# TARGET T0251 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0251.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.151 0.136 0.011 0.003 0.662 0.002 0.004 0.008 0.005 0.007 0.011 2 V 0.271 0.054 0.007 0.001 0.626 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.032 3 V 0.351 0.044 0.016 0.025 0.255 0.038 0.021 0.020 0.015 0.070 0.145 4 Y 0.042 0.119 0.090 0.269 0.092 0.105 0.130 0.044 0.027 0.061 0.021 5 G 0.064 0.092 0.156 0.165 0.076 0.032 0.016 0.011 0.016 0.215 0.156 6 A 0.138 0.182 0.051 0.049 0.224 0.018 0.022 0.066 0.123 0.064 0.062 7 D 0.037 0.115 0.081 0.067 0.102 0.059 0.163 0.173 0.094 0.087 0.022 8 V 0.253 0.056 0.009 0.005 0.246 0.010 0.076 0.169 0.072 0.066 0.037 9 I 0.160 0.162 0.047 0.042 0.298 0.063 0.050 0.050 0.028 0.045 0.055 10 C 0.215 0.173 0.058 0.009 0.388 0.004 0.004 0.012 0.012 0.026 0.099 11 A 0.083 0.089 0.036 0.012 0.139 0.010 0.018 0.103 0.310 0.145 0.055 12 S 0.039 0.092 0.052 0.025 0.069 0.022 0.157 0.242 0.211 0.069 0.022 13 C 0.109 0.061 0.017 0.015 0.114 0.037 0.101 0.118 0.120 0.245 0.062 14 V 0.041 0.219 0.068 0.049 0.131 0.047 0.122 0.110 0.105 0.083 0.026 15 N 0.067 0.092 0.157 0.123 0.078 0.034 0.021 0.037 0.056 0.264 0.071 16 A 0.030 0.280 0.320 0.063 0.102 0.019 0.029 0.060 0.042 0.035 0.021 17 P 0.048 0.248 0.166 0.029 0.114 0.023 0.041 0.117 0.076 0.081 0.056 18 T 0.032 0.245 0.184 0.037 0.102 0.011 0.017 0.097 0.093 0.149 0.032 19 S 0.037 0.114 0.044 0.009 0.093 0.013 0.019 0.386 0.198 0.073 0.015 20 K 0.003 0.010 0.005 0.003 0.006 0.008 0.032 0.659 0.225 0.046 0.005 21 D 0.004 0.011 0.003 0.001 0.011 0.001 0.012 0.764 0.138 0.051 0.005 22 I 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.830 0.140 0.017 0.001 23 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.929 0.067 0.001 0.001 24 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.964 0.030 0.001 0.001 25 W 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.962 0.031 0.002 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.046 0.002 0.001 27 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.936 0.059 0.002 0.001 28 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.937 0.045 0.002 0.001 29 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.036 0.868 0.077 0.008 0.001 30 L 0.013 0.120 0.025 0.005 0.050 0.005 0.023 0.436 0.200 0.113 0.008 31 K 0.032 0.046 0.014 0.018 0.032 0.024 0.033 0.315 0.194 0.253 0.041 32 R 0.054 0.154 0.056 0.015 0.137 0.012 0.068 0.261 0.104 0.103 0.038 33 K 0.036 0.071 0.034 0.026 0.073 0.060 0.258 0.241 0.111 0.066 0.023 34 Y 0.184 0.140 0.085 0.030 0.222 0.014 0.020 0.079 0.063 0.075 0.088 35 P 0.018 0.067 0.021 0.021 0.052 0.035 0.137 0.361 0.247 0.033 0.008 36 N 0.057 0.025 0.014 0.011 0.048 0.012 0.025 0.053 0.182 0.516 0.056 37 I 0.056 0.371 0.138 0.029 0.219 0.013 0.021 0.036 0.058 0.035 0.024 38 S 0.405 0.036 0.005 0.002 0.253 0.005 0.011 0.017 0.051 0.078 0.137 39 F 0.182 0.207 0.013 0.003 0.543 0.001 0.001 0.002 0.004 0.014 0.031 40 K 0.435 0.017 0.003 0.002 0.413 0.005 0.011 0.004 0.004 0.021 0.085 41 Y 0.322 0.110 0.022 0.014 0.461 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.057 42 T 0.168 0.128 0.020 0.011 0.608 0.006 0.009 0.004 0.002 0.013 0.032 43 Y 0.293 0.076 0.015 0.001 0.584 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 44 I 0.092 0.350 0.024 0.005 0.480 0.007 0.006 0.003 0.001 0.005 0.026 45 D 0.364 0.038 0.009 0.001 0.524 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.054 46 I 0.030 0.041 0.028 0.028 0.051 0.023 0.033 0.267 0.341 0.126 0.031 47 T 0.022 0.075 0.031 0.027 0.052 0.046 0.202 0.243 0.112 0.172 0.018 48 K 0.063 0.145 0.121 0.068 0.110 0.044 0.042 0.114 0.065 0.174 0.054 49 D 0.041 0.301 0.179 0.033 0.091 0.017 0.030 0.151 0.078 0.046 0.034 50 N 0.036 0.099 0.061 0.013 0.066 0.011 0.019 0.335 0.227 0.108 0.025 51 D 0.025 0.114 0.040 0.013 0.051 0.027 0.063 0.394 0.175 0.076 0.021 52 N 0.048 0.063 0.024 0.011 0.078 0.012 0.026 0.367 0.127 0.168 0.076 53 L 0.046 0.057 0.026 0.009 0.056 0.011 0.027 0.436 0.141 0.159 0.032 54 T 0.021 0.177 0.071 0.012 0.055 0.010 0.017 0.481 0.098 0.047 0.010 55 D 0.009 0.028 0.012 0.007 0.016 0.008 0.016 0.766 0.102 0.028 0.009 56 H 0.007 0.026 0.013 0.003 0.013 0.003 0.013 0.814 0.080 0.023 0.006 57 D 0.004 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.003 0.872 0.086 0.018 0.003 58 L 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.903 0.072 0.006 0.001 59 Q 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.930 0.042 0.007 0.001 60 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.928 0.054 0.011 0.001 61 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.929 0.062 0.003 0.001 62 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.928 0.054 0.003 0.001 63 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.012 0.881 0.067 0.026 0.002 64 I 0.016 0.011 0.003 0.001 0.017 0.001 0.008 0.780 0.120 0.035 0.009 65 E 0.003 0.030 0.009 0.004 0.010 0.008 0.033 0.676 0.186 0.040 0.002 66 Q 0.012 0.049 0.013 0.008 0.029 0.016 0.093 0.526 0.171 0.074 0.010 67 D 0.030 0.052 0.022 0.019 0.045 0.034 0.173 0.278 0.169 0.149 0.030 68 E 0.050 0.027 0.007 0.009 0.058 0.037 0.118 0.204 0.181 0.234 0.076 69 L 0.056 0.063 0.014 0.015 0.111 0.021 0.051 0.214 0.195 0.216 0.043 70 F 0.108 0.055 0.030 0.030 0.170 0.023 0.038 0.068 0.093 0.319 0.066 71 Y 0.069 0.323 0.166 0.031 0.271 0.016 0.026 0.036 0.024 0.025 0.013 72 P 0.233 0.154 0.036 0.007 0.414 0.007 0.011 0.038 0.027 0.025 0.049 73 L 0.204 0.083 0.005 0.001 0.634 0.002 0.007 0.014 0.007 0.014 0.029 74 I 0.128 0.070 0.002 0.001 0.790 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 75 T 0.421 0.047 0.007 0.001 0.496 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 76 M 0.085 0.032 0.046 0.228 0.077 0.352 0.045 0.024 0.016 0.037 0.058 77 N 0.001 0.048 0.057 0.849 0.006 0.016 0.011 0.004 0.003 0.003 0.001 78 D 0.003 0.005 0.007 0.047 0.002 0.017 0.045 0.054 0.083 0.676 0.061 79 E 0.014 0.531 0.203 0.008 0.187 0.003 0.014 0.018 0.010 0.009 0.004 80 Y 0.394 0.071 0.005 0.001 0.429 0.003 0.007 0.018 0.006 0.010 0.055 81 V 0.106 0.116 0.135 0.124 0.156 0.062 0.067 0.074 0.037 0.065 0.057 82 A 0.055 0.065 0.098 0.172 0.050 0.161 0.086 0.118 0.084 0.073 0.038 83 D 0.029 0.135 0.098 0.035 0.066 0.021 0.071 0.156 0.165 0.186 0.040 84 G 0.026 0.076 0.092 0.132 0.036 0.100 0.056 0.053 0.057 0.271 0.102 85 Y 0.122 0.179 0.059 0.010 0.318 0.009 0.020 0.130 0.104 0.028 0.021 86 I 0.066 0.083 0.043 0.007 0.086 0.015 0.036 0.346 0.210 0.069 0.039 87 Q 0.045 0.149 0.041 0.006 0.105 0.005 0.031 0.355 0.130 0.112 0.020 88 T 0.033 0.052 0.028 0.013 0.034 0.007 0.008 0.449 0.204 0.144 0.027 89 K 0.002 0.039 0.031 0.013 0.011 0.016 0.044 0.739 0.096 0.007 0.002 90 Q 0.011 0.014 0.005 0.001 0.018 0.001 0.009 0.840 0.083 0.013 0.006 91 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.881 0.099 0.009 0.001 92 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.886 0.098 0.005 0.001 93 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.912 0.069 0.003 0.001 94 F 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.021 0.901 0.049 0.016 0.001 95 I 0.008 0.012 0.003 0.002 0.013 0.003 0.010 0.796 0.125 0.022 0.005 96 D 0.006 0.016 0.007 0.006 0.010 0.008 0.026 0.748 0.139 0.029 0.004 97 Q 0.006 0.029 0.016 0.010 0.016 0.014 0.051 0.630 0.143 0.076 0.008 98 K 0.015 0.040 0.019 0.009 0.038 0.013 0.055 0.599 0.140 0.059 0.014 99 L 0.057 0.040 0.011 0.005 0.074 0.010 0.052 0.499 0.137 0.079 0.036 100 V 0.023 0.067 0.028 0.021 0.063 0.043 0.097 0.431 0.126 0.086 0.015 101 N 0.058 0.140 0.060 0.022 0.118 0.021 0.051 0.264 0.117 0.117 0.032 102 E 0.048 0.113 0.080 0.024 0.094 0.021 0.049 0.233 0.143 0.157 0.038