# TARGET T0251 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0251.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.180 0.099 0.114 0.187 0.225 0.165 0.029 2 V 0.113 0.153 0.161 0.224 0.202 0.126 0.020 3 V 0.119 0.068 0.082 0.166 0.246 0.259 0.060 4 Y 0.150 0.153 0.151 0.193 0.182 0.139 0.032 5 G 0.155 0.152 0.185 0.194 0.162 0.124 0.027 6 A 0.113 0.120 0.139 0.209 0.236 0.156 0.027 7 D 0.257 0.266 0.206 0.150 0.083 0.034 0.004 8 V 0.210 0.309 0.218 0.152 0.079 0.029 0.004 9 I 0.078 0.139 0.179 0.244 0.222 0.122 0.016 10 C 0.065 0.105 0.150 0.241 0.256 0.164 0.018 11 A 0.167 0.165 0.173 0.205 0.178 0.096 0.016 12 S 0.341 0.210 0.164 0.137 0.092 0.047 0.009 13 C 0.379 0.192 0.135 0.142 0.100 0.041 0.010 14 V 0.365 0.189 0.145 0.149 0.095 0.045 0.013 15 N 0.579 0.221 0.100 0.063 0.025 0.010 0.003 16 A 0.349 0.222 0.163 0.145 0.076 0.036 0.009 17 P 0.347 0.235 0.160 0.126 0.089 0.037 0.007 18 T 0.405 0.267 0.149 0.097 0.053 0.025 0.005 19 S 0.308 0.261 0.184 0.147 0.069 0.027 0.004 20 K 0.348 0.354 0.197 0.074 0.021 0.004 0.001 21 D 0.301 0.321 0.197 0.126 0.046 0.008 0.001 22 I 0.126 0.147 0.167 0.225 0.223 0.104 0.008 23 Y 0.121 0.224 0.269 0.248 0.114 0.022 0.001 24 D 0.190 0.417 0.255 0.111 0.024 0.003 0.001 25 W 0.017 0.029 0.085 0.239 0.377 0.230 0.023 26 L 0.008 0.012 0.014 0.047 0.205 0.526 0.188 27 Q 0.034 0.140 0.267 0.320 0.165 0.064 0.010 28 P 0.047 0.165 0.268 0.280 0.155 0.077 0.007 29 L 0.011 0.020 0.034 0.103 0.245 0.458 0.128 30 L 0.009 0.018 0.046 0.139 0.286 0.401 0.102 31 K 0.044 0.200 0.285 0.255 0.162 0.049 0.005 32 R 0.047 0.165 0.215 0.277 0.220 0.070 0.005 33 K 0.107 0.284 0.283 0.212 0.087 0.026 0.002 34 Y 0.075 0.156 0.234 0.330 0.171 0.033 0.001 35 P 0.403 0.365 0.150 0.067 0.015 0.002 0.001 36 N 0.604 0.296 0.072 0.023 0.005 0.001 0.001 37 I 0.396 0.341 0.171 0.075 0.015 0.002 0.001 38 S 0.299 0.468 0.170 0.052 0.011 0.001 0.001 39 F 0.013 0.049 0.138 0.378 0.351 0.069 0.002 40 K 0.050 0.335 0.420 0.169 0.024 0.002 0.001 41 Y 0.007 0.028 0.070 0.225 0.437 0.221 0.012 42 T 0.012 0.137 0.332 0.352 0.137 0.028 0.001 43 Y 0.002 0.012 0.047 0.184 0.402 0.335 0.017 44 I 0.004 0.022 0.079 0.189 0.336 0.340 0.029 45 D 0.006 0.030 0.099 0.231 0.341 0.275 0.017 46 I 0.011 0.041 0.103 0.225 0.402 0.210 0.008 47 T 0.070 0.242 0.328 0.243 0.096 0.021 0.001 48 K 0.389 0.289 0.170 0.105 0.038 0.009 0.001 49 D 0.638 0.210 0.093 0.043 0.013 0.003 0.001 50 N 0.807 0.128 0.042 0.017 0.005 0.001 0.001 51 D 0.820 0.131 0.034 0.012 0.003 0.001 0.001 52 N 0.792 0.154 0.038 0.013 0.003 0.001 0.001 53 L 0.553 0.254 0.118 0.059 0.014 0.002 0.001 54 T 0.367 0.301 0.183 0.112 0.032 0.005 0.001 55 D 0.387 0.332 0.165 0.083 0.027 0.006 0.001 56 H 0.324 0.330 0.199 0.107 0.034 0.006 0.001 57 D 0.141 0.209 0.212 0.230 0.149 0.054 0.005 58 L 0.198 0.279 0.241 0.172 0.089 0.019 0.002 59 Q 0.236 0.404 0.235 0.096 0.024 0.004 0.001 60 F 0.017 0.053 0.120 0.273 0.358 0.170 0.009 61 I 0.011 0.034 0.083 0.237 0.359 0.253 0.023 62 E 0.126 0.363 0.254 0.160 0.071 0.023 0.002 63 R 0.042 0.180 0.381 0.301 0.082 0.014 0.001 64 I 0.011 0.024 0.041 0.140 0.426 0.333 0.024 65 E 0.044 0.129 0.260 0.320 0.190 0.052 0.005 66 Q 0.279 0.411 0.194 0.082 0.024 0.008 0.001 67 D 0.074 0.189 0.249 0.292 0.147 0.044 0.006 68 E 0.055 0.115 0.136 0.189 0.268 0.187 0.050 69 L 0.032 0.063 0.092 0.187 0.281 0.278 0.068 70 F 0.022 0.033 0.058 0.133 0.194 0.342 0.217 71 Y 0.013 0.022 0.038 0.077 0.140 0.320 0.388 72 P 0.016 0.031 0.040 0.073 0.147 0.303 0.389 73 L 0.005 0.006 0.013 0.041 0.114 0.368 0.451 74 I 0.010 0.020 0.039 0.080 0.130 0.319 0.400 75 T 0.021 0.030 0.054 0.116 0.197 0.385 0.197 76 M 0.030 0.032 0.043 0.102 0.310 0.418 0.066 77 N 0.078 0.169 0.268 0.313 0.132 0.036 0.004 78 D 0.271 0.293 0.194 0.138 0.076 0.026 0.003 79 E 0.165 0.333 0.276 0.164 0.051 0.011 0.001 80 Y 0.120 0.140 0.160 0.255 0.229 0.091 0.004 81 V 0.111 0.132 0.192 0.214 0.209 0.133 0.009 82 A 0.194 0.204 0.173 0.210 0.149 0.065 0.005 83 D 0.318 0.272 0.193 0.119 0.067 0.027 0.003 84 G 0.271 0.256 0.183 0.153 0.092 0.040 0.005 85 Y 0.124 0.206 0.215 0.246 0.157 0.047 0.005 86 I 0.215 0.245 0.221 0.176 0.101 0.038 0.004 87 Q 0.194 0.262 0.240 0.194 0.082 0.026 0.002 88 T 0.079 0.110 0.134 0.226 0.269 0.167 0.016 89 K 0.131 0.249 0.261 0.219 0.108 0.028 0.003 90 Q 0.213 0.361 0.243 0.125 0.044 0.012 0.001 91 I 0.026 0.047 0.077 0.207 0.347 0.266 0.029 92 T 0.038 0.104 0.201 0.317 0.250 0.085 0.006 93 R 0.344 0.436 0.154 0.049 0.014 0.003 0.001 94 F 0.122 0.239 0.357 0.229 0.048 0.006 0.001 95 I 0.080 0.068 0.096 0.268 0.357 0.125 0.005 96 D 0.319 0.353 0.211 0.088 0.025 0.004 0.001 97 Q 0.643 0.269 0.068 0.017 0.003 0.001 0.001 98 K 0.291 0.294 0.249 0.130 0.032 0.004 0.001 99 L 0.296 0.247 0.207 0.161 0.076 0.012 0.001 100 V 0.493 0.271 0.142 0.073 0.019 0.002 0.001 101 N 0.798 0.157 0.034 0.010 0.002 0.001 0.001 102 E 0.832 0.128 0.030 0.008 0.002 0.001 0.001