# TARGET T0251 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0251.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.47039 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.429 0.005 0.001 0.003 0.066 0.495 2 V 0.927 0.004 0.001 0.003 0.014 0.051 3 V 0.936 0.004 0.001 0.003 0.021 0.035 4 Y 0.805 0.009 0.002 0.009 0.062 0.113 5 G 0.579 0.005 0.005 0.010 0.195 0.206 6 A 0.509 0.007 0.014 0.029 0.234 0.207 7 D 0.437 0.012 0.031 0.032 0.268 0.219 8 V 0.667 0.022 0.026 0.042 0.148 0.095 9 I 0.700 0.024 0.015 0.052 0.095 0.113 10 C 0.684 0.016 0.023 0.034 0.120 0.123 11 A 0.548 0.019 0.039 0.086 0.148 0.160 12 S 0.280 0.016 0.074 0.103 0.293 0.234 13 C 0.233 0.032 0.117 0.103 0.335 0.179 14 V 0.144 0.032 0.063 0.103 0.391 0.267 15 N 0.084 0.019 0.045 0.121 0.384 0.348 16 A 0.017 0.006 0.004 0.010 0.221 0.741 17 P 0.021 0.026 0.015 0.028 0.186 0.724 18 T 0.012 0.026 0.012 0.045 0.192 0.713 19 S 0.006 0.008 0.099 0.612 0.108 0.167 20 K 0.001 0.001 0.037 0.938 0.015 0.008 21 D 0.002 0.001 0.060 0.911 0.017 0.009 22 I 0.001 0.001 0.009 0.983 0.004 0.003 23 Y 0.001 0.001 0.007 0.980 0.006 0.005 24 D 0.001 0.001 0.006 0.981 0.008 0.004 25 W 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.003 26 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 27 Q 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.001 28 P 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.002 29 L 0.001 0.001 0.007 0.981 0.007 0.005 30 L 0.001 0.001 0.015 0.960 0.013 0.010 31 K 0.001 0.001 0.025 0.933 0.024 0.016 32 R 0.005 0.002 0.029 0.856 0.054 0.055 33 K 0.009 0.009 0.016 0.675 0.082 0.209 34 Y 0.009 0.010 0.011 0.038 0.776 0.156 35 P 0.004 0.001 0.030 0.015 0.881 0.070 36 N 0.009 0.002 0.036 0.005 0.890 0.058 37 I 0.180 0.027 0.017 0.002 0.694 0.080 38 S 0.392 0.010 0.003 0.001 0.107 0.487 39 F 0.863 0.009 0.001 0.001 0.028 0.098 40 K 0.918 0.002 0.001 0.001 0.016 0.064 41 Y 0.954 0.001 0.001 0.001 0.007 0.037 42 T 0.942 0.001 0.001 0.001 0.012 0.045 43 Y 0.966 0.001 0.001 0.001 0.006 0.026 44 I 0.956 0.002 0.001 0.001 0.008 0.033 45 D 0.909 0.004 0.001 0.001 0.035 0.049 46 I 0.603 0.012 0.009 0.005 0.179 0.193 47 T 0.208 0.016 0.021 0.006 0.482 0.266 48 K 0.091 0.014 0.037 0.007 0.687 0.163 49 D 0.038 0.013 0.107 0.021 0.591 0.230 50 N 0.037 0.018 0.221 0.031 0.572 0.122 51 D 0.033 0.011 0.233 0.046 0.543 0.134 52 N 0.031 0.015 0.123 0.086 0.466 0.279 53 L 0.059 0.035 0.082 0.119 0.416 0.290 54 T 0.056 0.025 0.041 0.187 0.305 0.385 55 D 0.022 0.011 0.085 0.396 0.286 0.200 56 H 0.008 0.005 0.093 0.611 0.173 0.111 57 D 0.010 0.004 0.058 0.716 0.104 0.108 58 L 0.004 0.001 0.027 0.909 0.035 0.024 59 Q 0.011 0.002 0.021 0.908 0.030 0.027 60 F 0.012 0.002 0.019 0.925 0.024 0.017 61 I 0.012 0.002 0.017 0.940 0.017 0.013 62 E 0.006 0.001 0.017 0.948 0.017 0.011 63 R 0.007 0.001 0.018 0.936 0.019 0.019 64 I 0.008 0.002 0.016 0.885 0.037 0.052 65 E 0.017 0.007 0.035 0.729 0.083 0.129 66 Q 0.014 0.004 0.112 0.607 0.135 0.129 67 D 0.044 0.006 0.194 0.267 0.281 0.208 68 E 0.084 0.007 0.262 0.152 0.332 0.163 69 L 0.280 0.017 0.097 0.062 0.316 0.228 70 F 0.437 0.014 0.044 0.047 0.210 0.248 71 Y 0.465 0.004 0.018 0.015 0.180 0.319 72 P 0.510 0.002 0.015 0.015 0.158 0.300 73 L 0.875 0.005 0.006 0.011 0.038 0.065 74 I 0.969 0.003 0.001 0.007 0.007 0.013 75 T 0.975 0.003 0.001 0.004 0.007 0.011 76 M 0.906 0.004 0.001 0.006 0.056 0.027 77 N 0.429 0.004 0.003 0.011 0.430 0.123 78 D 0.101 0.003 0.017 0.028 0.759 0.093 79 E 0.308 0.020 0.034 0.051 0.500 0.088 80 Y 0.574 0.056 0.040 0.089 0.149 0.092 81 V 0.527 0.051 0.032 0.078 0.204 0.109 82 A 0.318 0.014 0.043 0.076 0.395 0.154 83 D 0.149 0.009 0.042 0.072 0.521 0.206 84 G 0.108 0.013 0.041 0.061 0.504 0.272 85 Y 0.116 0.029 0.023 0.052 0.311 0.468 86 I 0.116 0.029 0.077 0.230 0.195 0.354 87 Q 0.119 0.022 0.078 0.227 0.163 0.390 88 T 0.056 0.012 0.072 0.620 0.063 0.178 89 K 0.017 0.002 0.020 0.899 0.020 0.041 90 Q 0.018 0.001 0.014 0.941 0.010 0.016 91 I 0.010 0.001 0.004 0.976 0.005 0.004 92 T 0.012 0.001 0.002 0.977 0.005 0.003 93 R 0.012 0.001 0.004 0.972 0.009 0.003 94 F 0.008 0.001 0.004 0.976 0.008 0.003 95 I 0.008 0.001 0.007 0.956 0.016 0.012 96 D 0.012 0.002 0.013 0.937 0.022 0.015 97 Q 0.008 0.001 0.014 0.936 0.019 0.021 98 K 0.015 0.002 0.017 0.830 0.041 0.095 99 L 0.025 0.005 0.023 0.688 0.079 0.180 100 V 0.040 0.011 0.014 0.513 0.097 0.326 101 N 0.029 0.007 0.006 0.231 0.101 0.627 102 E 0.020 0.003 0.004 0.071 0.087 0.814