# TARGET T0251 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0251.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.47039 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.018 0.015 0.040 0.046 0.062 0.113 0.157 0.209 0.191 0.134 2 V 0.038 0.105 0.071 0.278 0.242 0.140 0.077 0.027 0.013 0.006 0.004 3 V 0.004 0.005 0.006 0.016 0.021 0.033 0.096 0.160 0.248 0.219 0.192 4 Y 0.008 0.020 0.016 0.090 0.150 0.181 0.242 0.142 0.088 0.040 0.023 5 G 0.083 0.158 0.065 0.158 0.116 0.088 0.113 0.072 0.063 0.045 0.038 6 A 0.010 0.009 0.007 0.022 0.026 0.033 0.080 0.113 0.193 0.234 0.273 7 D 0.288 0.249 0.088 0.195 0.099 0.043 0.025 0.007 0.003 0.001 0.001 8 V 0.071 0.074 0.042 0.135 0.135 0.129 0.161 0.102 0.072 0.047 0.031 9 I 0.063 0.083 0.041 0.115 0.120 0.127 0.149 0.097 0.088 0.063 0.055 10 C 0.018 0.024 0.017 0.050 0.060 0.079 0.154 0.149 0.179 0.150 0.120 11 A 0.023 0.025 0.021 0.047 0.060 0.082 0.135 0.138 0.163 0.156 0.150 12 S 0.065 0.055 0.044 0.114 0.111 0.110 0.140 0.118 0.107 0.075 0.060 13 C 0.032 0.030 0.019 0.056 0.072 0.094 0.189 0.166 0.149 0.110 0.082 14 V 0.040 0.034 0.027 0.053 0.050 0.058 0.108 0.121 0.171 0.179 0.158 15 N 0.177 0.141 0.057 0.154 0.136 0.104 0.098 0.052 0.040 0.025 0.016 16 A 0.066 0.060 0.033 0.088 0.076 0.089 0.144 0.130 0.133 0.110 0.073 17 P 0.209 0.129 0.045 0.098 0.111 0.094 0.118 0.077 0.055 0.038 0.025 18 T 0.179 0.255 0.057 0.141 0.099 0.081 0.081 0.041 0.032 0.021 0.014 19 S 0.071 0.061 0.023 0.080 0.103 0.127 0.170 0.116 0.105 0.083 0.059 20 K 0.551 0.167 0.079 0.111 0.051 0.022 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 21 D 0.083 0.134 0.089 0.222 0.170 0.131 0.102 0.038 0.018 0.008 0.005 22 I 0.004 0.015 0.018 0.035 0.037 0.064 0.153 0.177 0.201 0.174 0.121 23 Y 0.018 0.021 0.036 0.079 0.143 0.208 0.283 0.111 0.065 0.025 0.011 24 D 0.104 0.099 0.525 0.200 0.048 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 25 W 0.002 0.006 0.038 0.070 0.096 0.166 0.296 0.144 0.093 0.062 0.027 26 L 0.001 0.001 0.013 0.005 0.005 0.008 0.060 0.131 0.239 0.285 0.252 27 Q 0.001 0.007 0.129 0.219 0.261 0.213 0.113 0.035 0.015 0.006 0.001 28 P 0.007 0.026 0.402 0.140 0.127 0.134 0.110 0.032 0.014 0.006 0.002 29 L 0.002 0.004 0.022 0.022 0.030 0.059 0.242 0.199 0.202 0.145 0.073 30 L 0.005 0.004 0.019 0.015 0.016 0.030 0.175 0.193 0.214 0.206 0.123 31 K 0.010 0.048 0.256 0.311 0.212 0.087 0.040 0.020 0.010 0.005 0.002 32 R 0.027 0.066 0.142 0.091 0.113 0.150 0.189 0.098 0.071 0.040 0.014 33 K 0.066 0.090 0.064 0.153 0.149 0.108 0.150 0.096 0.070 0.037 0.016 34 Y 0.023 0.026 0.015 0.040 0.067 0.101 0.234 0.175 0.161 0.106 0.051 35 P 0.328 0.197 0.118 0.204 0.083 0.033 0.020 0.008 0.005 0.003 0.002 36 N 0.393 0.173 0.082 0.153 0.087 0.051 0.033 0.014 0.008 0.004 0.001 37 I 0.142 0.085 0.042 0.128 0.098 0.124 0.142 0.104 0.070 0.042 0.022 38 S 0.158 0.240 0.119 0.235 0.123 0.066 0.036 0.012 0.006 0.003 0.001 39 F 0.011 0.009 0.010 0.025 0.031 0.053 0.145 0.186 0.224 0.187 0.118 40 K 0.075 0.185 0.096 0.378 0.183 0.056 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 41 Y 0.001 0.001 0.002 0.007 0.011 0.020 0.071 0.146 0.277 0.269 0.195 42 T 0.025 0.082 0.046 0.355 0.261 0.137 0.066 0.018 0.007 0.002 0.001 43 Y 0.001 0.006 0.005 0.031 0.048 0.084 0.190 0.208 0.201 0.142 0.083 44 I 0.001 0.002 0.002 0.012 0.027 0.059 0.159 0.182 0.254 0.185 0.117 45 D 0.007 0.054 0.029 0.212 0.253 0.165 0.162 0.065 0.035 0.014 0.006 46 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.010 0.045 0.099 0.210 0.313 0.310 47 T 0.024 0.110 0.056 0.301 0.279 0.128 0.074 0.019 0.007 0.002 0.001 48 K 0.246 0.231 0.043 0.206 0.134 0.071 0.046 0.015 0.005 0.002 0.001 49 D 0.215 0.240 0.080 0.199 0.116 0.068 0.042 0.018 0.011 0.007 0.004 50 N 0.209 0.175 0.061 0.161 0.134 0.097 0.088 0.034 0.022 0.012 0.007 51 D 0.642 0.178 0.042 0.068 0.033 0.016 0.012 0.004 0.003 0.002 0.001 52 N 0.284 0.269 0.084 0.162 0.089 0.052 0.036 0.012 0.008 0.004 0.002 53 L 0.058 0.039 0.022 0.059 0.061 0.093 0.163 0.126 0.146 0.130 0.103 54 T 0.220 0.227 0.092 0.180 0.113 0.072 0.054 0.019 0.013 0.006 0.003 55 D 0.441 0.166 0.131 0.110 0.060 0.037 0.031 0.013 0.007 0.003 0.001 56 H 0.181 0.146 0.072 0.138 0.122 0.122 0.105 0.047 0.032 0.021 0.011 57 D 0.070 0.177 0.080 0.131 0.110 0.105 0.131 0.077 0.061 0.039 0.019 58 L 0.053 0.049 0.099 0.263 0.239 0.157 0.093 0.028 0.014 0.004 0.001 59 Q 0.128 0.160 0.335 0.200 0.094 0.048 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 60 F 0.001 0.003 0.009 0.024 0.032 0.077 0.249 0.239 0.196 0.119 0.053 61 I 0.001 0.001 0.008 0.013 0.035 0.090 0.273 0.220 0.178 0.118 0.062 62 E 0.014 0.028 0.776 0.122 0.038 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.001 0.009 0.063 0.151 0.216 0.266 0.207 0.055 0.020 0.009 0.002 64 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.039 0.078 0.201 0.297 0.374 65 E 0.037 0.047 0.121 0.208 0.219 0.175 0.144 0.032 0.012 0.004 0.001 66 Q 0.061 0.111 0.583 0.167 0.051 0.018 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 67 D 0.024 0.037 0.044 0.093 0.115 0.184 0.279 0.114 0.059 0.032 0.017 68 E 0.216 0.101 0.069 0.136 0.095 0.099 0.135 0.063 0.042 0.025 0.018 69 L 0.011 0.033 0.073 0.098 0.133 0.164 0.212 0.115 0.086 0.053 0.022 70 F 0.003 0.008 0.014 0.038 0.052 0.078 0.184 0.184 0.191 0.155 0.094 71 Y 0.003 0.008 0.012 0.037 0.061 0.099 0.215 0.206 0.178 0.118 0.062 72 P 0.005 0.010 0.022 0.052 0.072 0.117 0.237 0.183 0.150 0.099 0.054 73 L 0.002 0.003 0.007 0.014 0.014 0.022 0.077 0.160 0.244 0.267 0.189 74 I 0.002 0.003 0.005 0.013 0.018 0.033 0.121 0.184 0.249 0.221 0.150 75 T 0.004 0.015 0.034 0.048 0.048 0.063 0.161 0.176 0.212 0.145 0.095 76 M 0.002 0.005 0.007 0.020 0.029 0.050 0.134 0.172 0.223 0.201 0.156 77 N 0.074 0.204 0.097 0.247 0.177 0.088 0.066 0.027 0.013 0.005 0.002 78 D 0.311 0.152 0.079 0.167 0.121 0.074 0.054 0.023 0.013 0.005 0.002 79 E 0.328 0.196 0.089 0.171 0.103 0.054 0.035 0.013 0.006 0.003 0.002 80 Y 0.020 0.044 0.019 0.076 0.097 0.135 0.204 0.148 0.128 0.080 0.048 81 V 0.015 0.020 0.014 0.042 0.060 0.092 0.148 0.154 0.180 0.151 0.124 82 A 0.156 0.106 0.073 0.111 0.101 0.103 0.127 0.080 0.067 0.043 0.033 83 D 0.174 0.131 0.067 0.182 0.138 0.097 0.091 0.052 0.034 0.022 0.013 84 G 0.295 0.122 0.034 0.091 0.081 0.073 0.089 0.064 0.059 0.052 0.040 85 Y 0.108 0.147 0.078 0.204 0.148 0.111 0.098 0.043 0.031 0.019 0.014 86 I 0.035 0.030 0.033 0.051 0.058 0.072 0.145 0.129 0.173 0.151 0.123 87 Q 0.183 0.166 0.119 0.216 0.122 0.079 0.067 0.025 0.013 0.006 0.003 88 T 0.078 0.086 0.065 0.135 0.132 0.135 0.172 0.090 0.057 0.033 0.018 89 K 0.034 0.047 0.058 0.113 0.119 0.153 0.187 0.117 0.089 0.052 0.030 90 Q 0.137 0.181 0.176 0.295 0.131 0.052 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 91 I 0.002 0.005 0.011 0.013 0.014 0.020 0.087 0.139 0.237 0.263 0.210 92 T 0.010 0.030 0.077 0.173 0.196 0.178 0.185 0.077 0.047 0.019 0.009 93 R 0.086 0.125 0.341 0.231 0.105 0.052 0.039 0.012 0.006 0.002 0.001 94 F 0.019 0.041 0.141 0.161 0.157 0.185 0.179 0.065 0.031 0.015 0.006 95 I 0.004 0.006 0.023 0.016 0.021 0.038 0.128 0.155 0.236 0.222 0.151 96 D 0.020 0.058 0.146 0.206 0.197 0.142 0.138 0.052 0.027 0.010 0.003 97 Q 0.074 0.094 0.498 0.201 0.076 0.034 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 98 K 0.109 0.099 0.170 0.154 0.130 0.116 0.122 0.051 0.029 0.014 0.006 99 L 0.030 0.027 0.054 0.057 0.059 0.104 0.224 0.164 0.140 0.091 0.050 100 V 0.038 0.078 0.202 0.143 0.128 0.117 0.135 0.072 0.046 0.028 0.012 101 N 0.176 0.182 0.322 0.149 0.079 0.043 0.027 0.011 0.007 0.003 0.001 102 E 0.404 0.163 0.086 0.108 0.079 0.052 0.048 0.025 0.018 0.011 0.006