# TARGET T0251 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0251.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.47039 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.593 0.313 0.005 0.052 0.016 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 2 V 0.004 0.764 0.189 0.001 0.011 0.020 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 3 V 0.010 0.686 0.177 0.004 0.005 0.076 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 4 Y 0.018 0.483 0.172 0.035 0.073 0.039 0.056 0.001 0.119 0.002 0.001 5 G 0.010 0.012 0.070 0.008 0.206 0.005 0.086 0.273 0.001 0.326 0.002 6 A 0.277 0.132 0.383 0.064 0.094 0.014 0.005 0.007 0.006 0.016 0.002 7 D 0.487 0.068 0.116 0.264 0.016 0.021 0.012 0.005 0.007 0.003 0.001 8 V 0.063 0.580 0.176 0.037 0.070 0.034 0.008 0.001 0.032 0.001 0.001 9 I 0.059 0.651 0.185 0.026 0.026 0.025 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 10 C 0.034 0.467 0.241 0.008 0.083 0.048 0.012 0.001 0.103 0.002 0.001 11 A 0.333 0.089 0.415 0.046 0.041 0.040 0.007 0.009 0.006 0.008 0.007 12 S 0.270 0.236 0.164 0.094 0.171 0.010 0.014 0.011 0.014 0.015 0.001 13 C 0.314 0.120 0.163 0.166 0.063 0.056 0.066 0.017 0.024 0.008 0.003 14 V 0.302 0.232 0.180 0.207 0.017 0.032 0.011 0.001 0.017 0.001 0.001 15 N 0.157 0.058 0.096 0.234 0.040 0.077 0.263 0.032 0.029 0.012 0.001 16 A 0.078 0.254 0.440 0.011 0.031 0.030 0.024 0.001 0.128 0.003 0.001 17 P 0.336 0.005 0.573 0.030 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 18 T 0.148 0.125 0.358 0.125 0.121 0.033 0.019 0.026 0.022 0.022 0.001 19 S 0.683 0.037 0.174 0.039 0.019 0.019 0.007 0.006 0.007 0.010 0.001 20 K 0.979 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 D 0.973 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 I 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 Y 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 D 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 W 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 P 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 L 0.988 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 L 0.949 0.001 0.003 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.881 0.003 0.008 0.090 0.001 0.002 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 32 R 0.673 0.041 0.095 0.149 0.007 0.012 0.015 0.002 0.006 0.001 0.001 33 K 0.525 0.065 0.142 0.214 0.005 0.031 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 34 Y 0.045 0.185 0.229 0.009 0.035 0.029 0.031 0.001 0.430 0.005 0.001 35 P 0.461 0.004 0.440 0.040 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 36 N 0.162 0.062 0.065 0.488 0.037 0.024 0.066 0.073 0.021 0.003 0.001 37 I 0.021 0.423 0.368 0.036 0.050 0.041 0.014 0.001 0.045 0.001 0.001 38 S 0.034 0.355 0.467 0.034 0.015 0.069 0.008 0.001 0.015 0.001 0.002 39 F 0.003 0.604 0.095 0.007 0.269 0.008 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 40 K 0.004 0.772 0.140 0.005 0.042 0.026 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 41 Y 0.001 0.778 0.117 0.001 0.078 0.016 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 42 T 0.084 0.751 0.056 0.055 0.020 0.019 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 43 Y 0.001 0.794 0.068 0.001 0.119 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 44 I 0.009 0.904 0.031 0.003 0.014 0.008 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 45 D 0.013 0.344 0.246 0.011 0.051 0.207 0.009 0.001 0.116 0.001 0.001 46 I 0.153 0.384 0.152 0.194 0.037 0.043 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 47 T 0.136 0.280 0.287 0.136 0.056 0.064 0.006 0.003 0.026 0.005 0.001 48 K 0.171 0.272 0.223 0.104 0.066 0.035 0.052 0.006 0.062 0.008 0.001 49 D 0.205 0.124 0.428 0.080 0.024 0.073 0.022 0.005 0.027 0.009 0.004 50 N 0.349 0.070 0.106 0.237 0.022 0.052 0.096 0.029 0.028 0.009 0.001 51 D 0.565 0.059 0.104 0.167 0.019 0.019 0.044 0.007 0.010 0.003 0.001 52 N 0.285 0.035 0.107 0.310 0.014 0.076 0.110 0.018 0.043 0.002 0.001 53 L 0.461 0.094 0.180 0.191 0.008 0.040 0.009 0.002 0.014 0.001 0.001 54 T 0.498 0.161 0.157 0.112 0.023 0.021 0.007 0.002 0.011 0.007 0.001 55 D 0.572 0.031 0.104 0.150 0.018 0.039 0.051 0.009 0.019 0.005 0.001 56 H 0.735 0.020 0.059 0.117 0.009 0.015 0.025 0.008 0.008 0.003 0.001 57 D 0.800 0.014 0.037 0.109 0.002 0.020 0.010 0.002 0.005 0.001 0.001 58 L 0.878 0.020 0.035 0.048 0.003 0.008 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 59 Q 0.924 0.011 0.024 0.022 0.004 0.003 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 60 F 0.979 0.002 0.003 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 I 0.977 0.003 0.004 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.986 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.890 0.003 0.003 0.098 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 64 I 0.610 0.057 0.195 0.091 0.003 0.026 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 65 E 0.674 0.043 0.127 0.102 0.006 0.022 0.010 0.002 0.011 0.002 0.001 66 Q 0.743 0.033 0.060 0.124 0.012 0.007 0.009 0.003 0.005 0.003 0.001 67 D 0.602 0.031 0.085 0.182 0.011 0.023 0.034 0.016 0.013 0.003 0.001 68 E 0.330 0.228 0.209 0.116 0.029 0.039 0.016 0.003 0.030 0.001 0.001 69 L 0.220 0.378 0.213 0.104 0.039 0.029 0.005 0.002 0.008 0.001 0.001 70 F 0.068 0.532 0.166 0.084 0.079 0.025 0.010 0.003 0.028 0.003 0.001 71 Y 0.004 0.587 0.140 0.001 0.050 0.010 0.006 0.001 0.201 0.001 0.001 72 P 0.022 0.011 0.864 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 73 L 0.033 0.555 0.296 0.008 0.018 0.054 0.002 0.001 0.032 0.001 0.003 74 I 0.011 0.815 0.104 0.002 0.015 0.026 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 75 T 0.017 0.529 0.358 0.008 0.006 0.062 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 76 M 0.041 0.592 0.171 0.028 0.029 0.067 0.003 0.001 0.069 0.001 0.001 77 N 0.110 0.140 0.362 0.068 0.070 0.091 0.071 0.004 0.041 0.042 0.001 78 D 0.446 0.031 0.032 0.184 0.051 0.016 0.162 0.064 0.006 0.007 0.002 79 E 0.572 0.208 0.111 0.067 0.012 0.012 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 80 Y 0.309 0.206 0.360 0.017 0.005 0.070 0.002 0.001 0.028 0.001 0.002 81 V 0.411 0.341 0.080 0.082 0.025 0.029 0.004 0.001 0.025 0.001 0.001 82 A 0.425 0.203 0.180 0.037 0.104 0.015 0.013 0.004 0.011 0.010 0.001 83 D 0.246 0.111 0.225 0.316 0.039 0.017 0.024 0.003 0.015 0.002 0.001 84 G 0.030 0.005 0.026 0.016 0.049 0.001 0.064 0.652 0.001 0.156 0.001 85 Y 0.166 0.192 0.362 0.097 0.046 0.071 0.028 0.002 0.029 0.004 0.002 86 I 0.176 0.282 0.423 0.031 0.026 0.035 0.006 0.002 0.014 0.003 0.001 87 Q 0.296 0.318 0.214 0.059 0.026 0.045 0.011 0.001 0.027 0.002 0.001 88 T 0.258 0.250 0.376 0.051 0.018 0.030 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 89 K 0.448 0.210 0.213 0.019 0.049 0.013 0.017 0.006 0.021 0.004 0.001 90 Q 0.590 0.055 0.235 0.036 0.009 0.048 0.011 0.003 0.010 0.001 0.002 91 I 0.687 0.141 0.101 0.035 0.009 0.018 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 92 T 0.826 0.085 0.027 0.043 0.010 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 93 R 0.819 0.082 0.051 0.016 0.014 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 94 F 0.837 0.063 0.040 0.032 0.006 0.011 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 95 I 0.824 0.072 0.033 0.042 0.005 0.009 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 96 D 0.837 0.029 0.068 0.027 0.006 0.018 0.008 0.001 0.004 0.002 0.001 97 Q 0.840 0.032 0.032 0.066 0.012 0.006 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 98 K 0.713 0.038 0.043 0.175 0.010 0.005 0.008 0.002 0.006 0.001 0.001 99 L 0.563 0.081 0.128 0.119 0.013 0.042 0.021 0.002 0.029 0.001 0.001 100 V 0.394 0.241 0.130 0.154 0.024 0.031 0.006 0.001 0.016 0.002 0.001 101 N 0.218 0.109 0.293 0.164 0.036 0.092 0.036 0.007 0.039 0.005 0.001 102 E 0.498 0.116 0.145 0.129 0.041 0.017 0.021 0.011 0.014 0.007 0.001