# TARGET T0251 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0251.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.47039 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.156 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.829 2 V 0.913 0.012 0.002 0.002 0.006 0.003 0.062 3 V 0.933 0.010 0.001 0.002 0.003 0.001 0.050 4 Y 0.809 0.005 0.007 0.004 0.037 0.023 0.115 5 G 0.524 0.006 0.013 0.013 0.108 0.122 0.215 6 A 0.385 0.006 0.030 0.032 0.078 0.141 0.328 7 D 0.483 0.008 0.036 0.032 0.200 0.065 0.177 8 V 0.639 0.016 0.039 0.041 0.074 0.031 0.160 9 I 0.737 0.024 0.015 0.058 0.030 0.023 0.113 10 C 0.556 0.024 0.020 0.092 0.057 0.038 0.213 11 A 0.224 0.008 0.104 0.272 0.074 0.160 0.158 12 S 0.185 0.010 0.135 0.238 0.080 0.215 0.136 13 C 0.124 0.030 0.219 0.225 0.065 0.159 0.178 14 V 0.085 0.029 0.119 0.100 0.203 0.308 0.156 15 N 0.070 0.027 0.093 0.058 0.191 0.325 0.235 16 A 0.047 0.016 0.019 0.014 0.255 0.034 0.615 17 P 0.039 0.041 0.012 0.010 0.135 0.063 0.700 18 T 0.026 0.066 0.012 0.008 0.187 0.039 0.662 19 S 0.009 0.007 0.145 0.464 0.065 0.067 0.243 20 K 0.001 0.001 0.104 0.826 0.015 0.046 0.008 21 D 0.001 0.003 0.072 0.857 0.011 0.038 0.018 22 I 0.001 0.001 0.023 0.963 0.001 0.008 0.004 23 Y 0.001 0.001 0.012 0.980 0.001 0.005 0.001 24 D 0.001 0.001 0.012 0.976 0.001 0.009 0.001 25 W 0.001 0.001 0.013 0.966 0.001 0.016 0.002 26 L 0.001 0.001 0.007 0.965 0.002 0.021 0.003 27 Q 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.004 0.001 28 P 0.001 0.001 0.007 0.987 0.001 0.004 0.001 29 L 0.001 0.001 0.010 0.973 0.001 0.014 0.001 30 L 0.001 0.001 0.026 0.936 0.002 0.032 0.002 31 K 0.003 0.001 0.023 0.863 0.009 0.097 0.005 32 R 0.017 0.003 0.019 0.612 0.052 0.232 0.064 33 K 0.044 0.041 0.011 0.235 0.178 0.172 0.319 34 Y 0.028 0.015 0.004 0.005 0.177 0.019 0.752 35 P 0.022 0.006 0.023 0.004 0.134 0.647 0.165 36 N 0.026 0.003 0.027 0.002 0.184 0.635 0.122 37 I 0.158 0.011 0.014 0.002 0.275 0.044 0.497 38 S 0.468 0.012 0.003 0.001 0.039 0.017 0.460 39 F 0.843 0.010 0.001 0.001 0.017 0.002 0.126 40 K 0.940 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.051 41 Y 0.960 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 42 T 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.018 43 Y 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 44 I 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 45 D 0.925 0.004 0.001 0.001 0.006 0.002 0.062 46 I 0.620 0.007 0.008 0.004 0.045 0.056 0.259 47 T 0.363 0.024 0.018 0.006 0.164 0.096 0.329 48 K 0.169 0.014 0.061 0.011 0.288 0.210 0.247 49 D 0.063 0.018 0.085 0.016 0.231 0.291 0.296 50 N 0.029 0.011 0.241 0.034 0.189 0.255 0.242 51 D 0.025 0.009 0.179 0.039 0.184 0.329 0.235 52 N 0.033 0.017 0.162 0.045 0.121 0.262 0.360 53 L 0.057 0.041 0.095 0.057 0.154 0.095 0.501 54 T 0.064 0.028 0.051 0.119 0.083 0.131 0.523 55 D 0.026 0.007 0.074 0.213 0.177 0.196 0.308 56 H 0.026 0.016 0.045 0.228 0.188 0.165 0.332 57 D 0.020 0.010 0.037 0.460 0.089 0.109 0.275 58 L 0.004 0.002 0.018 0.907 0.014 0.021 0.035 59 Q 0.005 0.003 0.014 0.922 0.013 0.017 0.027 60 F 0.002 0.001 0.009 0.959 0.004 0.010 0.014 61 I 0.001 0.001 0.013 0.976 0.001 0.005 0.004 62 E 0.001 0.001 0.016 0.965 0.001 0.014 0.002 63 R 0.001 0.001 0.033 0.885 0.004 0.067 0.009 64 I 0.003 0.005 0.035 0.770 0.022 0.116 0.049 65 E 0.004 0.005 0.043 0.527 0.039 0.242 0.139 66 Q 0.005 0.003 0.143 0.388 0.120 0.159 0.183 67 D 0.010 0.005 0.294 0.250 0.120 0.160 0.161 68 E 0.011 0.005 0.392 0.148 0.104 0.287 0.053 69 L 0.059 0.017 0.240 0.105 0.104 0.391 0.085 70 F 0.156 0.029 0.059 0.030 0.232 0.266 0.229 71 Y 0.147 0.008 0.007 0.002 0.464 0.030 0.341 72 P 0.241 0.003 0.011 0.002 0.181 0.029 0.533 73 L 0.798 0.009 0.008 0.004 0.035 0.009 0.136 74 I 0.962 0.008 0.002 0.004 0.003 0.002 0.018 75 T 0.955 0.007 0.002 0.006 0.002 0.003 0.026 76 M 0.831 0.009 0.005 0.013 0.008 0.041 0.094 77 N 0.235 0.003 0.010 0.011 0.162 0.456 0.123 78 D 0.137 0.002 0.025 0.011 0.205 0.566 0.053 79 E 0.520 0.016 0.040 0.034 0.124 0.133 0.133 80 Y 0.739 0.042 0.033 0.027 0.045 0.027 0.087 81 V 0.710 0.011 0.035 0.038 0.035 0.036 0.133 82 A 0.620 0.012 0.030 0.046 0.057 0.061 0.174 83 D 0.331 0.017 0.047 0.076 0.140 0.207 0.182 84 G 0.177 0.007 0.035 0.039 0.284 0.241 0.217 85 Y 0.278 0.017 0.028 0.056 0.176 0.081 0.363 86 I 0.311 0.033 0.038 0.087 0.078 0.051 0.402 87 Q 0.294 0.021 0.039 0.121 0.088 0.061 0.376 88 T 0.230 0.012 0.048 0.296 0.091 0.044 0.278 89 K 0.130 0.008 0.019 0.585 0.077 0.027 0.154 90 Q 0.175 0.006 0.017 0.611 0.024 0.035 0.132 91 I 0.151 0.005 0.007 0.747 0.009 0.011 0.070 92 T 0.231 0.006 0.005 0.693 0.011 0.009 0.045 93 R 0.093 0.001 0.005 0.869 0.012 0.009 0.012 94 F 0.075 0.002 0.005 0.883 0.007 0.014 0.014 95 I 0.065 0.003 0.007 0.865 0.010 0.017 0.032 96 D 0.064 0.003 0.018 0.795 0.024 0.023 0.073 97 Q 0.026 0.001 0.048 0.779 0.026 0.078 0.043 98 K 0.032 0.003 0.027 0.761 0.018 0.113 0.046 99 L 0.084 0.011 0.036 0.509 0.067 0.149 0.142 100 V 0.130 0.018 0.024 0.272 0.095 0.215 0.246 101 N 0.069 0.009 0.010 0.133 0.070 0.124 0.585 102 E 0.012 0.002 0.003 0.022 0.025 0.015 0.921