0.054 0.091 0.009 0.008 0.010 0.005 0.006 0.002 0.001 57 D 0.826 0.017 0.051 0.073 0.002 0.016 0.007 0.002 0.005 0.001 0.001 58 L 0.873 0.022 0.037 0.047 0.004 0.008 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 59 Q 0.892 0.018 0.035 0.030 0.006 0.004 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 60 F 0.969 0.004 0.005 0.016 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 I 0.967 0.006 0.007 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.980 0.003 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.901 0.005 0.005 0.080 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 64 I 0.629 0.067 0.168 0.093 0.003 0.023 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 65 E 0.675 0.047 0.134 0.090 0.006 0.021 0.010 0.003 0.012 0.002 0.001 66 Q 0.760 0.031 0.056 0.114 0.012 0.007 0.009 0.003 0.004 0.003 0.001 67 D 0.611 0.030 0.080 0.184 0.011 0.021 0.033 0.015 0.012 0.002 0.001 68 E 0.336 0.232 0.205 0.111 0.029 0.037 0.016 0.003 0.030 0.001 0.001 69 L 0.216 0.382 0.216 0.100 0.039 0.029 0.005 0.002 0.008 0.001 0.001 70 F 0.067 0.536 0.165 0.081 0.081 0.025 0.010 0.003 0.028 0.003 0.001 71 Y 0.005 0.588 0.139 0.001 0.051 0.010 0.006 0.001 0.201 0.001 0.001 72 P 0.023 0.011 0.862 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 73 L 0.034 0.549 0.299 0.008 0.018 0.054 0.002 0.001 0.032 0.001 0.003 74 I 0.012 0.812 0.105 0.002 0.015 0.027 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 75 T 0.018 0.529 0.355 0.008 0.006 0.062 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 76 M 0.042 0.591 0.171 0.028 0.030 0.066 0.003 0.001 0.068 0.001 0.001 77 N 0.104 0.140 0.366 0.066 0.071 0.093 0.071 0.004 0.042 0.042 0.001 78 D 0.459 0.030 0.032 0.182 0.049 0.016 0.155 0.062 0.006 0.007 0.002 79 E 0.594 0.192 0.107 0.067 0.012 0.012 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 80 Y 0.329 0.199 0.348 0.019 0.005 0.068 0.002 0.001 0.027 0.001 0.002 81 V 0.423 0.329 0.081 0.083 0.024 0.029 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 82 A 0.438 0.198 0.177 0.037 0.099 0.014 0.012 0.004 0.010 0.010 0.001 83 D 0.249 0.105 0.226 0.320 0.038 0.017 0.024 0.003 0.014 0.002 0.002 84 G 0.029 0.005 0.026 0.015 0.048 0.001 0.063 0.661 0.001 0.152 0.001 85 Y 0.166 0.191 0.367 0.095 0.046 0.070 0.028 0.002 0.029 0.004 0.002 86 I 0.171 0.286 0.426 0.030 0.026 0.035 0.006 0.002 0.014 0.003 0.001 87 Q 0.290 0.326 0.210 0.059 0.027 0.045 0.011 0.001 0.028 0.002 0.001 88 T 0.245 0.261 0.378 0.050 0.019 0.030 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 89 K 0.426 0.225 0.216 0.019 0.050 0.014 0.017 0.006 0.022 0.004 0.001 90 Q 0.567 0.061 0.252 0.036 0.010 0.048 0.011 0.002 0.010 0.001 0.002 91 I 0.661 0.154 0.112 0.034 0.010 0.019 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 92 T 0.784 0.106 0.032 0.056 0.012 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 93 R 0.744 0.118 0.075 0.020 0.021 0.009 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 94 F 0.757 0.093 0.065 0.043 0.010 0.017 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 95 I 0.736 0.116 0.054 0.050 0.007 0.013 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 96 D 0.736 0.046 0.127 0.034 0.008 0.028 0.010 0.002 0.006 0.003 0.001 97 Q 0.793 0.040 0.044 0.084 0.016 0.008 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 98 K 0.722 0.057 0.082 0.090 0.014 0.009 0.012 0.002 0.010 0.001 0.001 99 L 0.633 0.055 0.126 0.118 0.005 0.038 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 100 V 0.387 0.192 0.142 0.196 0.026 0.037 0.004 0.001 0.013 0.002 0.001 101 N 0.125 0.111 0.273 0.188 0.055 0.121 0.041 0.007 0.074 0.006 0.001 102 E 0.660 0.049 0.090 0.124 0.019 0.012 0.020 0.012 0.008 0.005 0.001